src/jalview/appletgui/ExtJmol.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.appletgui;
  19
  20 import java.awt.Container;
  21 import java.util.BitSet;
  22 import java.util.Hashtable;
  23 import java.util.Vector;
  24
  25 import org.jmol.api.JmolAppConsoleInterface;
  26 import org.jmol.api.JmolViewer;
  27
  28 import jalview.api.FeatureRenderer;
  29 import jalview.api.SequenceRenderer;
  30 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  31 import jalview.datamodel.SequenceI;
  32 import jalview.ext.jmol.JalviewJmolBinding;
  33
  34 /**
  35  * bind an alignment view to an external Jmol instance.
  36  *
  37  * @author JimP
  38  *
  39  */
  40 public class ExtJmol extends JalviewJmolBinding
  41 {
  42
  43   private AlignmentPanel ap;
  44
  45   protected ExtJmol(jalview.appletgui.AlignFrame alframe,
  46           PDBEntry[] pdbentry, SequenceI[][] seq, String[][] chains,
  47           String protocol)
  48   {
  49     super(pdbentry, seq, chains, protocol);
  50   }
  51
  52   public ExtJmol(JmolViewer viewer, AlignmentPanel alignPanel,
  53           SequenceI[][] seqs)
  54   {
  55     super(viewer);
  56     ap = alignPanel;
  57     this.sequence = seqs;
  58     notifyFileLoaded(null, null, null, null, 0);
  59   }
  60
  61   public void updateColours(Object source)
  62   {
  63
  64     // TODO Auto-generated method stub
  65
  66   }
  67
  68   public void showUrl(String arg0)
  69   {
  70     showUrl(arg0, "jmol");
  71   }
  72
  73   public FeatureRenderer getFeatureRenderer()
  74   {
  75     if (ap.av.showSequenceFeatures)
  76     {
  77       return ap.getFeatureRenderer();
  78     }
  79     else
  80     {
  81       return null;
  82     }
  83   }
  84
  85   public SequenceRenderer getSequenceRenderer()
  86   {
  87     return ap.getSequenceRenderer();
  88   }
  89
  90   public void notifyScriptTermination(String strStatus, int msWalltime)
  91   {
  92     // ignore
  93   }
  94
  95   public void sendConsoleEcho(String strEcho)
  96   {
  97     // ignore
  98   }
  99
 100   public void sendConsoleMessage(String strStatus)
 101   {
 102     // ignore
 103   }
 104
 105   public void showUrl(String url, String target)
 106   {
 107     ap.alignFrame.showURL(url, target);
 108   }
 109
 110   public void refreshGUI()
 111   {
 112     // ignore
 113   }
 114
 115   public void selectionChanged(BitSet arg0)
 116   {
 117     System.out.println(arg0);
 118   }
 119
 120   public void refreshPdbEntries()
 121   {
 122     Vector pdbe = new Vector();
 123     Hashtable fileids = new Hashtable();
 124     SequenceI[] sq = ap.av.getAlignment().getSequencesArray();
 125     for (int s = 0; s < sq.length; s++)
 126     {
 127       Vector pdbids = sq[s].getPDBId();
 128       if (pdbids != null)
 129       {
 130         for (int pe = 0, peSize = pdbids.size(); pe < peSize; pe++)
 131         {
 132           PDBEntry pentry = (PDBEntry) pdbids.elementAt(pe);
 133           if (!fileids.containsKey(pentry.getId()))
 134           {
 135             pdbe.addElement(pentry);
 136           }
 137         }
 138       }
 139     }
 140     pdbentry = new PDBEntry[pdbe.size()];
 141     for (int pe = 0; pe < pdbe.size(); pe++)
 142     {
 143       pdbentry[pe] = (PDBEntry) pdbe.elementAt(pe);
 144     }
 145   }
 146
 147   @Override
 148   public void showConsole(boolean show)
 149   {
 150     // This never gets called because we haven't overriden the associated Jmol's
 151     // console
 152     System.err
 153             .println("WARNING: unexpected call to ExtJmol's showConsole method. (showConsole="
 154                     + show);
 155   }
 156
 157   @Override
 158   protected JmolAppConsoleInterface createJmolConsole(JmolViewer viewer2,
 159           Container consolePanel, String buttonsToShow)
 160   {
 161     // TODO Auto-generated method stub
 162     return null;
 163   }
 164
 165   @Override
 166   protected void releaseUIResources()
 167   {
 168     ap = null;
 169     if (console != null)
 170     {
 171       try
 172       {
 173         console.setVisible(false);
 174       } catch (Error e)
 175       {
 176       } catch (Exception x)
 177       {
 178       }
 179       ;
 180       console = null;
 181     }
 182
 183   }
 184
 185 }