src/jalview/appletgui/AppletJmolBinding.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  24 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26 import jalview.ext.jmol.JalviewJmolBinding;
  27 import jalview.io.DataSourceType;
  28 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  29
  30 import java.awt.Container;
  31 import java.util.Map;
  32
  33 import org.jmol.api.JmolAppConsoleInterface;
  34 import org.jmol.console.AppletConsole;
  35 import org.jmol.java.BS;
  36
  37 class AppletJmolBinding extends JalviewJmolBinding
  38 {
  39
  40   /**
  41    * Window that contains the bound Jmol instance
  42    */
  43   private AppletJmol appletJmolBinding;
  44
  45   public AppletJmolBinding(AppletJmol appletJmol,
  46           StructureSelectionManager sSm, PDBEntry[] pdbentry,
  47           SequenceI[][] seq, DataSourceType protocol)
  48   {
  49     super(sSm, pdbentry, seq, protocol);
  50     appletJmolBinding = appletJmol;
  51   }
  52
  53   @Override
  54   public jalview.api.FeatureRenderer getFeatureRenderer(
  55           AlignmentViewPanel alignment)
  56   {
  57     AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) alignment;
  58     if (appletJmolBinding.ap.av.isShowSequenceFeatures())
  59     {
  60       if (appletJmolBinding.fr == null)
  61       {
  62         appletJmolBinding.fr = new jalview.appletgui.FeatureRenderer(
  63                 appletJmolBinding.ap.av);
  64       }
  65
  66       appletJmolBinding.fr
  67               .transferSettings(appletJmolBinding.ap.seqPanel.seqCanvas
  68                       .getFeatureRenderer());
  69     }
  70
  71     return appletJmolBinding.fr;
  72   }
  73
  74   @Override
  75   public jalview.api.SequenceRenderer getSequenceRenderer(
  76           AlignmentViewPanel alignment)
  77   {
  78     return new SequenceRenderer(((AlignmentPanel) alignment).av);
  79   }
  80
  81   @Override
  82   public void sendConsoleEcho(String strEcho)
  83   {
  84     if (appletJmolBinding.scriptWindow == null)
  85     {
  86       appletJmolBinding.showConsole(true);
  87     }
  88
  89     appletJmolBinding.addToHistory(strEcho);
  90   }
  91
  92   @Override
  93   public void sendConsoleMessage(String strStatus)
  94   {
  95     if (appletJmolBinding.history != null && strStatus != null
  96             && !strStatus.equals("Script completed"))
  97     {
  98       appletJmolBinding.addToHistory(strStatus);
  99     }
 100   }
 101
 102   @Override
 103   public void showUrl(String url, String target)
 104   {
 105     appletJmolBinding.ap.alignFrame.showURL(url, target);
 106
 107   }
 108
 109   @Override
 110   public void refreshGUI()
 111   {
 112     appletJmolBinding.updateTitleAndMenus();
 113   }
 114
 115   @Override
 116   public void updateColours(Object source)
 117   {
 118     AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) source;
 119     colourBySequence(ap);
 120   }
 121
 122   @Override
 123   public void showUrl(String url)
 124   {
 125     try
 126     {
 127       appletJmolBinding.ap.av.applet.getAppletContext().showDocument(
 128               new java.net.URL(url), "jmol");
 129     } catch (java.net.MalformedURLException ex)
 130     {
 131     }
 132   }
 133
 134   public void newJmolPopup(boolean translateLocale, String menuName,
 135           boolean asPopup)
 136   {
 137     // jmolpopup = new JmolAwtPopup(); // is this used?
 138     // jmolpopup.jpiInitialize((viewer), menuName);
 139   }
 140
 141   @Override
 142   public void notifyScriptTermination(String strStatus, int msWalltime)
 143   {
 144     // do nothing.
 145   }
 146
 147   @Override
 148   public void selectionChanged(BS arg0)
 149   {
 150     // TODO Auto-generated method stub
 151
 152   }
 153
 154   @Override
 155   public void refreshPdbEntries()
 156   {
 157     // noop
 158   }
 159
 160   @Override
 161   public void showConsole(boolean show)
 162   {
 163     appletJmolBinding.showConsole(show);
 164   }
 165
 166   @Override
 167   protected JmolAppConsoleInterface createJmolConsole(
 168           Container consolePanel, String buttonsToShow)
 169   {
 170     JmolAppConsoleInterface appc = new AppletConsole();
 171     appc.start(viewer);
 172     return appc;
 173   }
 174
 175   @Override
 176   protected void releaseUIResources()
 177   {
 178     appletJmolBinding = null;
 179     closeConsole();
 180   }
 181
 182   @Override
 183   public void releaseReferences(Object svl)
 184   {
 185   }
 186
 187   @Override
 188   public int[] resizeInnerPanel(String data)
 189   {
 190     // TODO Auto-generated method stub
 191     return null;
 192   }
 193
 194   @Override
 195   public Map<String, Object> getJSpecViewProperty(String arg0)
 196   {
 197     // TODO Auto-generated method stub
 198     return null;
 199   }
 200 }