src/jalview/appletgui/CutAndPasteTransfer.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 import jalview.io.*;\r
  27 \r
  28 public class CutAndPasteTransfer extends Panel implements ActionListener, MouseListener\r
  29 {\r
  30   boolean pdbImport = false;\r
  31   boolean treeImport = false;\r
  32   Sequence seq;\r
  33   AlignFrame alignFrame;\r
  34 \r
  35   public CutAndPasteTransfer(boolean forImport, AlignFrame alignFrame)\r
  36   {\r
  37     try {\r
  38         jbInit();\r
  39     } catch (Exception e) {\r
  40         e.printStackTrace();\r
  41     }\r
  42 \r
  43     this.alignFrame = alignFrame;\r
  44 \r
  45     if (!forImport)\r
  46     {\r
  47 \r
  48       buttonPanel.setVisible(false);\r
  49     }\r
  50   }\r
  51 \r
  52   public String getText()\r
  53   {\r
  54     return textarea.getText();\r
  55   }\r
  56 \r
  57   public void setText(String text)\r
  58   {\r
  59     textarea.setText(text);\r
  60   }\r
  61 \r
  62   public void setPDBImport(Sequence seq)\r
  63   {\r
  64     this.seq = seq;\r
  65     pdbImport = true;\r
  66   }\r
  67 \r
  68   public void setTreeImport()\r
  69   {\r
  70     treeImport = true;\r
  71     ok.setLabel("Accept");\r
  72   }\r
  73 \r
  74 \r
  75   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
  76   {\r
  77     if(evt.getSource()==ok)\r
  78       ok_actionPerformed();\r
  79     else if(evt.getSource()==cancel)\r
  80       cancel_actionPerformed();\r
  81   }\r
  82 \r
  83   protected void ok_actionPerformed()\r
  84   {\r
  85     String text = getText();\r
  86     int length = text.length();\r
  87     textarea.append("\n");\r
  88     if(textarea.getText().length()==length)\r
  89     {\r
  90       String warning = "\n\n#################################################\n"\r
  91           +"WARNING!! THIS IS THE MAXIMUM SIZE OF TEXTAREA!!\n"\r
  92           +"\nCAN'T INPUT FULL ALIGNMENT"\r
  93           +"\n\nYOU MUST DELETE THIS WARNING TO CONTINUE"\r
  94           +"\n\nMAKE SURE LAST SEQUENCE PASTED IS COMPLETE"\r
  95           +"\n#################################################\n";\r
  96       textarea.setText(text.substring(0, text.length()-warning.length())\r
  97           +warning);\r
  98 \r
  99       textarea.setCaretPosition(text.length());\r
 100     }\r
 101 \r
 102     if(pdbImport)\r
 103     {\r
 104       new MCview.AppletPDBViewer(text, AppletFormatAdapter.PASTE,\r
 105                                  seq,\r
 106                                  alignFrame.getSeqcanvas());\r
 107     }\r
 108     else if(treeImport)\r
 109     {\r
 110       try{\r
 111         jalview.io.NewickFile fin = new jalview.io.NewickFile(textarea.getText(),\r
 112             "Paste");\r
 113 \r
 114         fin.parse();\r
 115         if(fin.getTree()!=null)\r
 116           alignFrame.loadTree(fin, "Pasted tree file");\r
 117 \r
 118       }\r
 119       catch (Exception ex)\r
 120       {\r
 121         textarea.setText("Could not parse Newick file!\n" + ex);\r
 122         return;\r
 123       }\r
 124     }\r
 125     else if(alignFrame!=null)\r
 126     {\r
 127       SequenceI[] sequences = null;\r
 128 \r
 129       String format = new IdentifyFile().Identify(text, AppletFormatAdapter.PASTE);\r
 130       try{\r
 131         sequences = new AppletFormatAdapter().readFile(text, AppletFormatAdapter.PASTE, format);\r
 132       }catch(java.io.IOException ex)\r
 133       {\r
 134         ex.printStackTrace();\r
 135       }\r
 136       if (sequences != null)\r
 137       {\r
 138         AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(sequences), alignFrame.viewport.applet,\r
 139                                        "Cut & Paste input - " + format,\r
 140                                        false);\r
 141         af.statusBar.setText("Successfully pasted alignment file");\r
 142       }\r
 143     }\r
 144 \r
 145    if(this.getParent() instanceof Frame)\r
 146     ((Frame)this.getParent()).setVisible(false);\r
 147    else\r
 148      ((Dialog)this.getParent()).setVisible(false);\r
 149   }\r
 150 \r
 151   protected void cancel_actionPerformed()\r
 152   {\r
 153     textarea.setText("");\r
 154     if(this.getParent() instanceof Frame)\r
 155      ((Frame)this.getParent()).setVisible(false);\r
 156     else\r
 157      ((Dialog)this.getParent()).setVisible(false);\r
 158   }\r
 159 \r
 160   protected TextArea textarea = new TextArea();\r
 161   Button ok = new Button();\r
 162   Button cancel = new Button();\r
 163   protected Panel buttonPanel = new Panel();\r
 164   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();\r
 165 \r
 166 \r
 167   private void jbInit() throws Exception {\r
 168       textarea.setFont(new java.awt.Font("Monospaced", Font.PLAIN, 10));\r
 169       textarea.setText("Paste your alignment file here");\r
 170       textarea.addMouseListener(this);\r
 171       this.setLayout(borderLayout1);\r
 172       ok.setLabel("New Window");\r
 173       ok.addActionListener(this);\r
 174       cancel.setLabel("Close");\r
 175       cancel.addActionListener(this);\r
 176       this.add(buttonPanel, BorderLayout.SOUTH);\r
 177       buttonPanel.add(ok, null);\r
 178       buttonPanel.add(cancel, null);\r
 179       this.add(textarea, java.awt.BorderLayout.CENTER);\r
 180   }\r
 181 \r
 182   public void mousePressed(MouseEvent evt) {\r
 183       if (textarea.getText().startsWith("Paste your")) {\r
 184           textarea.setText("");\r
 185      }\r
 186   }\r
 187   public void mouseReleased(MouseEvent evt){}\r
 188   public void mouseClicked(MouseEvent evt){}\r
 189   public void mouseEntered(MouseEvent evt){}\r
 190   public void mouseExited(MouseEvent evt){}\r
 191 }\r