src/jalview/appletgui/CutAndPasteTransfer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.appletgui;
  19
  20 import java.awt.*;
  21 import java.awt.event.*;
  22
  23 import jalview.datamodel.*;
  24 import jalview.io.*;
  25
  26 public class CutAndPasteTransfer extends Panel implements ActionListener,
  27         MouseListener
  28 {
  29   boolean pdbImport = false;
  30
  31   boolean treeImport = false;
  32
  33   boolean annotationImport = false;
  34
  35   Sequence seq;
  36
  37   AlignFrame alignFrame;
  38
  39   public CutAndPasteTransfer(boolean forImport, AlignFrame alignFrame)
  40   {
  41     try
  42     {
  43       jbInit();
  44     } catch (Exception e)
  45     {
  46       e.printStackTrace();
  47     }
  48
  49     this.alignFrame = alignFrame;
  50
  51     if (!forImport)
  52     {
  53       buttonPanel.setVisible(false);
  54     }
  55   }
  56
  57   public String getText()
  58   {
  59     return textarea.getText();
  60   }
  61
  62   public void setText(String text)
  63   {
  64     textarea.setText(text);
  65   }
  66
  67   public void setPDBImport(Sequence seq)
  68   {
  69     this.seq = seq;
  70     accept.setLabel("Accept");
  71     addSequences.setVisible(false);
  72     pdbImport = true;
  73   }
  74
  75   public void setTreeImport()
  76   {
  77     treeImport = true;
  78     accept.setLabel("Accept");
  79     addSequences.setVisible(false);
  80   }
  81
  82   public void setAnnotationImport()
  83   {
  84     annotationImport = true;
  85     accept.setLabel("Accept");
  86     addSequences.setVisible(false);
  87   }
  88
  89   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
  90   {
  91     if (evt.getSource() == accept)
  92     {
  93       ok(true);
  94     }
  95     else if (evt.getSource() == addSequences)
  96     {
  97       ok(false);
  98     }
  99     else if (evt.getSource() == cancel)
 100     {
 101       cancel();
 102     }
 103   }
 104
 105   protected void ok(boolean newWindow)
 106   {
 107     String text = getText();
 108     int length = text.length();
 109     textarea.append("\n");
 110     if (textarea.getText().length() == length)
 111     {
 112       String warning = "\n\n#################################################\n"
 113               + "WARNING!! THIS IS THE MAXIMUM SIZE OF TEXTAREA!!\n"
 114               + "\nCAN'T INPUT FULL ALIGNMENT"
 115               + "\n\nYOU MUST DELETE THIS WARNING TO CONTINUE"
 116               + "\n\nMAKE SURE LAST SEQUENCE PASTED IS COMPLETE"
 117               + "\n#################################################\n";
 118       textarea.setText(text.substring(0, text.length() - warning.length())
 119               + warning);
 120
 121       textarea.setCaretPosition(text.length());
 122     }
 123
 124     if (pdbImport)
 125     {
 126       PDBEntry pdb = new PDBEntry();
 127       pdb.setFile(text);
 128
 129       if (alignFrame.alignPanel.av.applet.jmolAvailable)
 130         new jalview.appletgui.AppletJmol(pdb, new Sequence[]
 131         { seq }, null, alignFrame.alignPanel, AppletFormatAdapter.PASTE);
 132       else
 133
 134         new MCview.AppletPDBViewer(pdb, new Sequence[]
 135         { seq }, null, alignFrame.alignPanel, AppletFormatAdapter.PASTE);
 136
 137     }
 138     else if (treeImport)
 139     {
 140       try
 141       {
 142         jalview.io.NewickFile fin = new jalview.io.NewickFile(
 143                 textarea.getText(), "Paste");
 144
 145         fin.parse();
 146         if (fin.getTree() != null)
 147         {
 148           alignFrame.loadTree(fin, "Pasted tree file");
 149         }
 150
 151       } catch (Exception ex)
 152       {
 153         // TODO: JAL-1102 - should have a warning message in dialog, not simply overwrite the broken input data with the exception
 154         textarea.setText("Could not parse Newick file!\n" + ex);
 155         return;
 156       }
 157     }
 158     else if (annotationImport)
 159     {
 160       if (new AnnotationFile().readAnnotationFile(
 161               alignFrame.viewport.getAlignment(), textarea.getText(),
 162               jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE))
 163       {
 164         alignFrame.alignPanel.fontChanged();
 165         alignFrame.alignPanel.setScrollValues(0, 0);
 166
 167       }
 168       else
 169       {
 170         alignFrame.parseFeaturesFile(textarea.getText(),
 171                 jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE);
 172       }
 173     }
 174     else if (alignFrame != null)
 175     {
 176       Alignment al = null;
 177
 178       String format = new IdentifyFile().Identify(text,
 179               AppletFormatAdapter.PASTE);
 180       try
 181       {
 182         al = new AppletFormatAdapter().readFile(text,
 183                 AppletFormatAdapter.PASTE, format);
 184       } catch (java.io.IOException ex)
 185       {
 186         ex.printStackTrace();
 187       }
 188
 189       if (al != null)
 190       {
 191         if (newWindow)
 192         {
 193           AlignFrame af = new AlignFrame(al, alignFrame.viewport.applet,
 194                   "Cut & Paste input - " + format, false);
 195           af.statusBar.setText("Successfully pasted alignment file");
 196         }
 197         else
 198         {
 199           alignFrame.addSequences(al.getSequencesArray());
 200           alignFrame.statusBar
 201                   .setText("Successfully pasted alignment file");
 202         }
 203       }
 204     }
 205     // TODO: dialog should indicate if data was parsed correctly or not - see
 206     // JAL-1102
 207     if (this.getParent() instanceof Frame)
 208     {
 209       ((Frame) this.getParent()).setVisible(false);
 210     }
 211     else
 212     {
 213       ((Dialog) this.getParent()).setVisible(false);
 214     }
 215   }
 216
 217   protected void cancel()
 218   {
 219     textarea.setText("");
 220     if (this.getParent() instanceof Frame)
 221     {
 222       ((Frame) this.getParent()).setVisible(false);
 223     }
 224     else
 225     {
 226       ((Dialog) this.getParent()).setVisible(false);
 227     }
 228   }
 229
 230   protected TextArea textarea = new TextArea();
 231
 232   Button accept = new Button("New Window");
 233
 234   Button addSequences = new Button("Add to Current Alignment");
 235
 236   Button cancel = new Button("Close");
 237
 238   protected Panel buttonPanel = new Panel();
 239
 240   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
 241
 242   private void jbInit() throws Exception
 243   {
 244     textarea.setFont(new java.awt.Font("Monospaced", Font.PLAIN, 10));
 245     textarea.setText("Paste your alignment file here");
 246     textarea.addMouseListener(this);
 247     this.setLayout(borderLayout1);
 248     accept.addActionListener(this);
 249     addSequences.addActionListener(this);
 250     cancel.addActionListener(this);
 251     this.add(buttonPanel, BorderLayout.SOUTH);
 252     buttonPanel.add(accept, null);
 253     buttonPanel.add(addSequences);
 254     buttonPanel.add(cancel, null);
 255     this.add(textarea, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 256   }
 257
 258   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 259   {
 260     if (textarea.getText().startsWith("Paste your"))
 261     {
 262       textarea.setText("");
 263     }
 264   }
 265
 266   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 267   {
 268   }
 269
 270   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 271   {
 272   }
 273
 274   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 275   {
 276   }
 277
 278   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 279   {
 280   }
 281 }