src/jalview/appletgui/CutAndPasteTransfer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19
  20 package jalview.appletgui;
  21
  22 import java.awt.*;
  23 import java.awt.event.*;
  24
  25 import jalview.datamodel.*;
  26 import jalview.io.*;
  27
  28 public class CutAndPasteTransfer extends Panel implements ActionListener, MouseListener
  29 {
  30   boolean pdbImport = false;
  31   boolean treeImport = false;
  32   Sequence seq;
  33   AlignFrame alignFrame;
  34
  35   public CutAndPasteTransfer(boolean forImport, AlignFrame alignFrame)
  36   {
  37     try {
  38         jbInit();
  39     } catch (Exception e) {
  40         e.printStackTrace();
  41     }
  42
  43     this.alignFrame = alignFrame;
  44
  45     if (!forImport)
  46     {
  47       buttonPanel.setVisible(false);
  48     }
  49   }
  50
  51   public String getText()
  52   {
  53     return textarea.getText();
  54   }
  55
  56   public void setText(String text)
  57   {
  58     textarea.setText(text);
  59   }
  60
  61   public void setPDBImport(Sequence seq)
  62   {
  63     this.seq = seq;
  64     pdbImport = true;
  65   }
  66
  67
  68   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
  69   {
  70     if(evt.getSource()==ok)
  71       ok_actionPerformed();
  72     else if(evt.getSource()==cancel)
  73       cancel_actionPerformed();
  74   }
  75
  76   protected void ok_actionPerformed()
  77   {
  78     String text = getText();
  79     int length = text.length();
  80     textarea.append("\n");
  81     if(textarea.getText().length()==length)
  82     {
  83       String warning = "\n\n#################################################\n"
  84           +"WARNING!! THIS IS THE MAXIMUM SIZE OF TEXTAREA!!\n"
  85           +"\nCAN'T INPUT FULL ALIGNMENT"
  86           +"\n\nYOU MUST DELETE THIS WARNING TO CONTINUE"
  87           +"\n\nMAKE SURE LAST SEQUENCE PASTED IS COMPLETE"
  88           +"\n#################################################\n";
  89       textarea.setText(text.substring(0, text.length()-warning.length())
  90           +warning);
  91
  92       textarea.setCaretPosition(text.length());
  93     }
  94
  95     if(pdbImport)
  96     {
  97       new MCview.AppletPDBViewer(text, AppletFormatAdapter.PASTE,
  98                                  seq,
  99                                  alignFrame.getSeqcanvas());
 100     }
 101     else if(treeImport)
 102     {
 103       try{
 104         jalview.io.NewickFile fin = new jalview.io.NewickFile(textarea.getText(),
 105             "Paste");
 106
 107         fin.parse();
 108         if(fin.getTree()!=null)
 109           alignFrame.loadTree(fin, "Pasted tree file");
 110
 111       }
 112       catch (Exception ex)
 113       {
 114         textarea.setText("Could not parse Newick file!\n" + ex);
 115         return;
 116       }
 117     }
 118     else if(alignFrame!=null)
 119     {
 120       SequenceI[] sequences = null;
 121
 122       String format = new IdentifyFile().Identify(text, AppletFormatAdapter.PASTE);
 123       try{
 124         sequences = new AppletFormatAdapter().readFile(text, AppletFormatAdapter.PASTE, format);
 125       }catch(java.io.IOException ex)
 126       {
 127         ex.printStackTrace();
 128       }
 129       if (sequences != null)
 130       {
 131         AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(sequences), alignFrame.viewport.applet,
 132                                        "Cut & Paste input - " + format,
 133                                        false);
 134         af.statusBar.setText("Successfully pasted alignment file");
 135       }
 136     }
 137
 138    if(this.getParent() instanceof Frame)
 139     ((Frame)this.getParent()).setVisible(false);
 140    else
 141      ((Dialog)this.getParent()).setVisible(false);
 142   }
 143
 144   protected void cancel_actionPerformed()
 145   {
 146     textarea.setText("");
 147     if(this.getParent() instanceof Frame)
 148      ((Frame)this.getParent()).setVisible(false);
 149     else
 150      ((Dialog)this.getParent()).setVisible(false);
 151   }
 152
 153   protected TextArea textarea = new TextArea();
 154   Button ok = new Button();
 155   Button cancel = new Button();
 156   protected Panel buttonPanel = new Panel();
 157   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
 158
 159
 160   private void jbInit() throws Exception {
 161       textarea.setFont(new java.awt.Font("Monospaced", Font.PLAIN, 10));
 162       textarea.setText("Paste your alignment file here");
 163       textarea.addMouseListener(this);
 164       this.setLayout(borderLayout1);
 165       ok.setLabel("OK");
 166       ok.addActionListener(this);
 167       cancel.setLabel("Cancel");
 168       cancel.addActionListener(this);
 169       this.add(buttonPanel, BorderLayout.SOUTH);
 170       buttonPanel.add(ok, null);
 171       buttonPanel.add(cancel, null);
 172       this.add(textarea, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 173   }
 174
 175   public void mousePressed(MouseEvent evt) {
 176       if (textarea.getText().startsWith("Paste your")) {
 177           textarea.setText("");
 178      }
 179   }
 180   public void mouseReleased(MouseEvent evt){}
 181   public void mouseClicked(MouseEvent evt){}
 182   public void mouseEntered(MouseEvent evt){}
 183   public void mouseExited(MouseEvent evt){}
 184 }