Takes string[] instead of seq[]
[jalview.git] / src / jalview / appletgui / ColumnSelection.java
1 /*\r
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
4  *\r
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
9  *\r
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
13  * GNU General Public License for more details.\r
14  *\r
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
18  */\r
19 \r
20 package jalview.appletgui;\r
21 \r
22 import java.util.*;\r
23 \r
24 /**\r
25  * NOTE: Columns are zero based.\r
26  */\r
27 public class ColumnSelection\r
28 {\r
29   Vector selected = new Vector();\r
30 \r
31   public void addElement(int col)\r
32   {\r
33     if(!selected.contains(new Integer(col)))\r
34       selected.addElement(new Integer(col));\r
35   }\r
36 \r
37   public void clear()\r
38   {\r
39     selected.removeAllElements();\r
40   }\r
41 \r
42   public void removeElement(int col)\r
43   {\r
44     Integer colInt = new Integer(col);\r
45     if (selected.contains(colInt))\r
46     {\r
47       selected.removeElement(colInt);\r
48     }\r
49   }\r
50 \r
51   public void removeElements(int start, int end)\r
52   {\r
53     Integer colInt;\r
54     for(int i=start; i<end; i++)\r
55     {\r
56       colInt = new Integer(i);\r
57       if (selected.contains(colInt))\r
58       {\r
59           selected.removeElement(colInt);\r
60       }\r
61     }\r
62     }\r
63 \r
64   public boolean contains(int col)\r
65   {\r
66     return selected.contains(new Integer(col));\r
67   }\r
68 \r
69   public int columnAt(int i)\r
70   {\r
71     return ( (Integer) selected.elementAt(i)).intValue();\r
72   }\r
73 \r
74   public int size()\r
75   {\r
76     return selected.size();\r
77   }\r
78 \r
79   public int getMax()\r
80   {\r
81     int max = -1;\r
82 \r
83     for (int i = 0; i < selected.size(); i++)\r
84     {\r
85       if (columnAt(i) > max)\r
86       {\r
87         max = columnAt(i);\r
88       }\r
89     }\r
90     return max;\r
91   }\r
92 \r
93   public int getMin()\r
94   {\r
95     int min = 1000000000;\r
96 \r
97     for (int i = 0; i < selected.size(); i++)\r
98     {\r
99       if (columnAt(i) < min)\r
100       {\r
101         min = columnAt(i);\r
102       }\r
103     }\r
104     return min;\r
105   }\r
106 \r
107   public Vector asVector()\r
108   {\r
109     return selected;\r
110   }\r
111 \r
112   public void compensateForEdit(int start, int change)\r
113   {\r
114     for (int i = 0; i < size(); i++)\r
115     {\r
116       int temp = columnAt(i);\r
117 \r
118       if (temp >= start)\r
119       {\r
120         selected.setElementAt(new Integer(temp - change), i);\r
121       }\r
122     }\r
123   }\r
124 }\r