src/jalview/appletgui/AppletJmol.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 \r
  26 import jalview.datamodel.*;\r
  27 import jalview.structure.*;\r
  28 import jalview.io.*;\r
  29 \r
  30 import org.jmol.api.*;\r
  31 import org.jmol.adapter.smarter.SmarterJmolAdapter;\r
  32 import org.jmol.popup.*;\r
  33 import jalview.schemes.*;\r
  34 \r
  35 \r
  36 public class AppletJmol extends Frame\r
  37     implements  StructureListener, JmolStatusListener,\r
  38     KeyListener, ActionListener, ItemListener\r
  39 \r
  40 {\r
  41   Menu fileMenu = new Menu("File");\r
  42   Menu viewMenu = new Menu("View");\r
  43   Menu coloursMenu = new Menu("Colours");\r
  44   Menu chainMenu = new Menu("Show Chain");\r
  45   Menu helpMenu = new Menu("Help");\r
  46   MenuItem mappingMenuItem = new MenuItem("View Mapping");\r
  47 \r
  48   CheckboxMenuItem seqColour = new CheckboxMenuItem("By Sequence", true);\r
  49   MenuItem chain = new MenuItem("By Chain");\r
  50   MenuItem charge = new MenuItem("Charge & Cysteine");\r
  51   MenuItem zappo = new MenuItem("Zappo");\r
  52   MenuItem taylor = new MenuItem("Taylor");\r
  53   MenuItem hydro = new MenuItem("Hydrophobicity");\r
  54   MenuItem helix = new MenuItem("Helix Propensity");\r
  55   MenuItem strand = new MenuItem("Strand Propensity");\r
  56   MenuItem turn = new MenuItem("Turn Propensity");\r
  57   MenuItem buried = new MenuItem("Buried Index");\r
  58   MenuItem user = new MenuItem("User Defined Colours");\r
  59 \r
  60   MenuItem jmolHelp = new MenuItem("Jmol Help");\r
  61 \r
  62   JmolViewer viewer;\r
  63   JmolPopup jmolpopup;\r
  64 \r
  65   Panel scriptWindow;\r
  66   TextField inputLine;\r
  67   TextArea history;\r
  68   SequenceI[] sequence;\r
  69   StructureSelectionManager ssm;\r
  70   RenderPanel renderPanel;\r
  71   AlignmentPanel ap;\r
  72   String fileLoadingError;\r
  73   boolean loadedInline;\r
  74   PDBEntry pdbentry;\r
  75   boolean colourBySequence = true;\r
  76   Vector atomsPicked = new Vector();\r
  77 \r
  78   public AppletJmol(PDBEntry pdbentry,\r
  79                     SequenceI[] seq,\r
  80                     AlignmentPanel ap,\r
  81                     String protocol)\r
  82   {\r
  83     this.ap = ap;\r
  84     this.sequence = seq;\r
  85     this.pdbentry = pdbentry;\r
  86 \r
  87    String alreadyMapped = StructureSelectionManager\r
  88         .getStructureSelectionManager()\r
  89         .alreadyMappedToFile(pdbentry.getId());\r
  90 \r
  91     if (alreadyMapped != null)\r
  92     {\r
  93        StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager()\r
  94             .setMapping(seq, pdbentry.getFile(), protocol);\r
  95         return;\r
  96     }\r
  97 \r
  98     renderPanel = new RenderPanel();\r
  99 \r
 100     this.add(renderPanel, BorderLayout.CENTER);\r
 101 \r
 102     viewer = JmolViewer.allocateViewer(renderPanel, new SmarterJmolAdapter());\r
 103 \r
 104     viewer.setAppletContext("jalview",\r
 105                        ap.av.applet.getDocumentBase(),\r
 106                             ap.av.applet.getCodeBase(),\r
 107                             null);\r
 108 \r
 109     viewer.setJmolStatusListener(this);\r
 110 \r
 111     jmolpopup = JmolPopup.newJmolPopup(viewer);\r
 112 \r
 113     this.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
 114         {\r
 115           public void windowClosing(WindowEvent evt)\r
 116           {\r
 117             closeViewer();\r
 118           }\r
 119         });\r
 120 \r
 121     MenuBar menuBar = new MenuBar();\r
 122     menuBar.add(fileMenu);\r
 123     fileMenu.add(mappingMenuItem);\r
 124     menuBar.add(viewMenu);\r
 125     mappingMenuItem.addActionListener(this);\r
 126     viewMenu.add(chainMenu);\r
 127     menuBar.add(coloursMenu);\r
 128     menuBar.add(helpMenu);\r
 129 \r
 130     charge.addActionListener(this);\r
 131     hydro.addActionListener(this);\r
 132     chain.addActionListener(this);\r
 133     seqColour.addItemListener(this);\r
 134     zappo.addActionListener(this);\r
 135     taylor.addActionListener(this);\r
 136     helix.addActionListener(this);\r
 137     strand.addActionListener(this);\r
 138     turn.addActionListener(this);\r
 139     buried.addActionListener(this);\r
 140     user.addActionListener(this);\r
 141 \r
 142     jmolHelp.addActionListener(this);\r
 143 \r
 144     coloursMenu.add(seqColour);\r
 145     coloursMenu.add(chain);\r
 146     coloursMenu.add(charge);\r
 147     coloursMenu.add(zappo);\r
 148     coloursMenu.add(taylor);\r
 149     coloursMenu.add(hydro);\r
 150     coloursMenu.add(helix);\r
 151     coloursMenu.add(strand);\r
 152     coloursMenu.add(turn);\r
 153     coloursMenu.add(buried);\r
 154     coloursMenu.add(user);\r
 155 \r
 156     helpMenu.add(jmolHelp);\r
 157 \r
 158     this.setMenuBar(menuBar);\r
 159 \r
 160     if(pdbentry.getFile()!=null)\r
 161     {\r
 162       if (protocol.equals(AppletFormatAdapter.PASTE))\r
 163         loadInline(pdbentry.getFile());\r
 164       else\r
 165           viewer.openFile(pdbentry.getFile());\r
 166     }\r
 167 \r
 168     this.setBounds(400, 400, 400, 400);\r
 169 \r
 170     this.setVisible(true);\r
 171   }\r
 172 \r
 173   public void loadInline(String string)\r
 174   {\r
 175     loadedInline = true;\r
 176     viewer.openStringInline(string);\r
 177   }\r
 178 \r
 179 \r
 180   void setChainMenuItems(Vector chains)\r
 181   {\r
 182     chainMenu.removeAll();\r
 183 \r
 184     MenuItem menuItem = new MenuItem("All");\r
 185     menuItem.addActionListener(this);\r
 186 \r
 187     chainMenu.add(menuItem);\r
 188 \r
 189     CheckboxMenuItem menuItemCB;\r
 190     for (int c = 0; c < chains.size(); c++)\r
 191     {\r
 192       menuItemCB = new CheckboxMenuItem(chains.elementAt(c).toString(), true);\r
 193       menuItemCB.addItemListener(this);\r
 194       chainMenu.add(menuItemCB);\r
 195     }\r
 196   }\r
 197 \r
 198   boolean allChainsSelected = false;\r
 199   void centerViewer()\r
 200   {\r
 201     StringBuffer cmd = new StringBuffer();\r
 202     for (int i = 0; i < chainMenu.getItemCount(); i++)\r
 203     {\r
 204       if (chainMenu.getItem(i) instanceof CheckboxMenuItem)\r
 205       {\r
 206         CheckboxMenuItem item = (CheckboxMenuItem) chainMenu.getItem(i);\r
 207         if (item.getState())\r
 208           cmd.append(":" + item.getLabel() + " or ");\r
 209       }\r
 210     }\r
 211 \r
 212     if (cmd.length() > 0)\r
 213       cmd.setLength(cmd.length() - 4);\r
 214 \r
 215     viewer.evalString("select *;restrict "\r
 216                       + cmd + ";cartoon;center " + cmd);\r
 217   }\r
 218 \r
 219 \r
 220   void closeViewer()\r
 221   {\r
 222     viewer.setModeMouse(org.jmol.viewer.JmolConstants.MOUSE_NONE);\r
 223     viewer.evalStringQuiet("zap");\r
 224     viewer.setJmolStatusListener(null);\r
 225     viewer = null;\r
 226 \r
 227     //We'll need to find out what other\r
 228     // listeners need to be shut down in Jmol\r
 229     StructureSelectionManager\r
 230         .getStructureSelectionManager()\r
 231         .removeStructureViewerListener(this, pdbentry.getId());\r
 232 \r
 233     this.setVisible(false);\r
 234   }\r
 235 \r
 236   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 237   {\r
 238     if(evt.getSource()==mappingMenuItem)\r
 239     {\r
 240       jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer cap\r
 241           = new jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer(false, null);\r
 242       Frame frame = new Frame();\r
 243       frame.add(cap);\r
 244 \r
 245       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "PDB - Sequence Mapping", 550,\r
 246                                        600);\r
 247       cap.setText(\r
 248           StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager().printMapping(\r
 249               pdbentry.getFile())\r
 250           );\r
 251     }\r
 252     else if (evt.getSource() == charge)\r
 253     {\r
 254       colourBySequence = false;\r
 255       seqColour.setState(false);\r
 256       viewer.evalStringQuiet("select *;color white;select ASP,GLU;color red;"\r
 257                       +"select LYS,ARG;color blue;select CYS;color yellow");\r
 258     }\r
 259 \r
 260     else if (evt.getSource() == chain)\r
 261     {\r
 262       colourBySequence = false;\r
 263       seqColour.setState(false);\r
 264       viewer.evalStringQuiet("select *;color chain");\r
 265     }\r
 266     else if (evt.getSource() == zappo)\r
 267     {\r
 268       setJalviewColourScheme(new ZappoColourScheme());\r
 269     }\r
 270     else if (evt.getSource() == taylor)\r
 271     {\r
 272      setJalviewColourScheme(new TaylorColourScheme());\r
 273     }\r
 274     else if (evt.getSource() == hydro)\r
 275     {\r
 276       setJalviewColourScheme(new HydrophobicColourScheme());\r
 277     }\r
 278     else if (evt.getSource() == helix)\r
 279     {\r
 280       setJalviewColourScheme(new HelixColourScheme());\r
 281     }\r
 282     else if (evt.getSource() == strand)\r
 283     {\r
 284       setJalviewColourScheme(new StrandColourScheme());\r
 285     }\r
 286     else if (evt.getSource() == turn)\r
 287     {\r
 288       setJalviewColourScheme(new TurnColourScheme());\r
 289     }\r
 290     else if (evt.getSource() == buried)\r
 291     {\r
 292       setJalviewColourScheme(new BuriedColourScheme());\r
 293     }\r
 294     else if (evt.getSource() == user)\r
 295     {\r
 296       new UserDefinedColours(this);\r
 297     }\r
 298     else if(evt.getSource() == jmolHelp)\r
 299     {\r
 300       try{\r
 301         ap.av.applet.getAppletContext().showDocument(\r
 302             new java.net.URL("http://jmol.sourceforge.net/docs/JmolUserGuide/"),\r
 303             "jmolHelp");\r
 304       }catch(java.net.MalformedURLException ex){}\r
 305     }\r
 306     else\r
 307     {\r
 308       allChainsSelected = true;\r
 309       for (int i = 0; i < chainMenu.getItemCount(); i++)\r
 310       {\r
 311         if (chainMenu.getItem(i) instanceof CheckboxMenuItem)\r
 312           ( (CheckboxMenuItem) chainMenu.getItem(i)).setState(true);\r
 313       }\r
 314       centerViewer();\r
 315       allChainsSelected = false;\r
 316     }\r
 317   }\r
 318 \r
 319   public void setJalviewColourScheme(ColourSchemeI cs)\r
 320   {\r
 321     colourBySequence = false;\r
 322     seqColour.setState(false);\r
 323 \r
 324     if(cs==null)\r
 325       return;\r
 326 \r
 327     String res;\r
 328     int index;\r
 329     Color col;\r
 330 \r
 331     Enumeration en = ResidueProperties.aa3Hash.keys();\r
 332     StringBuffer command = new StringBuffer("select *;color white;");\r
 333     while(en.hasMoreElements())\r
 334     {\r
 335       res = en.nextElement().toString();\r
 336       index = ((Integer) ResidueProperties.aa3Hash.get(res)).intValue();\r
 337       if(index>20)\r
 338         continue;\r
 339 \r
 340       col = cs.findColour(ResidueProperties.aa[index].charAt(0));\r
 341 \r
 342       command.append("select "+res+";color["\r
 343                         + col.getRed() + ","\r
 344                         + col.getGreen() + ","\r
 345                         + col.getBlue() + "];");\r
 346     }\r
 347 \r
 348     viewer.evalStringQuiet(command.toString());\r
 349   }\r
 350 \r
 351   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 352   {\r
 353     if (evt.getSource() == seqColour)\r
 354     {\r
 355       colourBySequence = seqColour.getState();\r
 356       colourBySequence(ap);\r
 357     }\r
 358     else if (!allChainsSelected)\r
 359       centerViewer();\r
 360   }\r
 361 \r
 362   public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
 363   {\r
 364     if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_ENTER\r
 365         && scriptWindow.isVisible())\r
 366     {\r
 367       viewer.evalString(inputLine.getText());\r
 368       history.append("\n$ "+inputLine.getText());\r
 369       inputLine.setText("");\r
 370     }\r
 371 \r
 372   }\r
 373 \r
 374   public void keyTyped(KeyEvent evt)\r
 375   {  }\r
 376 \r
 377   public void keyReleased(KeyEvent evt){}\r
 378 \r
 379   //////////////////////////////////\r
 380   ///StructureListener\r
 381   public String getPdbFile()\r
 382   {\r
 383     return "???";\r
 384   }\r
 385 \r
 386 \r
 387 \r
 388   String lastMessage;\r
 389   public void mouseOverStructure(int atomIndex, String strInfo)\r
 390   {\r
 391       int pdbResNum;\r
 392 \r
 393       int chainSeparator = strInfo.indexOf(":");\r
 394 \r
 395       if(chainSeparator==-1)\r
 396         chainSeparator = strInfo.indexOf(".");\r
 397 \r
 398       pdbResNum = Integer.parseInt(\r
 399           strInfo.substring(strInfo.indexOf("]")+ 1, chainSeparator));\r
 400 \r
 401       String chainId;\r
 402 \r
 403       if (strInfo.indexOf(":") > -1)\r
 404         chainId = strInfo.substring\r
 405             (strInfo.indexOf(":")+1, strInfo.indexOf("."));\r
 406       else\r
 407       {\r
 408         chainId = " ";\r
 409       }\r
 410 \r
 411       if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(strInfo))\r
 412         ssm.mouseOverStructure(pdbResNum, chainId, pdbentry.getFile());\r
 413 \r
 414       lastMessage = strInfo;\r
 415   }\r
 416 \r
 417   StringBuffer resetLastRes = new StringBuffer();\r
 418   StringBuffer eval = new StringBuffer();\r
 419 \r
 420   public void highlightAtom(int atomIndex, int pdbResNum, String chain, String pdbfile)\r
 421   {\r
 422     if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))\r
 423       return;\r
 424 \r
 425     if (resetLastRes.length() > 0)\r
 426     {\r
 427       viewer.evalStringQuiet(resetLastRes.toString());\r
 428     }\r
 429 \r
 430     eval.setLength(0);\r
 431     eval.append("select " + pdbResNum);\r
 432 \r
 433     resetLastRes.setLength(0);\r
 434     resetLastRes.append("select " + pdbResNum);\r
 435 \r
 436     if (!chain.equals(" "))\r
 437     {\r
 438       eval.append(":" + chain);\r
 439       resetLastRes.append(":" + chain);\r
 440     }\r
 441 \r
 442     eval.append(";color gold;wireframe 100");\r
 443 \r
 444     Color col = new Color(viewer.getAtomArgb(atomIndex));\r
 445 \r
 446     resetLastRes.append(";color["\r
 447                         + col.getRed() + ","\r
 448                         + col.getGreen() + ","\r
 449                         + col.getBlue() + "];wireframe 0");\r
 450 \r
 451     viewer.evalStringQuiet(eval.toString());\r
 452 \r
 453   }\r
 454 \r
 455   public void updateColours(Object source)\r
 456   {\r
 457     colourBySequence( (AlignmentPanel) source);\r
 458   }\r
 459 \r
 460 //End StructureListener\r
 461 ////////////////////////////\r
 462 \r
 463   FeatureRenderer fr;\r
 464   public void colourBySequence(AlignmentPanel ap)\r
 465   {\r
 466     if(!colourBySequence)\r
 467       return;\r
 468 \r
 469 \r
 470     StructureMapping[] mapping = ssm.getMapping(pdbentry.getFile());\r
 471 \r
 472     if (mapping.length < 1)\r
 473       return;\r
 474 \r
 475     SequenceRenderer sr = ap.seqPanel.seqCanvas.getSequenceRenderer();\r
 476 \r
 477     boolean showFeatures = false;\r
 478     if (ap.av.showSequenceFeatures)\r
 479     {\r
 480       showFeatures = true;\r
 481       if (fr == null)\r
 482       {\r
 483         fr = new jalview.appletgui.FeatureRenderer(ap.av);\r
 484       }\r
 485 \r
 486       fr.transferSettings(ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer());\r
 487     }\r
 488 \r
 489     StringBuffer command = new StringBuffer();\r
 490 \r
 491     int lastPos = -1;\r
 492     for (int s = 0; s < sequence.length; s++)\r
 493     {\r
 494       for (int m = 0; m < mapping.length; m++)\r
 495       {\r
 496         if (mapping[m].getSequence() == sequence[s])\r
 497         {\r
 498           for (int r = 0; r < sequence[s].getLength(); r++)\r
 499           {\r
 500             int pos = mapping[m].getPDBResNum(\r
 501                 sequence[s].findPosition(r));\r
 502 \r
 503             if (pos < 1 || pos==lastPos)\r
 504               continue;\r
 505 \r
 506             lastPos = pos;\r
 507 \r
 508             Color col = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], r);\r
 509 \r
 510             if (showFeatures)\r
 511               col = fr.findFeatureColour(col, sequence[s], r);\r
 512 \r
 513             if (command.toString().endsWith(":" + mapping[m].getChain()+\r
 514                                             ";color["\r
 515                                             + col.getRed() + ","\r
 516                                             + col.getGreen() + ","\r
 517                                             + col.getBlue() + "]"))\r
 518             {\r
 519               command = condenseCommand(command.toString(), pos);\r
 520               continue;\r
 521             }\r
 522 \r
 523             command.append(";select " + pos);\r
 524 \r
 525             if (!mapping[m].getChain().equals(" "))\r
 526             {\r
 527               command.append(":" + mapping[m].getChain());\r
 528             }\r
 529 \r
 530             command.append(";color["\r
 531                              + col.getRed() + ","\r
 532                              + col.getGreen() + ","\r
 533                              + col.getBlue() + "]");\r
 534 \r
 535           }\r
 536           break;\r
 537         }\r
 538       }\r
 539     }\r
 540 \r
 541     viewer.evalStringQuiet(command.toString());\r
 542   }\r
 543 \r
 544   StringBuffer condenseCommand(String command, int pos)\r
 545   {\r
 546 \r
 547     StringBuffer sb = new StringBuffer(command.substring(0, command.lastIndexOf("select")+7));\r
 548 \r
 549     command = command.substring(sb.length());\r
 550 \r
 551     String start;\r
 552 \r
 553     if (command.indexOf("-") > -1)\r
 554     {\r
 555       start = command.substring(0,command.indexOf("-"));\r
 556     }\r
 557     else\r
 558     {\r
 559       start = command.substring(0, command.indexOf(":"));\r
 560     }\r
 561 \r
 562     sb.append(start+"-"+pos+command.substring(command.indexOf(":")));\r
 563 \r
 564     return sb;\r
 565   }\r
 566 \r
 567   /////////////////////////////////\r
 568   //JmolStatusListener\r
 569 \r
 570   public String eval(String strEval)\r
 571   {\r
 572    // System.out.println(strEval);\r
 573    //"# 'eval' is implemented only for the applet.";\r
 574     return null;\r
 575   }\r
 576 \r
 577   public void createImage(String file, String type, int quality)\r
 578   {}\r
 579 \r
 580   public void setCallbackFunction(String callbackType,\r
 581                                   String callbackFunction)\r
 582   {}\r
 583 \r
 584   public void notifyFileLoaded(String fullPathName, String fileName,\r
 585                                String modelName, Object clientFile,\r
 586                                String errorMsg)\r
 587   {\r
 588     if(errorMsg!=null)\r
 589     {\r
 590       fileLoadingError = errorMsg;\r
 591       repaint();\r
 592       return;\r
 593     }\r
 594 \r
 595     fileLoadingError = null;\r
 596 \r
 597     if (fileName != null)\r
 598     {\r
 599       //FILE LOADED OK\r
 600       jmolpopup.updateComputedMenus();\r
 601             viewer.evalStringQuiet(\r
 602           "select backbone;restrict;cartoon;wireframe off;spacefill off");\r
 603 \r
 604       ssm = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager();\r
 605 \r
 606       MCview.PDBfile pdb;\r
 607       if (loadedInline)\r
 608       {\r
 609         pdb = ssm.setMapping(sequence,\r
 610                                 pdbentry.getFile(),\r
 611                                 AppletFormatAdapter.PASTE);\r
 612         pdbentry.setFile("INLINE"+pdb.id);\r
 613       }\r
 614       else\r
 615       {\r
 616          pdb = ssm.setMapping(sequence,\r
 617                               pdbentry.getFile(),\r
 618                               AppletFormatAdapter.URL);\r
 619       }\r
 620 \r
 621       pdbentry.setId(pdb.id);\r
 622 \r
 623       ssm.addStructureViewerListener(this);\r
 624 \r
 625       Vector chains = new Vector();\r
 626       for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++)\r
 627       {\r
 628         chains.addElement( ( (MCview.PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).id);\r
 629       }\r
 630       setChainMenuItems(chains);\r
 631 \r
 632       colourBySequence(ap);\r
 633 \r
 634       StringBuffer title = new StringBuffer(sequence[0].getName() + ":" +\r
 635                                             pdbentry.getId());\r
 636 \r
 637       if (pdbentry.getProperty() != null)\r
 638       {\r
 639         if (pdbentry.getProperty().get("method") != null)\r
 640         {\r
 641           title.append(" Method: ");\r
 642           title.append(pdbentry.getProperty().get("method"));\r
 643         }\r
 644         if (pdbentry.getProperty().get("chains") != null)\r
 645         {\r
 646           title.append(" Chain:");\r
 647           title.append(pdbentry.getProperty().get("chains"));\r
 648         }\r
 649       }\r
 650 \r
 651       this.setTitle(title.toString());\r
 652 \r
 653     }\r
 654     else\r
 655       return;\r
 656   }\r
 657 \r
 658   public void notifyFrameChanged(int frameNo)\r
 659   {\r
 660     boolean isAnimationRunning = (frameNo <= -2);\r
 661   }\r
 662 \r
 663   public void notifyScriptStart(String statusMessage, String additionalInfo)\r
 664   {}\r
 665 \r
 666   public void sendConsoleEcho(String strEcho)\r
 667   {\r
 668     if (scriptWindow == null)\r
 669       showConsole(true);\r
 670 \r
 671     history.append("\n"+strEcho);\r
 672   }\r
 673 \r
 674   public void sendConsoleMessage(String strStatus)\r
 675   {\r
 676     if(history!=null && strStatus!=null\r
 677        && !strStatus.equals("Script completed"))\r
 678     {\r
 679       history.append("\n"+strStatus);\r
 680     }\r
 681   }\r
 682 \r
 683   public void notifyScriptTermination(String strStatus, int msWalltime)\r
 684   {  }\r
 685 \r
 686   public void handlePopupMenu(int x, int y)\r
 687   {\r
 688     jmolpopup.show(x, y);\r
 689   }\r
 690 \r
 691   public void notifyNewPickingModeMeasurement(int iatom, String strMeasure)\r
 692   {\r
 693     notifyAtomPicked(iatom, strMeasure);\r
 694   }\r
 695 \r
 696   public void notifyNewDefaultModeMeasurement(int count, String strInfo)\r
 697   {}\r
 698 \r
 699   public void notifyAtomPicked(int atomIndex, String strInfo)\r
 700   {\r
 701 \r
 702     int chainSeparator = strInfo.indexOf(":");\r
 703 \r
 704     if(chainSeparator==-1)\r
 705       chainSeparator = strInfo.indexOf(".");\r
 706 \r
 707     String picked =\r
 708         strInfo.substring(strInfo.indexOf("]")+ 1, chainSeparator);\r
 709 \r
 710 \r
 711     if (strInfo.indexOf(":") > -1)\r
 712       picked+=strInfo.substring(strInfo.indexOf(":")+1,\r
 713                                strInfo.indexOf("."));\r
 714 \r
 715     picked+=".C";\r
 716 \r
 717     if (!atomsPicked.contains(picked))\r
 718     {\r
 719       viewer.evalString("select "+picked+";label %n %r:%c");\r
 720       atomsPicked.addElement(picked);\r
 721     }\r
 722     else\r
 723     {\r
 724       viewer.evalString("select "+picked+";label off");\r
 725       atomsPicked.removeElement(picked);\r
 726     }\r
 727   }\r
 728 \r
 729   public void notifyAtomHovered(int atomIndex, String strInfo)\r
 730   {\r
 731     mouseOverStructure(atomIndex, strInfo);\r
 732   }\r
 733 \r
 734   public void sendSyncScript(String script, String appletName)\r
 735   {}\r
 736 \r
 737   public void showUrl(String url)\r
 738   {\r
 739     try{\r
 740       ap.av.applet.getAppletContext().showDocument(new java.net.URL(url),\r
 741           "jmolOutput");\r
 742     }catch(java.net.MalformedURLException ex)\r
 743     {}\r
 744   }\r
 745 \r
 746   public void showConsole(boolean showConsole)\r
 747   {\r
 748     if (scriptWindow == null)\r
 749     {\r
 750       scriptWindow = new Panel(new BorderLayout());\r
 751       inputLine = new TextField();\r
 752       history = new TextArea(5, 40);\r
 753       scriptWindow.add(history, BorderLayout.CENTER);\r
 754       scriptWindow.add(inputLine, BorderLayout.SOUTH);\r
 755       add(scriptWindow, BorderLayout.SOUTH);\r
 756       scriptWindow.setVisible(false);\r
 757       history.setEditable(false);\r
 758       inputLine.addKeyListener(this);\r
 759     }\r
 760 \r
 761     scriptWindow.setVisible(!scriptWindow.isVisible());\r
 762     validate();\r
 763   }\r
 764 \r
 765   public float functionXY(String functionName, int x, int y)\r
 766   {\r
 767     return 0;\r
 768   }\r
 769 \r
 770   ///End JmolStatusListener\r
 771   ///////////////////////////////\r
 772 \r
 773 \r
 774   class RenderPanel\r
 775       extends Panel\r
 776   {\r
 777     Dimension currentSize = new Dimension();\r
 778     Rectangle rectClip = new Rectangle();\r
 779 \r
 780     public void update(Graphics g) {\r
 781       paint(g);\r
 782     }\r
 783     public void paint(Graphics g)\r
 784     {\r
 785       currentSize = this.getSize();\r
 786       rectClip = g.getClipBounds();\r
 787 \r
 788       if (viewer == null)\r
 789       {\r
 790         g.setColor(Color.black);\r
 791         g.fillRect(0, 0, currentSize.width, currentSize.height);\r
 792         g.setColor(Color.white);\r
 793         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));\r
 794         g.drawString("Retrieving PDB data....", 20, currentSize.height / 2);\r
 795       }\r
 796       else\r
 797       {\r
 798         viewer.renderScreenImage(g, currentSize, rectClip);\r
 799       }\r
 800     }\r
 801   }\r
 802 \r
 803 }\r