src/jalview/appletgui/AppletJmolBinding.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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  11  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  24 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26 import jalview.ext.jmol.JalviewJmolBinding;
  27 import jalview.gui.IProgressIndicator;
  28 import jalview.io.DataSourceType;
  29 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  30
  31 import java.awt.Container;
  32 import java.util.Map;
  33
  34 import org.jmol.api.JmolAppConsoleInterface;
  35 import org.jmol.console.AppletConsole;
  36 import org.jmol.java.BS;
  37
  38 class AppletJmolBinding extends JalviewJmolBinding
  39 {
  40
  41   /**
  42    * Window that contains the bound Jmol instance
  43    */
  44   private AppletJmol appletJmolBinding;
  45
  46   public AppletJmolBinding(AppletJmol appletJmol,
  47           StructureSelectionManager sSm, PDBEntry[] pdbentry,
  48           SequenceI[][] seq, DataSourceType protocol)
  49   {
  50     super(sSm, pdbentry, seq, protocol);
  51     appletJmolBinding = appletJmol;
  52   }
  53
  54   @Override
  55   public jalview.api.FeatureRenderer getFeatureRenderer(
  56           AlignmentViewPanel alignment)
  57   {
  58     return appletJmolBinding.ap.getFeatureRenderer();
  59   }
  60
  61   @Override
  62   public jalview.api.SequenceRenderer getSequenceRenderer(
  63           AlignmentViewPanel alignment)
  64   {
  65     return new SequenceRenderer(((AlignmentPanel) alignment).av);
  66   }
  67
  68   @Override
  69   public void sendConsoleEcho(String strEcho)
  70   {
  71     if (appletJmolBinding.scriptWindow == null)
  72     {
  73       appletJmolBinding.showConsole(true);
  74     }
  75
  76     appletJmolBinding.addToHistory(strEcho);
  77   }
  78
  79   @Override
  80   public void sendConsoleMessage(String strStatus)
  81   {
  82     if (appletJmolBinding.history != null && strStatus != null
  83             && !strStatus.equals("Script completed"))
  84     {
  85       appletJmolBinding.addToHistory(strStatus);
  86     }
  87   }
  88
  89   @Override
  90   public void showUrl(String url, String target)
  91   {
  92     appletJmolBinding.ap.alignFrame.showURL(url, target);
  93
  94   }
  95
  96   @Override
  97   public void refreshGUI()
  98   {
  99     appletJmolBinding.updateTitleAndMenus();
 100   }
 101
 102   @Override
 103   public void updateColours(Object source)
 104   {
 105     AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) source;
 106     colourBySequence(ap);
 107   }
 108
 109   @Override
 110   public void showUrl(String url)
 111   {
 112     try
 113     {
 114       appletJmolBinding.ap.av.applet.getAppletContext()
 115               .showDocument(new java.net.URL(url), "jmol");
 116     } catch (java.net.MalformedURLException ex)
 117     {
 118     }
 119   }
 120
 121   public void newJmolPopup(boolean translateLocale, String menuName,
 122           boolean asPopup)
 123   {
 124     // jmolpopup = new JmolAwtPopup(); // is this used?
 125     // jmolpopup.jpiInitialize((viewer), menuName);
 126   }
 127
 128   @Override
 129   public void notifyScriptTermination(String strStatus, int msWalltime)
 130   {
 131     // do nothing.
 132   }
 133
 134   @Override
 135   public void selectionChanged(BS arg0)
 136   {
 137     // TODO Auto-generated method stub
 138
 139   }
 140
 141   @Override
 142   public void refreshPdbEntries()
 143   {
 144     // noop
 145   }
 146
 147   @Override
 148   public void showConsole(boolean show)
 149   {
 150     appletJmolBinding.showConsole(show);
 151   }
 152
 153   @Override
 154   protected JmolAppConsoleInterface createJmolConsole(
 155           Container consolePanel, String buttonsToShow)
 156   {
 157     JmolAppConsoleInterface appc = new AppletConsole();
 158     appc.start(viewer);
 159     return appc;
 160   }
 161
 162   @Override
 163   protected void releaseUIResources()
 164   {
 165     appletJmolBinding = null;
 166     closeConsole();
 167   }
 168
 169   @Override
 170   public void releaseReferences(Object svl)
 171   {
 172   }
 173
 174   @Override
 175   public int[] resizeInnerPanel(String data)
 176   {
 177     // TODO Auto-generated method stub
 178     return null;
 179   }
 180
 181   @Override
 182   public Map<String, Object> getJSpecViewProperty(String arg0)
 183   {
 184     // TODO Auto-generated method stub
 185     return null;
 186   }
 187
 188   @Override
 189   protected IProgressIndicator getIProgressIndicator()
 190   {
 191     // no progress indicators on the applet
 192     return null;
 193   }
 194 }