src/jalview/appletgui/AppletJmolBinding.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
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  11  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  24 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26 import jalview.ext.jmol.JalviewJmolBinding;
  27 import jalview.gui.IProgressIndicator;
  28 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  29
  30 import java.awt.Container;
  31 import java.util.Map;
  32
  33 import javajs.awt.Dimension;
  34
  35 import org.jmol.api.JmolAppConsoleInterface;
  36 import org.jmol.console.AppletConsole;
  37 import org.jmol.java.BS;
  38
  39 class AppletJmolBinding extends JalviewJmolBinding
  40 {
  41
  42   /**
  43    * Window that contains the bound Jmol instance
  44    */
  45   private AppletJmol appletJmolBinding;
  46
  47   public AppletJmolBinding(AppletJmol appletJmol,
  48           StructureSelectionManager sSm, PDBEntry[] pdbentry,
  49           SequenceI[][] seq, String[][] chains, String protocol)
  50   {
  51     super(sSm, pdbentry, seq, chains, protocol);
  52     appletJmolBinding = appletJmol;
  53   }
  54
  55   @Override
  56   public jalview.api.FeatureRenderer getFeatureRenderer(
  57           AlignmentViewPanel alignment)
  58   {
  59     AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) alignment;
  60     if (appletJmolBinding.ap.av.isShowSequenceFeatures())
  61     {
  62       if (appletJmolBinding.fr == null)
  63       {
  64         appletJmolBinding.fr = new jalview.appletgui.FeatureRenderer(
  65                 appletJmolBinding.ap.av);
  66       }
  67
  68       appletJmolBinding.fr
  69               .transferSettings(appletJmolBinding.ap.seqPanel.seqCanvas
  70                       .getFeatureRenderer());
  71     }
  72
  73     return appletJmolBinding.fr;
  74   }
  75
  76   @Override
  77   public jalview.api.SequenceRenderer getSequenceRenderer(
  78           AlignmentViewPanel alignment)
  79   {
  80     return new SequenceRenderer(((AlignmentPanel) alignment).av);
  81   }
  82
  83   @Override
  84   public void sendConsoleEcho(String strEcho)
  85   {
  86     if (appletJmolBinding.scriptWindow == null)
  87     {
  88       appletJmolBinding.showConsole(true);
  89     }
  90
  91     appletJmolBinding.addToHistory(strEcho);
  92   }
  93
  94   @Override
  95   public void sendConsoleMessage(String strStatus)
  96   {
  97     if (appletJmolBinding.history != null && strStatus != null
  98             && !strStatus.equals("Script completed"))
  99     {
 100       appletJmolBinding.addToHistory(strStatus);
 101     }
 102   }
 103
 104   @Override
 105   public void showUrl(String url, String target)
 106   {
 107     appletJmolBinding.ap.alignFrame.showURL(url, target);
 108
 109   }
 110
 111   @Override
 112   public void refreshGUI()
 113   {
 114     appletJmolBinding.updateTitleAndMenus();
 115   }
 116
 117   @Override
 118   public void updateColours(Object source)
 119   {
 120     AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) source;
 121     colourBySequence(ap);
 122   }
 123
 124   @Override
 125   public void showUrl(String url)
 126   {
 127     try
 128     {
 129       appletJmolBinding.ap.av.applet.getAppletContext().showDocument(
 130               new java.net.URL(url), "jmol");
 131     } catch (java.net.MalformedURLException ex)
 132     {
 133     }
 134   }
 135
 136   public void newJmolPopup(boolean translateLocale, String menuName,
 137           boolean asPopup)
 138   {
 139     // jmolpopup = new JmolAwtPopup(); // is this used?
 140     // jmolpopup.jpiInitialize((viewer), menuName);
 141   }
 142
 143   @Override
 144   public void notifyScriptTermination(String strStatus, int msWalltime)
 145   {
 146     // do nothing.
 147   }
 148
 149   @Override
 150   public void selectionChanged(BS arg0)
 151   {
 152     // TODO Auto-generated method stub
 153
 154   }
 155
 156   @Override
 157   public void refreshPdbEntries()
 158   {
 159     // noop
 160   }
 161
 162   @Override
 163   public void showConsole(boolean show)
 164   {
 165     appletJmolBinding.showConsole(show);
 166   }
 167
 168   @Override
 169   protected JmolAppConsoleInterface createJmolConsole(
 170           Container consolePanel, String buttonsToShow)
 171   {
 172     JmolAppConsoleInterface appc = new AppletConsole();
 173     appc.start(viewer);
 174     return appc;
 175   }
 176
 177   @Override
 178   protected void releaseUIResources()
 179   {
 180     appletJmolBinding = null;
 181     closeConsole();
 182   }
 183
 184   @Override
 185   public void releaseReferences(Object svl)
 186   {
 187   }
 188
 189   @Override
 190   public Dimension resizeInnerPanel(String data)
 191   {
 192     // TODO Auto-generated method stub
 193     return null;
 194   }
 195
 196   @Override
 197   public Map<String, Object> getJSpecViewProperty(String arg0)
 198   {
 199     // TODO Auto-generated method stub
 200     return null;
 201   }
 202
 203   @Override
 204   protected IProgressIndicator getIProgressIndicator()
 205   {
 206     // no progress indicators on the applet
 207     return null;
 208   }
 209 }