src/jalview/appletgui/CutAndPasteTransfer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.appletgui;
  19
  20 import java.awt.*;
  21 import java.awt.event.*;
  22
  23 import jalview.datamodel.*;
  24 import jalview.io.*;
  25 import jalview.schemes.TCoffeeColourScheme;
  26
  27 public class CutAndPasteTransfer extends Panel implements ActionListener,
  28         MouseListener
  29 {
  30   boolean pdbImport = false;
  31
  32   boolean treeImport = false;
  33
  34   boolean annotationImport = false;
  35
  36   Sequence seq;
  37
  38   AlignFrame alignFrame;
  39
  40   public CutAndPasteTransfer(boolean forImport, AlignFrame alignFrame)
  41   {
  42     try
  43     {
  44       jbInit();
  45     } catch (Exception e)
  46     {
  47       e.printStackTrace();
  48     }
  49
  50     this.alignFrame = alignFrame;
  51
  52     if (!forImport)
  53     {
  54       buttonPanel.setVisible(false);
  55     }
  56   }
  57
  58   public String getText()
  59   {
  60     return textarea.getText();
  61   }
  62
  63   public void setText(String text)
  64   {
  65     textarea.setText(text);
  66   }
  67
  68   public void setPDBImport(Sequence seq)
  69   {
  70     this.seq = seq;
  71     accept.setLabel("Accept");
  72     addSequences.setVisible(false);
  73     pdbImport = true;
  74   }
  75
  76   public void setTreeImport()
  77   {
  78     treeImport = true;
  79     accept.setLabel("Accept");
  80     addSequences.setVisible(false);
  81   }
  82
  83   public void setAnnotationImport()
  84   {
  85     annotationImport = true;
  86     accept.setLabel("Accept");
  87     addSequences.setVisible(false);
  88   }
  89
  90   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
  91   {
  92     if (evt.getSource() == accept)
  93     {
  94       ok(true);
  95     }
  96     else if (evt.getSource() == addSequences)
  97     {
  98       ok(false);
  99     }
 100     else if (evt.getSource() == cancel)
 101     {
 102       cancel();
 103     }
 104   }
 105
 106   protected void ok(boolean newWindow)
 107   {
 108     String text = getText();
 109     int length = text.length();
 110     textarea.append("\n");
 111     if (textarea.getText().length() == length)
 112     {
 113       String warning = "\n\n#################################################\n"
 114               + "WARNING!! THIS IS THE MAXIMUM SIZE OF TEXTAREA!!\n"
 115               + "\nCAN'T INPUT FULL ALIGNMENT"
 116               + "\n\nYOU MUST DELETE THIS WARNING TO CONTINUE"
 117               + "\n\nMAKE SURE LAST SEQUENCE PASTED IS COMPLETE"
 118               + "\n#################################################\n";
 119       textarea.setText(text.substring(0, text.length() - warning.length())
 120               + warning);
 121
 122       textarea.setCaretPosition(text.length());
 123     }
 124
 125     if (pdbImport)
 126     {
 127       PDBEntry pdb = new PDBEntry();
 128       pdb.setFile(text);
 129
 130       if (alignFrame.alignPanel.av.applet.jmolAvailable)
 131         new jalview.appletgui.AppletJmol(pdb, new Sequence[]
 132         { seq }, null, alignFrame.alignPanel, AppletFormatAdapter.PASTE);
 133       else
 134
 135         new MCview.AppletPDBViewer(pdb, new Sequence[]
 136         { seq }, null, alignFrame.alignPanel, AppletFormatAdapter.PASTE);
 137
 138     }
 139     else if (treeImport)
 140     {
 141       try
 142       {
 143         jalview.io.NewickFile fin = new jalview.io.NewickFile(
 144                 textarea.getText(), "Paste");
 145
 146         fin.parse();
 147         if (fin.getTree() != null)
 148         {
 149           alignFrame.loadTree(fin, "Pasted tree file");
 150         }
 151
 152       } catch (Exception ex)
 153       {
 154         // TODO: JAL-1102 - should have a warning message in dialog, not simply overwrite the broken input data with the exception
 155         textarea.setText("Could not parse Newick file!\n" + ex);
 156         return;
 157       }
 158     }
 159     else if (annotationImport)
 160     {
 161       TCoffeeScoreFile tcf = null;
 162       try
 163       {
 164         tcf = new TCoffeeScoreFile(textarea.getText(),
 165                 jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE);
 166         if (tcf.isValid())
 167         {
 168           if (tcf.annotateAlignment(alignFrame.viewport.getAlignment(),
 169                   true))
 170           {
 171             alignFrame.tcoffeeColour.setEnabled(true);
 172             alignFrame.alignPanel.fontChanged();
 173             alignFrame.changeColour(new TCoffeeColourScheme(
 174                     alignFrame.viewport.getAlignment()));
 175             alignFrame.statusBar
 176                     .setText("Successfully pasted T-Coffee scores to alignment.");
 177           }
 178           else
 179           {
 180             // file valid but didn't get added to alignment for some reason
 181             alignFrame.statusBar.setText("Failed to add T-Coffee scores: "+(tcf.getWarningMessage()!=null ? tcf.getWarningMessage():""));
 182           }
 183         }
 184         else
 185         {
 186           tcf = null;
 187         }
 188       } catch (Exception x)
 189       {
 190         tcf = null;
 191       }
 192       if (tcf == null)
 193       {
 194         if (new AnnotationFile().readAnnotationFile(
 195                 alignFrame.viewport.getAlignment(), textarea.getText(),
 196                 jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE))
 197         {
 198           alignFrame.alignPanel.fontChanged();
 199           alignFrame.alignPanel.setScrollValues(0, 0);
 200           alignFrame.statusBar
 201                   .setText("Successfully pasted annotation to alignment.");
 202
 203         }
 204         else
 205         {
 206           if (!alignFrame.parseFeaturesFile(textarea.getText(),
 207                   jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE))
 208           {
 209             alignFrame.statusBar.setText("Couldn't parse pasted text as a valid annotation, feature, GFF, or T-Coffee score file.");
 210           }
 211         }
 212       }
 213     }
 214     else if (alignFrame != null)
 215     {
 216       Alignment al = null;
 217
 218       String format = new IdentifyFile().Identify(text,
 219               AppletFormatAdapter.PASTE);
 220       try
 221       {
 222         al = new AppletFormatAdapter().readFile(text,
 223                 AppletFormatAdapter.PASTE, format);
 224       } catch (java.io.IOException ex)
 225       {
 226         ex.printStackTrace();
 227       }
 228
 229       if (al != null)
 230       {
 231         if (newWindow)
 232         {
 233           AlignFrame af = new AlignFrame(al, alignFrame.viewport.applet,
 234                   "Cut & Paste input - " + format, false);
 235           af.statusBar.setText("Successfully pasted alignment file");
 236         }
 237         else
 238         {
 239           alignFrame.addSequences(al.getSequencesArray());
 240           alignFrame.statusBar
 241                   .setText("Successfully pasted alignment file");
 242         }
 243       }
 244     }
 245     // TODO: dialog should indicate if data was parsed correctly or not - see
 246     // JAL-1102
 247     if (this.getParent() instanceof Frame)
 248     {
 249       ((Frame) this.getParent()).setVisible(false);
 250     }
 251     else
 252     {
 253       ((Dialog) this.getParent()).setVisible(false);
 254     }
 255   }
 256
 257   protected void cancel()
 258   {
 259     textarea.setText("");
 260     if (this.getParent() instanceof Frame)
 261     {
 262       ((Frame) this.getParent()).setVisible(false);
 263     }
 264     else
 265     {
 266       ((Dialog) this.getParent()).setVisible(false);
 267     }
 268   }
 269
 270   protected TextArea textarea = new TextArea();
 271
 272   Button accept = new Button("New Window");
 273
 274   Button addSequences = new Button("Add to Current Alignment");
 275
 276   Button cancel = new Button("Close");
 277
 278   protected Panel buttonPanel = new Panel();
 279
 280   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
 281
 282   private void jbInit() throws Exception
 283   {
 284     textarea.setFont(new java.awt.Font("Monospaced", Font.PLAIN, 10));
 285     textarea.setText("Paste your alignment file here");
 286     textarea.addMouseListener(this);
 287     this.setLayout(borderLayout1);
 288     accept.addActionListener(this);
 289     addSequences.addActionListener(this);
 290     cancel.addActionListener(this);
 291     this.add(buttonPanel, BorderLayout.SOUTH);
 292     buttonPanel.add(accept, null);
 293     buttonPanel.add(addSequences);
 294     buttonPanel.add(cancel, null);
 295     this.add(textarea, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 296   }
 297
 298   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 299   {
 300     if (textarea.getText().startsWith("Paste your"))
 301     {
 302       textarea.setText("");
 303     }
 304   }
 305
 306   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 307   {
 308   }
 309
 310   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 311   {
 312   }
 313
 314   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 315   {
 316   }
 317
 318   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 319   {
 320   }
 321 }