src/jalview/appletgui/AppletJmol.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19
  20 package jalview.appletgui;
  21
  22 import java.util.*;
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.event.*;
  25
  26 import jalview.datamodel.*;
  27 import jalview.structure.*;
  28 import jalview.io.*;
  29
  30 import org.jmol.api.*;
  31 import org.jmol.adapter.smarter.SmarterJmolAdapter;
  32
  33 import org.jmol.popup.*;
  34 import jalview.schemes.*;
  35
  36
  37 public class AppletJmol extends EmbmenuFrame
  38     implements  StructureListener, JmolStatusListener,
  39     KeyListener, ActionListener, ItemListener
  40
  41 {
  42   Menu fileMenu = new Menu("File");
  43   Menu viewMenu = new Menu("View");
  44   Menu coloursMenu = new Menu("Colours");
  45   Menu chainMenu = new Menu("Show Chain");
  46   Menu helpMenu = new Menu("Help");
  47   MenuItem mappingMenuItem = new MenuItem("View Mapping");
  48
  49   CheckboxMenuItem seqColour = new CheckboxMenuItem("By Sequence", true);
  50   MenuItem chain = new MenuItem("By Chain");
  51   MenuItem charge = new MenuItem("Charge & Cysteine");
  52   MenuItem zappo = new MenuItem("Zappo");
  53   MenuItem taylor = new MenuItem("Taylor");
  54   MenuItem hydro = new MenuItem("Hydrophobicity");
  55   MenuItem helix = new MenuItem("Helix Propensity");
  56   MenuItem strand = new MenuItem("Strand Propensity");
  57   MenuItem turn = new MenuItem("Turn Propensity");
  58   MenuItem buried = new MenuItem("Buried Index");
  59   MenuItem user = new MenuItem("User Defined Colours");
  60
  61   MenuItem jmolHelp = new MenuItem("Jmol Help");
  62
  63   JmolViewer viewer;
  64   JmolPopup jmolpopup;
  65
  66   Panel scriptWindow;
  67   TextField inputLine;
  68   TextArea history;
  69   SequenceI[] sequence;
  70   String [] chains;
  71   StructureSelectionManager ssm;
  72   RenderPanel renderPanel;
  73   AlignmentPanel ap;
  74   String fileLoadingError;
  75   boolean loadedInline;
  76   PDBEntry pdbentry;
  77   boolean colourBySequence = true;
  78   Vector atomsPicked = new Vector();
  79
  80   public AppletJmol(PDBEntry pdbentry,
  81                     SequenceI[] seq,
  82                     String[] chains,
  83                     AlignmentPanel ap,
  84                     String protocol)
  85   {
  86     this.ap = ap;
  87     this.sequence = seq;
  88     this.chains = chains;
  89     this.pdbentry = pdbentry;
  90
  91    String alreadyMapped = StructureSelectionManager
  92         .getStructureSelectionManager()
  93         .alreadyMappedToFile(pdbentry.getId());
  94
  95     if (alreadyMapped != null)
  96     {
  97        StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager()
  98             .setMapping(seq, chains, pdbentry.getFile(), protocol);
  99        //PROMPT USER HERE TO ADD TO NEW OR EXISTING VIEW?
 100        //FOR NOW, LETS JUST OPEN A NEW WINDOW
 101     }
 102     MenuBar menuBar = new MenuBar();
 103     menuBar.add(fileMenu);
 104     fileMenu.add(mappingMenuItem);
 105     menuBar.add(viewMenu);
 106     mappingMenuItem.addActionListener(this);
 107     viewMenu.add(chainMenu);
 108     menuBar.add(coloursMenu);
 109     menuBar.add(helpMenu);
 110
 111     charge.addActionListener(this);
 112     hydro.addActionListener(this);
 113     chain.addActionListener(this);
 114     seqColour.addItemListener(this);
 115     zappo.addActionListener(this);
 116     taylor.addActionListener(this);
 117     helix.addActionListener(this);
 118     strand.addActionListener(this);
 119     turn.addActionListener(this);
 120     buried.addActionListener(this);
 121     user.addActionListener(this);
 122
 123     jmolHelp.addActionListener(this);
 124
 125     coloursMenu.add(seqColour);
 126     coloursMenu.add(chain);
 127     coloursMenu.add(charge);
 128     coloursMenu.add(zappo);
 129     coloursMenu.add(taylor);
 130     coloursMenu.add(hydro);
 131     coloursMenu.add(helix);
 132     coloursMenu.add(strand);
 133     coloursMenu.add(turn);
 134     coloursMenu.add(buried);
 135     coloursMenu.add(user);
 136
 137     helpMenu.add(jmolHelp);
 138
 139     setMenuBar(menuBar);
 140
 141     renderPanel = new RenderPanel();
 142     embedMenuIfNeeded(renderPanel);
 143     this.add(renderPanel, BorderLayout.CENTER);
 144     viewer = JmolViewer.allocateViewer(renderPanel, new SmarterJmolAdapter());
 145
 146     viewer.setAppletContext("jalview",
 147                        ap.av.applet.getDocumentBase(),
 148                             ap.av.applet.getCodeBase(),
 149                             null);
 150
 151     viewer.setJmolStatusListener(this);
 152
 153     jmolpopup = JmolPopup.newJmolPopup(viewer);
 154
 155     this.addWindowListener(new WindowAdapter()
 156         {
 157           public void windowClosing(WindowEvent evt)
 158           {
 159             closeViewer();
 160           }
 161         });
 162
 163
 164     if(pdbentry.getFile()!=null)
 165     {
 166       // import structure data from pdbentry.getFile based on given protocol
 167       if (protocol.equals(AppletFormatAdapter.PASTE))
 168       {
 169         loadInline(pdbentry.getFile());
 170       } else
 171       if (protocol.equals(AppletFormatAdapter.FILE) || protocol.equals(AppletFormatAdapter.URL)){
 172           viewer.openFile(pdbentry.getFile());
 173       }
 174       else
 175         {
 176         // probably CLASSLOADER based datasource..
 177         // Try and get a reader on the datasource, and pass that to Jmol
 178         try {
 179           FileParse fparser = new jalview.io.FileParse(protocol, pdbentry.getFile());
 180           if (!fparser.isValid())
 181           {
 182             throw new Exception("Invalid datasource. "+fparser.getWarningMessage());
 183           }
 184           viewer.openReader(pdbentry.getFile(), pdbentry.getId(), fparser.getReader());
 185         } catch (Exception e)
 186         {
 187           // give up!
 188           System.err.println("Couldn't access pdbentry id="+pdbentry.getId()+" and file="+pdbentry.getFile()+" using protocol="+protocol);
 189           e.printStackTrace();
 190         }
 191         }
 192     }
 193
 194     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(this, "Jmol", 400,400);
 195   }
 196
 197   public void loadInline(String string)
 198   {
 199     loadedInline = true;
 200     viewer.openStringInline(string);
 201   }
 202
 203
 204   void setChainMenuItems(Vector chains)
 205   {
 206     chainMenu.removeAll();
 207
 208     MenuItem menuItem = new MenuItem("All");
 209     menuItem.addActionListener(this);
 210
 211     chainMenu.add(menuItem);
 212
 213     CheckboxMenuItem menuItemCB;
 214     for (int c = 0; c < chains.size(); c++)
 215     {
 216       menuItemCB = new CheckboxMenuItem(chains.elementAt(c).toString(), true);
 217       menuItemCB.addItemListener(this);
 218       chainMenu.add(menuItemCB);
 219     }
 220   }
 221
 222   boolean allChainsSelected = false;
 223   void centerViewer()
 224   {
 225     StringBuffer cmd = new StringBuffer();
 226     for (int i = 0; i < chainMenu.getItemCount(); i++)
 227     {
 228       if (chainMenu.getItem(i) instanceof CheckboxMenuItem)
 229       {
 230         CheckboxMenuItem item = (CheckboxMenuItem) chainMenu.getItem(i);
 231         if (item.getState())
 232           cmd.append(":" + item.getLabel() + " or ");
 233       }
 234     }
 235
 236     if (cmd.length() > 0)
 237       cmd.setLength(cmd.length() - 4);
 238
 239     viewer.evalString("select *;restrict "
 240                       + cmd + ";cartoon;center " + cmd);
 241   }
 242
 243
 244   void closeViewer()
 245   {
 246     viewer.setModeMouse(org.jmol.viewer.JmolConstants.MOUSE_NONE);
 247     viewer.evalStringQuiet("zap");
 248     viewer.setJmolStatusListener(null);
 249     viewer = null;
 250
 251     //We'll need to find out what other
 252     // listeners need to be shut down in Jmol
 253     StructureSelectionManager
 254         .getStructureSelectionManager()
 255         .removeStructureViewerListener(this, pdbentry.getId());
 256
 257     this.setVisible(false);
 258   }
 259
 260   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 261   {
 262     if(evt.getSource()==mappingMenuItem)
 263     {
 264       jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer cap
 265           = new jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer(false, null);
 266       Frame frame = new Frame();
 267       frame.add(cap);
 268
 269       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "PDB - Sequence Mapping", 550,
 270                                        600);
 271       cap.setText(
 272           StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager().printMapping(
 273               pdbentry.getFile())
 274           );
 275     }
 276     else if (evt.getSource() == charge)
 277     {
 278       colourBySequence = false;
 279       seqColour.setState(false);
 280       viewer.evalStringQuiet("select *;color white;select ASP,GLU;color red;"
 281                       +"select LYS,ARG;color blue;select CYS;color yellow");
 282     }
 283
 284     else if (evt.getSource() == chain)
 285     {
 286       colourBySequence = false;
 287       seqColour.setState(false);
 288       viewer.evalStringQuiet("select *;color chain");
 289     }
 290     else if (evt.getSource() == zappo)
 291     {
 292       setJalviewColourScheme(new ZappoColourScheme());
 293     }
 294     else if (evt.getSource() == taylor)
 295     {
 296      setJalviewColourScheme(new TaylorColourScheme());
 297     }
 298     else if (evt.getSource() == hydro)
 299     {
 300       setJalviewColourScheme(new HydrophobicColourScheme());
 301     }
 302     else if (evt.getSource() == helix)
 303     {
 304       setJalviewColourScheme(new HelixColourScheme());
 305     }
 306     else if (evt.getSource() == strand)
 307     {
 308       setJalviewColourScheme(new StrandColourScheme());
 309     }
 310     else if (evt.getSource() == turn)
 311     {
 312       setJalviewColourScheme(new TurnColourScheme());
 313     }
 314     else if (evt.getSource() == buried)
 315     {
 316       setJalviewColourScheme(new BuriedColourScheme());
 317     }
 318     else if (evt.getSource() == user)
 319     {
 320       new UserDefinedColours(this);
 321     }
 322     else if(evt.getSource() == jmolHelp)
 323     {
 324       try{
 325         ap.av.applet.getAppletContext().showDocument(
 326             new java.net.URL("http://jmol.sourceforge.net/docs/JmolUserGuide/"),
 327             "jmolHelp");
 328       }catch(java.net.MalformedURLException ex){}
 329     }
 330     else
 331     {
 332       allChainsSelected = true;
 333       for (int i = 0; i < chainMenu.getItemCount(); i++)
 334       {
 335         if (chainMenu.getItem(i) instanceof CheckboxMenuItem)
 336           ( (CheckboxMenuItem) chainMenu.getItem(i)).setState(true);
 337       }
 338       centerViewer();
 339       allChainsSelected = false;
 340     }
 341   }
 342
 343   public void setJalviewColourScheme(ColourSchemeI cs)
 344   {
 345     colourBySequence = false;
 346     seqColour.setState(false);
 347
 348     if(cs==null)
 349       return;
 350
 351     String res;
 352     int index;
 353     Color col;
 354
 355     Enumeration en = ResidueProperties.aa3Hash.keys();
 356     StringBuffer command = new StringBuffer("select *;color white;");
 357     while(en.hasMoreElements())
 358     {
 359       res = en.nextElement().toString();
 360       index = ((Integer) ResidueProperties.aa3Hash.get(res)).intValue();
 361       if(index>20)
 362         continue;
 363
 364       col = cs.findColour(ResidueProperties.aa[index].charAt(0));
 365
 366       command.append("select "+res+";color["
 367                         + col.getRed() + ","
 368                         + col.getGreen() + ","
 369                         + col.getBlue() + "];");
 370     }
 371
 372     viewer.evalStringQuiet(command.toString());
 373   }
 374
 375   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 376   {
 377     if (evt.getSource() == seqColour)
 378     {
 379       lastCommand = null;
 380       colourBySequence = seqColour.getState();
 381       colourBySequence(ap);
 382     }
 383     else if (!allChainsSelected)
 384       centerViewer();
 385   }
 386
 387   public void keyPressed(KeyEvent evt)
 388   {
 389     if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_ENTER
 390         && scriptWindow.isVisible())
 391     {
 392       viewer.evalString(inputLine.getText());
 393       history.append("\n$ "+inputLine.getText());
 394       inputLine.setText("");
 395     }
 396
 397   }
 398
 399   public void keyTyped(KeyEvent evt)
 400   {  }
 401
 402   public void keyReleased(KeyEvent evt){}
 403
 404   //////////////////////////////////
 405   ///StructureListener
 406   public String getPdbFile()
 407   {
 408     return "???";
 409   }
 410
 411
 412
 413   String lastMessage;
 414   public void mouseOverStructure(int atomIndex, String strInfo)
 415   {
 416       int pdbResNum;
 417
 418       int chainSeparator = strInfo.indexOf(":");
 419
 420       if(chainSeparator==-1)
 421         chainSeparator = strInfo.indexOf(".");
 422
 423       pdbResNum = Integer.parseInt(
 424           strInfo.substring(strInfo.indexOf("]")+ 1, chainSeparator));
 425
 426       String chainId;
 427
 428       if (strInfo.indexOf(":") > -1)
 429         chainId = strInfo.substring
 430             (strInfo.indexOf(":")+1, strInfo.indexOf("."));
 431       else
 432       {
 433         chainId = " ";
 434       }
 435
 436       if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(strInfo))
 437         ssm.mouseOverStructure(pdbResNum, chainId, pdbentry.getFile());
 438
 439       lastMessage = strInfo;
 440   }
 441
 442   StringBuffer resetLastRes = new StringBuffer();
 443   StringBuffer eval = new StringBuffer();
 444
 445   public void highlightAtom(int atomIndex, int pdbResNum, String chain, String pdbfile)
 446   {
 447     if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))
 448       return;
 449
 450     if (resetLastRes.length() > 0)
 451     {
 452       viewer.evalStringQuiet(resetLastRes.toString());
 453     }
 454
 455     eval.setLength(0);
 456     eval.append("select " + pdbResNum);
 457
 458     resetLastRes.setLength(0);
 459     resetLastRes.append("select " + pdbResNum);
 460
 461     if (!chain.equals(" "))
 462     {
 463       eval.append(":" + chain);
 464       resetLastRes.append(":" + chain);
 465     }
 466
 467     eval.append(";wireframe 100;"+eval.toString()+".CA;");
 468
 469     resetLastRes.append(";wireframe 0;"+resetLastRes.toString()+".CA;spacefill 0;");
 470
 471     eval.append("spacefill 200;select none");
 472
 473     viewer.evalStringQuiet(eval.toString());
 474
 475   }
 476
 477   public void updateColours(Object source)
 478   {
 479     colourBySequence( (AlignmentPanel) source);
 480   }
 481
 482 //End StructureListener
 483 ////////////////////////////
 484
 485   public Color getColour(int atomIndex, int pdbResNum, String chain, String pdbfile)
 486   {
 487     if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))
 488       return null;
 489
 490     return new Color(viewer.getAtomArgb(atomIndex));
 491   }
 492
 493   String lastCommand;
 494   FeatureRenderer fr=null;
 495   public void colourBySequence(AlignmentPanel sourceap)
 496   {
 497     this.ap = sourceap;
 498
 499     if (!colourBySequence)
 500       return;
 501
 502     StructureMapping[] mapping = ssm.getMapping(pdbentry.getFile());
 503
 504     if (mapping.length < 1)
 505       return;
 506
 507     SequenceRenderer sr = new SequenceRenderer(ap.av);
 508
 509     boolean showFeatures = false;
 510
 511     if (ap.av.showSequenceFeatures)
 512     {
 513       showFeatures = true;
 514       if (fr == null)
 515       {
 516         fr = new jalview.appletgui.FeatureRenderer(ap.av);
 517       }
 518
 519       fr.transferSettings(ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer());
 520     }
 521
 522     StringBuffer command = new StringBuffer();
 523
 524     int lastPos = -1;
 525     for (int s = 0; s < sequence.length; s++)
 526     {
 527       for (int sp,m = 0; m < mapping.length; m++)
 528       {
 529         if (mapping[m].getSequence() == sequence[s]
 530             && (sp=ap.av.alignment.findIndex(sequence[s])) > -1)
 531         {
 532           SequenceI asp = ap.av.alignment.getSequenceAt(sp);
 533           for (int r = 0; r < asp.getLength(); r++)
 534           {
 535             // no mapping to gaps in sequence
 536             if (jalview.util.Comparison.isGap(asp.getCharAt(r)))
 537             {
 538               continue;
 539             }
 540             int pos = mapping[m].getPDBResNum(
 541                     asp.findPosition(r));
 542
 543
 544             if (pos < 1 || pos == lastPos)
 545               continue;
 546
 547             lastPos = pos;
 548
 549             Color col = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], r);
 550
 551             if (showFeatures)
 552               col = fr.findFeatureColour(col, sequence[s], r);
 553
 554             if (command.toString().endsWith(":" + mapping[m].getChain() +
 555                                             ";color["
 556                                             + col.getRed() + ","
 557                                             + col.getGreen() + ","
 558                                             + col.getBlue() + "]"))
 559             {
 560               command = condenseCommand(command.toString(), pos);
 561               continue;
 562             }
 563
 564             command.append(";select " + pos);
 565
 566             if (!mapping[m].getChain().equals(" "))
 567             {
 568               command.append(":" + mapping[m].getChain());
 569             }
 570
 571             command.append(";color["
 572                            + col.getRed() + ","
 573                            + col.getGreen() + ","
 574                            + col.getBlue() + "]");
 575           }
 576           break;
 577         }
 578       }
 579     }
 580
 581     if (lastCommand == null || !lastCommand.equals(command.toString()))
 582     {
 583       viewer.evalStringQuiet(command.toString());
 584     }
 585     lastCommand = command.toString();
 586   }
 587
 588
 589   StringBuffer condenseCommand(String command, int pos)
 590   {
 591
 592     StringBuffer sb = new StringBuffer(command.substring(0, command.lastIndexOf("select")+7));
 593
 594     command = command.substring(sb.length());
 595
 596     String start;
 597
 598     if (command.indexOf("-") > -1)
 599     {
 600       start = command.substring(0,command.indexOf("-"));
 601     }
 602     else
 603     {
 604       start = command.substring(0, command.indexOf(":"));
 605     }
 606
 607     sb.append(start+"-"+pos+command.substring(command.indexOf(":")));
 608
 609     return sb;
 610   }
 611
 612   /////////////////////////////////
 613   //JmolStatusListener
 614
 615   public String eval(String strEval)
 616   {
 617    // System.out.println(strEval);
 618    //"# 'eval' is implemented only for the applet.";
 619     return null;
 620   }
 621
 622   public void createImage(String file, String type, int quality)
 623   {}
 624
 625   public void setCallbackFunction(String callbackType,
 626                                   String callbackFunction)
 627   {}
 628
 629   public void notifyFileLoaded(String fullPathName, String fileName,
 630                                String modelName, Object clientFile,
 631                                String errorMsg)
 632   {
 633     if(errorMsg!=null)
 634     {
 635       fileLoadingError = errorMsg;
 636       repaint();
 637       return;
 638     }
 639
 640     fileLoadingError = null;
 641
 642     if (fileName != null)
 643     {
 644       //FILE LOADED OK
 645       jmolpopup.updateComputedMenus();
 646             viewer.evalStringQuiet(
 647           "select backbone;restrict;cartoon;wireframe off;spacefill off");
 648
 649       ssm = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager();
 650
 651       MCview.PDBfile pdb;
 652       if (loadedInline)
 653       {
 654         pdb = ssm.setMapping(sequence,chains,
 655                                 pdbentry.getFile(),
 656                                 AppletFormatAdapter.PASTE);
 657         pdbentry.setFile("INLINE"+pdb.id);
 658       }
 659       else
 660       {
 661          pdb = ssm.setMapping(sequence,chains,
 662                               pdbentry.getFile(),
 663                               AppletFormatAdapter.URL);
 664       }
 665
 666       pdbentry.setId(pdb.id);
 667
 668       ssm.addStructureViewerListener(this);
 669
 670       Vector chains = new Vector();
 671       for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++)
 672       {
 673         chains.addElement( ( (MCview.PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).id);
 674       }
 675       setChainMenuItems(chains);
 676
 677       colourBySequence(ap);
 678
 679       StringBuffer title = new StringBuffer(sequence[0].getName() + ":" +
 680                                             pdbentry.getId());
 681
 682       if (pdbentry.getProperty() != null)
 683       {
 684         if (pdbentry.getProperty().get("method") != null)
 685         {
 686           title.append(" Method: ");
 687           title.append(pdbentry.getProperty().get("method"));
 688         }
 689         if (pdbentry.getProperty().get("chains") != null)
 690         {
 691           title.append(" Chain:");
 692           title.append(pdbentry.getProperty().get("chains"));
 693         }
 694       }
 695
 696       this.setTitle(title.toString());
 697
 698     }
 699     else
 700       return;
 701   }
 702
 703   public void notifyFrameChanged(int frameNo)
 704   {
 705     boolean isAnimationRunning = (frameNo <= -2);
 706   }
 707
 708   public void notifyScriptStart(String statusMessage, String additionalInfo)
 709   {}
 710
 711   public void sendConsoleEcho(String strEcho)
 712   {
 713     if (scriptWindow == null)
 714       showConsole(true);
 715
 716     history.append("\n"+strEcho);
 717   }
 718
 719   public void sendConsoleMessage(String strStatus)
 720   {
 721     if(history!=null && strStatus!=null
 722        && !strStatus.equals("Script completed"))
 723     {
 724       history.append("\n"+strStatus);
 725     }
 726   }
 727
 728   public void notifyScriptTermination(String strStatus, int msWalltime)
 729   {  }
 730
 731   public void handlePopupMenu(int x, int y)
 732   {
 733     jmolpopup.show(x, y);
 734   }
 735
 736   public void notifyNewPickingModeMeasurement(int iatom, String strMeasure)
 737   {
 738     notifyAtomPicked(iatom, strMeasure);
 739   }
 740
 741   public void notifyNewDefaultModeMeasurement(int count, String strInfo)
 742   {}
 743
 744   public void notifyAtomPicked(int atomIndex, String strInfo)
 745   {
 746
 747     int chainSeparator = strInfo.indexOf(":");
 748
 749     if(chainSeparator==-1)
 750       chainSeparator = strInfo.indexOf(".");
 751
 752     String picked =
 753         strInfo.substring(strInfo.indexOf("]")+ 1, chainSeparator);
 754
 755
 756     if (strInfo.indexOf(":") > -1)
 757       picked+=strInfo.substring(strInfo.indexOf(":")+1,
 758                                strInfo.indexOf("."));
 759
 760     picked+=".CA";
 761
 762     if (!atomsPicked.contains(picked))
 763     {
 764       viewer.evalString("select "+picked+";label %n %r:%c");
 765       atomsPicked.addElement(picked);
 766     }
 767     else
 768     {
 769       viewer.evalString("select "+picked+";label off");
 770       atomsPicked.removeElement(picked);
 771     }
 772   }
 773
 774   public void notifyAtomHovered(int atomIndex, String strInfo)
 775   {
 776     mouseOverStructure(atomIndex, strInfo);
 777   }
 778
 779   public void sendSyncScript(String script, String appletName)
 780   {}
 781
 782   public void showUrl(String url)
 783   {
 784     try{
 785       ap.av.applet.getAppletContext().showDocument(new java.net.URL(url),
 786           "jmolOutput");
 787     }catch(java.net.MalformedURLException ex)
 788     {}
 789   }
 790
 791   public void showConsole(boolean showConsole)
 792   {
 793     if (scriptWindow == null)
 794     {
 795       scriptWindow = new Panel(new BorderLayout());
 796       inputLine = new TextField();
 797       history = new TextArea(5, 40);
 798       scriptWindow.add(history, BorderLayout.CENTER);
 799       scriptWindow.add(inputLine, BorderLayout.SOUTH);
 800       add(scriptWindow, BorderLayout.SOUTH);
 801       scriptWindow.setVisible(false);
 802       history.setEditable(false);
 803       inputLine.addKeyListener(this);
 804     }
 805
 806     scriptWindow.setVisible(!scriptWindow.isVisible());
 807     validate();
 808   }
 809
 810   public float functionXY(String functionName, int x, int y)
 811   {
 812     return 0;
 813   }
 814
 815   ///End JmolStatusListener
 816   ///////////////////////////////
 817
 818
 819   class RenderPanel
 820       extends Panel
 821   {
 822     Dimension currentSize = new Dimension();
 823     Rectangle rectClip = new Rectangle();
 824
 825     public void update(Graphics g) {
 826       paint(g);
 827     }
 828     public void paint(Graphics g)
 829     {
 830       currentSize = this.getSize();
 831       rectClip = g.getClipBounds();
 832
 833       if (viewer == null)
 834       {
 835         g.setColor(Color.black);
 836         g.fillRect(0, 0, currentSize.width, currentSize.height);
 837         g.setColor(Color.white);
 838         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 839         g.drawString("Retrieving PDB data....", 20, currentSize.height / 2);
 840       }
 841       else
 842       {
 843         viewer.renderScreenImage(g, currentSize, rectClip);
 844       }
 845     }
 846   }
 847
 848 }