src/jalview/appletgui/AppletJmol.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19
  20 package jalview.appletgui;
  21
  22 import java.util.*;
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.event.*;
  25
  26 import jalview.datamodel.*;
  27 import jalview.structure.*;
  28 import jalview.io.*;
  29
  30 import org.jmol.api.*;
  31 import org.jmol.adapter.smarter.SmarterJmolAdapter;
  32
  33 import org.jmol.popup.*;
  34 import jalview.schemes.*;
  35
  36
  37 public class AppletJmol extends Frame
  38     implements  StructureListener, JmolStatusListener,
  39     KeyListener, ActionListener, ItemListener
  40
  41 {
  42   Menu fileMenu = new Menu("File");
  43   Menu viewMenu = new Menu("View");
  44   Menu coloursMenu = new Menu("Colours");
  45   Menu chainMenu = new Menu("Show Chain");
  46   Menu helpMenu = new Menu("Help");
  47   MenuItem mappingMenuItem = new MenuItem("View Mapping");
  48
  49   CheckboxMenuItem seqColour = new CheckboxMenuItem("By Sequence", true);
  50   MenuItem chain = new MenuItem("By Chain");
  51   MenuItem charge = new MenuItem("Charge & Cysteine");
  52   MenuItem zappo = new MenuItem("Zappo");
  53   MenuItem taylor = new MenuItem("Taylor");
  54   MenuItem hydro = new MenuItem("Hydrophobicity");
  55   MenuItem helix = new MenuItem("Helix Propensity");
  56   MenuItem strand = new MenuItem("Strand Propensity");
  57   MenuItem turn = new MenuItem("Turn Propensity");
  58   MenuItem buried = new MenuItem("Buried Index");
  59   MenuItem user = new MenuItem("User Defined Colours");
  60
  61   MenuItem jmolHelp = new MenuItem("Jmol Help");
  62
  63   JmolViewer viewer;
  64   JmolPopup jmolpopup;
  65
  66   Panel scriptWindow;
  67   TextField inputLine;
  68   TextArea history;
  69   SequenceI[] sequence;
  70   String [] chains;
  71   StructureSelectionManager ssm;
  72   RenderPanel renderPanel;
  73   AlignmentPanel ap;
  74   String fileLoadingError;
  75   boolean loadedInline;
  76   PDBEntry pdbentry;
  77   boolean colourBySequence = true;
  78   Vector atomsPicked = new Vector();
  79
  80   public AppletJmol(PDBEntry pdbentry,
  81                     SequenceI[] seq,
  82                     String[] chains,
  83                     AlignmentPanel ap,
  84                     String protocol)
  85   {
  86     this.ap = ap;
  87     this.sequence = seq;
  88     this.chains = chains;
  89     this.pdbentry = pdbentry;
  90
  91    String alreadyMapped = StructureSelectionManager
  92         .getStructureSelectionManager()
  93         .alreadyMappedToFile(pdbentry.getId());
  94
  95     if (alreadyMapped != null)
  96     {
  97        StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager()
  98             .setMapping(seq, chains, pdbentry.getFile(), protocol);
  99        //PROMPT USER HERE TO ADD TO NEW OR EXISTING VIEW?
 100        //FOR NOW, LETS JUST OPEN A NEW WINDOW
 101     }
 102
 103     renderPanel = new RenderPanel();
 104
 105     this.add(renderPanel, BorderLayout.CENTER);
 106     viewer = JmolViewer.allocateViewer(renderPanel, new SmarterJmolAdapter());
 107
 108     viewer.setAppletContext("jalview",
 109                        ap.av.applet.getDocumentBase(),
 110                             ap.av.applet.getCodeBase(),
 111                             null);
 112
 113     viewer.setJmolStatusListener(this);
 114
 115     jmolpopup = JmolPopup.newJmolPopup(viewer);
 116
 117     this.addWindowListener(new WindowAdapter()
 118         {
 119           public void windowClosing(WindowEvent evt)
 120           {
 121             closeViewer();
 122           }
 123         });
 124
 125     MenuBar menuBar = new MenuBar();
 126     menuBar.add(fileMenu);
 127     fileMenu.add(mappingMenuItem);
 128     menuBar.add(viewMenu);
 129     mappingMenuItem.addActionListener(this);
 130     viewMenu.add(chainMenu);
 131     menuBar.add(coloursMenu);
 132     menuBar.add(helpMenu);
 133
 134     charge.addActionListener(this);
 135     hydro.addActionListener(this);
 136     chain.addActionListener(this);
 137     seqColour.addItemListener(this);
 138     zappo.addActionListener(this);
 139     taylor.addActionListener(this);
 140     helix.addActionListener(this);
 141     strand.addActionListener(this);
 142     turn.addActionListener(this);
 143     buried.addActionListener(this);
 144     user.addActionListener(this);
 145
 146     jmolHelp.addActionListener(this);
 147
 148     coloursMenu.add(seqColour);
 149     coloursMenu.add(chain);
 150     coloursMenu.add(charge);
 151     coloursMenu.add(zappo);
 152     coloursMenu.add(taylor);
 153     coloursMenu.add(hydro);
 154     coloursMenu.add(helix);
 155     coloursMenu.add(strand);
 156     coloursMenu.add(turn);
 157     coloursMenu.add(buried);
 158     coloursMenu.add(user);
 159
 160     helpMenu.add(jmolHelp);
 161
 162     this.setMenuBar(menuBar);
 163
 164     if(pdbentry.getFile()!=null)
 165     {
 166       if (protocol.equals(AppletFormatAdapter.PASTE))
 167         loadInline(pdbentry.getFile());
 168       else
 169           viewer.openFile(pdbentry.getFile());
 170     }
 171
 172     this.setBounds(400, 400, 400, 400);
 173
 174     this.setVisible(true);
 175   }
 176
 177   public void loadInline(String string)
 178   {
 179     loadedInline = true;
 180     viewer.openStringInline(string);
 181   }
 182
 183
 184   void setChainMenuItems(Vector chains)
 185   {
 186     chainMenu.removeAll();
 187
 188     MenuItem menuItem = new MenuItem("All");
 189     menuItem.addActionListener(this);
 190
 191     chainMenu.add(menuItem);
 192
 193     CheckboxMenuItem menuItemCB;
 194     for (int c = 0; c < chains.size(); c++)
 195     {
 196       menuItemCB = new CheckboxMenuItem(chains.elementAt(c).toString(), true);
 197       menuItemCB.addItemListener(this);
 198       chainMenu.add(menuItemCB);
 199     }
 200   }
 201
 202   boolean allChainsSelected = false;
 203   void centerViewer()
 204   {
 205     StringBuffer cmd = new StringBuffer();
 206     for (int i = 0; i < chainMenu.getItemCount(); i++)
 207     {
 208       if (chainMenu.getItem(i) instanceof CheckboxMenuItem)
 209       {
 210         CheckboxMenuItem item = (CheckboxMenuItem) chainMenu.getItem(i);
 211         if (item.getState())
 212           cmd.append(":" + item.getLabel() + " or ");
 213       }
 214     }
 215
 216     if (cmd.length() > 0)
 217       cmd.setLength(cmd.length() - 4);
 218
 219     viewer.evalString("select *;restrict "
 220                       + cmd + ";cartoon;center " + cmd);
 221   }
 222
 223
 224   void closeViewer()
 225   {
 226     viewer.setModeMouse(org.jmol.viewer.JmolConstants.MOUSE_NONE);
 227     viewer.evalStringQuiet("zap");
 228     viewer.setJmolStatusListener(null);
 229     viewer = null;
 230
 231     //We'll need to find out what other
 232     // listeners need to be shut down in Jmol
 233     StructureSelectionManager
 234         .getStructureSelectionManager()
 235         .removeStructureViewerListener(this, pdbentry.getId());
 236
 237     this.setVisible(false);
 238   }
 239
 240   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 241   {
 242     if(evt.getSource()==mappingMenuItem)
 243     {
 244       jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer cap
 245           = new jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer(false, null);
 246       Frame frame = new Frame();
 247       frame.add(cap);
 248
 249       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "PDB - Sequence Mapping", 550,
 250                                        600);
 251       cap.setText(
 252           StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager().printMapping(
 253               pdbentry.getFile())
 254           );
 255     }
 256     else if (evt.getSource() == charge)
 257     {
 258       colourBySequence = false;
 259       seqColour.setState(false);
 260       viewer.evalStringQuiet("select *;color white;select ASP,GLU;color red;"
 261                       +"select LYS,ARG;color blue;select CYS;color yellow");
 262     }
 263
 264     else if (evt.getSource() == chain)
 265     {
 266       colourBySequence = false;
 267       seqColour.setState(false);
 268       viewer.evalStringQuiet("select *;color chain");
 269     }
 270     else if (evt.getSource() == zappo)
 271     {
 272       setJalviewColourScheme(new ZappoColourScheme());
 273     }
 274     else if (evt.getSource() == taylor)
 275     {
 276      setJalviewColourScheme(new TaylorColourScheme());
 277     }
 278     else if (evt.getSource() == hydro)
 279     {
 280       setJalviewColourScheme(new HydrophobicColourScheme());
 281     }
 282     else if (evt.getSource() == helix)
 283     {
 284       setJalviewColourScheme(new HelixColourScheme());
 285     }
 286     else if (evt.getSource() == strand)
 287     {
 288       setJalviewColourScheme(new StrandColourScheme());
 289     }
 290     else if (evt.getSource() == turn)
 291     {
 292       setJalviewColourScheme(new TurnColourScheme());
 293     }
 294     else if (evt.getSource() == buried)
 295     {
 296       setJalviewColourScheme(new BuriedColourScheme());
 297     }
 298     else if (evt.getSource() == user)
 299     {
 300       new UserDefinedColours(this);
 301     }
 302     else if(evt.getSource() == jmolHelp)
 303     {
 304       try{
 305         ap.av.applet.getAppletContext().showDocument(
 306             new java.net.URL("http://jmol.sourceforge.net/docs/JmolUserGuide/"),
 307             "jmolHelp");
 308       }catch(java.net.MalformedURLException ex){}
 309     }
 310     else
 311     {
 312       allChainsSelected = true;
 313       for (int i = 0; i < chainMenu.getItemCount(); i++)
 314       {
 315         if (chainMenu.getItem(i) instanceof CheckboxMenuItem)
 316           ( (CheckboxMenuItem) chainMenu.getItem(i)).setState(true);
 317       }
 318       centerViewer();
 319       allChainsSelected = false;
 320     }
 321   }
 322
 323   public void setJalviewColourScheme(ColourSchemeI cs)
 324   {
 325     colourBySequence = false;
 326     seqColour.setState(false);
 327
 328     if(cs==null)
 329       return;
 330
 331     String res;
 332     int index;
 333     Color col;
 334
 335     Enumeration en = ResidueProperties.aa3Hash.keys();
 336     StringBuffer command = new StringBuffer("select *;color white;");
 337     while(en.hasMoreElements())
 338     {
 339       res = en.nextElement().toString();
 340       index = ((Integer) ResidueProperties.aa3Hash.get(res)).intValue();
 341       if(index>20)
 342         continue;
 343
 344       col = cs.findColour(ResidueProperties.aa[index].charAt(0));
 345
 346       command.append("select "+res+";color["
 347                         + col.getRed() + ","
 348                         + col.getGreen() + ","
 349                         + col.getBlue() + "];");
 350     }
 351
 352     viewer.evalStringQuiet(command.toString());
 353   }
 354
 355   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 356   {
 357     if (evt.getSource() == seqColour)
 358     {
 359       colourBySequence = seqColour.getState();
 360       colourBySequence(ap);
 361     }
 362     else if (!allChainsSelected)
 363       centerViewer();
 364   }
 365
 366   public void keyPressed(KeyEvent evt)
 367   {
 368     if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_ENTER
 369         && scriptWindow.isVisible())
 370     {
 371       viewer.evalString(inputLine.getText());
 372       history.append("\n$ "+inputLine.getText());
 373       inputLine.setText("");
 374     }
 375
 376   }
 377
 378   public void keyTyped(KeyEvent evt)
 379   {  }
 380
 381   public void keyReleased(KeyEvent evt){}
 382
 383   //////////////////////////////////
 384   ///StructureListener
 385   public String getPdbFile()
 386   {
 387     return "???";
 388   }
 389
 390
 391
 392   String lastMessage;
 393   public void mouseOverStructure(int atomIndex, String strInfo)
 394   {
 395       int pdbResNum;
 396
 397       int chainSeparator = strInfo.indexOf(":");
 398
 399       if(chainSeparator==-1)
 400         chainSeparator = strInfo.indexOf(".");
 401
 402       pdbResNum = Integer.parseInt(
 403           strInfo.substring(strInfo.indexOf("]")+ 1, chainSeparator));
 404
 405       String chainId;
 406
 407       if (strInfo.indexOf(":") > -1)
 408         chainId = strInfo.substring
 409             (strInfo.indexOf(":")+1, strInfo.indexOf("."));
 410       else
 411       {
 412         chainId = " ";
 413       }
 414
 415       if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(strInfo))
 416         ssm.mouseOverStructure(pdbResNum, chainId, pdbentry.getFile());
 417
 418       lastMessage = strInfo;
 419   }
 420
 421   StringBuffer resetLastRes = new StringBuffer();
 422   StringBuffer eval = new StringBuffer();
 423
 424   public void highlightAtom(int atomIndex, int pdbResNum, String chain, String pdbfile)
 425   {
 426     if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))
 427       return;
 428
 429     if (resetLastRes.length() > 0)
 430     {
 431       viewer.evalStringQuiet(resetLastRes.toString());
 432     }
 433
 434     eval.setLength(0);
 435     eval.append("select " + pdbResNum);
 436
 437     resetLastRes.setLength(0);
 438     resetLastRes.append("select " + pdbResNum);
 439
 440     if (!chain.equals(" "))
 441     {
 442       eval.append(":" + chain);
 443       resetLastRes.append(":" + chain);
 444     }
 445
 446     eval.append(";color gold;wireframe 100");
 447
 448     Color col = new Color(viewer.getAtomArgb(atomIndex));
 449
 450     resetLastRes.append(";color["
 451                         + col.getRed() + ","
 452                         + col.getGreen() + ","
 453                         + col.getBlue() + "];wireframe 0");
 454
 455     viewer.evalStringQuiet(eval.toString());
 456
 457   }
 458
 459   public void updateColours(Object source)
 460   {
 461     colourBySequence( (AlignmentPanel) source);
 462   }
 463
 464 //End StructureListener
 465 ////////////////////////////
 466
 467   public Color getColour(int atomIndex, int pdbResNum, String chain, String pdbfile)
 468   {
 469     if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))
 470       return null;
 471
 472     return new Color(viewer.getAtomArgb(atomIndex));
 473   }
 474
 475   FeatureRenderer fr;
 476   public void colourBySequence(AlignmentPanel ap)
 477   {
 478     if(!colourBySequence)
 479       return;
 480
 481
 482     StructureMapping[] mapping = ssm.getMapping(pdbentry.getFile());
 483
 484     if (mapping.length < 1)
 485       return;
 486
 487     SequenceRenderer sr = ap.seqPanel.seqCanvas.getSequenceRenderer();
 488
 489     boolean showFeatures = false;
 490     if (ap.av.showSequenceFeatures)
 491     {
 492       showFeatures = true;
 493       if (fr == null)
 494       {
 495         fr = new jalview.appletgui.FeatureRenderer(ap.av);
 496       }
 497
 498       fr.transferSettings(ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer());
 499     }
 500
 501     StringBuffer command = new StringBuffer();
 502
 503     int lastPos = -1;
 504     for (int s = 0; s < sequence.length; s++)
 505     {
 506       for (int m = 0; m < mapping.length; m++)
 507       {
 508         if (mapping[m].getSequence() == sequence[s]
 509             && ap.av.alignment.findIndex(sequence[s])>-1)
 510         {
 511           for (int r = 0; r < sequence[s].getLength(); r++)
 512           {
 513             int pos = mapping[m].getPDBResNum(
 514                 sequence[s].findPosition(r));
 515
 516             if (pos < 1 || pos==lastPos)
 517               continue;
 518
 519             lastPos = pos;
 520
 521             Color col = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], r);
 522
 523             if (showFeatures)
 524               col = fr.findFeatureColour(col, sequence[s], r);
 525
 526             if (command.toString().endsWith(":" + mapping[m].getChain()+
 527                                             ";color["
 528                                             + col.getRed() + ","
 529                                             + col.getGreen() + ","
 530                                             + col.getBlue() + "]"))
 531             {
 532               command = condenseCommand(command.toString(), pos);
 533               continue;
 534             }
 535
 536             command.append(";select " + pos);
 537
 538             if (!mapping[m].getChain().equals(" "))
 539             {
 540               command.append(":" + mapping[m].getChain());
 541             }
 542
 543             command.append(";color["
 544                              + col.getRed() + ","
 545                              + col.getGreen() + ","
 546                              + col.getBlue() + "]");
 547
 548           }
 549           break;
 550         }
 551       }
 552     }
 553
 554     viewer.evalStringQuiet(command.toString());
 555   }
 556
 557   StringBuffer condenseCommand(String command, int pos)
 558   {
 559
 560     StringBuffer sb = new StringBuffer(command.substring(0, command.lastIndexOf("select")+7));
 561
 562     command = command.substring(sb.length());
 563
 564     String start;
 565
 566     if (command.indexOf("-") > -1)
 567     {
 568       start = command.substring(0,command.indexOf("-"));
 569     }
 570     else
 571     {
 572       start = command.substring(0, command.indexOf(":"));
 573     }
 574
 575     sb.append(start+"-"+pos+command.substring(command.indexOf(":")));
 576
 577     return sb;
 578   }
 579
 580   /////////////////////////////////
 581   //JmolStatusListener
 582
 583   public String eval(String strEval)
 584   {
 585    // System.out.println(strEval);
 586    //"# 'eval' is implemented only for the applet.";
 587     return null;
 588   }
 589
 590   public void createImage(String file, String type, int quality)
 591   {}
 592
 593   public void setCallbackFunction(String callbackType,
 594                                   String callbackFunction)
 595   {}
 596
 597   public void notifyFileLoaded(String fullPathName, String fileName,
 598                                String modelName, Object clientFile,
 599                                String errorMsg)
 600   {
 601     if(errorMsg!=null)
 602     {
 603       fileLoadingError = errorMsg;
 604       repaint();
 605       return;
 606     }
 607
 608     fileLoadingError = null;
 609
 610     if (fileName != null)
 611     {
 612       //FILE LOADED OK
 613       jmolpopup.updateComputedMenus();
 614             viewer.evalStringQuiet(
 615           "select backbone;restrict;cartoon;wireframe off;spacefill off");
 616
 617       ssm = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager();
 618
 619       MCview.PDBfile pdb;
 620       if (loadedInline)
 621       {
 622         pdb = ssm.setMapping(sequence,chains,
 623                                 pdbentry.getFile(),
 624                                 AppletFormatAdapter.PASTE);
 625         pdbentry.setFile("INLINE"+pdb.id);
 626       }
 627       else
 628       {
 629          pdb = ssm.setMapping(sequence,chains,
 630                               pdbentry.getFile(),
 631                               AppletFormatAdapter.URL);
 632       }
 633
 634       pdbentry.setId(pdb.id);
 635
 636       ssm.addStructureViewerListener(this);
 637
 638       Vector chains = new Vector();
 639       for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++)
 640       {
 641         chains.addElement( ( (MCview.PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).id);
 642       }
 643       setChainMenuItems(chains);
 644
 645       colourBySequence(ap);
 646
 647       StringBuffer title = new StringBuffer(sequence[0].getName() + ":" +
 648                                             pdbentry.getId());
 649
 650       if (pdbentry.getProperty() != null)
 651       {
 652         if (pdbentry.getProperty().get("method") != null)
 653         {
 654           title.append(" Method: ");
 655           title.append(pdbentry.getProperty().get("method"));
 656         }
 657         if (pdbentry.getProperty().get("chains") != null)
 658         {
 659           title.append(" Chain:");
 660           title.append(pdbentry.getProperty().get("chains"));
 661         }
 662       }
 663
 664       this.setTitle(title.toString());
 665
 666     }
 667     else
 668       return;
 669   }
 670
 671   public void notifyFrameChanged(int frameNo)
 672   {
 673     boolean isAnimationRunning = (frameNo <= -2);
 674   }
 675
 676   public void notifyScriptStart(String statusMessage, String additionalInfo)
 677   {}
 678
 679   public void sendConsoleEcho(String strEcho)
 680   {
 681     if (scriptWindow == null)
 682       showConsole(true);
 683
 684     history.append("\n"+strEcho);
 685   }
 686
 687   public void sendConsoleMessage(String strStatus)
 688   {
 689     if(history!=null && strStatus!=null
 690        && !strStatus.equals("Script completed"))
 691     {
 692       history.append("\n"+strStatus);
 693     }
 694   }
 695
 696   public void notifyScriptTermination(String strStatus, int msWalltime)
 697   {  }
 698
 699   public void handlePopupMenu(int x, int y)
 700   {
 701     jmolpopup.show(x, y);
 702   }
 703
 704   public void notifyNewPickingModeMeasurement(int iatom, String strMeasure)
 705   {
 706     notifyAtomPicked(iatom, strMeasure);
 707   }
 708
 709   public void notifyNewDefaultModeMeasurement(int count, String strInfo)
 710   {}
 711
 712   public void notifyAtomPicked(int atomIndex, String strInfo)
 713   {
 714
 715     int chainSeparator = strInfo.indexOf(":");
 716
 717     if(chainSeparator==-1)
 718       chainSeparator = strInfo.indexOf(".");
 719
 720     String picked =
 721         strInfo.substring(strInfo.indexOf("]")+ 1, chainSeparator);
 722
 723
 724     if (strInfo.indexOf(":") > -1)
 725       picked+=strInfo.substring(strInfo.indexOf(":")+1,
 726                                strInfo.indexOf("."));
 727
 728     picked+=".C";
 729
 730     if (!atomsPicked.contains(picked))
 731     {
 732       viewer.evalString("select "+picked+";label %n %r:%c");
 733       atomsPicked.addElement(picked);
 734     }
 735     else
 736     {
 737       viewer.evalString("select "+picked+";label off");
 738       atomsPicked.removeElement(picked);
 739     }
 740   }
 741
 742   public void notifyAtomHovered(int atomIndex, String strInfo)
 743   {
 744     mouseOverStructure(atomIndex, strInfo);
 745   }
 746
 747   public void sendSyncScript(String script, String appletName)
 748   {}
 749
 750   public void showUrl(String url)
 751   {
 752     try{
 753       ap.av.applet.getAppletContext().showDocument(new java.net.URL(url),
 754           "jmolOutput");
 755     }catch(java.net.MalformedURLException ex)
 756     {}
 757   }
 758
 759   public void showConsole(boolean showConsole)
 760   {
 761     if (scriptWindow == null)
 762     {
 763       scriptWindow = new Panel(new BorderLayout());
 764       inputLine = new TextField();
 765       history = new TextArea(5, 40);
 766       scriptWindow.add(history, BorderLayout.CENTER);
 767       scriptWindow.add(inputLine, BorderLayout.SOUTH);
 768       add(scriptWindow, BorderLayout.SOUTH);
 769       scriptWindow.setVisible(false);
 770       history.setEditable(false);
 771       inputLine.addKeyListener(this);
 772     }
 773
 774     scriptWindow.setVisible(!scriptWindow.isVisible());
 775     validate();
 776   }
 777
 778   public float functionXY(String functionName, int x, int y)
 779   {
 780     return 0;
 781   }
 782
 783   ///End JmolStatusListener
 784   ///////////////////////////////
 785
 786
 787   class RenderPanel
 788       extends Panel
 789   {
 790     Dimension currentSize = new Dimension();
 791     Rectangle rectClip = new Rectangle();
 792
 793     public void update(Graphics g) {
 794       paint(g);
 795     }
 796     public void paint(Graphics g)
 797     {
 798       currentSize = this.getSize();
 799       rectClip = g.getClipBounds();
 800
 801       if (viewer == null)
 802       {
 803         g.setColor(Color.black);
 804         g.fillRect(0, 0, currentSize.width, currentSize.height);
 805         g.setColor(Color.white);
 806         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 807         g.drawString("Retrieving PDB data....", 20, currentSize.height / 2);
 808       }
 809       else
 810       {
 811         viewer.renderScreenImage(g, currentSize, rectClip);
 812       }
 813     }
 814   }
 815
 816 }