Append start and end
[jalview.git] / src / jalview / appletgui / CutAndPasteTransfer.java
1 /*\r
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
4  *\r
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
9  *\r
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
13  * GNU General Public License for more details.\r
14  *\r
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
18  */\r
19 \r
20 package jalview.appletgui;\r
21 \r
22 import java.awt.*;\r
23 import java.awt.event.*;\r
24 \r
25 import jalview.datamodel.*;\r
26 import jalview.io.*;\r
27 \r
28 public class CutAndPasteTransfer extends Panel implements ActionListener, MouseListener\r
29 {\r
30   boolean pdbImport = false;\r
31   boolean treeImport = false;\r
32   Sequence seq;\r
33   AlignFrame alignFrame;\r
34 \r
35   public CutAndPasteTransfer(boolean forImport, AlignFrame alignFrame)\r
36   {\r
37     try {\r
38         jbInit();\r
39     } catch (Exception e) {\r
40         e.printStackTrace();\r
41     }\r
42 \r
43     this.alignFrame = alignFrame;\r
44 \r
45     if (!forImport)\r
46     {\r
47       buttonPanel.setVisible(false);\r
48     }\r
49   }\r
50 \r
51   public String getText()\r
52   {\r
53     return textarea.getText();\r
54   }\r
55 \r
56   public void setText(String text)\r
57   {\r
58     textarea.setText(text);\r
59   }\r
60 \r
61   public void setPDBImport(Sequence seq)\r
62   {\r
63     this.seq = seq;\r
64     pdbImport = true;\r
65   }\r
66 \r
67 \r
68   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
69   {\r
70     if(evt.getSource()==ok)\r
71       ok_actionPerformed();\r
72     else if(evt.getSource()==cancel)\r
73       cancel_actionPerformed();\r
74   }\r
75 \r
76   protected void ok_actionPerformed()\r
77   {\r
78     String text = getText();\r
79     int length = text.length();\r
80     textarea.append("\n");\r
81     if(textarea.getText().length()==length)\r
82     {\r
83       String warning = "\n\n#################################################\n"\r
84           +"WARNING!! THIS IS THE MAXIMUM SIZE OF TEXTAREA!!\n"\r
85           +"\nCAN'T INPUT FULL ALIGNMENT"\r
86           +"\n\nYOU MUST DELETE THIS WARNING TO CONTINUE"\r
87           +"\n\nMAKE SURE LAST SEQUENCE PASTED IS COMPLETE"\r
88           +"\n#################################################\n";\r
89       textarea.setText(text.substring(0, text.length()-warning.length())\r
90           +warning);\r
91 \r
92       textarea.setCaretPosition(text.length());\r
93     }\r
94 \r
95     if(pdbImport)\r
96     {\r
97       new MCview.AppletPDBViewer(text, AppletFormatAdapter.PASTE,\r
98                                  seq,\r
99                                  alignFrame.getSeqcanvas());\r
100     }\r
101     else if(treeImport)\r
102     {\r
103       try{\r
104         jalview.io.NewickFile fin = new jalview.io.NewickFile(textarea.getText(),\r
105             "Paste");\r
106 \r
107         fin.parse();\r
108         if(fin.getTree()!=null)\r
109           alignFrame.loadTree(fin, "Pasted tree file");\r
110 \r
111       }\r
112       catch (Exception ex)\r
113       {\r
114         textarea.setText("Could not parse Newick file!\n" + ex);\r
115         return;\r
116       }\r
117     }\r
118     else if(alignFrame!=null)\r
119     {\r
120       SequenceI[] sequences = null;\r
121 \r
122       String format = new IdentifyFile().Identify(text, AppletFormatAdapter.PASTE);\r
123       try{\r
124         sequences = new AppletFormatAdapter().readFile(text, AppletFormatAdapter.PASTE, format);\r
125       }catch(java.io.IOException ex)\r
126       {\r
127         ex.printStackTrace();\r
128       }\r
129       if (sequences != null)\r
130       {\r
131         AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(sequences), alignFrame.applet,\r
132                                        "Cut & Paste input - " + format,\r
133                                        false);\r
134         af.statusBar.setText("Successfully pasted alignment file");\r
135       }\r
136     }\r
137 \r
138    if(this.getParent() instanceof Frame)\r
139     ((Frame)this.getParent()).setVisible(false);\r
140    else\r
141      ((Dialog)this.getParent()).setVisible(false);\r
142   }\r
143 \r
144   protected void cancel_actionPerformed()\r
145   {\r
146     textarea.setText("");\r
147     if(this.getParent() instanceof Frame)\r
148      ((Frame)this.getParent()).setVisible(false);\r
149     else\r
150      ((Dialog)this.getParent()).setVisible(false);\r
151   }\r
152 \r
153   protected TextArea textarea = new TextArea();\r
154   Button ok = new Button();\r
155   Button cancel = new Button();\r
156   protected Panel buttonPanel = new Panel();\r
157   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();\r
158 \r
159 \r
160   private void jbInit() throws Exception {\r
161       textarea.setFont(new java.awt.Font("Monospaced", Font.PLAIN, 10));\r
162       textarea.setText("Paste your alignment file here");\r
163       textarea.addMouseListener(this);\r
164       this.setLayout(borderLayout1);\r
165       ok.setLabel("OK");\r
166       ok.addActionListener(this);\r
167       cancel.setLabel("Cancel");\r
168       cancel.addActionListener(this);\r
169       this.add(buttonPanel, BorderLayout.SOUTH);\r
170       buttonPanel.add(ok, null);\r
171       buttonPanel.add(cancel, null);\r
172       this.add(textarea, java.awt.BorderLayout.CENTER);\r
173   }\r
174 \r
175   public void mousePressed(MouseEvent evt) {\r
176       if (textarea.getText().startsWith("Paste your")) {\r
177           textarea.setText("");\r
178      }\r
179   }\r
180   public void mouseReleased(MouseEvent evt){}\r
181   public void mouseClicked(MouseEvent evt){}\r
182   public void mouseEntered(MouseEvent evt){}\r
183   public void mouseExited(MouseEvent evt){}\r
184 }\r