src/jalview/appletgui/CutAndPasteTransfer.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 import jalview.io.*;\r
  27 \r
  28 public class CutAndPasteTransfer extends Panel implements ActionListener, MouseListener\r
  29 {\r
  30   boolean pdbImport = false;\r
  31   boolean treeImport = false;\r
  32   boolean annotationImport = false;\r
  33   Sequence seq;\r
  34   AlignFrame alignFrame;\r
  35 \r
  36   public CutAndPasteTransfer(boolean forImport, AlignFrame alignFrame)\r
  37   {\r
  38     try {\r
  39         jbInit();\r
  40     } catch (Exception e) {\r
  41         e.printStackTrace();\r
  42     }\r
  43 \r
  44     this.alignFrame = alignFrame;\r
  45 \r
  46     if (!forImport)\r
  47     {\r
  48       buttonPanel.setVisible(false);\r
  49     }\r
  50   }\r
  51 \r
  52   public String getText()\r
  53   {\r
  54     return textarea.getText();\r
  55   }\r
  56 \r
  57   public void setText(String text)\r
  58   {\r
  59     textarea.setText(text);\r
  60   }\r
  61 \r
  62   public void setPDBImport(Sequence seq)\r
  63   {\r
  64     this.seq = seq;\r
  65     accept.setLabel("Accept");\r
  66     addSequences.setVisible(false);\r
  67     pdbImport = true;\r
  68   }\r
  69 \r
  70   public void setTreeImport()\r
  71   {\r
  72     treeImport = true;\r
  73     accept.setLabel("Accept");\r
  74     addSequences.setVisible(false);\r
  75   }\r
  76 \r
  77   public void setAnnotationImport()\r
  78   {\r
  79     annotationImport = true;\r
  80     accept.setLabel("Accept");\r
  81     addSequences.setVisible(false);\r
  82   }\r
  83 \r
  84 \r
  85   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
  86   {\r
  87     if(evt.getSource()==accept)\r
  88       ok(true);\r
  89     else if(evt.getSource() == addSequences)\r
  90       ok(false);\r
  91     else if(evt.getSource() == cancel)\r
  92       cancel();\r
  93   }\r
  94 \r
  95   protected void ok(boolean newWindow)\r
  96   {\r
  97     String text = getText();\r
  98     int length = text.length();\r
  99     textarea.append("\n");\r
 100     if(textarea.getText().length()==length)\r
 101     {\r
 102       String warning = "\n\n#################################################\n"\r
 103           +"WARNING!! THIS IS THE MAXIMUM SIZE OF TEXTAREA!!\n"\r
 104           +"\nCAN'T INPUT FULL ALIGNMENT"\r
 105           +"\n\nYOU MUST DELETE THIS WARNING TO CONTINUE"\r
 106           +"\n\nMAKE SURE LAST SEQUENCE PASTED IS COMPLETE"\r
 107           +"\n#################################################\n";\r
 108       textarea.setText(text.substring(0, text.length()-warning.length())\r
 109           +warning);\r
 110 \r
 111       textarea.setCaretPosition(text.length());\r
 112     }\r
 113 \r
 114     if(pdbImport)\r
 115     {\r
 116       new MCview.AppletPDBViewer(text, AppletFormatAdapter.PASTE,\r
 117                                  seq,\r
 118                                  alignFrame.getSeqcanvas());\r
 119     }\r
 120     else if(treeImport)\r
 121     {\r
 122       try{\r
 123         jalview.io.NewickFile fin = new jalview.io.NewickFile(textarea.getText(),\r
 124             "Paste");\r
 125 \r
 126         fin.parse();\r
 127         if(fin.getTree()!=null)\r
 128           alignFrame.loadTree(fin, "Pasted tree file");\r
 129 \r
 130       }\r
 131       catch (Exception ex)\r
 132       {\r
 133         textarea.setText("Could not parse Newick file!\n" + ex);\r
 134         return;\r
 135       }\r
 136     }\r
 137     else if(annotationImport)\r
 138     {\r
 139       if (new AnnotationFile().readAnnotationFile(\r
 140           alignFrame.viewport.alignment, textarea.getText(),\r
 141           jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE))\r
 142       {\r
 143         alignFrame.alignPanel.fontChanged();\r
 144         alignFrame.alignPanel.setScrollValues(0, 0);\r
 145 \r
 146       }\r
 147       else\r
 148       {\r
 149         alignFrame.parseFeaturesFile(textarea.getText(),\r
 150                                      jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE);\r
 151       }\r
 152     }\r
 153     else if(alignFrame!=null)\r
 154     {\r
 155       Alignment al = null;\r
 156 \r
 157       String format = new IdentifyFile().Identify(text, AppletFormatAdapter.PASTE);\r
 158       try{\r
 159         al = new AppletFormatAdapter().readFile(text, AppletFormatAdapter.PASTE, format);\r
 160       }catch(java.io.IOException ex)\r
 161       {\r
 162         ex.printStackTrace();\r
 163       }\r
 164 \r
 165 \r
 166 \r
 167       if (al != null)\r
 168       {\r
 169         if(newWindow)\r
 170         {\r
 171           AlignFrame af = new AlignFrame(al, alignFrame.viewport.applet,\r
 172                                          "Cut & Paste input - " + format,\r
 173                                          false);\r
 174           af.statusBar.setText("Successfully pasted alignment file");\r
 175         }\r
 176         else\r
 177           alignFrame.addSequences(al.getSequencesArray());\r
 178       }\r
 179     }\r
 180 \r
 181    if(this.getParent() instanceof Frame)\r
 182     ((Frame)this.getParent()).setVisible(false);\r
 183    else\r
 184      ((Dialog)this.getParent()).setVisible(false);\r
 185   }\r
 186 \r
 187   protected void cancel()\r
 188   {\r
 189     textarea.setText("");\r
 190     if(this.getParent() instanceof Frame)\r
 191      ((Frame)this.getParent()).setVisible(false);\r
 192     else\r
 193      ((Dialog)this.getParent()).setVisible(false);\r
 194   }\r
 195 \r
 196   protected TextArea textarea = new TextArea();\r
 197   Button accept = new Button("New Window");\r
 198   Button addSequences = new Button("Add to Current Alignment");\r
 199   Button cancel = new Button("Close");\r
 200 \r
 201   protected Panel buttonPanel = new Panel();\r
 202   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();\r
 203 \r
 204 \r
 205   private void jbInit() throws Exception {\r
 206       textarea.setFont(new java.awt.Font("Monospaced", Font.PLAIN, 10));\r
 207       textarea.setText("Paste your alignment file here");\r
 208       textarea.addMouseListener(this);\r
 209       this.setLayout(borderLayout1);\r
 210       accept.addActionListener(this);\r
 211       addSequences.addActionListener(this);\r
 212       cancel.addActionListener(this);\r
 213       this.add(buttonPanel, BorderLayout.SOUTH);\r
 214       buttonPanel.add(accept, null);\r
 215       buttonPanel.add(addSequences);\r
 216       buttonPanel.add(cancel, null);\r
 217       this.add(textarea, java.awt.BorderLayout.CENTER);\r
 218   }\r
 219 \r
 220   public void mousePressed(MouseEvent evt) {\r
 221       if (textarea.getText().startsWith("Paste your")) {\r
 222           textarea.setText("");\r
 223      }\r
 224   }\r
 225   public void mouseReleased(MouseEvent evt){}\r
 226   public void mouseClicked(MouseEvent evt){}\r
 227   public void mouseEntered(MouseEvent evt){}\r
 228   public void mouseExited(MouseEvent evt){}\r
 229 }\r