JAL-1834 removed quotes around truncated strings with ellipsis
[jalview.git] / src / jalview / appletgui / AppletJmol.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.appletgui;
22
23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
24 import jalview.datamodel.PDBEntry;
25 import jalview.datamodel.SequenceI;
26 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
27 import jalview.io.FileParse;
28 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
29 import jalview.schemes.HelixColourScheme;
30 import jalview.schemes.HydrophobicColourScheme;
31 import jalview.schemes.PurinePyrimidineColourScheme;
32 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
33 import jalview.schemes.TaylorColourScheme;
34 import jalview.schemes.TurnColourScheme;
35 import jalview.schemes.UserColourScheme;
36 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
37 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
38 import jalview.util.MessageManager;
39
40 import java.awt.BorderLayout;
41 import java.awt.CheckboxMenuItem;
42 import java.awt.Color;
43 import java.awt.Dimension;
44 import java.awt.Font;
45 import java.awt.Frame;
46 import java.awt.Graphics;
47 import java.awt.Menu;
48 import java.awt.MenuBar;
49 import java.awt.MenuItem;
50 import java.awt.Panel;
51 import java.awt.TextArea;
52 import java.awt.TextField;
53 import java.awt.event.ActionEvent;
54 import java.awt.event.ActionListener;
55 import java.awt.event.ItemEvent;
56 import java.awt.event.ItemListener;
57 import java.awt.event.KeyEvent;
58 import java.awt.event.KeyListener;
59 import java.awt.event.WindowAdapter;
60 import java.awt.event.WindowEvent;
61 import java.util.ArrayList;
62 import java.util.Hashtable;
63 import java.util.List;
64 import java.util.Vector;
65
66 public class AppletJmol extends EmbmenuFrame implements
67 // StructureListener,
68         KeyListener, ActionListener, ItemListener
69
70 {
71   Menu fileMenu = new Menu(MessageManager.getString("action.file"));
72
73   Menu viewMenu = new Menu(MessageManager.getString("action.view"));
74
75   Menu coloursMenu = new Menu(MessageManager.getString("action.colour"));
76
77   Menu chainMenu = new Menu(MessageManager.getString("action.show_chain"));
78
79   Menu helpMenu = new Menu(MessageManager.getString("action.help"));
80
81   MenuItem mappingMenuItem = new MenuItem(
82           MessageManager.getString("label.view_mapping"));
83
84   CheckboxMenuItem seqColour = new CheckboxMenuItem(
85           MessageManager.getString("action.by_sequence"), true);
86
87   CheckboxMenuItem jmolColour = new CheckboxMenuItem(
88           MessageManager.getString("action.using_jmol"), false);
89
90   MenuItem chain = new MenuItem(MessageManager.getString("action.by_chain"));
91
92   MenuItem charge = new MenuItem(
93           MessageManager.getString("label.charge_cysteine"));
94
95   MenuItem zappo = new MenuItem(MessageManager.getString("label.zappo"));
96
97   MenuItem taylor = new MenuItem(MessageManager.getString("label.taylor"));
98
99   MenuItem hydro = new MenuItem(
100           MessageManager.getString("label.hydrophobicity"));
101
102   MenuItem helix = new MenuItem(
103           MessageManager.getString("label.helix_propensity"));
104
105   MenuItem strand = new MenuItem(
106           MessageManager.getString("label.strand_propensity"));
107
108   MenuItem turn = new MenuItem(
109           MessageManager.getString("label.turn_propensity"));
110
111   MenuItem buried = new MenuItem(
112           MessageManager.getString("label.buried_index"));
113
114   MenuItem purinepyrimidine = new MenuItem(
115           MessageManager.getString("label.purine_pyrimidine"));
116
117   MenuItem user = new MenuItem(
118           MessageManager.getString("label.user_defined_colours"));
119
120   MenuItem jmolHelp = new MenuItem(
121           MessageManager.getString("label.jmol_help"));
122
123   Panel scriptWindow;
124
125   TextField inputLine;
126
127   TextArea history;
128
129   RenderPanel renderPanel;
130
131   AlignmentPanel ap;
132
133   List<AlignmentPanel> _aps = new ArrayList<AlignmentPanel>(); // remove? never
134                                                                // added to
135
136   String fileLoadingError;
137
138   boolean loadedInline;
139
140   // boolean colourBySequence = true;
141
142   FeatureRenderer fr = null;
143
144   AppletJmolBinding jmb;
145
146   /**
147    * datasource protocol for access to PDBEntry
148    */
149   String protocol = null;
150
151   /**
152    * Load a bunch of pdb entries associated with sequences in the alignment and
153    * display them - aligning them if necessary.
154    * 
155    * @param pdbentries
156    *          each pdb file (at least one needed)
157    * @param boundseqs
158    *          each set of sequences for each pdb file (must match number of pdb
159    *          files)
160    * @param boundchains
161    *          the target pdb chain corresponding with each sequence associated
162    *          with each pdb file (may be null at any level)
163    * @param align
164    *          true/false
165    * @param ap
166    *          associated alignment
167    * @param protocol
168    *          how to get pdb data
169    */
170   public AppletJmol(PDBEntry[] pdbentries, SequenceI[][] boundseqs,
171           String[][] boundchains, boolean align, AlignmentPanel ap,
172           String protocol)
173   {
174     throw new Error(MessageManager.getString("error.not_yet_implemented"));
175   }
176
177   public AppletJmol(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq, String[] chains,
178           AlignmentPanel ap, String protocol)
179   {
180     this.ap = ap;
181     jmb = new AppletJmolBinding(this, ap.getStructureSelectionManager(),
182             new PDBEntry[]
183             { pdbentry }, new SequenceI[][]
184             { seq }, new String[][]
185             { chains }, protocol);
186     jmb.setColourBySequence(true);
187     if (pdbentry.getId() == null || pdbentry.getId().length() < 1)
188     {
189       if (protocol.equals(AppletFormatAdapter.PASTE))
190       {
191         pdbentry.setId("PASTED PDB"
192                 + (chains == null ? "_" : chains.toString()));
193       }
194       else
195       {
196         pdbentry.setId(pdbentry.getFile());
197       }
198     }
199
200     if (jalview.bin.JalviewLite.debug)
201     {
202       System.err
203               .println("AppletJmol: PDB ID is '" + pdbentry.getId() + "'");
204     }
205
206     String alreadyMapped = StructureSelectionManager
207             .getStructureSelectionManager(ap.av.applet)
208             .alreadyMappedToFile(pdbentry.getId());
209     MCview.PDBfile reader = null;
210     if (alreadyMapped != null)
211     {
212       reader = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager(
213               ap.av.applet).setMapping(seq, chains, pdbentry.getFile(),
214               protocol);
215       // PROMPT USER HERE TO ADD TO NEW OR EXISTING VIEW?
216       // FOR NOW, LETS JUST OPEN A NEW WINDOW
217     }
218     MenuBar menuBar = new MenuBar();
219     menuBar.add(fileMenu);
220     fileMenu.add(mappingMenuItem);
221     menuBar.add(viewMenu);
222     mappingMenuItem.addActionListener(this);
223     viewMenu.add(chainMenu);
224     menuBar.add(coloursMenu);
225     menuBar.add(helpMenu);
226
227     charge.addActionListener(this);
228     hydro.addActionListener(this);
229     chain.addActionListener(this);
230     seqColour.addItemListener(this);
231     jmolColour.addItemListener(this);
232     zappo.addActionListener(this);
233     taylor.addActionListener(this);
234     helix.addActionListener(this);
235     strand.addActionListener(this);
236     turn.addActionListener(this);
237     buried.addActionListener(this);
238     purinepyrimidine.addActionListener(this);
239     user.addActionListener(this);
240
241     jmolHelp.addActionListener(this);
242
243     coloursMenu.add(seqColour);
244     coloursMenu.add(chain);
245     coloursMenu.add(charge);
246     coloursMenu.add(zappo);
247     coloursMenu.add(taylor);
248     coloursMenu.add(hydro);
249     coloursMenu.add(helix);
250     coloursMenu.add(strand);
251     coloursMenu.add(turn);
252     coloursMenu.add(buried);
253     coloursMenu.add(purinepyrimidine);
254     coloursMenu.add(user);
255     coloursMenu.add(jmolColour);
256     helpMenu.add(jmolHelp);
257     this.setLayout(new BorderLayout());
258
259     setMenuBar(menuBar);
260
261     renderPanel = new RenderPanel();
262     embedMenuIfNeeded(renderPanel);
263     this.add(renderPanel, BorderLayout.CENTER);
264     scriptWindow = new Panel();
265     scriptWindow.setVisible(false);
266     // this.add(scriptWindow, BorderLayout.SOUTH);
267
268     try
269     {
270       jmb.allocateViewer(renderPanel, true, ap.av.applet.getName()
271               + "_jmol_", ap.av.applet.getDocumentBase(),
272               ap.av.applet.getCodeBase(), "-applet", scriptWindow, null);
273     } catch (Exception e)
274     {
275       System.err
276               .println("Couldn't create a jmol viewer. Args to allocate viewer were:\nDocumentBase="
277                       + ap.av.applet.getDocumentBase()
278                       + "\nCodebase="
279                       + ap.av.applet.getCodeBase());
280       e.printStackTrace();
281       dispose();
282       return;
283     }
284     // jmb.newJmolPopup(true, "Jmol", true);
285
286     this.addWindowListener(new WindowAdapter()
287     {
288       public void windowClosing(WindowEvent evt)
289       {
290         closeViewer();
291       }
292     });
293     if (pdbentry.getProperty() == null)
294     {
295       pdbentry.setProperty(new Hashtable());
296       pdbentry.getProperty().put("protocol", protocol);
297     }
298     if (pdbentry.getFile() != null)
299     {
300       // import structure data from pdbentry.getFile based on given protocol
301       if (protocol.equals(AppletFormatAdapter.PASTE))
302       {
303         // TODO: JAL-623 : correctly record file contents for matching up later
304         // pdbentry.getProperty().put("pdbfilehash",""+pdbentry.getFile().hashCode());
305         loadInline(pdbentry.getFile());
306       }
307       else if (protocol.equals(AppletFormatAdapter.FILE)
308               || protocol.equals(AppletFormatAdapter.URL))
309       {
310         jmb.viewer.openFile(pdbentry.getFile());
311       }
312       else
313       {
314         // probably CLASSLOADER based datasource..
315         // Try and get a reader on the datasource, and pass that to Jmol
316         try
317         {
318           java.io.Reader freader = null;
319           if (reader != null)
320           {
321             if (jalview.bin.JalviewLite.debug)
322             {
323               System.err
324                       .println("AppletJmol:Trying to reuse existing PDBfile IO parser.");
325             }
326             // re-use the one we opened earlier
327             freader = reader.getReader();
328           }
329           if (freader == null)
330           {
331             if (jalview.bin.JalviewLite.debug)
332             {
333               System.err
334                       .println("AppletJmol:Creating new PDBfile IO parser.");
335             }
336             FileParse fp = new FileParse(pdbentry.getFile(), protocol);
337             fp.mark();
338             // reader = new MCview.PDBfile(fp);
339             // could set ID, etc.
340             // if (!reader.isValid())
341             // {
342             // throw new Exception("Invalid datasource.
343             // "+reader.getWarningMessage());
344             // }
345             // fp.reset();
346             freader = fp.getReader();
347           }
348           if (freader == null)
349           {
350             throw new Exception(MessageManager.getString("exception.invalid_datasource_couldnt_obtain_reader"));
351           }
352           jmb.viewer.openReader(pdbentry.getFile(), pdbentry.getId(),
353                   freader);
354         } catch (Exception e)
355         {
356           // give up!
357           System.err.println("Couldn't access pdbentry id="
358                   + pdbentry.getId() + " and file=" + pdbentry.getFile()
359                   + " using protocol=" + protocol);
360           e.printStackTrace();
361         }
362       }
363     }
364
365     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(this, jmb.getViewerTitle(), 400, 400);
366   }
367
368   public void loadInline(String string)
369   {
370     loadedInline = true;
371     jmb.loadInline(string);
372   }
373
374   void setChainMenuItems(Vector<String> chains)
375   {
376     chainMenu.removeAll();
377
378     MenuItem menuItem = new MenuItem(MessageManager.getString("label.all"));
379     menuItem.addActionListener(this);
380
381     chainMenu.add(menuItem);
382
383     CheckboxMenuItem menuItemCB;
384     for (String ch : chains)
385     {
386       menuItemCB = new CheckboxMenuItem(ch, true);
387       menuItemCB.addItemListener(this);
388       chainMenu.add(menuItemCB);
389     }
390   }
391
392   boolean allChainsSelected = false;
393
394   void centerViewer()
395   {
396     Vector<String> toshow = new Vector<String>();
397     for (int i = 0; i < chainMenu.getItemCount(); i++)
398     {
399       if (chainMenu.getItem(i) instanceof CheckboxMenuItem)
400       {
401         CheckboxMenuItem item = (CheckboxMenuItem) chainMenu.getItem(i);
402         if (item.getState())
403         {
404           toshow.addElement(item.getLabel());
405         }
406       }
407     }
408     jmb.centerViewer(toshow);
409   }
410
411   void closeViewer()
412   {
413     jmb.closeViewer();
414     jmb = null;
415     this.setVisible(false);
416   }
417
418   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
419   {
420     if (evt.getSource() == mappingMenuItem)
421     {
422       jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer cap = new jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer(
423               false, null);
424       Frame frame = new Frame();
425       frame.add(cap);
426
427       StringBuffer sb = new StringBuffer();
428       try
429       {
430         cap.setText(jmb.printMappings());
431       } catch (OutOfMemoryError ex)
432       {
433         frame.dispose();
434         System.err
435                 .println("Out of memory when trying to create dialog box with sequence-structure mapping.");
436         return;
437       }
438       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,
439               MessageManager.getString("label.pdb_sequence_mapping"), 550,
440               600);
441     }
442     else if (evt.getSource() == charge)
443     {
444       setEnabled(charge);
445       jmb.colourByCharge();
446     }
447
448     else if (evt.getSource() == chain)
449     {
450       setEnabled(chain);
451       jmb.colourByChain();
452     }
453     else if (evt.getSource() == zappo)
454     {
455       setEnabled(zappo);
456       jmb.setJalviewColourScheme(new ZappoColourScheme());
457     }
458     else if (evt.getSource() == taylor)
459     {
460       setEnabled(taylor);
461       jmb.setJalviewColourScheme(new TaylorColourScheme());
462     }
463     else if (evt.getSource() == hydro)
464     {
465       setEnabled(hydro);
466       jmb.setJalviewColourScheme(new HydrophobicColourScheme());
467     }
468     else if (evt.getSource() == helix)
469     {
470       setEnabled(helix);
471       jmb.setJalviewColourScheme(new HelixColourScheme());
472     }
473     else if (evt.getSource() == strand)
474     {
475       setEnabled(strand);
476       jmb.setJalviewColourScheme(new StrandColourScheme());
477     }
478     else if (evt.getSource() == turn)
479     {
480       setEnabled(turn);
481       jmb.setJalviewColourScheme(new TurnColourScheme());
482     }
483     else if (evt.getSource() == buried)
484     {
485       setEnabled(buried);
486       jmb.setJalviewColourScheme(new BuriedColourScheme());
487     }
488     else if (evt.getSource() == purinepyrimidine)
489     {
490       jmb.setJalviewColourScheme(new PurinePyrimidineColourScheme());
491     }
492     else if (evt.getSource() == user)
493     {
494       setEnabled(user);
495       new UserDefinedColours(this);
496     }
497     else if (evt.getSource() == jmolHelp)
498     {
499       try
500       {
501         ap.av.applet.getAppletContext().showDocument(
502                 new java.net.URL(
503                         "http://jmol.sourceforge.net/docs/JmolUserGuide/"),
504                 "jmolHelp");
505       } catch (java.net.MalformedURLException ex)
506       {
507       }
508     }
509     else
510     {
511       allChainsSelected = true;
512       for (int i = 0; i < chainMenu.getItemCount(); i++)
513       {
514         if (chainMenu.getItem(i) instanceof CheckboxMenuItem)
515         {
516           ((CheckboxMenuItem) chainMenu.getItem(i)).setState(true);
517         }
518       }
519
520       centerViewer();
521       allChainsSelected = false;
522     }
523   }
524
525   /**
526    * tick or untick the seqColour menu entry or jmoColour entry depending upon
527    * if it was selected or not.
528    * 
529    * @param itm
530    */
531   private void setEnabled(MenuItem itm)
532   {
533     jmolColour.setState(itm == jmolColour);
534     seqColour.setState(itm == seqColour);
535     jmb.setColourBySequence(itm == seqColour);
536   }
537
538   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
539   {
540     if (evt.getSource() == jmolColour)
541     {
542       setEnabled(jmolColour);
543       jmb.setColourBySequence(false);
544     }
545     else if (evt.getSource() == seqColour)
546     {
547       setEnabled(seqColour);
548       jmb.colourBySequence(ap);
549     }
550     else if (!allChainsSelected)
551     {
552       centerViewer();
553     }
554   }
555
556   public void keyPressed(KeyEvent evt)
557   {
558     if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_ENTER && scriptWindow.isVisible())
559     {
560       jmb.eval(inputLine.getText());
561       history.append("\n$ " + inputLine.getText());
562       inputLine.setText("");
563     }
564
565   }
566
567   public void keyTyped(KeyEvent evt)
568   {
569   }
570
571   public void keyReleased(KeyEvent evt)
572   {
573   }
574
575   public void updateColours(Object source)
576   {
577     AlignmentPanel panel = (AlignmentPanel) source;
578     jmb.colourBySequence(panel);
579   }
580
581   public void updateTitleAndMenus()
582   {
583     if (jmb.fileLoadingError != null && jmb.fileLoadingError.length() > 0)
584     {
585       repaint();
586       return;
587     }
588     setChainMenuItems(jmb.chainNames);
589     jmb.colourBySequence(ap);
590
591     setTitle(jmb.getViewerTitle());
592   }
593
594   public void showUrl(String url)
595   {
596     try
597     {
598       ap.av.applet.getAppletContext().showDocument(new java.net.URL(url),
599               "jmolOutput");
600     } catch (java.net.MalformedURLException ex)
601     {
602     }
603   }
604
605   Panel splitPane = null;
606
607   public void showConsole(boolean showConsole)
608   {
609     if (showConsole)
610     {
611       remove(renderPanel);
612       splitPane = new Panel();
613
614       splitPane.setLayout(new java.awt.GridLayout(2, 1));
615       splitPane.add(renderPanel);
616       splitPane.add(scriptWindow);
617       scriptWindow.setVisible(true);
618       this.add(splitPane, BorderLayout.CENTER);
619       splitPane.setVisible(true);
620       splitPane.validate();
621     }
622     else
623     {
624       scriptWindow.setVisible(false);
625       remove(splitPane);
626       add(renderPanel, BorderLayout.CENTER);
627       splitPane = null;
628     }
629     validate();
630   }
631
632   public float[][] functionXY(String functionName, int x, int y)
633   {
634     return null;
635   }
636
637   // /End JmolStatusListener
638   // /////////////////////////////
639
640   class RenderPanel extends Panel
641   {
642     Dimension currentSize = new Dimension();
643
644     public void update(Graphics g)
645     {
646       paint(g);
647     }
648
649     public void paint(Graphics g)
650     {
651       currentSize = this.getSize();
652
653       if (jmb.viewer == null)
654       {
655         g.setColor(Color.black);
656         g.fillRect(0, 0, currentSize.width, currentSize.height);
657         g.setColor(Color.white);
658         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
659         g.drawString(MessageManager.getString("label.retrieving_pdb_data"),
660                 20, currentSize.height / 2);
661       }
662       else
663       {
664         jmb.viewer.renderScreenImage(g, currentSize.width,
665                 currentSize.height);
666       }
667     }
668   }
669
670   /*
671    * @Override public Color getColour(int atomIndex, int pdbResNum, String
672    * chain, String pdbId) { return jmb.getColour(atomIndex, pdbResNum, chain,
673    * pdbId); }
674    * 
675    * @Override public String[] getPdbFile() { return jmb.getPdbFile(); }
676    * 
677    * @Override public void highlightAtom(int atomIndex, int pdbResNum, String
678    * chain, String pdbId) { jmb.highlightAtom(atomIndex, pdbResNum, chain,
679    * pdbId);
680    * 
681    * }
682    * 
683    * @Override public void mouseOverStructure(int atomIndex, String strInfo) {
684    * jmb.mouseOverStructure(atomIndex, strInfo);
685    * 
686    * }
687    */
688   public void setJalviewColourScheme(UserColourScheme ucs)
689   {
690     jmb.setJalviewColourScheme(ucs);
691   }
692
693   public AlignmentPanel getAlignmentPanelFor(AlignmentI alignment)
694   {
695     for (int i = 0; i < _aps.size(); i++)
696     {
697       if (_aps.get(i).av.getAlignment() == alignment)
698       {
699         return (_aps.get(i));
700       }
701     }
702     return ap;
703   }
704 }