src/jalview/appletgui/CutAndPasteTransfer.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 import jalview.io.*;\r
  27 \r
  28 public class CutAndPasteTransfer extends Panel implements ActionListener, MouseListener\r
  29 {\r
  30   boolean pdbImport = false;\r
  31   boolean treeImport = false;\r
  32   Sequence seq;\r
  33   AlignFrame alignFrame;\r
  34 \r
  35   public CutAndPasteTransfer(boolean forImport, AlignFrame alignFrame)\r
  36   {\r
  37     try {\r
  38         jbInit();\r
  39     } catch (Exception e) {\r
  40         e.printStackTrace();\r
  41     }\r
  42 \r
  43     this.alignFrame = alignFrame;\r
  44 \r
  45     if (!forImport)\r
  46     {\r
  47       buttonPanel.setVisible(false);\r
  48     }\r
  49   }\r
  50 \r
  51   public String getText()\r
  52   {\r
  53     return textarea.getText();\r
  54   }\r
  55 \r
  56   public void setText(String text)\r
  57   {\r
  58     textarea.setText(text);\r
  59   }\r
  60 \r
  61   public void setPDBImport(Sequence seq)\r
  62   {\r
  63     this.seq = seq;\r
  64     pdbImport = true;\r
  65   }\r
  66 \r
  67 \r
  68   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
  69   {\r
  70     if(evt.getSource()==ok)\r
  71       ok_actionPerformed();\r
  72     else if(evt.getSource()==cancel)\r
  73       cancel_actionPerformed();\r
  74   }\r
  75 \r
  76   protected void ok_actionPerformed()\r
  77   {\r
  78     String text = getText();\r
  79     int length = text.length();\r
  80     textarea.append("\n");\r
  81     if(textarea.getText().length()==length)\r
  82     {\r
  83       String warning = "\n\n#################################################\n"\r
  84           +"WARNING!! THIS IS THE MAXIMUM SIZE OF TEXTAREA!!\n"\r
  85           +"\nCAN'T INPUT FULL ALIGNMENT"\r
  86           +"\n\nYOU MUST DELETE THIS WARNING TO CONTINUE"\r
  87           +"\n\nMAKE SURE LAST SEQUENCE PASTED IS COMPLETE"\r
  88           +"\n#################################################\n";\r
  89       textarea.setText(text.substring(0, text.length()-warning.length())\r
  90           +warning);\r
  91 \r
  92       textarea.setCaretPosition(text.length());\r
  93     }\r
  94 \r
  95     if(pdbImport)\r
  96     {\r
  97       new MCview.AppletPDBViewer(text, AppletFormatAdapter.PASTE,\r
  98                                  seq,\r
  99                                  alignFrame.getSeqcanvas());\r
 100     }\r
 101     else if(treeImport)\r
 102     {\r
 103       try{\r
 104         jalview.io.NewickFile fin = new jalview.io.NewickFile(textarea.getText(),\r
 105             "Paste");\r
 106 \r
 107         fin.parse();\r
 108         if(fin.getTree()!=null)\r
 109           alignFrame.loadTree(fin, "Pasted tree file");\r
 110 \r
 111       }\r
 112       catch (Exception ex)\r
 113       {\r
 114         textarea.setText("Could not parse Newick file!\n" + ex);\r
 115         return;\r
 116       }\r
 117     }\r
 118     else if(alignFrame!=null)\r
 119     {\r
 120       SequenceI[] sequences = null;\r
 121 \r
 122       String format = new IdentifyFile().Identify(text, AppletFormatAdapter.PASTE);\r
 123       try{\r
 124         sequences = new AppletFormatAdapter().readFile(text, AppletFormatAdapter.PASTE, format);\r
 125       }catch(java.io.IOException ex)\r
 126       {\r
 127         ex.printStackTrace();\r
 128       }\r
 129       if (sequences != null)\r
 130       {\r
 131         AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(sequences), alignFrame.applet,\r
 132                                        "Cut & Paste input - " + format,\r
 133                                        false);\r
 134         af.statusBar.setText("Successfully pasted alignment file");\r
 135       }\r
 136     }\r
 137 \r
 138    if(this.getParent() instanceof Frame)\r
 139     ((Frame)this.getParent()).setVisible(false);\r
 140    else\r
 141      ((Dialog)this.getParent()).setVisible(false);\r
 142   }\r
 143 \r
 144   protected void cancel_actionPerformed()\r
 145   {\r
 146     textarea.setText("");\r
 147     if(this.getParent() instanceof Frame)\r
 148      ((Frame)this.getParent()).setVisible(false);\r
 149     else\r
 150      ((Dialog)this.getParent()).setVisible(false);\r
 151   }\r
 152 \r
 153   protected TextArea textarea = new TextArea();\r
 154   Button ok = new Button();\r
 155   Button cancel = new Button();\r
 156   protected Panel buttonPanel = new Panel();\r
 157   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();\r
 158 \r
 159 \r
 160   private void jbInit() throws Exception {\r
 161       textarea.setFont(new java.awt.Font("Monospaced", Font.PLAIN, 10));\r
 162       textarea.setText("Paste your alignment file here");\r
 163       textarea.addMouseListener(this);\r
 164       this.setLayout(borderLayout1);\r
 165       ok.setLabel("OK");\r
 166       ok.addActionListener(this);\r
 167       cancel.setLabel("Cancel");\r
 168       cancel.addActionListener(this);\r
 169       this.add(buttonPanel, BorderLayout.SOUTH);\r
 170       buttonPanel.add(ok, null);\r
 171       buttonPanel.add(cancel, null);\r
 172       this.add(textarea, java.awt.BorderLayout.CENTER);\r
 173   }\r
 174 \r
 175   public void mousePressed(MouseEvent evt) {\r
 176       if (textarea.getText().startsWith("Paste your")) {\r
 177           textarea.setText("");\r
 178      }\r
 179   }\r
 180   public void mouseReleased(MouseEvent evt){}\r
 181   public void mouseClicked(MouseEvent evt){}\r
 182   public void mouseEntered(MouseEvent evt){}\r
 183   public void mouseExited(MouseEvent evt){}\r
 184 }\r