src/jalview/appletgui/AppletJmolBinding.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
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  10  *
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  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
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  17  */
  18 package jalview.appletgui;
  19
  20 import java.awt.Container;
  21 import java.util.BitSet;
  22
  23 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  24 import jalview.datamodel.SequenceI;
  25
  26 import org.jmol.api.JmolAppConsoleInterface;
  27 import org.jmol.api.JmolViewer;
  28 import org.jmol.applet.AppletConsole;
  29 import org.jmol.popup.JmolPopup;
  30
  31 class AppletJmolBinding extends jalview.ext.jmol.JalviewJmolBinding
  32 {
  33
  34   /**
  35    * Window that contains the bound Jmol instance
  36    */
  37   private AppletJmol appletJmolBinding;
  38
  39   public AppletJmolBinding(AppletJmol appletJmol, PDBEntry[] pdbentry,
  40           SequenceI[][] seq, String[][] chains, String protocol)
  41   {
  42     super(pdbentry, seq, chains, protocol);
  43     appletJmolBinding = appletJmol;
  44   }
  45
  46   public jalview.api.FeatureRenderer getFeatureRenderer()
  47   {
  48     if (appletJmolBinding.ap.av.showSequenceFeatures)
  49     {
  50       if (appletJmolBinding.fr == null)
  51       {
  52         appletJmolBinding.fr = new jalview.appletgui.FeatureRenderer(
  53                 appletJmolBinding.ap.av);
  54       }
  55
  56       appletJmolBinding.fr
  57               .transferSettings(appletJmolBinding.ap.seqPanel.seqCanvas
  58                       .getFeatureRenderer());
  59     }
  60
  61     return appletJmolBinding.fr;
  62   }
  63
  64   public jalview.api.SequenceRenderer getSequenceRenderer()
  65   {
  66     return new SequenceRenderer(appletJmolBinding.ap.av);
  67   }
  68
  69   public void sendConsoleEcho(String strEcho)
  70   {
  71     if (appletJmolBinding.scriptWindow == null)
  72       appletJmolBinding.showConsole(true);
  73
  74     appletJmolBinding.history.append("\n" + strEcho);
  75   }
  76
  77   public void sendConsoleMessage(String strStatus)
  78   {
  79     if (appletJmolBinding.history != null && strStatus != null
  80             && !strStatus.equals("Script completed"))
  81     {
  82       appletJmolBinding.history.append("\n" + strStatus);
  83     }
  84   }
  85
  86   public void showUrl(String url, String target)
  87   {
  88     appletJmolBinding.ap.alignFrame.showURL(url, target);
  89
  90   }
  91
  92   public void refreshGUI()
  93   {
  94     appletJmolBinding.updateTitleAndMenus();
  95   }
  96
  97   public void updateColours(Object source)
  98   {
  99     AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) source;
 100     colourBySequence(ap.av.getShowSequenceFeatures(), ap.av.alignment);
 101   }
 102
 103   public void showUrl(String url)
 104   {
 105     try
 106     {
 107       appletJmolBinding.ap.av.applet.getAppletContext().showDocument(
 108               new java.net.URL(url), "jmol");
 109     } catch (java.net.MalformedURLException ex)
 110     {
 111     }
 112   }
 113
 114   public void newJmolPopup(boolean translateLocale, String menuName,
 115           boolean asPopup)
 116   {
 117
 118     jmolpopup = JmolPopup.newJmolPopup(viewer, translateLocale, menuName,
 119             asPopup);
 120   }
 121
 122   public void notifyScriptTermination(String strStatus, int msWalltime)
 123   {
 124     // do nothing.
 125   }
 126
 127   public void selectionChanged(BitSet arg0)
 128   {
 129     // TODO Auto-generated method stub
 130
 131   }
 132
 133   public void refreshPdbEntries()
 134   {
 135     // TODO Auto-generated method stub
 136
 137   }
 138
 139   @Override
 140   public void showConsole(boolean show)
 141   {
 142     appletJmolBinding.showConsole(show);
 143   }
 144
 145   @Override
 146   protected JmolAppConsoleInterface createJmolConsole(JmolViewer viewer2,
 147           Container consolePanel, String buttonsToShow)
 148   {
 149     return new AppletConsole(viewer2, consolePanel);
 150   }
 151
 152   @Override
 153   protected void releaseUIResources()
 154   {
 155     appletJmolBinding = null;
 156     if (console != null)
 157     {
 158       try
 159       {
 160         console.setVisible(false);
 161       } catch (Error e)
 162       {
 163       } catch (Exception x)
 164       {
 165       }
 166       ;
 167       console = null;
 168     }
 169
 170   }
 171
 172 }