src/jalview/appletgui/ExtJmol.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  24 import jalview.api.FeatureRenderer;
  25 import jalview.api.SequenceRenderer;
  26 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28 import jalview.ext.jmol.JalviewJmolBinding;
  29
  30 import java.awt.Container;
  31 import java.util.ArrayList;
  32 import java.util.List;
  33 import java.util.Map;
  34 import java.util.Vector;
  35
  36 import org.jmol.api.JmolAppConsoleInterface;
  37 import org.jmol.java.BS;
  38 import org.jmol.viewer.Viewer;
  39
  40 /**
  41  * bind an alignment view to an external Jmol instance.
  42  *
  43  * @author JimP
  44  *
  45  */
  46 public class ExtJmol extends JalviewJmolBinding
  47 {
  48
  49   private AlignmentPanel ap;
  50
  51   protected ExtJmol(jalview.appletgui.AlignFrame alframe,
  52           PDBEntry[] pdbentry, SequenceI[][] seq, String[][] chains,
  53           String protocol)
  54   {
  55     super(alframe.alignPanel.getStructureSelectionManager(), pdbentry, seq,
  56             chains, protocol);
  57   }
  58
  59   public ExtJmol(Viewer viewer, AlignmentPanel alignPanel,
  60           SequenceI[][] seqs)
  61   {
  62     super(alignPanel.getStructureSelectionManager(), seqs, viewer);
  63     ap = alignPanel;
  64     notifyFileLoaded(null, null, null, null, 0);
  65   }
  66
  67   public void updateColours(Object source)
  68   {
  69
  70     // TODO Auto-generated method stub
  71
  72   }
  73
  74   public void showUrl(String arg0)
  75   {
  76     showUrl(arg0, "jmol");
  77   }
  78
  79   @Override
  80   public FeatureRenderer getFeatureRenderer(AlignmentViewPanel alignment)
  81   {
  82     AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) alignment;
  83     if (ap.av.isShowSequenceFeatures())
  84     {
  85       return ap.getFeatureRenderer();
  86     }
  87     else
  88     {
  89       return null;
  90     }
  91   }
  92
  93   @Override
  94   public SequenceRenderer getSequenceRenderer(AlignmentViewPanel alignment)
  95   {
  96     return ((AlignmentPanel) alignment).getSequenceRenderer();
  97   }
  98
  99   @Override
 100   public void notifyScriptTermination(String strStatus, int msWalltime)
 101   {
 102     // ignore
 103   }
 104
 105   @Override
 106   public void sendConsoleEcho(String strEcho)
 107   {
 108     // ignore
 109   }
 110
 111   @Override
 112   public void sendConsoleMessage(String strStatus)
 113   {
 114     // ignore
 115   }
 116
 117   @Override
 118   public void showUrl(String url, String target)
 119   {
 120     ap.alignFrame.showURL(url, target);
 121   }
 122
 123   @Override
 124   public void refreshGUI()
 125   {
 126     // ignore
 127   }
 128
 129   public void selectionChanged(BS arg0)
 130   {
 131     System.out.println(arg0);
 132   }
 133
 134   @Override
 135   public void refreshPdbEntries()
 136   {
 137     List<PDBEntry> pdbe = new ArrayList<PDBEntry>();
 138     List<String> fileids = new ArrayList<String>();
 139     SequenceI[] sq = ap.av.getAlignment().getSequencesArray();
 140     for (int s = 0; s < sq.length; s++)
 141     {
 142       Vector<PDBEntry> pdbids = sq[s].getAllPDBEntries();
 143       if (pdbids != null)
 144       {
 145         for (int pe = 0, peSize = pdbids.size(); pe < peSize; pe++)
 146         {
 147           PDBEntry pentry = pdbids.elementAt(pe);
 148           if (!fileids.contains(pentry.getId()))
 149           {
 150             pdbe.add(pentry);
 151           }
 152           else
 153           {
 154             fileids.add(pentry.getId());
 155           }
 156         }
 157       }
 158     }
 159     PDBEntry[] newEntries = new PDBEntry[pdbe.size()];
 160     for (int pe = 0; pe < pdbe.size(); pe++)
 161     {
 162       newEntries[pe] = pdbe.get(pe);
 163     }
 164     setPdbentry(newEntries);
 165   }
 166
 167   @Override
 168   public void showConsole(boolean show)
 169   {
 170     // This never gets called because we haven't overriden the associated Jmol's
 171     // console
 172     System.err
 173             .println("WARNING: unexpected call to ExtJmol's showConsole method. (showConsole="
 174                     + show);
 175   }
 176
 177   @Override
 178   protected JmolAppConsoleInterface createJmolConsole(
 179           Container consolePanel, String buttonsToShow)
 180   {
 181     // TODO Auto-generated method stub
 182     return null;
 183   }
 184
 185   @Override
 186   protected void releaseUIResources()
 187   {
 188     ap = null;
 189     closeConsole();
 190
 191   }
 192
 193   @Override
 194   public void releaseReferences(Object svl)
 195   {
 196     // TODO Auto-generated method stub
 197
 198   }
 199
 200   @Override
 201   public Map<String, Object> getJSpecViewProperty(String arg0)
 202   {
 203     // TODO Auto-generated method stub
 204     return null;
 205   }
 206
 207 }