src/jalview/appletgui/CutAndPasteTransfer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.appletgui;
  20
  21 import java.awt.*;
  22 import java.awt.event.*;
  23
  24 import jalview.datamodel.*;
  25 import jalview.io.*;
  26
  27 public class CutAndPasteTransfer
  28     extends Panel implements ActionListener, MouseListener
  29 {
  30   boolean pdbImport = false;
  31   boolean treeImport = false;
  32   boolean annotationImport = false;
  33   Sequence  seq;
  34   AlignFrame alignFrame;
  35
  36   public CutAndPasteTransfer(boolean forImport, AlignFrame alignFrame)
  37   {
  38     try
  39     {
  40       jbInit();
  41     }
  42     catch (Exception e)
  43     {
  44       e.printStackTrace();
  45     }
  46
  47     this.alignFrame = alignFrame;
  48
  49     if (!forImport)
  50     {
  51       buttonPanel.setVisible(false);
  52     }
  53   }
  54
  55   public String getText()
  56   {
  57     return textarea.getText();
  58   }
  59
  60   public void setText(String text)
  61   {
  62     textarea.setText(text);
  63   }
  64
  65   public void setPDBImport(Sequence seq)
  66   {
  67     this.seq = seq;
  68     accept.setLabel("Accept");
  69     addSequences.setVisible(false);
  70     pdbImport = true;
  71   }
  72
  73   public void setTreeImport()
  74   {
  75     treeImport = true;
  76     accept.setLabel("Accept");
  77     addSequences.setVisible(false);
  78   }
  79
  80   public void setAnnotationImport()
  81   {
  82     annotationImport = true;
  83     accept.setLabel("Accept");
  84     addSequences.setVisible(false);
  85   }
  86
  87   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
  88   {
  89     if (evt.getSource() == accept)
  90     {
  91       ok(true);
  92     }
  93     else if (evt.getSource() == addSequences)
  94     {
  95       ok(false);
  96     }
  97     else if (evt.getSource() == cancel)
  98     {
  99       cancel();
 100     }
 101   }
 102
 103   protected void ok(boolean newWindow)
 104   {
 105     String text = getText();
 106     int length = text.length();
 107     textarea.append("\n");
 108     if (textarea.getText().length() == length)
 109     {
 110       String warning =
 111           "\n\n#################################################\n"
 112           + "WARNING!! THIS IS THE MAXIMUM SIZE OF TEXTAREA!!\n"
 113           + "\nCAN'T INPUT FULL ALIGNMENT"
 114           + "\n\nYOU MUST DELETE THIS WARNING TO CONTINUE"
 115           + "\n\nMAKE SURE LAST SEQUENCE PASTED IS COMPLETE"
 116           + "\n#################################################\n";
 117       textarea.setText(text.substring(0, text.length() - warning.length())
 118                        + warning);
 119
 120       textarea.setCaretPosition(text.length());
 121     }
 122
 123     if (pdbImport)
 124     {
 125       PDBEntry pdb = new PDBEntry();
 126       pdb.setFile(text);
 127
 128       if ( alignFrame.alignPanel.av.applet.jmolAvailable )
 129         new jalview.appletgui.AppletJmol(pdb,
 130                                          new Sequence[]{seq},
 131                                          null,
 132                                          alignFrame.alignPanel,
 133                                          AppletFormatAdapter.PASTE);
 134       else
 135
 136         new MCview.AppletPDBViewer(pdb,
 137                                    new Sequence[]{seq},
 138                                    null,
 139                                    alignFrame.alignPanel,
 140                                    AppletFormatAdapter.PASTE);
 141
 142     }
 143     else if (treeImport)
 144     {
 145       try
 146       {
 147         jalview.io.NewickFile fin = new jalview.io.NewickFile(textarea.getText(),
 148             "Paste");
 149
 150         fin.parse();
 151         if (fin.getTree() != null)
 152         {
 153           alignFrame.loadTree(fin, "Pasted tree file");
 154         }
 155
 156       }
 157       catch (Exception ex)
 158       {
 159         textarea.setText("Could not parse Newick file!\n" + ex);
 160         return;
 161       }
 162     }
 163     else if (annotationImport)
 164     {
 165       if (new AnnotationFile().readAnnotationFile(
 166           alignFrame.viewport.alignment, textarea.getText(),
 167           jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE))
 168       {
 169         alignFrame.alignPanel.fontChanged();
 170         alignFrame.alignPanel.setScrollValues(0, 0);
 171
 172       }
 173       else
 174       {
 175         alignFrame.parseFeaturesFile(textarea.getText(),
 176                                      jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE);
 177       }
 178     }
 179     else if (alignFrame != null)
 180     {
 181       Alignment al = null;
 182
 183       String format = new IdentifyFile().Identify(text,
 184                                                   AppletFormatAdapter.PASTE);
 185       try
 186       {
 187         al = new AppletFormatAdapter().readFile(text, AppletFormatAdapter.PASTE,
 188                                                 format);
 189       }
 190       catch (java.io.IOException ex)
 191       {
 192         ex.printStackTrace();
 193       }
 194
 195       if (al != null)
 196       {
 197         if (newWindow)
 198         {
 199           AlignFrame af = new AlignFrame(al, alignFrame.viewport.applet,
 200                                          "Cut & Paste input - " + format,
 201                                          false);
 202           af.statusBar.setText("Successfully pasted alignment file");
 203         }
 204         else
 205         {
 206           alignFrame.addSequences(al.getSequencesArray());
 207         }
 208       }
 209     }
 210
 211     if (this.getParent() instanceof Frame)
 212     {
 213       ( (Frame)this.getParent()).setVisible(false);
 214     }
 215     else
 216     {
 217       ( (Dialog)this.getParent()).setVisible(false);
 218     }
 219   }
 220
 221   protected void cancel()
 222   {
 223     textarea.setText("");
 224     if (this.getParent() instanceof Frame)
 225     {
 226       ( (Frame)this.getParent()).setVisible(false);
 227     }
 228     else
 229     {
 230       ( (Dialog)this.getParent()).setVisible(false);
 231     }
 232   }
 233
 234   protected TextArea textarea = new TextArea();
 235   Button accept = new Button("New Window");
 236   Button addSequences = new Button("Add to Current Alignment");
 237   Button cancel = new Button("Close");
 238
 239   protected Panel buttonPanel = new Panel();
 240   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
 241
 242   private void jbInit()
 243       throws Exception
 244   {
 245     textarea.setFont(new java.awt.Font("Monospaced", Font.PLAIN, 10));
 246     textarea.setText("Paste your alignment file here");
 247     textarea.addMouseListener(this);
 248     this.setLayout(borderLayout1);
 249     accept.addActionListener(this);
 250     addSequences.addActionListener(this);
 251     cancel.addActionListener(this);
 252     this.add(buttonPanel, BorderLayout.SOUTH);
 253     buttonPanel.add(accept, null);
 254     buttonPanel.add(addSequences);
 255     buttonPanel.add(cancel, null);
 256     this.add(textarea, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 257   }
 258
 259   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 260   {
 261     if (textarea.getText().startsWith("Paste your"))
 262     {
 263       textarea.setText("");
 264     }
 265   }
 266
 267   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 268   {}
 269
 270   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 271   {}
 272
 273   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 274   {}
 275
 276   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 277   {}
 278 }