src/jalview/appletgui/CutAndPasteTransfer.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 import jalview.io.*;\r
  27 \r
  28 public class CutAndPasteTransfer\r
  29     extends Panel implements ActionListener, MouseListener\r
  30 {\r
  31   boolean pdbImport = false;\r
  32   boolean treeImport = false;\r
  33   boolean annotationImport = false;\r
  34   Sequence  seq;\r
  35   AlignFrame alignFrame;\r
  36 \r
  37   public CutAndPasteTransfer(boolean forImport, AlignFrame alignFrame)\r
  38   {\r
  39     try\r
  40     {\r
  41       jbInit();\r
  42     }\r
  43     catch (Exception e)\r
  44     {\r
  45       e.printStackTrace();\r
  46     }\r
  47 \r
  48     this.alignFrame = alignFrame;\r
  49 \r
  50     if (!forImport)\r
  51     {\r
  52       buttonPanel.setVisible(false);\r
  53     }\r
  54   }\r
  55 \r
  56   public String getText()\r
  57   {\r
  58     return textarea.getText();\r
  59   }\r
  60 \r
  61   public void setText(String text)\r
  62   {\r
  63     textarea.setText(text);\r
  64   }\r
  65 \r
  66   public void setPDBImport(Sequence seq)\r
  67   {\r
  68     this.seq = seq;\r
  69     accept.setLabel("Accept");\r
  70     addSequences.setVisible(false);\r
  71     pdbImport = true;\r
  72   }\r
  73 \r
  74   public void setTreeImport()\r
  75   {\r
  76     treeImport = true;\r
  77     accept.setLabel("Accept");\r
  78     addSequences.setVisible(false);\r
  79   }\r
  80 \r
  81   public void setAnnotationImport()\r
  82   {\r
  83     annotationImport = true;\r
  84     accept.setLabel("Accept");\r
  85     addSequences.setVisible(false);\r
  86   }\r
  87 \r
  88   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
  89   {\r
  90     if (evt.getSource() == accept)\r
  91     {\r
  92       ok(true);\r
  93     }\r
  94     else if (evt.getSource() == addSequences)\r
  95     {\r
  96       ok(false);\r
  97     }\r
  98     else if (evt.getSource() == cancel)\r
  99     {\r
 100       cancel();\r
 101     }\r
 102   }\r
 103 \r
 104   protected void ok(boolean newWindow)\r
 105   {\r
 106     String text = getText();\r
 107     int length = text.length();\r
 108     textarea.append("\n");\r
 109     if (textarea.getText().length() == length)\r
 110     {\r
 111       String warning =\r
 112           "\n\n#################################################\n"\r
 113           + "WARNING!! THIS IS THE MAXIMUM SIZE OF TEXTAREA!!\n"\r
 114           + "\nCAN'T INPUT FULL ALIGNMENT"\r
 115           + "\n\nYOU MUST DELETE THIS WARNING TO CONTINUE"\r
 116           + "\n\nMAKE SURE LAST SEQUENCE PASTED IS COMPLETE"\r
 117           + "\n#################################################\n";\r
 118       textarea.setText(text.substring(0, text.length() - warning.length())\r
 119                        + warning);\r
 120 \r
 121       textarea.setCaretPosition(text.length());\r
 122     }\r
 123 \r
 124     if (pdbImport)\r
 125     {\r
 126       PDBEntry pdb = new PDBEntry();\r
 127       pdb.setFile(text);\r
 128 \r
 129       if ( alignFrame.alignPanel.av.applet.jmolAvailable )\r
 130         new jalview.appletgui.AppletJmol(pdb,\r
 131                                          new Sequence[]{seq},\r
 132                                          null,\r
 133                                          alignFrame.alignPanel,\r
 134                                          AppletFormatAdapter.PASTE);\r
 135       else\r
 136 \r
 137         new MCview.AppletPDBViewer(pdb,\r
 138                                    new Sequence[]{seq},\r
 139                                    null,\r
 140                                    alignFrame.alignPanel,\r
 141                                    AppletFormatAdapter.PASTE);\r
 142 \r
 143     }\r
 144     else if (treeImport)\r
 145     {\r
 146       try\r
 147       {\r
 148         jalview.io.NewickFile fin = new jalview.io.NewickFile(textarea.getText(),\r
 149             "Paste");\r
 150 \r
 151         fin.parse();\r
 152         if (fin.getTree() != null)\r
 153         {\r
 154           alignFrame.loadTree(fin, "Pasted tree file");\r
 155         }\r
 156 \r
 157       }\r
 158       catch (Exception ex)\r
 159       {\r
 160         textarea.setText("Could not parse Newick file!\n" + ex);\r
 161         return;\r
 162       }\r
 163     }\r
 164     else if (annotationImport)\r
 165     {\r
 166       if (new AnnotationFile().readAnnotationFile(\r
 167           alignFrame.viewport.alignment, textarea.getText(),\r
 168           jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE))\r
 169       {\r
 170         alignFrame.alignPanel.fontChanged();\r
 171         alignFrame.alignPanel.setScrollValues(0, 0);\r
 172 \r
 173       }\r
 174       else\r
 175       {\r
 176         alignFrame.parseFeaturesFile(textarea.getText(),\r
 177                                      jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE);\r
 178       }\r
 179     }\r
 180     else if (alignFrame != null)\r
 181     {\r
 182       Alignment al = null;\r
 183 \r
 184       String format = new IdentifyFile().Identify(text,\r
 185                                                   AppletFormatAdapter.PASTE);\r
 186       try\r
 187       {\r
 188         al = new AppletFormatAdapter().readFile(text, AppletFormatAdapter.PASTE,\r
 189                                                 format);\r
 190       }\r
 191       catch (java.io.IOException ex)\r
 192       {\r
 193         ex.printStackTrace();\r
 194       }\r
 195 \r
 196       if (al != null)\r
 197       {\r
 198         if (newWindow)\r
 199         {\r
 200           AlignFrame af = new AlignFrame(al, alignFrame.viewport.applet,\r
 201                                          "Cut & Paste input - " + format,\r
 202                                          false);\r
 203           af.statusBar.setText("Successfully pasted alignment file");\r
 204         }\r
 205         else\r
 206         {\r
 207           alignFrame.addSequences(al.getSequencesArray());\r
 208         }\r
 209       }\r
 210     }\r
 211 \r
 212     if (this.getParent() instanceof Frame)\r
 213     {\r
 214       ( (Frame)this.getParent()).setVisible(false);\r
 215     }\r
 216     else\r
 217     {\r
 218       ( (Dialog)this.getParent()).setVisible(false);\r
 219     }\r
 220   }\r
 221 \r
 222   protected void cancel()\r
 223   {\r
 224     textarea.setText("");\r
 225     if (this.getParent() instanceof Frame)\r
 226     {\r
 227       ( (Frame)this.getParent()).setVisible(false);\r
 228     }\r
 229     else\r
 230     {\r
 231       ( (Dialog)this.getParent()).setVisible(false);\r
 232     }\r
 233   }\r
 234 \r
 235   protected TextArea textarea = new TextArea();\r
 236   Button accept = new Button("New Window");\r
 237   Button addSequences = new Button("Add to Current Alignment");\r
 238   Button cancel = new Button("Close");\r
 239 \r
 240   protected Panel buttonPanel = new Panel();\r
 241   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();\r
 242 \r
 243   private void jbInit()\r
 244       throws Exception\r
 245   {\r
 246     textarea.setFont(new java.awt.Font("Monospaced", Font.PLAIN, 10));\r
 247     textarea.setText("Paste your alignment file here");\r
 248     textarea.addMouseListener(this);\r
 249     this.setLayout(borderLayout1);\r
 250     accept.addActionListener(this);\r
 251     addSequences.addActionListener(this);\r
 252     cancel.addActionListener(this);\r
 253     this.add(buttonPanel, BorderLayout.SOUTH);\r
 254     buttonPanel.add(accept, null);\r
 255     buttonPanel.add(addSequences);\r
 256     buttonPanel.add(cancel, null);\r
 257     this.add(textarea, java.awt.BorderLayout.CENTER);\r
 258   }\r
 259 \r
 260   public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 261   {\r
 262     if (textarea.getText().startsWith("Paste your"))\r
 263     {\r
 264       textarea.setText("");\r
 265     }\r
 266   }\r
 267 \r
 268   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 269   {}\r
 270 \r
 271   public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
 272   {}\r
 273 \r
 274   public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 275   {}\r
 276 \r
 277   public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 278   {}\r
 279 }\r