src/jalview/appletgui/FeatureColourChooser.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.appletgui;
  20
  21 import java.util.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.event.*;
  25
  26 import jalview.datamodel.*;
  27 import jalview.schemes.*;
  28 import java.awt.Rectangle;
  29
  30 public class FeatureColourChooser extends Panel implements
  31         ActionListener, AdjustmentListener, ItemListener, MouseListener
  32 {
  33   Frame frame;
  34
  35   FeatureRenderer fr;
  36   FeatureSettings fs;
  37   AlignmentPanel ap;
  38
  39   GraduatedColor cs;
  40   Object oldcs;
  41
  42   Hashtable oldgroupColours;
  43
  44
  45   boolean adjusting = false;
  46   private float min,max;
  47   String type=null;
  48
  49   public FeatureColourChooser(FeatureSettings fsettings, String type)
  50   {
  51     this.fs = fsettings;
  52     this.type = type;
  53     fr = fsettings.fr;
  54     ap = fsettings.ap;
  55     float mm[] = ((float[][]) fr.minmax.get(type))[0];
  56     min = mm[0];
  57     max = mm[1];
  58     oldcs = fr.featureColours.get(type);
  59     if (oldcs instanceof GraduatedColor)
  60     {
  61       cs = new GraduatedColor((GraduatedColor) oldcs, min, max);
  62     } else {
  63       // promote original color to a graduated color
  64       Color bl = Color.black;
  65       if (oldcs instanceof Color)
  66       {
  67         bl = (Color) oldcs;
  68       }
  69       // original colour becomes the maximum colour
  70       cs = new GraduatedColor(Color.white,bl,mm[0],mm[1]);
  71     }
  72     minColour.setBackground(cs.getMinColor());
  73     maxColour.setBackground(cs.getMaxColor());
  74     adjusting = true;
  75
  76     try
  77     {
  78       jbInit();
  79     } catch (Exception ex)
  80     {
  81     }
  82     // To HERE!
  83     adjusting = false;
  84     changeColour();
  85     slider.addAdjustmentListener(this);
  86     slider.addMouseListener(this);
  87     frame = new Frame();
  88     frame.add(this);
  89     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Graduated Feature Colour for "+type, 480,
  90             145);
  91     validate();
  92   }
  93
  94   public FeatureColourChooser()
  95   {
  96     try
  97     {
  98       jbInit();
  99     } catch (Exception ex)
 100     {
 101       ex.printStackTrace();
 102     }
 103   }
 104
 105   private void jbInit() throws Exception
 106   {
 107     minColour.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 108     minColour.setLabel("Min Colour");
 109     minColour.addActionListener(this);
 110
 111     maxColour.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 112     maxColour.setLabel("Max Colour");
 113     maxColour.addActionListener(this);
 114
 115     thresholdIsMin.addItemListener(this);
 116     ok.setLabel("OK");
 117     ok.addActionListener(this);
 118
 119     cancel.setLabel("Cancel");
 120     cancel.addActionListener(this);
 121
 122     this.setLayout(borderLayout1);
 123     jPanel2.setLayout(flowLayout1);
 124
 125     jPanel1.setBackground(Color.white);
 126     jPanel2.setBackground(Color.white);
 127     threshold.addItemListener(this);
 128     threshold.addItem("No Threshold");
 129     threshold.addItem("Above Threshold");
 130     threshold.addItem("Below Threshold");
 131     jPanel3.setLayout(null);
 132     thresholdValue.addActionListener(this);
 133
 134     slider.setBackground(Color.white);
 135     slider.setEnabled(false);
 136     slider.setBounds(new Rectangle(153, 3, 93, 21));
 137     thresholdValue.setEnabled(false);
 138     thresholdValue.setBounds(new Rectangle(248, 2, 79, 22));
 139     thresholdValue.setColumns(5);
 140     jPanel3.setBackground(Color.white);
 141     //currentColours.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 142     //currentColours.setLabel("Use Original Colours");
 143     //currentColours.addItemListener(this);
 144
 145     threshold.setBounds(new Rectangle(11, 3, 139, 22));
 146     thresholdIsMin.setBackground(Color.white);
 147     thresholdIsMin.setLabel("Threshold is min/max");
 148     thresholdIsMin.setBounds(new Rectangle(328, 3, 135, 23));
 149     jPanel1.add(ok);
 150     jPanel1.add(cancel);
 151     //jPanel2.add(currentColours);
 152     jPanel2.add(minColour);
 153     jPanel2.add(maxColour);
 154     jPanel3.add(threshold);
 155     jPanel3.add(slider);
 156     jPanel3.add(thresholdValue);
 157     jPanel3.add(thresholdIsMin);
 158     this.add(jPanel2, java.awt.BorderLayout.NORTH);
 159     this.add(jPanel3, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 160     this.add(jPanel1, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 161   }
 162
 163   Button minColour = new Button();
 164
 165   Button maxColour = new Button();
 166
 167   Button ok = new Button();
 168
 169   Button cancel = new Button();
 170
 171   Panel jPanel1 = new Panel();
 172
 173   Panel jPanel2 = new Panel();
 174
 175   Choice threshold = new Choice();
 176
 177   FlowLayout flowLayout1 = new FlowLayout();
 178
 179   Panel jPanel3 = new Panel();
 180
 181   Scrollbar slider = new Scrollbar(Scrollbar.HORIZONTAL);
 182
 183   TextField thresholdValue = new TextField(20);
 184
 185
 186   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
 187
 188   Checkbox thresholdIsMin = new Checkbox();
 189
 190   private GraphLine threshline;
 191
 192   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 193   {
 194     if (evt.getSource() == thresholdValue)
 195     {
 196       try
 197       {
 198         float f = new Float(thresholdValue.getText()).floatValue();
 199         slider.setValue((int) (f * 1000));
 200         adjustmentValueChanged(null);
 201       } catch (NumberFormatException ex)
 202       {
 203       }
 204     }
 205     else if (evt.getSource() == minColour)
 206     {
 207       minColour_actionPerformed(null);
 208     }
 209     else if (evt.getSource() == maxColour)
 210     {
 211       maxColour_actionPerformed(null);
 212     }
 213
 214     else if (evt.getSource() == ok)
 215     {
 216       changeColour();
 217       frame.setVisible(false);
 218     }
 219     else if (evt.getSource() == cancel)
 220     {
 221       reset();
 222       ap.paintAlignment(true);
 223       frame.setVisible(false);
 224     }
 225
 226     else
 227     {
 228       changeColour();
 229     }
 230   }
 231
 232   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 233   {
 234
 235     changeColour();
 236   }
 237
 238   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
 239   {
 240     if (!adjusting)
 241     {
 242       thresholdValue.setText(((float) slider.getValue() / 1000f) + "");
 243       valueChanged();
 244     }
 245   }
 246   protected void valueChanged() {
 247     changeColour();
 248     threshline.value = (float) slider.getValue() / 1000f;
 249     ap.paintAlignment(false);
 250   }
 251   public void minColour_actionPerformed(Color newCol)
 252   {
 253     if (newCol != null)
 254     {
 255       minColour.setBackground(newCol);
 256       minColour.repaint();
 257       changeColour();
 258     }
 259     else
 260     {
 261       new UserDefinedColours(this, "Select Colour for Minimum Value", minColour.getBackground());
 262     }
 263
 264   }
 265
 266   public void maxColour_actionPerformed(Color newCol)
 267   {
 268     if (newCol != null)
 269     {
 270       maxColour.setBackground(newCol);
 271       maxColour.repaint();
 272       changeColour();
 273     }
 274     else
 275     {
 276       new UserDefinedColours(this, "Select Colour for Maximum Value", maxColour.getBackground());
 277     }
 278   }
 279
 280   void changeColour()
 281   {
 282     // Check if combobox is still adjusting
 283     if (adjusting)
 284     {
 285       return;
 286     }
 287
 288     int aboveThreshold = AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD;
 289     if (threshold.getSelectedItem().equals("Above Threshold"))
 290     {
 291       aboveThreshold = AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD;
 292     }
 293     else if (threshold.getSelectedItem().equals("Below Threshold"))
 294     {
 295       aboveThreshold = AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD;
 296     }
 297
 298     slider.setEnabled(true);
 299     thresholdValue.setEnabled(true);
 300     GraduatedColor acg = new GraduatedColor(minColour.getBackground(), maxColour.getBackground(), min, max);
 301
 302     if (aboveThreshold == AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD)
 303     {
 304       slider.setEnabled(false);
 305       thresholdValue.setEnabled(false);
 306       thresholdValue.setText("");
 307     }
 308
 309     else if (aboveThreshold != AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD
 310             && threshline == null)
 311     {
 312       // todo visual indication of feature threshold
 313       threshline = new jalview.datamodel.GraphLine(
 314                       (max - min) / 2f,
 315                       "Threshold", Color.black);
 316     }
 317
 318     if (aboveThreshold != AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD)
 319     {
 320       adjusting = true;
 321       acg.setThresh(threshline.value);
 322
 323       float range = max * 1000f
 324               - min * 1000f;
 325
 326       slider.setMinimum((int) (min * 1000));
 327       slider.setMaximum((int) (max * 1000));
 328       slider.setValue((int) (threshline.value * 1000));
 329       thresholdValue.setText(threshline.value + "");
 330       slider.setEnabled(true);
 331       thresholdValue.setEnabled(true);
 332       adjusting = false;
 333     }
 334
 335     acg.setThreshType(aboveThreshold);
 336     if (thresholdIsMin.getState() && aboveThreshold != AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD)
 337     {
 338       if (aboveThreshold==AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD)
 339       {
 340         acg = new GraduatedColor(acg, threshline.value, max);
 341       } else {
 342         acg = new GraduatedColor(acg, min,threshline.value);
 343       }
 344     }
 345
 346     fr.featureColours.put(type,acg);
 347     cs = acg;
 348     ap.paintAlignment(false);
 349   }
 350
 351   void reset()
 352   {
 353     fr.featureColours.put(type, oldcs);
 354     ap.paintAlignment(true);
 355
 356   }
 357
 358   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 359   {
 360   }
 361
 362   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 363   {
 364   }
 365
 366   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 367   {
 368     ap.paintAlignment(true);
 369   }
 370
 371   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 372   {
 373   }
 374
 375   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 376   {
 377   }
 378
 379 }