src/jalview/appletgui/AppletJmolBinding.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
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  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.appletgui;
  19
  20 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  21 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  22 import jalview.datamodel.SequenceI;
  23 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  24
  25 import java.awt.Container;
  26 import java.util.BitSet;
  27
  28 import org.jmol.api.JmolAppConsoleInterface;
  29 import org.jmol.api.JmolViewer;
  30 import org.jmol.popup.JmolPopup;
  31
  32 class AppletJmolBinding extends jalview.ext.jmol.JalviewJmolBinding
  33 {
  34
  35   /**
  36    * Window that contains the bound Jmol instance
  37    */
  38   private AppletJmol appletJmolBinding;
  39
  40   public AppletJmolBinding(AppletJmol appletJmol,
  41           StructureSelectionManager sSm, PDBEntry[] pdbentry,
  42           SequenceI[][] seq, String[][] chains, String protocol)
  43   {
  44     super(sSm, pdbentry, seq, chains, protocol);
  45     appletJmolBinding = appletJmol;
  46   }
  47
  48   public jalview.api.FeatureRenderer getFeatureRenderer(
  49           AlignmentViewPanel alignment)
  50   {
  51     AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) alignment;
  52     if (appletJmolBinding.ap.av.showSequenceFeatures)
  53     {
  54       if (appletJmolBinding.fr == null)
  55       {
  56         appletJmolBinding.fr = new jalview.appletgui.FeatureRenderer(
  57                 appletJmolBinding.ap.av);
  58       }
  59
  60       appletJmolBinding.fr
  61               .transferSettings(appletJmolBinding.ap.seqPanel.seqCanvas
  62                       .getFeatureRenderer());
  63     }
  64
  65     return appletJmolBinding.fr;
  66   }
  67
  68   public jalview.api.SequenceRenderer getSequenceRenderer(
  69           AlignmentViewPanel alignment)
  70   {
  71     return new SequenceRenderer(((AlignmentPanel) alignment).av);
  72   }
  73
  74   public void sendConsoleEcho(String strEcho)
  75   {
  76     if (appletJmolBinding.scriptWindow == null)
  77       appletJmolBinding.showConsole(true);
  78
  79     appletJmolBinding.history.append("\n" + strEcho);
  80   }
  81
  82   public void sendConsoleMessage(String strStatus)
  83   {
  84     if (appletJmolBinding.history != null && strStatus != null
  85             && !strStatus.equals("Script completed"))
  86     {
  87       appletJmolBinding.history.append("\n" + strStatus);
  88     }
  89   }
  90
  91   public void showUrl(String url, String target)
  92   {
  93     appletJmolBinding.ap.alignFrame.showURL(url, target);
  94
  95   }
  96
  97   public void refreshGUI()
  98   {
  99     appletJmolBinding.updateTitleAndMenus();
 100   }
 101
 102   public void updateColours(Object source)
 103   {
 104     AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) source;
 105     colourBySequence(ap.av.getShowSequenceFeatures(), ap);
 106   }
 107
 108   public void showUrl(String url)
 109   {
 110     try
 111     {
 112       appletJmolBinding.ap.av.applet.getAppletContext().showDocument(
 113               new java.net.URL(url), "jmol");
 114     } catch (java.net.MalformedURLException ex)
 115     {
 116     }
 117   }
 118
 119   public void newJmolPopup(boolean translateLocale, String menuName,
 120           boolean asPopup)
 121   {
 122
 123     jmolpopup = new JmolPopup();
 124     jmolpopup.initialize(viewer, translateLocale, menuName, asPopup);
 125   }
 126
 127   public void notifyScriptTermination(String strStatus, int msWalltime)
 128   {
 129     // do nothing.
 130   }
 131
 132   public void selectionChanged(BitSet arg0)
 133   {
 134     // TODO Auto-generated method stub
 135
 136   }
 137
 138   public void refreshPdbEntries()
 139   {
 140     // TODO Auto-generated method stub
 141
 142   }
 143
 144   @Override
 145   public void showConsole(boolean show)
 146   {
 147     appletJmolBinding.showConsole(show);
 148   }
 149
 150   @Override
 151   protected JmolAppConsoleInterface createJmolConsole(JmolViewer viewer2,
 152           Container consolePanel, String buttonsToShow)
 153   {
 154     // return new org.jmol.console.AppletConsole(viewer2, consolePanel);
 155     JmolAppConsoleInterface appc = new org.jmol.console.AppletConsole()
 156             .getAppConsole(viewer2);
 157     return appc;
 158   }
 159
 160   @Override
 161   protected void releaseUIResources()
 162   {
 163     appletJmolBinding = null;
 164     if (console != null)
 165     {
 166       try
 167       {
 168         console.setVisible(false);
 169       } catch (Error e)
 170       {
 171       } catch (Exception x)
 172       {
 173       }
 174       ;
 175       console = null;
 176     }
 177
 178   }
 179
 180   @Override
 181   public void releaseReferences(Object svl)
 182   {
 183   }
 184
 185   @Override
 186   public void resizeInnerPanel(String data)
 187   {
 188     // TODO Auto-generated method stub
 189
 190   }
 191 }