src/jalview/appletgui/AppletJmol.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.appletgui;
  20
  21 import java.util.*;
  22 import java.awt.*;
  23 import java.awt.event.*;
  24
  25 import jalview.datamodel.*;
  26 import jalview.structure.*;
  27 import jalview.io.*;
  28
  29 import org.jmol.api.*;
  30 import org.jmol.adapter.smarter.SmarterJmolAdapter;
  31
  32 import org.jmol.popup.*;
  33 import jalview.schemes.*;
  34
  35 public class AppletJmol extends EmbmenuFrame implements StructureListener,
  36         JmolStatusListener, KeyListener, ActionListener, ItemListener
  37
  38 {
  39   Menu fileMenu = new Menu("File");
  40
  41   Menu viewMenu = new Menu("View");
  42
  43   Menu coloursMenu = new Menu("Colours");
  44
  45   Menu chainMenu = new Menu("Show Chain");
  46
  47   Menu helpMenu = new Menu("Help");
  48
  49   MenuItem mappingMenuItem = new MenuItem("View Mapping");
  50
  51   CheckboxMenuItem seqColour = new CheckboxMenuItem("By Sequence", true);
  52
  53   MenuItem chain = new MenuItem("By Chain");
  54
  55   MenuItem charge = new MenuItem("Charge & Cysteine");
  56
  57   MenuItem zappo = new MenuItem("Zappo");
  58
  59   MenuItem taylor = new MenuItem("Taylor");
  60
  61   MenuItem hydro = new MenuItem("Hydrophobicity");
  62
  63   MenuItem helix = new MenuItem("Helix Propensity");
  64
  65   MenuItem strand = new MenuItem("Strand Propensity");
  66
  67   MenuItem turn = new MenuItem("Turn Propensity");
  68
  69   MenuItem buried = new MenuItem("Buried Index");
  70
  71   MenuItem user = new MenuItem("User Defined Colours");
  72
  73   MenuItem jmolHelp = new MenuItem("Jmol Help");
  74
  75   JmolViewer viewer;
  76
  77   JmolPopup jmolpopup;
  78
  79   Panel scriptWindow;
  80
  81   TextField inputLine;
  82
  83   TextArea history;
  84
  85   SequenceI[] sequence;
  86
  87   String[] chains;
  88
  89   StructureSelectionManager ssm;
  90
  91   RenderPanel renderPanel;
  92
  93   AlignmentPanel ap;
  94
  95   String fileLoadingError;
  96
  97   boolean loadedInline;
  98
  99   PDBEntry pdbentry;
 100
 101   boolean colourBySequence = true;
 102
 103   Vector atomsPicked = new Vector();
 104
 105   /**
 106    * datasource protocol for access to PDBEntry
 107    */
 108   String protocol = null;
 109
 110   public AppletJmol(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq, String[] chains,
 111           AlignmentPanel ap, String protocol)
 112   {
 113     this.ap = ap;
 114     this.sequence = seq;
 115     this.chains = chains;
 116     this.pdbentry = pdbentry;
 117     this.protocol = protocol;
 118     if (pdbentry.getId() == null || pdbentry.getId().length() < 1)
 119     {
 120       if (jalview.bin.JalviewLite.debug)
 121       {
 122         System.err.println("Setting PDB id for file " + pdbentry.getFile());
 123         if (protocol.equals(AppletFormatAdapter.PASTE))
 124         {
 125           pdbentry.setId("PASTED PDB"
 126                   + (chains == null ? "_" : chains.toString()));
 127         }
 128         else
 129         {
 130           pdbentry.setId(pdbentry.getFile());
 131         }
 132       }
 133     }
 134     if (jalview.bin.JalviewLite.debug)
 135     {
 136       System.err
 137               .println("AppletJmol: PDB ID is '" + pdbentry.getId() + "'");
 138     }
 139
 140     String alreadyMapped = StructureSelectionManager
 141             .getStructureSelectionManager().alreadyMappedToFile(
 142                     pdbentry.getId());
 143     MCview.PDBfile reader = null;
 144     if (alreadyMapped != null)
 145     {
 146       reader = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager()
 147               .setMapping(seq, chains, pdbentry.getFile(), protocol);
 148       // PROMPT USER HERE TO ADD TO NEW OR EXISTING VIEW?
 149       // FOR NOW, LETS JUST OPEN A NEW WINDOW
 150     }
 151     MenuBar menuBar = new MenuBar();
 152     menuBar.add(fileMenu);
 153     fileMenu.add(mappingMenuItem);
 154     menuBar.add(viewMenu);
 155     mappingMenuItem.addActionListener(this);
 156     viewMenu.add(chainMenu);
 157     menuBar.add(coloursMenu);
 158     menuBar.add(helpMenu);
 159
 160     charge.addActionListener(this);
 161     hydro.addActionListener(this);
 162     chain.addActionListener(this);
 163     seqColour.addItemListener(this);
 164     zappo.addActionListener(this);
 165     taylor.addActionListener(this);
 166     helix.addActionListener(this);
 167     strand.addActionListener(this);
 168     turn.addActionListener(this);
 169     buried.addActionListener(this);
 170     user.addActionListener(this);
 171
 172     jmolHelp.addActionListener(this);
 173
 174     coloursMenu.add(seqColour);
 175     coloursMenu.add(chain);
 176     coloursMenu.add(charge);
 177     coloursMenu.add(zappo);
 178     coloursMenu.add(taylor);
 179     coloursMenu.add(hydro);
 180     coloursMenu.add(helix);
 181     coloursMenu.add(strand);
 182     coloursMenu.add(turn);
 183     coloursMenu.add(buried);
 184     coloursMenu.add(user);
 185
 186     helpMenu.add(jmolHelp);
 187
 188     setMenuBar(menuBar);
 189
 190     renderPanel = new RenderPanel();
 191     embedMenuIfNeeded(renderPanel);
 192     this.add(renderPanel, BorderLayout.CENTER);
 193     viewer = JmolViewer.allocateViewer(renderPanel,
 194             new SmarterJmolAdapter());
 195
 196     viewer.setAppletContext("jalview", ap.av.applet.getDocumentBase(),
 197             ap.av.applet.getCodeBase(), null);
 198
 199     viewer.setJmolStatusListener(this);
 200
 201     jmolpopup = JmolPopup.newJmolPopup(viewer);
 202
 203     this.addWindowListener(new WindowAdapter()
 204     {
 205       public void windowClosing(WindowEvent evt)
 206       {
 207         closeViewer();
 208       }
 209     });
 210
 211     if (pdbentry.getFile() != null)
 212     {
 213       // import structure data from pdbentry.getFile based on given protocol
 214       if (protocol.equals(AppletFormatAdapter.PASTE))
 215       {
 216         loadInline(pdbentry.getFile());
 217       }
 218       else if (protocol.equals(AppletFormatAdapter.FILE)
 219               || protocol.equals(AppletFormatAdapter.URL))
 220       {
 221         viewer.openFile(pdbentry.getFile());
 222       }
 223       else
 224       {
 225         // probably CLASSLOADER based datasource..
 226         // Try and get a reader on the datasource, and pass that to Jmol
 227         try
 228         {
 229           java.io.Reader freader = null;
 230           if (reader != null)
 231           {
 232             if (jalview.bin.JalviewLite.debug)
 233             {
 234               System.err
 235                       .println("AppletJmol:Trying to reuse existing PDBfile IO parser.");
 236             }
 237             // re-use the one we opened earlier
 238             freader = reader.getReader();
 239           }
 240           if (freader == null)
 241           {
 242             if (jalview.bin.JalviewLite.debug)
 243             {
 244               System.err
 245                       .println("AppletJmol:Creating new PDBfile IO parser.");
 246             }
 247             FileParse fp = new FileParse(pdbentry.getFile(), protocol);
 248             fp.mark();
 249             // reader = new MCview.PDBfile(fp);
 250             // could set ID, etc.
 251             // if (!reader.isValid())
 252             // {
 253             // throw new Exception("Invalid datasource.
 254             // "+reader.getWarningMessage());
 255             // }
 256             // fp.reset();
 257             freader = fp.getReader();
 258           }
 259           if (freader == null)
 260           {
 261             throw new Exception(
 262                     "Invalid datasource. Could not obtain Reader.");
 263           }
 264           viewer.openReader(pdbentry.getFile(), pdbentry.getId(), freader);
 265         } catch (Exception e)
 266         {
 267           // give up!
 268           System.err.println("Couldn't access pdbentry id="
 269                   + pdbentry.getId() + " and file=" + pdbentry.getFile()
 270                   + " using protocol=" + protocol);
 271           e.printStackTrace();
 272         }
 273       }
 274     }
 275
 276     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(this, "Jmol", 400, 400);
 277   }
 278
 279   public void loadInline(String string)
 280   {
 281     loadedInline = true;
 282     viewer.openStringInline(string);
 283   }
 284
 285   void setChainMenuItems(Vector chains)
 286   {
 287     chainMenu.removeAll();
 288
 289     MenuItem menuItem = new MenuItem("All");
 290     menuItem.addActionListener(this);
 291
 292     chainMenu.add(menuItem);
 293
 294     CheckboxMenuItem menuItemCB;
 295     for (int c = 0; c < chains.size(); c++)
 296     {
 297       menuItemCB = new CheckboxMenuItem(chains.elementAt(c).toString(),
 298               true);
 299       menuItemCB.addItemListener(this);
 300       chainMenu.add(menuItemCB);
 301     }
 302   }
 303
 304   boolean allChainsSelected = false;
 305
 306   void centerViewer()
 307   {
 308     StringBuffer cmd = new StringBuffer();
 309     for (int i = 0; i < chainMenu.getItemCount(); i++)
 310     {
 311       if (chainMenu.getItem(i) instanceof CheckboxMenuItem)
 312       {
 313         CheckboxMenuItem item = (CheckboxMenuItem) chainMenu.getItem(i);
 314         if (item.getState())
 315           cmd.append(":" + item.getLabel() + " or ");
 316       }
 317     }
 318
 319     if (cmd.length() > 0)
 320       cmd.setLength(cmd.length() - 4);
 321
 322     viewer
 323             .evalString("select *;restrict " + cmd + ";cartoon;center "
 324                     + cmd);
 325   }
 326
 327   void closeViewer()
 328   {
 329     viewer.setModeMouse(org.jmol.viewer.JmolConstants.MOUSE_NONE);
 330     viewer.evalStringQuiet("zap");
 331     viewer.setJmolStatusListener(null);
 332     viewer = null;
 333
 334     // We'll need to find out what other
 335     // listeners need to be shut down in Jmol
 336     StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager()
 337             .removeStructureViewerListener(this, pdbentry.getId());
 338
 339     this.setVisible(false);
 340   }
 341
 342   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 343   {
 344     if (evt.getSource() == mappingMenuItem)
 345     {
 346       jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer cap = new jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer(
 347               false, null);
 348       Frame frame = new Frame();
 349       frame.add(cap);
 350
 351       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "PDB - Sequence Mapping",
 352               550, 600);
 353       cap.setText(StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager()
 354               .printMapping(pdbentry.getFile()));
 355     }
 356     else if (evt.getSource() == charge)
 357     {
 358       colourBySequence = false;
 359       seqColour.setState(false);
 360       viewer
 361               .evalStringQuiet("select *;color white;select ASP,GLU;color red;"
 362                       + "select LYS,ARG;color blue;select CYS;color yellow");
 363     }
 364
 365     else if (evt.getSource() == chain)
 366     {
 367       colourBySequence = false;
 368       seqColour.setState(false);
 369       viewer.evalStringQuiet("select *;color chain");
 370     }
 371     else if (evt.getSource() == zappo)
 372     {
 373       setJalviewColourScheme(new ZappoColourScheme());
 374     }
 375     else if (evt.getSource() == taylor)
 376     {
 377       setJalviewColourScheme(new TaylorColourScheme());
 378     }
 379     else if (evt.getSource() == hydro)
 380     {
 381       setJalviewColourScheme(new HydrophobicColourScheme());
 382     }
 383     else if (evt.getSource() == helix)
 384     {
 385       setJalviewColourScheme(new HelixColourScheme());
 386     }
 387     else if (evt.getSource() == strand)
 388     {
 389       setJalviewColourScheme(new StrandColourScheme());
 390     }
 391     else if (evt.getSource() == turn)
 392     {
 393       setJalviewColourScheme(new TurnColourScheme());
 394     }
 395     else if (evt.getSource() == buried)
 396     {
 397       setJalviewColourScheme(new BuriedColourScheme());
 398     }
 399     else if (evt.getSource() == user)
 400     {
 401       new UserDefinedColours(this);
 402     }
 403     else if (evt.getSource() == jmolHelp)
 404     {
 405       try
 406       {
 407         ap.av.applet.getAppletContext().showDocument(
 408                 new java.net.URL(
 409                         "http://jmol.sourceforge.net/docs/JmolUserGuide/"),
 410                 "jmolHelp");
 411       } catch (java.net.MalformedURLException ex)
 412       {
 413       }
 414     }
 415     else
 416     {
 417       allChainsSelected = true;
 418       for (int i = 0; i < chainMenu.getItemCount(); i++)
 419       {
 420         if (chainMenu.getItem(i) instanceof CheckboxMenuItem)
 421           ((CheckboxMenuItem) chainMenu.getItem(i)).setState(true);
 422       }
 423       centerViewer();
 424       allChainsSelected = false;
 425     }
 426   }
 427
 428   public void setJalviewColourScheme(ColourSchemeI cs)
 429   {
 430     colourBySequence = false;
 431     seqColour.setState(false);
 432
 433     if (cs == null)
 434       return;
 435
 436     String res;
 437     int index;
 438     Color col;
 439
 440     Enumeration en = ResidueProperties.aa3Hash.keys();
 441     StringBuffer command = new StringBuffer("select *;color white;");
 442     while (en.hasMoreElements())
 443     {
 444       res = en.nextElement().toString();
 445       index = ((Integer) ResidueProperties.aa3Hash.get(res)).intValue();
 446       if (index > 20)
 447         continue;
 448
 449       col = cs.findColour(ResidueProperties.aa[index].charAt(0));
 450
 451       command.append("select " + res + ";color[" + col.getRed() + ","
 452               + col.getGreen() + "," + col.getBlue() + "];");
 453     }
 454
 455     viewer.evalStringQuiet(command.toString());
 456   }
 457
 458   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 459   {
 460     if (evt.getSource() == seqColour)
 461     {
 462       lastCommand = null;
 463       colourBySequence = seqColour.getState();
 464       colourBySequence(ap);
 465     }
 466     else if (!allChainsSelected)
 467       centerViewer();
 468   }
 469
 470   public void keyPressed(KeyEvent evt)
 471   {
 472     if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_ENTER && scriptWindow.isVisible())
 473     {
 474       viewer.evalString(inputLine.getText());
 475       history.append("\n$ " + inputLine.getText());
 476       inputLine.setText("");
 477     }
 478
 479   }
 480
 481   public void keyTyped(KeyEvent evt)
 482   {
 483   }
 484
 485   public void keyReleased(KeyEvent evt)
 486   {
 487   }
 488
 489   // ////////////////////////////////
 490   // /StructureListener
 491   public String getPdbFile()
 492   {
 493     return "???";
 494   }
 495
 496   String lastMessage;
 497
 498   public void mouseOverStructure(int atomIndex, String strInfo)
 499   {
 500     int pdbResNum;
 501
 502     int chainSeparator = strInfo.indexOf(":");
 503
 504     if (chainSeparator == -1)
 505       chainSeparator = strInfo.indexOf(".");
 506
 507     pdbResNum = Integer.parseInt(strInfo.substring(
 508             strInfo.indexOf("]") + 1, chainSeparator));
 509
 510     String chainId;
 511
 512     if (strInfo.indexOf(":") > -1)
 513       chainId = strInfo.substring(strInfo.indexOf(":") + 1, strInfo
 514               .indexOf("."));
 515     else
 516     {
 517       chainId = " ";
 518     }
 519
 520     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(strInfo))
 521       ssm.mouseOverStructure(pdbResNum, chainId, pdbentry.getFile());
 522
 523     lastMessage = strInfo;
 524   }
 525
 526   StringBuffer resetLastRes = new StringBuffer();
 527
 528   StringBuffer eval = new StringBuffer();
 529
 530   public void highlightAtom(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
 531           String pdbfile)
 532   {
 533     if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))
 534       return;
 535
 536     if (resetLastRes.length() > 0)
 537     {
 538       viewer.evalStringQuiet(resetLastRes.toString());
 539     }
 540
 541     eval.setLength(0);
 542     eval.append("select " + pdbResNum);
 543
 544     resetLastRes.setLength(0);
 545     resetLastRes.append("select " + pdbResNum);
 546
 547     if (!chain.equals(" "))
 548     {
 549       eval.append(":" + chain);
 550       resetLastRes.append(":" + chain);
 551     }
 552
 553     eval.append(";wireframe 100;" + eval.toString() + ".CA;");
 554
 555     resetLastRes.append(";wireframe 0;" + resetLastRes.toString()
 556             + ".CA;spacefill 0;");
 557
 558     eval.append("spacefill 200;select none");
 559
 560     viewer.evalStringQuiet(eval.toString());
 561
 562   }
 563
 564   public void updateColours(Object source)
 565   {
 566     colourBySequence((AlignmentPanel) source);
 567   }
 568
 569   // End StructureListener
 570   // //////////////////////////
 571
 572   public Color getColour(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
 573           String pdbfile)
 574   {
 575     if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))
 576       return null;
 577
 578     return new Color(viewer.getAtomArgb(atomIndex));
 579   }
 580
 581   String lastCommand;
 582
 583   FeatureRenderer fr = null;
 584
 585   public void colourBySequence(AlignmentPanel sourceap)
 586   {
 587     this.ap = sourceap;
 588
 589     if (!colourBySequence)
 590       return;
 591
 592     StructureMapping[] mapping = ssm.getMapping(pdbentry.getFile());
 593
 594     if (mapping.length < 1)
 595       return;
 596
 597     SequenceRenderer sr = new SequenceRenderer(ap.av);
 598
 599     boolean showFeatures = false;
 600
 601     if (ap.av.showSequenceFeatures)
 602     {
 603       showFeatures = true;
 604       if (fr == null)
 605       {
 606         fr = new jalview.appletgui.FeatureRenderer(ap.av);
 607       }
 608
 609       fr.transferSettings(ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer());
 610     }
 611
 612     StringBuffer command = new StringBuffer();
 613
 614     int lastPos = -1;
 615     for (int s = 0; s < sequence.length; s++)
 616     {
 617       for (int sp, m = 0; m < mapping.length; m++)
 618       {
 619         if (mapping[m].getSequence() == sequence[s]
 620                 && (sp = ap.av.alignment.findIndex(sequence[s])) > -1)
 621         {
 622           SequenceI asp = ap.av.alignment.getSequenceAt(sp);
 623           for (int r = 0; r < asp.getLength(); r++)
 624           {
 625             // no mapping to gaps in sequence
 626             if (jalview.util.Comparison.isGap(asp.getCharAt(r)))
 627             {
 628               continue;
 629             }
 630             int pos = mapping[m].getPDBResNum(asp.findPosition(r));
 631
 632             if (pos < 1 || pos == lastPos)
 633               continue;
 634
 635             lastPos = pos;
 636
 637             Color col = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], r);
 638
 639             if (showFeatures)
 640               col = fr.findFeatureColour(col, sequence[s], r);
 641
 642             if (command.toString().endsWith(
 643                     ":" + mapping[m].getChain() + ";color[" + col.getRed()
 644                             + "," + col.getGreen() + "," + col.getBlue()
 645                             + "]"))
 646             {
 647               command = condenseCommand(command.toString(), pos);
 648               continue;
 649             }
 650
 651             command.append(";select " + pos);
 652
 653             if (!mapping[m].getChain().equals(" "))
 654             {
 655               command.append(":" + mapping[m].getChain());
 656             }
 657
 658             command.append(";color[" + col.getRed() + "," + col.getGreen()
 659                     + "," + col.getBlue() + "]");
 660           }
 661           break;
 662         }
 663       }
 664     }
 665
 666     if (lastCommand == null || !lastCommand.equals(command.toString()))
 667     {
 668       viewer.evalStringQuiet(command.toString());
 669     }
 670     lastCommand = command.toString();
 671   }
 672
 673   StringBuffer condenseCommand(String command, int pos)
 674   {
 675
 676     StringBuffer sb = new StringBuffer(command.substring(0, command
 677             .lastIndexOf("select") + 7));
 678
 679     command = command.substring(sb.length());
 680
 681     String start;
 682
 683     if (command.indexOf("-") > -1)
 684     {
 685       start = command.substring(0, command.indexOf("-"));
 686     }
 687     else
 688     {
 689       start = command.substring(0, command.indexOf(":"));
 690     }
 691
 692     sb.append(start + "-" + pos + command.substring(command.indexOf(":")));
 693
 694     return sb;
 695   }
 696
 697   // ///////////////////////////////
 698   // JmolStatusListener
 699
 700   public String eval(String strEval)
 701   {
 702     // System.out.println(strEval);
 703     // "# 'eval' is implemented only for the applet.";
 704     return null;
 705   }
 706
 707   public void createImage(String file, String type, int quality)
 708   {
 709   }
 710
 711   public void setCallbackFunction(String callbackType,
 712           String callbackFunction)
 713   {
 714   }
 715
 716   public void notifyFileLoaded(String fullPathName, String fileName,
 717           String modelName, Object clientFile, String errorMsg)
 718   {
 719     if (errorMsg != null)
 720     {
 721       fileLoadingError = errorMsg;
 722       repaint();
 723       return;
 724     }
 725
 726     fileLoadingError = null;
 727
 728     if (fileName != null)
 729     {
 730       // FILE LOADED OK
 731       jmolpopup.updateComputedMenus();
 732       viewer
 733               .evalStringQuiet("select backbone;restrict;cartoon;wireframe off;spacefill off");
 734
 735       ssm = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager();
 736       MCview.PDBfile pdb;
 737       if (loadedInline)
 738       {
 739         pdb = ssm.setMapping(sequence, chains, pdbentry.getFile(),
 740                 AppletFormatAdapter.PASTE);
 741         pdbentry.setFile("INLINE" + pdb.id);
 742       }
 743       else
 744       {
 745         // TODO: Jmol can in principle retrieve from CLASSLOADER but this needs
 746         // to be tested. See mantis bug
 747         // https://mantis.lifesci.dundee.ac.uk/view.php?id=36605
 748
 749         pdb = ssm.setMapping(sequence, chains, pdbentry.getFile(),
 750                 AppletFormatAdapter.URL);
 751
 752       }
 753
 754       pdbentry.setId(pdb.id);
 755
 756       ssm.addStructureViewerListener(this);
 757
 758       Vector chains = new Vector();
 759       for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++)
 760       {
 761         chains.addElement(((MCview.PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).id);
 762       }
 763       setChainMenuItems(chains);
 764
 765       colourBySequence(ap);
 766
 767       StringBuffer title = new StringBuffer(sequence[0].getName() + ":"
 768               + pdbentry.getId());
 769
 770       if (pdbentry.getProperty() != null)
 771       {
 772         if (pdbentry.getProperty().get("method") != null)
 773         {
 774           title.append(" Method: ");
 775           title.append(pdbentry.getProperty().get("method"));
 776         }
 777         if (pdbentry.getProperty().get("chains") != null)
 778         {
 779           title.append(" Chain:");
 780           title.append(pdbentry.getProperty().get("chains"));
 781         }
 782       }
 783
 784       this.setTitle(title.toString());
 785
 786     }
 787     else
 788       return;
 789   }
 790
 791   public void notifyFrameChanged(int frameNo)
 792   {
 793     boolean isAnimationRunning = (frameNo <= -2);
 794   }
 795
 796   public void notifyScriptStart(String statusMessage, String additionalInfo)
 797   {
 798   }
 799
 800   public void sendConsoleEcho(String strEcho)
 801   {
 802     if (scriptWindow == null)
 803       showConsole(true);
 804
 805     history.append("\n" + strEcho);
 806   }
 807
 808   public void sendConsoleMessage(String strStatus)
 809   {
 810     if (history != null && strStatus != null
 811             && !strStatus.equals("Script completed"))
 812     {
 813       history.append("\n" + strStatus);
 814     }
 815   }
 816
 817   public void notifyScriptTermination(String strStatus, int msWalltime)
 818   {
 819   }
 820
 821   public void handlePopupMenu(int x, int y)
 822   {
 823     jmolpopup.show(x, y);
 824   }
 825
 826   public void notifyNewPickingModeMeasurement(int iatom, String strMeasure)
 827   {
 828     notifyAtomPicked(iatom, strMeasure);
 829   }
 830
 831   public void notifyNewDefaultModeMeasurement(int count, String strInfo)
 832   {
 833   }
 834
 835   public void notifyAtomPicked(int atomIndex, String strInfo)
 836   {
 837
 838     int chainSeparator = strInfo.indexOf(":");
 839
 840     if (chainSeparator == -1)
 841       chainSeparator = strInfo.indexOf(".");
 842
 843     String picked = strInfo.substring(strInfo.indexOf("]") + 1,
 844             chainSeparator);
 845
 846     if (strInfo.indexOf(":") > -1)
 847       picked += strInfo.substring(strInfo.indexOf(":") + 1, strInfo
 848               .indexOf("."));
 849
 850     picked += ".CA";
 851
 852     if (!atomsPicked.contains(picked))
 853     {
 854       viewer.evalString("select " + picked + ";label %n %r:%c");
 855       atomsPicked.addElement(picked);
 856     }
 857     else
 858     {
 859       viewer.evalString("select " + picked + ";label off");
 860       atomsPicked.removeElement(picked);
 861     }
 862   }
 863
 864   public void notifyAtomHovered(int atomIndex, String strInfo)
 865   {
 866     mouseOverStructure(atomIndex, strInfo);
 867   }
 868
 869   public void sendSyncScript(String script, String appletName)
 870   {
 871   }
 872
 873   public void showUrl(String url)
 874   {
 875     try
 876     {
 877       ap.av.applet.getAppletContext().showDocument(new java.net.URL(url),
 878               "jmolOutput");
 879     } catch (java.net.MalformedURLException ex)
 880     {
 881     }
 882   }
 883
 884   public void showConsole(boolean showConsole)
 885   {
 886     if (scriptWindow == null)
 887     {
 888       scriptWindow = new Panel(new BorderLayout());
 889       inputLine = new TextField();
 890       history = new TextArea(5, 40);
 891       scriptWindow.add(history, BorderLayout.CENTER);
 892       scriptWindow.add(inputLine, BorderLayout.SOUTH);
 893       add(scriptWindow, BorderLayout.SOUTH);
 894       scriptWindow.setVisible(false);
 895       history.setEditable(false);
 896       inputLine.addKeyListener(this);
 897     }
 898
 899     scriptWindow.setVisible(!scriptWindow.isVisible());
 900     validate();
 901   }
 902
 903   public float functionXY(String functionName, int x, int y)
 904   {
 905     return 0;
 906   }
 907
 908   // /End JmolStatusListener
 909   // /////////////////////////////
 910
 911   class RenderPanel extends Panel
 912   {
 913     Dimension currentSize = new Dimension();
 914
 915     Rectangle rectClip = new Rectangle();
 916
 917     public void update(Graphics g)
 918     {
 919       paint(g);
 920     }
 921
 922     public void paint(Graphics g)
 923     {
 924       currentSize = this.getSize();
 925       rectClip = g.getClipBounds();
 926
 927       if (viewer == null)
 928       {
 929         g.setColor(Color.black);
 930         g.fillRect(0, 0, currentSize.width, currentSize.height);
 931         g.setColor(Color.white);
 932         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 933         g.drawString("Retrieving PDB data....", 20, currentSize.height / 2);
 934       }
 935       else
 936       {
 937         viewer.renderScreenImage(g, currentSize, rectClip);
 938       }
 939     }
 940   }
 941
 942 }