src/jalview/appletgui/AppletJmolBinding.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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  11  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  24 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26 import jalview.ext.jmol.JalviewJmolBinding;
  27 import jalview.gui.IProgressIndicator;
  28 import jalview.io.DataSourceType;
  29 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  30
  31 import java.awt.Container;
  32 import java.util.Map;
  33
  34 import org.jmol.api.JmolAppConsoleInterface;
  35 import org.jmol.console.AppletConsole;
  36 import org.jmol.java.BS;
  37
  38 class AppletJmolBinding extends JalviewJmolBinding
  39 {
  40
  41   /**
  42    * Window that contains the bound Jmol instance
  43    */
  44   private AppletJmol appletJmolBinding;
  45
  46   public AppletJmolBinding(AppletJmol appletJmol,
  47           StructureSelectionManager sSm, PDBEntry[] pdbentry,
  48           SequenceI[][] seq, DataSourceType protocol)
  49   {
  50     super(sSm, pdbentry, seq, protocol);
  51     appletJmolBinding = appletJmol;
  52   }
  53
  54   @Override
  55   public jalview.api.FeatureRenderer getFeatureRenderer(
  56           AlignmentViewPanel alignment)
  57   {
  58     return appletJmolBinding.ap.getFeatureRenderer();
  59   }
  60
  61   @Override
  62   public void sendConsoleEcho(String strEcho)
  63   {
  64     if (appletJmolBinding.scriptWindow == null)
  65     {
  66       appletJmolBinding.showConsole(true);
  67     }
  68
  69     appletJmolBinding.addToHistory(strEcho);
  70   }
  71
  72   @Override
  73   public void sendConsoleMessage(String strStatus)
  74   {
  75     if (appletJmolBinding.history != null && strStatus != null
  76             && !strStatus.equals("Script completed"))
  77     {
  78       appletJmolBinding.addToHistory(strStatus);
  79     }
  80   }
  81
  82   @Override
  83   public void showUrl(String url, String target)
  84   {
  85     appletJmolBinding.ap.alignFrame.showURL(url, target);
  86
  87   }
  88
  89   @Override
  90   public void refreshGUI()
  91   {
  92     appletJmolBinding.updateTitleAndMenus();
  93   }
  94
  95   @Override
  96   public void updateColours(Object source)
  97   {
  98     AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) source;
  99     colourBySequence(ap);
 100   }
 101
 102   @Override
 103   public void showUrl(String url)
 104   {
 105     try
 106     {
 107       appletJmolBinding.ap.av.applet.getAppletContext()
 108               .showDocument(new java.net.URL(url), "jmol");
 109     } catch (java.net.MalformedURLException ex)
 110     {
 111     }
 112   }
 113
 114   public void newJmolPopup(boolean translateLocale, String menuName,
 115           boolean asPopup)
 116   {
 117     // jmolpopup = new JmolAwtPopup(); // is this used?
 118     // jmolpopup.jpiInitialize((viewer), menuName);
 119   }
 120
 121   @Override
 122   public void notifyScriptTermination(String strStatus, int msWalltime)
 123   {
 124     // do nothing.
 125   }
 126
 127   @Override
 128   public void selectionChanged(BS arg0)
 129   {
 130     // TODO Auto-generated method stub
 131
 132   }
 133
 134   @Override
 135   public void refreshPdbEntries()
 136   {
 137     // noop
 138   }
 139
 140   @Override
 141   public void showConsole(boolean show)
 142   {
 143     appletJmolBinding.showConsole(show);
 144   }
 145
 146   @Override
 147   protected JmolAppConsoleInterface createJmolConsole(
 148           Container consolePanel, String buttonsToShow)
 149   {
 150     JmolAppConsoleInterface appc = new AppletConsole();
 151     appc.start(viewer);
 152     return appc;
 153   }
 154
 155   @Override
 156   protected void releaseUIResources()
 157   {
 158     appletJmolBinding = null;
 159     closeConsole();
 160   }
 161
 162   @Override
 163   public void releaseReferences(Object svl)
 164   {
 165   }
 166
 167   @Override
 168   public int[] resizeInnerPanel(String data)
 169   {
 170     // TODO Auto-generated method stub
 171     return null;
 172   }
 173
 174   @Override
 175   public Map<String, Object> getJSpecViewProperty(String arg0)
 176   {
 177     // TODO Auto-generated method stub
 178     return null;
 179   }
 180
 181   @Override
 182   protected IProgressIndicator getIProgressIndicator()
 183   {
 184     // no progress indicators on the applet
 185     return null;
 186   }
 187 }