src/jalview/appletgui/ExtJmol.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.appletgui;
  19
  20 import java.awt.Container;
  21 import java.util.BitSet;
  22 import java.util.Hashtable;
  23 import java.util.Vector;
  24
  25 import org.jmol.api.JmolAppConsoleInterface;
  26 import org.jmol.api.JmolViewer;
  27
  28 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  29 import jalview.api.FeatureRenderer;
  30 import jalview.api.SequenceRenderer;
  31 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  32 import jalview.datamodel.SequenceI;
  33 import jalview.ext.jmol.JalviewJmolBinding;
  34
  35 /**
  36  * bind an alignment view to an external Jmol instance.
  37  *
  38  * @author JimP
  39  *
  40  */
  41 public class ExtJmol extends JalviewJmolBinding
  42 {
  43
  44   private AlignmentPanel ap;
  45
  46   protected ExtJmol(jalview.appletgui.AlignFrame alframe,
  47           PDBEntry[] pdbentry, SequenceI[][] seq, String[][] chains,
  48           String protocol)
  49   {
  50     super(alframe.alignPanel.getStructureSelectionManager(), pdbentry, seq,
  51             chains, protocol);
  52   }
  53
  54   public ExtJmol(JmolViewer viewer, AlignmentPanel alignPanel,
  55           SequenceI[][] seqs)
  56   {
  57     super(alignPanel.getStructureSelectionManager(), viewer);
  58     ap = alignPanel;
  59     this.sequence = seqs;
  60     notifyFileLoaded(null, null, null, null, 0);
  61   }
  62
  63   public void updateColours(Object source)
  64   {
  65
  66     // TODO Auto-generated method stub
  67
  68   }
  69
  70   public void showUrl(String arg0)
  71   {
  72     showUrl(arg0, "jmol");
  73   }
  74
  75   public FeatureRenderer getFeatureRenderer(AlignmentViewPanel alignment)
  76   {
  77     AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) alignment;
  78     if (ap.av.showSequenceFeatures)
  79     {
  80       return ap.getFeatureRenderer();
  81     }
  82     else
  83     {
  84       return null;
  85     }
  86   }
  87
  88   public SequenceRenderer getSequenceRenderer(AlignmentViewPanel alignment)
  89   {
  90     return ((AlignmentPanel) alignment).getSequenceRenderer();
  91   }
  92
  93   public void notifyScriptTermination(String strStatus, int msWalltime)
  94   {
  95     // ignore
  96   }
  97
  98   public void sendConsoleEcho(String strEcho)
  99   {
 100     // ignore
 101   }
 102
 103   public void sendConsoleMessage(String strStatus)
 104   {
 105     // ignore
 106   }
 107
 108   public void showUrl(String url, String target)
 109   {
 110     ap.alignFrame.showURL(url, target);
 111   }
 112
 113   public void refreshGUI()
 114   {
 115     // ignore
 116   }
 117
 118   public void selectionChanged(BitSet arg0)
 119   {
 120     System.out.println(arg0);
 121   }
 122
 123   public void refreshPdbEntries()
 124   {
 125     Vector pdbe = new Vector();
 126     Hashtable fileids = new Hashtable();
 127     SequenceI[] sq = ap.av.getAlignment().getSequencesArray();
 128     for (int s = 0; s < sq.length; s++)
 129     {
 130       Vector pdbids = sq[s].getPDBId();
 131       if (pdbids != null)
 132       {
 133         for (int pe = 0, peSize = pdbids.size(); pe < peSize; pe++)
 134         {
 135           PDBEntry pentry = (PDBEntry) pdbids.elementAt(pe);
 136           if (!fileids.containsKey(pentry.getId()))
 137           {
 138             pdbe.addElement(pentry);
 139           }
 140         }
 141       }
 142     }
 143     pdbentry = new PDBEntry[pdbe.size()];
 144     for (int pe = 0; pe < pdbe.size(); pe++)
 145     {
 146       pdbentry[pe] = (PDBEntry) pdbe.elementAt(pe);
 147     }
 148   }
 149
 150   @Override
 151   public void showConsole(boolean show)
 152   {
 153     // This never gets called because we haven't overriden the associated Jmol's
 154     // console
 155     System.err
 156             .println("WARNING: unexpected call to ExtJmol's showConsole method. (showConsole="
 157                     + show);
 158   }
 159
 160   @Override
 161   protected JmolAppConsoleInterface createJmolConsole(JmolViewer viewer2,
 162           Container consolePanel, String buttonsToShow)
 163   {
 164     // TODO Auto-generated method stub
 165     return null;
 166   }
 167
 168   @Override
 169   protected void releaseUIResources()
 170   {
 171     ap = null;
 172     if (console != null)
 173     {
 174       try
 175       {
 176         console.setVisible(false);
 177       } catch (Error e)
 178       {
 179       } catch (Exception x)
 180       {
 181       }
 182       ;
 183       console = null;
 184     }
 185
 186   }
 187
 188   @Override
 189   public void releaseReferences(Object svl)
 190   {
 191     // TODO Auto-generated method stub
 192
 193   }
 194
 195 }