JAL-2403 redundant 'implements' removed
[jalview.git] / src / jalview / appletgui / AppletJmolBinding.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.appletgui;
22
23 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
24 import jalview.datamodel.PDBEntry;
25 import jalview.datamodel.SequenceI;
26 import jalview.ext.jmol.JalviewJmolBinding;
27 import jalview.io.DataSourceType;
28 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
29
30 import java.awt.Container;
31 import java.util.Map;
32
33 import org.jmol.api.JmolAppConsoleInterface;
34 import org.jmol.console.AppletConsole;
35 import org.jmol.java.BS;
36
37 class AppletJmolBinding extends JalviewJmolBinding
38 {
39
40   /**
41    * Window that contains the bound Jmol instance
42    */
43   private AppletJmol appletJmolBinding;
44
45   public AppletJmolBinding(AppletJmol appletJmol,
46           StructureSelectionManager sSm, PDBEntry[] pdbentry,
47           SequenceI[][] seq, DataSourceType protocol)
48   {
49     super(sSm, pdbentry, seq, protocol);
50     appletJmolBinding = appletJmol;
51   }
52
53   @Override
54   public jalview.api.FeatureRenderer getFeatureRenderer(
55           AlignmentViewPanel alignment)
56   {
57     AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) alignment;
58     if (appletJmolBinding.ap.av.isShowSequenceFeatures())
59     {
60       if (appletJmolBinding.fr == null)
61       {
62         appletJmolBinding.fr = new jalview.appletgui.FeatureRenderer(
63                 appletJmolBinding.ap.av);
64       }
65
66       appletJmolBinding.fr
67               .transferSettings(appletJmolBinding.ap.seqPanel.seqCanvas
68                       .getFeatureRenderer());
69     }
70
71     return appletJmolBinding.fr;
72   }
73
74   @Override
75   public jalview.api.SequenceRenderer getSequenceRenderer(
76           AlignmentViewPanel alignment)
77   {
78     return new SequenceRenderer(((AlignmentPanel) alignment).av);
79   }
80
81   @Override
82   public void sendConsoleEcho(String strEcho)
83   {
84     if (appletJmolBinding.scriptWindow == null)
85     {
86       appletJmolBinding.showConsole(true);
87     }
88
89     appletJmolBinding.addToHistory(strEcho);
90   }
91
92   @Override
93   public void sendConsoleMessage(String strStatus)
94   {
95     if (appletJmolBinding.history != null && strStatus != null
96             && !strStatus.equals("Script completed"))
97     {
98       appletJmolBinding.addToHistory(strStatus);
99     }
100   }
101
102   @Override
103   public void showUrl(String url, String target)
104   {
105     appletJmolBinding.ap.alignFrame.showURL(url, target);
106
107   }
108
109   @Override
110   public void refreshGUI()
111   {
112     appletJmolBinding.updateTitleAndMenus();
113   }
114
115   @Override
116   public void updateColours(Object source)
117   {
118     AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) source;
119     colourBySequence(ap);
120   }
121
122   @Override
123   public void showUrl(String url)
124   {
125     try
126     {
127       appletJmolBinding.ap.av.applet.getAppletContext().showDocument(
128               new java.net.URL(url), "jmol");
129     } catch (java.net.MalformedURLException ex)
130     {
131     }
132   }
133
134   public void newJmolPopup(boolean translateLocale, String menuName,
135           boolean asPopup)
136   {
137     // jmolpopup = new JmolAwtPopup(); // is this used?
138     // jmolpopup.jpiInitialize((viewer), menuName);
139   }
140
141   @Override
142   public void notifyScriptTermination(String strStatus, int msWalltime)
143   {
144     // do nothing.
145   }
146
147   @Override
148   public void selectionChanged(BS arg0)
149   {
150     // TODO Auto-generated method stub
151
152   }
153
154   @Override
155   public void refreshPdbEntries()
156   {
157     // noop
158   }
159
160   @Override
161   public void showConsole(boolean show)
162   {
163     appletJmolBinding.showConsole(show);
164   }
165
166   @Override
167   protected JmolAppConsoleInterface createJmolConsole(
168           Container consolePanel, String buttonsToShow)
169   {
170     JmolAppConsoleInterface appc = new AppletConsole();
171     appc.start(viewer);
172     return appc;
173   }
174
175   @Override
176   protected void releaseUIResources()
177   {
178     appletJmolBinding = null;
179     closeConsole();
180   }
181
182   @Override
183   public void releaseReferences(Object svl)
184   {
185   }
186
187   @Override
188   public int[] resizeInnerPanel(String data)
189   {
190     // TODO Auto-generated method stub
191     return null;
192   }
193
194   @Override
195   public Map<String, Object> getJSpecViewProperty(String arg0)
196   {
197     // TODO Auto-generated method stub
198     return null;
199   }
200 }