src/jalview/appletgui/AppletJmol.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19
  20 package jalview.appletgui;
  21
  22 import java.util.*;
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.event.*;
  25
  26 import jalview.datamodel.*;
  27 import jalview.structure.*;
  28 import jalview.io.*;
  29
  30 import org.jmol.api.*;
  31 import org.jmol.adapter.smarter.SmarterJmolAdapter;
  32
  33 import org.jmol.popup.*;
  34 import jalview.schemes.*;
  35
  36
  37 public class AppletJmol extends Frame
  38     implements  StructureListener, JmolStatusListener,
  39     KeyListener, ActionListener, ItemListener
  40
  41 {
  42   Menu fileMenu = new Menu("File");
  43   Menu viewMenu = new Menu("View");
  44   Menu coloursMenu = new Menu("Colours");
  45   Menu chainMenu = new Menu("Show Chain");
  46   Menu helpMenu = new Menu("Help");
  47   MenuItem mappingMenuItem = new MenuItem("View Mapping");
  48
  49   CheckboxMenuItem seqColour = new CheckboxMenuItem("By Sequence", true);
  50   MenuItem chain = new MenuItem("By Chain");
  51   MenuItem charge = new MenuItem("Charge & Cysteine");
  52   MenuItem zappo = new MenuItem("Zappo");
  53   MenuItem taylor = new MenuItem("Taylor");
  54   MenuItem hydro = new MenuItem("Hydrophobicity");
  55   MenuItem helix = new MenuItem("Helix Propensity");
  56   MenuItem strand = new MenuItem("Strand Propensity");
  57   MenuItem turn = new MenuItem("Turn Propensity");
  58   MenuItem buried = new MenuItem("Buried Index");
  59   MenuItem user = new MenuItem("User Defined Colours");
  60
  61   MenuItem jmolHelp = new MenuItem("Jmol Help");
  62
  63   JmolViewer viewer;
  64   JmolPopup jmolpopup;
  65
  66   Panel scriptWindow;
  67   TextField inputLine;
  68   TextArea history;
  69   SequenceI[] sequence;
  70   StructureSelectionManager ssm;
  71   RenderPanel renderPanel;
  72   AlignmentPanel ap;
  73   String fileLoadingError;
  74   boolean loadedInline;
  75   PDBEntry pdbentry;
  76   boolean colourBySequence = true;
  77   Vector atomsPicked = new Vector();
  78
  79   public AppletJmol(PDBEntry pdbentry,
  80                     SequenceI[] seq,
  81                     AlignmentPanel ap,
  82                     String protocol)
  83   {
  84     this.ap = ap;
  85     this.sequence = seq;
  86     this.pdbentry = pdbentry;
  87
  88    String alreadyMapped = StructureSelectionManager
  89         .getStructureSelectionManager()
  90         .alreadyMappedToFile(pdbentry.getId());
  91
  92     if (alreadyMapped != null)
  93     {
  94        StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager()
  95             .setMapping(seq, pdbentry.getFile(), protocol);
  96        //PROMPT USER HERE TO ADD TO NEW OR EXISTING VIEW?
  97        //FOR NOW, LETS JUST OPEN A NEW WINDOW
  98     }
  99
 100     renderPanel = new RenderPanel();
 101
 102     this.add(renderPanel, BorderLayout.CENTER);
 103     viewer = JmolViewer.allocateViewer(renderPanel, new SmarterJmolAdapter());
 104
 105     viewer.setAppletContext("jalview",
 106                        ap.av.applet.getDocumentBase(),
 107                             ap.av.applet.getCodeBase(),
 108                             null);
 109
 110     viewer.setJmolStatusListener(this);
 111
 112     jmolpopup = JmolPopup.newJmolPopup(viewer);
 113
 114     this.addWindowListener(new WindowAdapter()
 115         {
 116           public void windowClosing(WindowEvent evt)
 117           {
 118             closeViewer();
 119           }
 120         });
 121
 122     MenuBar menuBar = new MenuBar();
 123     menuBar.add(fileMenu);
 124     fileMenu.add(mappingMenuItem);
 125     menuBar.add(viewMenu);
 126     mappingMenuItem.addActionListener(this);
 127     viewMenu.add(chainMenu);
 128     menuBar.add(coloursMenu);
 129     menuBar.add(helpMenu);
 130
 131     charge.addActionListener(this);
 132     hydro.addActionListener(this);
 133     chain.addActionListener(this);
 134     seqColour.addItemListener(this);
 135     zappo.addActionListener(this);
 136     taylor.addActionListener(this);
 137     helix.addActionListener(this);
 138     strand.addActionListener(this);
 139     turn.addActionListener(this);
 140     buried.addActionListener(this);
 141     user.addActionListener(this);
 142
 143     jmolHelp.addActionListener(this);
 144
 145     coloursMenu.add(seqColour);
 146     coloursMenu.add(chain);
 147     coloursMenu.add(charge);
 148     coloursMenu.add(zappo);
 149     coloursMenu.add(taylor);
 150     coloursMenu.add(hydro);
 151     coloursMenu.add(helix);
 152     coloursMenu.add(strand);
 153     coloursMenu.add(turn);
 154     coloursMenu.add(buried);
 155     coloursMenu.add(user);
 156
 157     helpMenu.add(jmolHelp);
 158
 159     this.setMenuBar(menuBar);
 160
 161     if(pdbentry.getFile()!=null)
 162     {
 163       if (protocol.equals(AppletFormatAdapter.PASTE))
 164         loadInline(pdbentry.getFile());
 165       else
 166           viewer.openFile(pdbentry.getFile());
 167     }
 168
 169     this.setBounds(400, 400, 400, 400);
 170
 171     this.setVisible(true);
 172   }
 173
 174   public void loadInline(String string)
 175   {
 176     loadedInline = true;
 177     viewer.openStringInline(string);
 178   }
 179
 180
 181   void setChainMenuItems(Vector chains)
 182   {
 183     chainMenu.removeAll();
 184
 185     MenuItem menuItem = new MenuItem("All");
 186     menuItem.addActionListener(this);
 187
 188     chainMenu.add(menuItem);
 189
 190     CheckboxMenuItem menuItemCB;
 191     for (int c = 0; c < chains.size(); c++)
 192     {
 193       menuItemCB = new CheckboxMenuItem(chains.elementAt(c).toString(), true);
 194       menuItemCB.addItemListener(this);
 195       chainMenu.add(menuItemCB);
 196     }
 197   }
 198
 199   boolean allChainsSelected = false;
 200   void centerViewer()
 201   {
 202     StringBuffer cmd = new StringBuffer();
 203     for (int i = 0; i < chainMenu.getItemCount(); i++)
 204     {
 205       if (chainMenu.getItem(i) instanceof CheckboxMenuItem)
 206       {
 207         CheckboxMenuItem item = (CheckboxMenuItem) chainMenu.getItem(i);
 208         if (item.getState())
 209           cmd.append(":" + item.getLabel() + " or ");
 210       }
 211     }
 212
 213     if (cmd.length() > 0)
 214       cmd.setLength(cmd.length() - 4);
 215
 216     viewer.evalString("select *;restrict "
 217                       + cmd + ";cartoon;center " + cmd);
 218   }
 219
 220
 221   void closeViewer()
 222   {
 223     viewer.setModeMouse(org.jmol.viewer.JmolConstants.MOUSE_NONE);
 224     viewer.evalStringQuiet("zap");
 225     viewer.setJmolStatusListener(null);
 226     viewer = null;
 227
 228     //We'll need to find out what other
 229     // listeners need to be shut down in Jmol
 230     StructureSelectionManager
 231         .getStructureSelectionManager()
 232         .removeStructureViewerListener(this, pdbentry.getId());
 233
 234     this.setVisible(false);
 235   }
 236
 237   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 238   {
 239     if(evt.getSource()==mappingMenuItem)
 240     {
 241       jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer cap
 242           = new jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer(false, null);
 243       Frame frame = new Frame();
 244       frame.add(cap);
 245
 246       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "PDB - Sequence Mapping", 550,
 247                                        600);
 248       cap.setText(
 249           StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager().printMapping(
 250               pdbentry.getFile())
 251           );
 252     }
 253     else if (evt.getSource() == charge)
 254     {
 255       colourBySequence = false;
 256       seqColour.setState(false);
 257       viewer.evalStringQuiet("select *;color white;select ASP,GLU;color red;"
 258                       +"select LYS,ARG;color blue;select CYS;color yellow");
 259     }
 260
 261     else if (evt.getSource() == chain)
 262     {
 263       colourBySequence = false;
 264       seqColour.setState(false);
 265       viewer.evalStringQuiet("select *;color chain");
 266     }
 267     else if (evt.getSource() == zappo)
 268     {
 269       setJalviewColourScheme(new ZappoColourScheme());
 270     }
 271     else if (evt.getSource() == taylor)
 272     {
 273      setJalviewColourScheme(new TaylorColourScheme());
 274     }
 275     else if (evt.getSource() == hydro)
 276     {
 277       setJalviewColourScheme(new HydrophobicColourScheme());
 278     }
 279     else if (evt.getSource() == helix)
 280     {
 281       setJalviewColourScheme(new HelixColourScheme());
 282     }
 283     else if (evt.getSource() == strand)
 284     {
 285       setJalviewColourScheme(new StrandColourScheme());
 286     }
 287     else if (evt.getSource() == turn)
 288     {
 289       setJalviewColourScheme(new TurnColourScheme());
 290     }
 291     else if (evt.getSource() == buried)
 292     {
 293       setJalviewColourScheme(new BuriedColourScheme());
 294     }
 295     else if (evt.getSource() == user)
 296     {
 297       new UserDefinedColours(this);
 298     }
 299     else if(evt.getSource() == jmolHelp)
 300     {
 301       try{
 302         ap.av.applet.getAppletContext().showDocument(
 303             new java.net.URL("http://jmol.sourceforge.net/docs/JmolUserGuide/"),
 304             "jmolHelp");
 305       }catch(java.net.MalformedURLException ex){}
 306     }
 307     else
 308     {
 309       allChainsSelected = true;
 310       for (int i = 0; i < chainMenu.getItemCount(); i++)
 311       {
 312         if (chainMenu.getItem(i) instanceof CheckboxMenuItem)
 313           ( (CheckboxMenuItem) chainMenu.getItem(i)).setState(true);
 314       }
 315       centerViewer();
 316       allChainsSelected = false;
 317     }
 318   }
 319
 320   public void setJalviewColourScheme(ColourSchemeI cs)
 321   {
 322     colourBySequence = false;
 323     seqColour.setState(false);
 324
 325     if(cs==null)
 326       return;
 327
 328     String res;
 329     int index;
 330     Color col;
 331
 332     Enumeration en = ResidueProperties.aa3Hash.keys();
 333     StringBuffer command = new StringBuffer("select *;color white;");
 334     while(en.hasMoreElements())
 335     {
 336       res = en.nextElement().toString();
 337       index = ((Integer) ResidueProperties.aa3Hash.get(res)).intValue();
 338       if(index>20)
 339         continue;
 340
 341       col = cs.findColour(ResidueProperties.aa[index].charAt(0));
 342
 343       command.append("select "+res+";color["
 344                         + col.getRed() + ","
 345                         + col.getGreen() + ","
 346                         + col.getBlue() + "];");
 347     }
 348
 349     viewer.evalStringQuiet(command.toString());
 350   }
 351
 352   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 353   {
 354     if (evt.getSource() == seqColour)
 355     {
 356       colourBySequence = seqColour.getState();
 357       colourBySequence(ap);
 358     }
 359     else if (!allChainsSelected)
 360       centerViewer();
 361   }
 362
 363   public void keyPressed(KeyEvent evt)
 364   {
 365     if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_ENTER
 366         && scriptWindow.isVisible())
 367     {
 368       viewer.evalString(inputLine.getText());
 369       history.append("\n$ "+inputLine.getText());
 370       inputLine.setText("");
 371     }
 372
 373   }
 374
 375   public void keyTyped(KeyEvent evt)
 376   {  }
 377
 378   public void keyReleased(KeyEvent evt){}
 379
 380   //////////////////////////////////
 381   ///StructureListener
 382   public String getPdbFile()
 383   {
 384     return "???";
 385   }
 386
 387
 388
 389   String lastMessage;
 390   public void mouseOverStructure(int atomIndex, String strInfo)
 391   {
 392       int pdbResNum;
 393
 394       int chainSeparator = strInfo.indexOf(":");
 395
 396       if(chainSeparator==-1)
 397         chainSeparator = strInfo.indexOf(".");
 398
 399       pdbResNum = Integer.parseInt(
 400           strInfo.substring(strInfo.indexOf("]")+ 1, chainSeparator));
 401
 402       String chainId;
 403
 404       if (strInfo.indexOf(":") > -1)
 405         chainId = strInfo.substring
 406             (strInfo.indexOf(":")+1, strInfo.indexOf("."));
 407       else
 408       {
 409         chainId = " ";
 410       }
 411
 412       if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(strInfo))
 413         ssm.mouseOverStructure(pdbResNum, chainId, pdbentry.getFile());
 414
 415       lastMessage = strInfo;
 416   }
 417
 418   StringBuffer resetLastRes = new StringBuffer();
 419   StringBuffer eval = new StringBuffer();
 420
 421   public void highlightAtom(int atomIndex, int pdbResNum, String chain, String pdbfile)
 422   {
 423     if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))
 424       return;
 425
 426     if (resetLastRes.length() > 0)
 427     {
 428       viewer.evalStringQuiet(resetLastRes.toString());
 429     }
 430
 431     eval.setLength(0);
 432     eval.append("select " + pdbResNum);
 433
 434     resetLastRes.setLength(0);
 435     resetLastRes.append("select " + pdbResNum);
 436
 437     if (!chain.equals(" "))
 438     {
 439       eval.append(":" + chain);
 440       resetLastRes.append(":" + chain);
 441     }
 442
 443     eval.append(";color gold;wireframe 100");
 444
 445     Color col = new Color(viewer.getAtomArgb(atomIndex));
 446
 447     resetLastRes.append(";color["
 448                         + col.getRed() + ","
 449                         + col.getGreen() + ","
 450                         + col.getBlue() + "];wireframe 0");
 451
 452     viewer.evalStringQuiet(eval.toString());
 453
 454   }
 455
 456   public void updateColours(Object source)
 457   {
 458     colourBySequence( (AlignmentPanel) source);
 459   }
 460
 461 //End StructureListener
 462 ////////////////////////////
 463
 464   public Color getColour(int atomIndex, int pdbResNum, String chain, String pdbfile)
 465   {
 466     if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))
 467       return null;
 468
 469     return new Color(viewer.getAtomArgb(atomIndex));
 470   }
 471
 472   FeatureRenderer fr;
 473   public void colourBySequence(AlignmentPanel ap)
 474   {
 475     if(!colourBySequence)
 476       return;
 477
 478
 479     StructureMapping[] mapping = ssm.getMapping(pdbentry.getFile());
 480
 481     if (mapping.length < 1)
 482       return;
 483
 484     SequenceRenderer sr = ap.seqPanel.seqCanvas.getSequenceRenderer();
 485
 486     boolean showFeatures = false;
 487     if (ap.av.showSequenceFeatures)
 488     {
 489       showFeatures = true;
 490       if (fr == null)
 491       {
 492         fr = new jalview.appletgui.FeatureRenderer(ap.av);
 493       }
 494
 495       fr.transferSettings(ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer());
 496     }
 497
 498     StringBuffer command = new StringBuffer();
 499
 500     int lastPos = -1;
 501     for (int s = 0; s < sequence.length; s++)
 502     {
 503       for (int m = 0; m < mapping.length; m++)
 504       {
 505         if (mapping[m].getSequence() == sequence[s]
 506             && ap.av.alignment.findIndex(sequence[s])>-1)
 507         {
 508           for (int r = 0; r < sequence[s].getLength(); r++)
 509           {
 510             int pos = mapping[m].getPDBResNum(
 511                 sequence[s].findPosition(r));
 512
 513             if (pos < 1 || pos==lastPos)
 514               continue;
 515
 516             lastPos = pos;
 517
 518             Color col = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], r);
 519
 520             if (showFeatures)
 521               col = fr.findFeatureColour(col, sequence[s], r);
 522
 523             if (command.toString().endsWith(":" + mapping[m].getChain()+
 524                                             ";color["
 525                                             + col.getRed() + ","
 526                                             + col.getGreen() + ","
 527                                             + col.getBlue() + "]"))
 528             {
 529               command = condenseCommand(command.toString(), pos);
 530               continue;
 531             }
 532
 533             command.append(";select " + pos);
 534
 535             if (!mapping[m].getChain().equals(" "))
 536             {
 537               command.append(":" + mapping[m].getChain());
 538             }
 539
 540             command.append(";color["
 541                              + col.getRed() + ","
 542                              + col.getGreen() + ","
 543                              + col.getBlue() + "]");
 544
 545           }
 546           break;
 547         }
 548       }
 549     }
 550
 551     viewer.evalStringQuiet(command.toString());
 552   }
 553
 554   StringBuffer condenseCommand(String command, int pos)
 555   {
 556
 557     StringBuffer sb = new StringBuffer(command.substring(0, command.lastIndexOf("select")+7));
 558
 559     command = command.substring(sb.length());
 560
 561     String start;
 562
 563     if (command.indexOf("-") > -1)
 564     {
 565       start = command.substring(0,command.indexOf("-"));
 566     }
 567     else
 568     {
 569       start = command.substring(0, command.indexOf(":"));
 570     }
 571
 572     sb.append(start+"-"+pos+command.substring(command.indexOf(":")));
 573
 574     return sb;
 575   }
 576
 577   /////////////////////////////////
 578   //JmolStatusListener
 579
 580   public String eval(String strEval)
 581   {
 582    // System.out.println(strEval);
 583    //"# 'eval' is implemented only for the applet.";
 584     return null;
 585   }
 586
 587   public void createImage(String file, String type, int quality)
 588   {}
 589
 590   public void setCallbackFunction(String callbackType,
 591                                   String callbackFunction)
 592   {}
 593
 594   public void notifyFileLoaded(String fullPathName, String fileName,
 595                                String modelName, Object clientFile,
 596                                String errorMsg)
 597   {
 598     if(errorMsg!=null)
 599     {
 600       fileLoadingError = errorMsg;
 601       repaint();
 602       return;
 603     }
 604
 605     fileLoadingError = null;
 606
 607     if (fileName != null)
 608     {
 609       //FILE LOADED OK
 610       jmolpopup.updateComputedMenus();
 611             viewer.evalStringQuiet(
 612           "select backbone;restrict;cartoon;wireframe off;spacefill off");
 613
 614       ssm = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager();
 615
 616       MCview.PDBfile pdb;
 617       if (loadedInline)
 618       {
 619         pdb = ssm.setMapping(sequence,
 620                                 pdbentry.getFile(),
 621                                 AppletFormatAdapter.PASTE);
 622         pdbentry.setFile("INLINE"+pdb.id);
 623       }
 624       else
 625       {
 626          pdb = ssm.setMapping(sequence,
 627                               pdbentry.getFile(),
 628                               AppletFormatAdapter.URL);
 629       }
 630
 631       pdbentry.setId(pdb.id);
 632
 633       ssm.addStructureViewerListener(this);
 634
 635       Vector chains = new Vector();
 636       for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++)
 637       {
 638         chains.addElement( ( (MCview.PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).id);
 639       }
 640       setChainMenuItems(chains);
 641
 642       colourBySequence(ap);
 643
 644       StringBuffer title = new StringBuffer(sequence[0].getName() + ":" +
 645                                             pdbentry.getId());
 646
 647       if (pdbentry.getProperty() != null)
 648       {
 649         if (pdbentry.getProperty().get("method") != null)
 650         {
 651           title.append(" Method: ");
 652           title.append(pdbentry.getProperty().get("method"));
 653         }
 654         if (pdbentry.getProperty().get("chains") != null)
 655         {
 656           title.append(" Chain:");
 657           title.append(pdbentry.getProperty().get("chains"));
 658         }
 659       }
 660
 661       this.setTitle(title.toString());
 662
 663     }
 664     else
 665       return;
 666   }
 667
 668   public void notifyFrameChanged(int frameNo)
 669   {
 670     boolean isAnimationRunning = (frameNo <= -2);
 671   }
 672
 673   public void notifyScriptStart(String statusMessage, String additionalInfo)
 674   {}
 675
 676   public void sendConsoleEcho(String strEcho)
 677   {
 678     if (scriptWindow == null)
 679       showConsole(true);
 680
 681     history.append("\n"+strEcho);
 682   }
 683
 684   public void sendConsoleMessage(String strStatus)
 685   {
 686     if(history!=null && strStatus!=null
 687        && !strStatus.equals("Script completed"))
 688     {
 689       history.append("\n"+strStatus);
 690     }
 691   }
 692
 693   public void notifyScriptTermination(String strStatus, int msWalltime)
 694   {  }
 695
 696   public void handlePopupMenu(int x, int y)
 697   {
 698     jmolpopup.show(x, y);
 699   }
 700
 701   public void notifyNewPickingModeMeasurement(int iatom, String strMeasure)
 702   {
 703     notifyAtomPicked(iatom, strMeasure);
 704   }
 705
 706   public void notifyNewDefaultModeMeasurement(int count, String strInfo)
 707   {}
 708
 709   public void notifyAtomPicked(int atomIndex, String strInfo)
 710   {
 711
 712     int chainSeparator = strInfo.indexOf(":");
 713
 714     if(chainSeparator==-1)
 715       chainSeparator = strInfo.indexOf(".");
 716
 717     String picked =
 718         strInfo.substring(strInfo.indexOf("]")+ 1, chainSeparator);
 719
 720
 721     if (strInfo.indexOf(":") > -1)
 722       picked+=strInfo.substring(strInfo.indexOf(":")+1,
 723                                strInfo.indexOf("."));
 724
 725     picked+=".C";
 726
 727     if (!atomsPicked.contains(picked))
 728     {
 729       viewer.evalString("select "+picked+";label %n %r:%c");
 730       atomsPicked.addElement(picked);
 731     }
 732     else
 733     {
 734       viewer.evalString("select "+picked+";label off");
 735       atomsPicked.removeElement(picked);
 736     }
 737   }
 738
 739   public void notifyAtomHovered(int atomIndex, String strInfo)
 740   {
 741     mouseOverStructure(atomIndex, strInfo);
 742   }
 743
 744   public void sendSyncScript(String script, String appletName)
 745   {}
 746
 747   public void showUrl(String url)
 748   {
 749     try{
 750       ap.av.applet.getAppletContext().showDocument(new java.net.URL(url),
 751           "jmolOutput");
 752     }catch(java.net.MalformedURLException ex)
 753     {}
 754   }
 755
 756   public void showConsole(boolean showConsole)
 757   {
 758     if (scriptWindow == null)
 759     {
 760       scriptWindow = new Panel(new BorderLayout());
 761       inputLine = new TextField();
 762       history = new TextArea(5, 40);
 763       scriptWindow.add(history, BorderLayout.CENTER);
 764       scriptWindow.add(inputLine, BorderLayout.SOUTH);
 765       add(scriptWindow, BorderLayout.SOUTH);
 766       scriptWindow.setVisible(false);
 767       history.setEditable(false);
 768       inputLine.addKeyListener(this);
 769     }
 770
 771     scriptWindow.setVisible(!scriptWindow.isVisible());
 772     validate();
 773   }
 774
 775   public float functionXY(String functionName, int x, int y)
 776   {
 777     return 0;
 778   }
 779
 780   ///End JmolStatusListener
 781   ///////////////////////////////
 782
 783
 784   class RenderPanel
 785       extends Panel
 786   {
 787     Dimension currentSize = new Dimension();
 788     Rectangle rectClip = new Rectangle();
 789
 790     public void update(Graphics g) {
 791       paint(g);
 792     }
 793     public void paint(Graphics g)
 794     {
 795       currentSize = this.getSize();
 796       rectClip = g.getClipBounds();
 797
 798       if (viewer == null)
 799       {
 800         g.setColor(Color.black);
 801         g.fillRect(0, 0, currentSize.width, currentSize.height);
 802         g.setColor(Color.white);
 803         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 804         g.drawString("Retrieving PDB data....", 20, currentSize.height / 2);
 805       }
 806       else
 807       {
 808         viewer.renderScreenImage(g, currentSize, rectClip);
 809       }
 810     }
 811   }
 812
 813 }