src/jalview/appletgui/AppletJmol.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.appletgui;
  19
  20 import java.util.*;
  21 import java.awt.*;
  22 import java.awt.event.*;
  23
  24 import jalview.datamodel.*;
  25 import jalview.structure.*;
  26 import jalview.io.*;
  27
  28 import org.jmol.api.*;
  29 import org.jmol.adapter.smarter.SmarterJmolAdapter;
  30
  31 import org.jmol.popup.*;
  32 import org.jmol.viewer.JmolConstants;
  33
  34 import jalview.schemes.*;
  35
  36 public class AppletJmol extends EmbmenuFrame implements StructureListener,
  37         JmolStatusListener, KeyListener, ActionListener, ItemListener
  38
  39 {
  40   Menu fileMenu = new Menu("File");
  41
  42   Menu viewMenu = new Menu("View");
  43
  44   Menu coloursMenu = new Menu("Colours");
  45
  46   Menu chainMenu = new Menu("Show Chain");
  47
  48   Menu helpMenu = new Menu("Help");
  49
  50   MenuItem mappingMenuItem = new MenuItem("View Mapping");
  51
  52   CheckboxMenuItem seqColour = new CheckboxMenuItem("By Sequence", true);
  53
  54   MenuItem chain = new MenuItem("By Chain");
  55
  56   MenuItem charge = new MenuItem("Charge & Cysteine");
  57
  58   MenuItem zappo = new MenuItem("Zappo");
  59
  60   MenuItem taylor = new MenuItem("Taylor");
  61
  62   MenuItem hydro = new MenuItem("Hydrophobicity");
  63
  64   MenuItem helix = new MenuItem("Helix Propensity");
  65
  66   MenuItem strand = new MenuItem("Strand Propensity");
  67
  68   MenuItem turn = new MenuItem("Turn Propensity");
  69
  70   MenuItem buried = new MenuItem("Buried Index");
  71
  72   MenuItem user = new MenuItem("User Defined Colours");
  73
  74   MenuItem jmolHelp = new MenuItem("Jmol Help");
  75
  76   JmolViewer viewer;
  77
  78   JmolPopup jmolpopup;
  79
  80   Panel scriptWindow;
  81
  82   TextField inputLine;
  83
  84   TextArea history;
  85
  86   SequenceI[] sequence;
  87
  88   String[] chains;
  89
  90   StructureSelectionManager ssm;
  91
  92   RenderPanel renderPanel;
  93
  94   AlignmentPanel ap;
  95
  96   String fileLoadingError;
  97
  98   boolean loadedInline;
  99
 100   PDBEntry pdbentry;
 101
 102   boolean colourBySequence = true;
 103
 104   Vector atomsPicked = new Vector();
 105
 106   /**
 107    * datasource protocol for access to PDBEntry
 108    */
 109   String protocol = null;
 110
 111   public AppletJmol(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq, String[] chains,
 112           AlignmentPanel ap, String protocol)
 113   {
 114     this.ap = ap;
 115     this.sequence = seq;
 116     this.chains = chains;
 117     this.pdbentry = pdbentry;
 118     this.protocol = protocol;
 119     if (pdbentry.getId() == null || pdbentry.getId().length() < 1)
 120     {
 121       if (protocol.equals(AppletFormatAdapter.PASTE))
 122       {
 123         pdbentry.setId("PASTED PDB"
 124                 + (chains == null ? "_" : chains.toString()));
 125       }
 126       else
 127       {
 128         pdbentry.setId(pdbentry.getFile());
 129       }
 130     }
 131
 132     if (jalview.bin.JalviewLite.debug)
 133     {
 134       System.err
 135               .println("AppletJmol: PDB ID is '" + pdbentry.getId() + "'");
 136     }
 137
 138     String alreadyMapped = StructureSelectionManager
 139             .getStructureSelectionManager().alreadyMappedToFile(
 140                     pdbentry.getId());
 141     MCview.PDBfile reader = null;
 142     if (alreadyMapped != null)
 143     {
 144       reader = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager()
 145               .setMapping(seq, chains, pdbentry.getFile(), protocol);
 146       // PROMPT USER HERE TO ADD TO NEW OR EXISTING VIEW?
 147       // FOR NOW, LETS JUST OPEN A NEW WINDOW
 148     }
 149     MenuBar menuBar = new MenuBar();
 150     menuBar.add(fileMenu);
 151     fileMenu.add(mappingMenuItem);
 152     menuBar.add(viewMenu);
 153     mappingMenuItem.addActionListener(this);
 154     viewMenu.add(chainMenu);
 155     menuBar.add(coloursMenu);
 156     menuBar.add(helpMenu);
 157
 158     charge.addActionListener(this);
 159     hydro.addActionListener(this);
 160     chain.addActionListener(this);
 161     seqColour.addItemListener(this);
 162     zappo.addActionListener(this);
 163     taylor.addActionListener(this);
 164     helix.addActionListener(this);
 165     strand.addActionListener(this);
 166     turn.addActionListener(this);
 167     buried.addActionListener(this);
 168     user.addActionListener(this);
 169
 170     jmolHelp.addActionListener(this);
 171
 172     coloursMenu.add(seqColour);
 173     coloursMenu.add(chain);
 174     coloursMenu.add(charge);
 175     coloursMenu.add(zappo);
 176     coloursMenu.add(taylor);
 177     coloursMenu.add(hydro);
 178     coloursMenu.add(helix);
 179     coloursMenu.add(strand);
 180     coloursMenu.add(turn);
 181     coloursMenu.add(buried);
 182     coloursMenu.add(user);
 183
 184     helpMenu.add(jmolHelp);
 185
 186     setMenuBar(menuBar);
 187
 188     renderPanel = new RenderPanel();
 189     embedMenuIfNeeded(renderPanel);
 190     this.add(renderPanel, BorderLayout.CENTER);
 191     viewer = JmolViewer.allocateViewer(renderPanel,
 192             new SmarterJmolAdapter(), "jalviewJmol", ap.av.applet.getDocumentBase(),
 193             ap.av.applet.getCodeBase(), "", this);
 194
 195     jmolpopup = JmolPopup.newJmolPopup(viewer, true, "Jmol", true);
 196
 197     this.addWindowListener(new WindowAdapter()
 198     {
 199       public void windowClosing(WindowEvent evt)
 200       {
 201         closeViewer();
 202       }
 203     });
 204
 205     if (pdbentry.getFile() != null)
 206     {
 207       // import structure data from pdbentry.getFile based on given protocol
 208       if (protocol.equals(AppletFormatAdapter.PASTE))
 209       {
 210         loadInline(pdbentry.getFile());
 211       }
 212       else if (protocol.equals(AppletFormatAdapter.FILE)
 213               || protocol.equals(AppletFormatAdapter.URL))
 214       {
 215         viewer.openFile(pdbentry.getFile());
 216       }
 217       else
 218       {
 219         // probably CLASSLOADER based datasource..
 220         // Try and get a reader on the datasource, and pass that to Jmol
 221         try
 222         {
 223           java.io.Reader freader = null;
 224           if (reader != null)
 225           {
 226             if (jalview.bin.JalviewLite.debug)
 227             {
 228               System.err
 229                       .println("AppletJmol:Trying to reuse existing PDBfile IO parser.");
 230             }
 231             // re-use the one we opened earlier
 232             freader = reader.getReader();
 233           }
 234           if (freader == null)
 235           {
 236             if (jalview.bin.JalviewLite.debug)
 237             {
 238               System.err
 239                       .println("AppletJmol:Creating new PDBfile IO parser.");
 240             }
 241             FileParse fp = new FileParse(pdbentry.getFile(), protocol);
 242             fp.mark();
 243             // reader = new MCview.PDBfile(fp);
 244             // could set ID, etc.
 245             // if (!reader.isValid())
 246             // {
 247             // throw new Exception("Invalid datasource.
 248             // "+reader.getWarningMessage());
 249             // }
 250             // fp.reset();
 251             freader = fp.getReader();
 252           }
 253           if (freader == null)
 254           {
 255             throw new Exception(
 256                     "Invalid datasource. Could not obtain Reader.");
 257           }
 258           viewer.openReader(pdbentry.getFile(), pdbentry.getId(), freader);
 259         } catch (Exception e)
 260         {
 261           // give up!
 262           System.err.println("Couldn't access pdbentry id="
 263                   + pdbentry.getId() + " and file=" + pdbentry.getFile()
 264                   + " using protocol=" + protocol);
 265           e.printStackTrace();
 266         }
 267       }
 268     }
 269
 270     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(this, "Jmol", 400, 400);
 271   }
 272
 273   public void loadInline(String string)
 274   {
 275     loadedInline = true;
 276     viewer.openStringInline(string);
 277   }
 278
 279   void setChainMenuItems(Vector chains)
 280   {
 281     chainMenu.removeAll();
 282
 283     MenuItem menuItem = new MenuItem("All");
 284     menuItem.addActionListener(this);
 285
 286     chainMenu.add(menuItem);
 287
 288     CheckboxMenuItem menuItemCB;
 289     for (int c = 0; c < chains.size(); c++)
 290     {
 291       menuItemCB = new CheckboxMenuItem(chains.elementAt(c).toString(),
 292               true);
 293       menuItemCB.addItemListener(this);
 294       chainMenu.add(menuItemCB);
 295     }
 296   }
 297
 298   boolean allChainsSelected = false;
 299
 300   void centerViewer()
 301   {
 302     StringBuffer cmd = new StringBuffer();
 303     for (int i = 0; i < chainMenu.getItemCount(); i++)
 304     {
 305       if (chainMenu.getItem(i) instanceof CheckboxMenuItem)
 306       {
 307         CheckboxMenuItem item = (CheckboxMenuItem) chainMenu.getItem(i);
 308         if (item.getState())
 309           cmd.append(":" + item.getLabel() + " or ");
 310       }
 311     }
 312
 313     if (cmd.length() > 0)
 314       cmd.setLength(cmd.length() - 4);
 315
 316     viewer
 317             .evalString("select *;restrict " + cmd + ";cartoon;center "
 318                     + cmd);
 319   }
 320
 321   void closeViewer()
 322   {
 323     viewer.setModeMouse(org.jmol.viewer.JmolConstants.MOUSE_NONE);
 324     viewer.evalStringQuiet("zap");
 325     viewer.setJmolStatusListener(null);
 326     viewer = null;
 327
 328     // We'll need to find out what other
 329     // listeners need to be shut down in Jmol
 330     StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager()
 331             .removeStructureViewerListener(this, pdbentry.getId());
 332
 333     this.setVisible(false);
 334   }
 335
 336   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 337   {
 338     if (evt.getSource() == mappingMenuItem)
 339     {
 340       jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer cap = new jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer(
 341               false, null);
 342       Frame frame = new Frame();
 343       frame.add(cap);
 344
 345       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "PDB - Sequence Mapping",
 346               550, 600);
 347       cap.setText(StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager()
 348               .printMapping(pdbentry.getFile()));
 349     }
 350     else if (evt.getSource() == charge)
 351     {
 352       colourBySequence = false;
 353       seqColour.setState(false);
 354       viewer
 355               .evalStringQuiet("select *;color white;select ASP,GLU;color red;"
 356                       + "select LYS,ARG;color blue;select CYS;color yellow");
 357     }
 358
 359     else if (evt.getSource() == chain)
 360     {
 361       colourBySequence = false;
 362       seqColour.setState(false);
 363       viewer.evalStringQuiet("select *;color chain");
 364     }
 365     else if (evt.getSource() == zappo)
 366     {
 367       setJalviewColourScheme(new ZappoColourScheme());
 368     }
 369     else if (evt.getSource() == taylor)
 370     {
 371       setJalviewColourScheme(new TaylorColourScheme());
 372     }
 373     else if (evt.getSource() == hydro)
 374     {
 375       setJalviewColourScheme(new HydrophobicColourScheme());
 376     }
 377     else if (evt.getSource() == helix)
 378     {
 379       setJalviewColourScheme(new HelixColourScheme());
 380     }
 381     else if (evt.getSource() == strand)
 382     {
 383       setJalviewColourScheme(new StrandColourScheme());
 384     }
 385     else if (evt.getSource() == turn)
 386     {
 387       setJalviewColourScheme(new TurnColourScheme());
 388     }
 389     else if (evt.getSource() == buried)
 390     {
 391       setJalviewColourScheme(new BuriedColourScheme());
 392     }
 393     else if (evt.getSource() == user)
 394     {
 395       new UserDefinedColours(this);
 396     }
 397     else if (evt.getSource() == jmolHelp)
 398     {
 399       try
 400       {
 401         ap.av.applet.getAppletContext().showDocument(
 402                 new java.net.URL(
 403                         "http://jmol.sourceforge.net/docs/JmolUserGuide/"),
 404                 "jmolHelp");
 405       } catch (java.net.MalformedURLException ex)
 406       {
 407       }
 408     }
 409     else
 410     {
 411       allChainsSelected = true;
 412       for (int i = 0; i < chainMenu.getItemCount(); i++)
 413       {
 414         if (chainMenu.getItem(i) instanceof CheckboxMenuItem)
 415           ((CheckboxMenuItem) chainMenu.getItem(i)).setState(true);
 416       }
 417       centerViewer();
 418       allChainsSelected = false;
 419     }
 420   }
 421
 422   public void setJalviewColourScheme(ColourSchemeI cs)
 423   {
 424     colourBySequence = false;
 425     seqColour.setState(false);
 426
 427     if (cs == null)
 428       return;
 429
 430     String res;
 431     int index;
 432     Color col;
 433
 434     Enumeration en = ResidueProperties.aa3Hash.keys();
 435     StringBuffer command = new StringBuffer("select *;color white;");
 436     while (en.hasMoreElements())
 437     {
 438       res = en.nextElement().toString();
 439       index = ((Integer) ResidueProperties.aa3Hash.get(res)).intValue();
 440       if (index > 20)
 441         continue;
 442
 443       col = cs.findColour(ResidueProperties.aa[index].charAt(0));
 444
 445       command.append("select " + res + ";color[" + col.getRed() + ","
 446               + col.getGreen() + "," + col.getBlue() + "];");
 447     }
 448
 449     viewer.evalStringQuiet(command.toString());
 450   }
 451
 452   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 453   {
 454     if (evt.getSource() == seqColour)
 455     {
 456       lastCommand = null;
 457       colourBySequence = seqColour.getState();
 458       colourBySequence(ap);
 459     }
 460     else if (!allChainsSelected)
 461       centerViewer();
 462   }
 463
 464   public void keyPressed(KeyEvent evt)
 465   {
 466     if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_ENTER && scriptWindow.isVisible())
 467     {
 468       viewer.evalString(inputLine.getText());
 469       history.append("\n$ " + inputLine.getText());
 470       inputLine.setText("");
 471     }
 472
 473   }
 474
 475   public void keyTyped(KeyEvent evt)
 476   {
 477   }
 478
 479   public void keyReleased(KeyEvent evt)
 480   {
 481   }
 482
 483   // ////////////////////////////////
 484   // /StructureListener
 485   public String getPdbFile()
 486   {
 487     return "???";
 488   }
 489
 490   String lastMessage;
 491
 492   public void mouseOverStructure(int atomIndex, String strInfo)
 493   {
 494     int pdbResNum;
 495
 496     int chainSeparator = strInfo.indexOf(":");
 497
 498     if (chainSeparator == -1)
 499       chainSeparator = strInfo.indexOf(".");
 500
 501     pdbResNum = Integer.parseInt(strInfo.substring(
 502             strInfo.indexOf("]") + 1, chainSeparator));
 503
 504     String chainId;
 505
 506     if (strInfo.indexOf(":") > -1)
 507       chainId = strInfo.substring(strInfo.indexOf(":") + 1, strInfo
 508               .indexOf("."));
 509     else
 510     {
 511       chainId = " ";
 512     }
 513
 514     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(strInfo))
 515       ssm.mouseOverStructure(pdbResNum, chainId, pdbentry.getFile());
 516
 517     lastMessage = strInfo;
 518   }
 519
 520   StringBuffer resetLastRes = new StringBuffer();
 521
 522   StringBuffer eval = new StringBuffer();
 523
 524   public void highlightAtom(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
 525           String pdbfile)
 526   {
 527     if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))
 528       return;
 529
 530     if (resetLastRes.length() > 0)
 531     {
 532       viewer.evalStringQuiet(resetLastRes.toString());
 533     }
 534
 535     eval.setLength(0);
 536     eval.append("select " + pdbResNum);
 537
 538     resetLastRes.setLength(0);
 539     resetLastRes.append("select " + pdbResNum);
 540
 541     eval.append(":");
 542     resetLastRes.append(":");
 543     if (!chain.equals(" "))
 544     {
 545       eval.append(chain);
 546       resetLastRes.append(chain);
 547     }
 548
 549     eval.append(";wireframe 100;" + eval.toString() + " and not hetero;");
 550
 551     resetLastRes.append(";wireframe 0;" + resetLastRes.toString()
 552             + " and not hetero; spacefill 0;");
 553
 554     eval.append("spacefill 200;select none");
 555
 556     viewer.evalStringQuiet(eval.toString());
 557
 558   }
 559
 560   public void updateColours(Object source)
 561   {
 562     colourBySequence((AlignmentPanel) source);
 563   }
 564
 565   // End StructureListener
 566   // //////////////////////////
 567
 568   public Color getColour(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
 569           String pdbfile)
 570   {
 571     if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))
 572       return null;
 573
 574     return new Color(viewer.getAtomArgb(atomIndex));
 575   }
 576
 577   String lastCommand;
 578
 579   FeatureRenderer fr = null;
 580
 581   public void colourBySequence(AlignmentPanel sourceap)
 582   {
 583     this.ap = sourceap;
 584
 585     if (!colourBySequence)
 586       return;
 587
 588     StructureMapping[] mapping = ssm.getMapping(pdbentry.getFile());
 589
 590     if (mapping.length < 1)
 591       return;
 592
 593     SequenceRenderer sr = new SequenceRenderer(ap.av);
 594
 595     boolean showFeatures = false;
 596
 597     if (ap.av.showSequenceFeatures)
 598     {
 599       showFeatures = true;
 600       if (fr == null)
 601       {
 602         fr = new jalview.appletgui.FeatureRenderer(ap.av);
 603       }
 604
 605       fr.transferSettings(ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer());
 606     }
 607
 608     StringBuffer command = new StringBuffer();
 609
 610     int lastPos = -1;
 611     for (int s = 0; s < sequence.length; s++)
 612     {
 613       for (int sp, m = 0; m < mapping.length; m++)
 614       {
 615         if (mapping[m].getSequence() == sequence[s]
 616                 && (sp = ap.av.alignment.findIndex(sequence[s])) > -1)
 617         {
 618           SequenceI asp = ap.av.alignment.getSequenceAt(sp);
 619           for (int r = 0; r < asp.getLength(); r++)
 620           {
 621             // no mapping to gaps in sequence
 622             if (jalview.util.Comparison.isGap(asp.getCharAt(r)))
 623             {
 624               continue;
 625             }
 626             int pos = mapping[m].getPDBResNum(asp.findPosition(r));
 627
 628             if (pos < 1 || pos == lastPos)
 629               continue;
 630
 631             lastPos = pos;
 632
 633             Color col = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], r);
 634
 635             if (showFeatures)
 636               col = fr.findFeatureColour(col, sequence[s], r);
 637
 638             if (command.toString().endsWith(
 639                     ":" + mapping[m].getChain() + ";color[" + col.getRed()
 640                             + "," + col.getGreen() + "," + col.getBlue()
 641                             + "]"))
 642             {
 643               command = condenseCommand(command.toString(), pos);
 644               continue;
 645             }
 646
 647             command.append(";select " + pos);
 648
 649             if (!mapping[m].getChain().equals(" "))
 650             {
 651               command.append(":" + mapping[m].getChain());
 652             }
 653
 654             command.append(";color[" + col.getRed() + "," + col.getGreen()
 655                     + "," + col.getBlue() + "]");
 656           }
 657           break;
 658         }
 659       }
 660     }
 661
 662     if (lastCommand == null || !lastCommand.equals(command.toString()))
 663     {
 664       viewer.evalStringQuiet(command.toString());
 665     }
 666     lastCommand = command.toString();
 667   }
 668
 669   StringBuffer condenseCommand(String command, int pos)
 670   {
 671
 672     StringBuffer sb = new StringBuffer(command.substring(0, command
 673             .lastIndexOf("select") + 7));
 674
 675     command = command.substring(sb.length());
 676
 677     String start;
 678
 679     if (command.indexOf("-") > -1)
 680     {
 681       start = command.substring(0, command.indexOf("-"));
 682     }
 683     else
 684     {
 685       start = command.substring(0, command.indexOf(":"));
 686     }
 687
 688     sb.append(start + "-" + pos + command.substring(command.indexOf(":")));
 689
 690     return sb;
 691   }
 692
 693   // ///////////////////////////////
 694   // JmolStatusListener
 695
 696   public String eval(String strEval)
 697   {
 698     // System.out.println(strEval);
 699     // "# 'eval' is implemented only for the applet.";
 700     return null;
 701   }
 702
 703   public void createImage(String file, String type, int quality)
 704   {
 705   }
 706
 707   public void notifyFileLoaded(String fullPathName, String fileName,
 708           String modelName, String errorMsg, int modelParts)
 709   {
 710     if (errorMsg != null)
 711     {
 712       fileLoadingError = errorMsg;
 713       repaint();
 714       return;
 715     }
 716
 717     fileLoadingError = null;
 718
 719     if (fileName != null)
 720     {
 721       // TODO: do some checking using the modelPts number of parts against our own estimate of the number of chains
 722       // FILE LOADED OK
 723       jmolpopup.updateComputedMenus();
 724       viewer
 725               .evalStringQuiet("select backbone;restrict;cartoon;wireframe off;spacefill off");
 726
 727       ssm = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager();
 728       MCview.PDBfile pdb;
 729       if (loadedInline)
 730       {
 731         pdb = ssm.setMapping(sequence, chains, pdbentry.getFile(),
 732                 AppletFormatAdapter.PASTE);
 733         pdbentry.setFile("INLINE" + pdb.id);
 734       }
 735       else
 736       {
 737         // TODO: Jmol can in principle retrieve from CLASSLOADER but this needs
 738         // to be tested. See mantis bug
 739         // https://mantis.lifesci.dundee.ac.uk/view.php?id=36605
 740
 741         pdb = ssm.setMapping(sequence, chains, pdbentry.getFile(),
 742                 AppletFormatAdapter.URL);
 743
 744       }
 745
 746       pdbentry.setId(pdb.id);
 747
 748       ssm.addStructureViewerListener(this);
 749
 750       Vector chains = new Vector();
 751       for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++)
 752       {
 753         chains.addElement(((MCview.PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).id);
 754       }
 755       setChainMenuItems(chains);
 756
 757       colourBySequence(ap);
 758
 759       StringBuffer title = new StringBuffer(sequence[0].getName() + ":"
 760               + pdbentry.getId());
 761
 762       if (pdbentry.getProperty() != null)
 763       {
 764         if (pdbentry.getProperty().get("method") != null)
 765         {
 766           title.append(" Method: ");
 767           title.append(pdbentry.getProperty().get("method"));
 768         }
 769         if (pdbentry.getProperty().get("chains") != null)
 770         {
 771           title.append(" Chain:");
 772           title.append(pdbentry.getProperty().get("chains"));
 773         }
 774       }
 775
 776       this.setTitle(title.toString());
 777
 778     }
 779     else
 780       return;
 781   }
 782
 783   public void sendConsoleEcho(String strEcho)
 784   {
 785     if (scriptWindow == null)
 786       showConsole(true);
 787
 788     history.append("\n" + strEcho);
 789   }
 790
 791   public void sendConsoleMessage(String strStatus)
 792   {
 793     if (history != null && strStatus != null
 794             && !strStatus.equals("Script completed"))
 795     {
 796       history.append("\n" + strStatus);
 797     }
 798   }
 799
 800   public void notifyScriptTermination(String strStatus, int msWalltime)
 801   {
 802   }
 803
 804   public void handlePopupMenu(int x, int y)
 805   {
 806     jmolpopup.show(x, y);
 807   }
 808
 809   public void notifyNewPickingModeMeasurement(int iatom, String strMeasure)
 810   {
 811     notifyAtomPicked(iatom, strMeasure, null);
 812   }
 813
 814   public void notifyAtomPicked(int atomIndex, String strInfo, String strData)
 815   {
 816     if (strData!=null)
 817     {
 818       System.err.println("Ignoring additional pick data string "+strData);
 819     }
 820     int chainSeparator = strInfo.indexOf(":");
 821
 822     if (chainSeparator == -1)
 823       chainSeparator = strInfo.indexOf(".");
 824
 825     String picked = strInfo.substring(strInfo.indexOf("]") + 1,
 826             chainSeparator);
 827
 828     if (strInfo.indexOf(":") > -1)
 829       picked += strInfo.substring(strInfo.indexOf(":") + 1, strInfo
 830               .indexOf("."));
 831
 832     picked = "(("+picked+".CA" + ")|("+picked+".P"+"))";
 833
 834     if (!atomsPicked.contains(picked))
 835     {
 836       viewer.evalString("select " + picked + ";label %n %r:%c");
 837       atomsPicked.addElement(picked);
 838     }
 839     else
 840     {
 841       viewer.evalString("select " + picked + ";label off");
 842       atomsPicked.removeElement(picked);
 843     }
 844   }
 845
 846   public void notifyAtomHovered(int atomIndex, String strInfo, String data)
 847   {
 848     if (data!=null)
 849     {
 850       System.err.println("Ignoring additional hover info: "+data);
 851     }
 852     mouseOverStructure(atomIndex, strInfo);
 853   }
 854
 855
 856   public void showUrl(String url)
 857   {
 858     try
 859     {
 860       ap.av.applet.getAppletContext().showDocument(new java.net.URL(url),
 861               "jmolOutput");
 862     } catch (java.net.MalformedURLException ex)
 863     {
 864     }
 865   }
 866
 867   public void showConsole(boolean showConsole)
 868   {
 869     if (scriptWindow == null)
 870     {
 871       scriptWindow = new Panel(new BorderLayout());
 872       inputLine = new TextField();
 873       history = new TextArea(5, 40);
 874       scriptWindow.add(history, BorderLayout.CENTER);
 875       scriptWindow.add(inputLine, BorderLayout.SOUTH);
 876       add(scriptWindow, BorderLayout.SOUTH);
 877       scriptWindow.setVisible(false);
 878       history.setEditable(false);
 879       inputLine.addKeyListener(this);
 880     }
 881
 882     scriptWindow.setVisible(!scriptWindow.isVisible());
 883     validate();
 884   }
 885
 886   public float[][] functionXY(String functionName, int x, int y)
 887   {
 888     return null ;
 889   }
 890
 891   // /End JmolStatusListener
 892   // /////////////////////////////
 893
 894   class RenderPanel extends Panel
 895   {
 896     Dimension currentSize = new Dimension();
 897
 898     Rectangle rectClip = new Rectangle();
 899
 900     public void update(Graphics g)
 901     {
 902       paint(g);
 903     }
 904
 905     public void paint(Graphics g)
 906     {
 907       currentSize = this.getSize();
 908       rectClip = g.getClipBounds();
 909
 910       if (viewer == null)
 911       {
 912         g.setColor(Color.black);
 913         g.fillRect(0, 0, currentSize.width, currentSize.height);
 914         g.setColor(Color.white);
 915         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 916         g.drawString("Retrieving PDB data....", 20, currentSize.height / 2);
 917       }
 918       else
 919       {
 920         viewer.renderScreenImage(g, currentSize, rectClip);
 921       }
 922     }
 923   }
 924
 925   @Override
 926   public String createImage(String fileName, String type,
 927           Object textOrBytes, int quality)
 928   {
 929     // TODO Auto-generated method stub
 930     return null;
 931   }
 932
 933   @Override
 934   public float[][][] functionXYZ(String functionName, int nx, int ny, int nz)
 935   {
 936     // TODO Auto-generated method stub
 937     return null;
 938   }
 939
 940   @Override
 941   public Hashtable getRegistryInfo()
 942   {
 943     // TODO Auto-generated method stub
 944     return null;
 945   }
 946
 947   @Override
 948   public void notifyCallback(int type, Object[] data)
 949   {
 950     try {
 951     switch (type)
 952     {
 953     case JmolConstants.CALLBACK_LOADSTRUCT:
 954       notifyFileLoaded((String) data[1], (String) data[2],
 955               (String) data[3], (String) data[4], ((Integer) data[5]).intValue());
 956
 957       break;
 958     case JmolConstants.CALLBACK_PICK:
 959       notifyAtomPicked(((Integer) data[2]).intValue(), (String) data[1], (String) data[0]);
 960       // also highlight in alignment
 961     case JmolConstants.CALLBACK_HOVER:
 962       notifyAtomHovered(((Integer) data[2]).intValue(), (String) data[1], (String) data[0]);
 963       break;
 964     case JmolConstants.CALLBACK_SCRIPT:
 965       notifyScriptTermination((String)data[2], ((Integer)data[3]).intValue());
 966       break;
 967     case JmolConstants.CALLBACK_ECHO:
 968       sendConsoleEcho((String)data[1]);
 969       break;
 970     case JmolConstants.CALLBACK_MESSAGE:
 971       sendConsoleMessage((data==null) ? ((String) null) : (String)data[1]);
 972       break;
 973     case JmolConstants.CALLBACK_MEASURE:
 974     case JmolConstants.CALLBACK_CLICK:
 975       default:
 976         System.err.println("Unhandled callback "+type+" "+data);
 977         break;
 978     }
 979     }
 980     catch (Exception e)
 981     {
 982       System.err.println("Squashed Jmol callback handler error:");
 983       e.printStackTrace();
 984     }
 985   }
 986
 987   @Override
 988   public boolean notifyEnabled(int callbackPick)
 989   {
 990     switch (callbackPick)
 991     {
 992     case JmolConstants.CALLBACK_ECHO:
 993     case JmolConstants.CALLBACK_LOADSTRUCT:
 994     case JmolConstants.CALLBACK_MEASURE:
 995     case JmolConstants.CALLBACK_MESSAGE:
 996     case JmolConstants.CALLBACK_PICK:
 997     case JmolConstants.CALLBACK_SCRIPT:
 998     case JmolConstants.CALLBACK_HOVER:
 999     case JmolConstants.CALLBACK_ERROR:
1000       return true;
1001     case JmolConstants.CALLBACK_CLICK:
1002       case JmolConstants.CALLBACK_ANIMFRAME:
1003     case JmolConstants.CALLBACK_MINIMIZATION:
1004     case JmolConstants.CALLBACK_RESIZE:
1005     case JmolConstants.CALLBACK_SYNC:
1006     }
1007     return false;
1008   }
1009
1010   @Override
1011   public void setCallbackFunction(String callbackType,
1012           String callbackFunction)
1013   {
1014     System.err.println("Ignoring set-callback request to associate "+callbackType+" with function "+callbackFunction);
1015
1016   }
1017
1018 }