src/jalview/appletgui/FeatureColourChooser.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
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  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import java.util.*;
  24
  25 import java.awt.*;
  26 import java.awt.event.*;
  27
  28 import jalview.datamodel.*;
  29 import jalview.schemes.*;
  30 import jalview.util.MessageManager;
  31
  32 public class FeatureColourChooser extends Panel implements ActionListener,
  33         AdjustmentListener, ItemListener, MouseListener
  34 {
  35   JVDialog frame;
  36
  37   Frame owner;
  38
  39   FeatureRenderer fr;
  40
  41   FeatureSettings fs = null;
  42
  43   // AlignmentPanel ap;
  44
  45   GraduatedColor cs;
  46
  47   Object oldcs;
  48
  49   Hashtable oldgroupColours;
  50
  51   boolean adjusting = false;
  52
  53   private float min, max;
  54
  55   String type = null;
  56
  57   private AlignFrame af = null;
  58
  59   public FeatureColourChooser(AlignFrame af, String type)
  60   {
  61     this.af = af;
  62     init(af.getSeqcanvas().getFeatureRenderer(), type);
  63   }
  64
  65   public FeatureColourChooser(FeatureSettings fsettings, String type)
  66   {
  67     this.fs = fsettings;
  68     init(fsettings.fr, type);
  69     // this.ap = fsettings.ap;
  70   }
  71
  72   private void init(FeatureRenderer frenderer, String type)
  73   {
  74     this.type = type;
  75     fr = frenderer;
  76     float mm[] = ((float[][]) fr.minmax.get(type))[0];
  77     min = mm[0];
  78     max = mm[1];
  79     oldcs = fr.featureColours.get(type);
  80     if (oldcs instanceof GraduatedColor)
  81     {
  82       cs = new GraduatedColor((GraduatedColor) oldcs, min, max);
  83     }
  84     else
  85     {
  86       // promote original color to a graduated color
  87       Color bl = Color.black;
  88       if (oldcs instanceof Color)
  89       {
  90         bl = (Color) oldcs;
  91       }
  92       // original colour becomes the maximum colour
  93       cs = new GraduatedColor(Color.white, bl, mm[0], mm[1]);
  94     }
  95     minColour.setBackground(cs.getMinColor());
  96     maxColour.setBackground(cs.getMaxColor());
  97     minColour.setForeground(cs.getMinColor());
  98     maxColour.setForeground(cs.getMaxColor());
  99     colourFromLabel.setState(cs.isColourByLabel());
 100     adjusting = true;
 101
 102     try
 103     {
 104       jbInit();
 105     } catch (Exception ex)
 106     {
 107     }
 108     threshold
 109             .select(cs.getThreshType() == AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD ? 0
 110                     : cs.getThreshType() == AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD ? 1
 111                             : 2);
 112
 113     adjusting = false;
 114     changeColour();
 115     colourFromLabel.addItemListener(this);
 116     slider.addAdjustmentListener(this);
 117     slider.addMouseListener(this);
 118     owner = (af != null) ? af : fs.frame;
 119     frame = new JVDialog(owner, MessageManager.formatMessage("label.graduated_color_for_params", new String[]{type}),
 120             true, 480, 248);
 121     frame.setMainPanel(this);
 122     validate();
 123     frame.setVisible(true);
 124     if (frame.accept)
 125     {
 126       changeColour();
 127     }
 128     else
 129     {
 130       // cancel
 131       reset();
 132       PaintRefresher.Refresh(this, fr.av.getSequenceSetId());
 133       frame.setVisible(false);
 134     }
 135   }
 136
 137   public FeatureColourChooser()
 138   {
 139     try
 140     {
 141       jbInit();
 142     } catch (Exception ex)
 143     {
 144       ex.printStackTrace();
 145     }
 146   }
 147
 148   private void jbInit() throws Exception
 149   {
 150     Label minLabel = new Label(MessageManager.getString("label.min")), maxLabel = new Label(MessageManager.getString("label.max"));
 151     minLabel.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 152     maxLabel.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 153     // minColour.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 154     // minColour.setLabel("Min Colour");
 155
 156     minColour.setBounds(0, 0, 40, 27);
 157     maxColour.setBounds(0, 0, 40, 27);
 158     minColour.addMouseListener(this);
 159
 160     maxColour.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 161     maxColour.addMouseListener(this);
 162
 163     thresholdIsMin.addItemListener(this);
 164
 165     this.setLayout(new GridLayout(4, 1));
 166     jPanel1.setLayout(new FlowLayout());
 167     jPanel2.setLayout(new FlowLayout());
 168     jPanel3.setLayout(new GridLayout(1, 1));
 169     jPanel4.setLayout(new FlowLayout());
 170     jPanel1.setBackground(Color.white);
 171     jPanel2.setBackground(Color.white);
 172     jPanel4.setBackground(Color.white);
 173     threshold.addItemListener(this);
 174     threshold.addItem(MessageManager.getString("label.threshold_feature_no_thereshold"));
 175     threshold.addItem(MessageManager.getString("label.threshold_feature_above_thereshold"));
 176     threshold.addItem(MessageManager.getString("label.threshold_feature_below_thereshold"));
 177     thresholdValue.addActionListener(this);
 178     slider.setBackground(Color.white);
 179     slider.setEnabled(false);
 180     slider.setSize(new Dimension(93, 21));
 181     thresholdValue.setEnabled(false);
 182     thresholdValue.setSize(new Dimension(79, 22)); // setBounds(new
 183                                                    // Rectangle(248, 2, 79,
 184                                                    // 22));
 185     thresholdValue.setColumns(5);
 186     jPanel3.setBackground(Color.white);
 187
 188     colourFromLabel.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 189     colourFromLabel.setLabel(MessageManager.getString("label.colour_by_label"));
 190     colourFromLabel.setSize(new Dimension(139, 22));
 191     // threshold.setBounds(new Rectangle(11, 3, 139, 22));
 192     thresholdIsMin.setBackground(Color.white);
 193     thresholdIsMin.setLabel(MessageManager.getString("label.threshold_minmax"));
 194     thresholdIsMin.setSize(new Dimension(135, 23));
 195     // thresholdIsMin.setBounds(new Rectangle(328, 3, 135, 23));
 196     jPanel1.add(minLabel);
 197     jPanel1.add(minColour);
 198     jPanel1.add(maxLabel);
 199     jPanel1.add(maxColour);
 200     jPanel1.add(colourFromLabel);
 201     jPanel2.add(threshold);
 202     jPanel3.add(slider);
 203     jPanel4.add(thresholdValue);
 204     jPanel4.add(thresholdIsMin);
 205     this.add(jPanel1);// , java.awt.BorderLayout.NORTH);
 206     this.add(jPanel2);// , java.awt.BorderLayout.NORTH);
 207     this.add(jPanel3);// , java.awt.BorderLayout.CENTER);
 208     this.add(jPanel4);// , java.awt.BorderLayout.CENTER);
 209   }
 210
 211   Panel minColour = new Panel();
 212
 213   Panel maxColour = new Panel();
 214
 215   Panel jPanel1 = new Panel();
 216
 217   Panel jPanel2 = new Panel();
 218
 219   Choice threshold = new Choice();
 220
 221   Panel jPanel3 = new Panel();
 222
 223   Panel jPanel4 = new Panel();
 224
 225   Scrollbar slider = new Scrollbar(Scrollbar.HORIZONTAL);
 226
 227   TextField thresholdValue = new TextField(20);
 228
 229   // BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
 230
 231   Checkbox thresholdIsMin = new Checkbox();
 232
 233   Checkbox colourFromLabel = new Checkbox();
 234
 235   private GraphLine threshline;
 236
 237   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 238   {
 239     if (evt.getSource() == thresholdValue)
 240     {
 241       try
 242       {
 243         float f = new Float(thresholdValue.getText()).floatValue();
 244         slider.setValue((int) (f * 1000));
 245         adjustmentValueChanged(null);
 246       } catch (NumberFormatException ex)
 247       {
 248       }
 249     }
 250     else if (evt.getSource() == minColour)
 251     {
 252       minColour_actionPerformed(null);
 253     }
 254     else if (evt.getSource() == maxColour)
 255     {
 256       maxColour_actionPerformed(null);
 257     }
 258     else
 259     {
 260       changeColour();
 261     }
 262   }
 263
 264   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 265   {
 266     maxColour.setEnabled(!colourFromLabel.getState());
 267     minColour.setEnabled(!colourFromLabel.getState());
 268     changeColour();
 269   }
 270
 271   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
 272   {
 273     if (!adjusting)
 274     {
 275       thresholdValue.setText(((float) slider.getValue() / 1000f) + "");
 276       valueChanged();
 277     }
 278   }
 279
 280   protected void valueChanged()
 281   {
 282     threshline.value = (float) slider.getValue() / 1000f;
 283     cs.setThresh(threshline.value);
 284     changeColour();
 285     PaintRefresher.Refresh(this, fr.av.getSequenceSetId());
 286     // ap.paintAlignment(false);
 287   }
 288
 289   public void minColour_actionPerformed(Color newCol)
 290   {
 291     if (newCol == null)
 292     {
 293       UserDefinedColours udc = new UserDefinedColours(this,
 294               minColour.getBackground(), owner,
 295               MessageManager.getString("label.select_colour_minimum_value")); // frame.owner,
 296     }
 297     else
 298     {
 299       minColour.setBackground(newCol);
 300       minColour.setForeground(newCol);
 301       minColour.repaint();
 302       changeColour();
 303     }
 304
 305   }
 306
 307   public void maxColour_actionPerformed(Color newCol)
 308   {
 309     if (newCol == null)
 310     {
 311
 312       // UserDefinedColours udc = new UserDefinedColours(this,
 313       // "Select Colour for Maximum Value",maxColour.getBackground(),true);
 314       UserDefinedColours udc = new UserDefinedColours(this,
 315               maxColour.getBackground(), owner,
 316               MessageManager.getString("label.select_colour_maximum_value"));
 317     }
 318     else
 319     {
 320       maxColour.setBackground(newCol);
 321       maxColour.setForeground(newCol);
 322       maxColour.repaint();
 323       changeColour();
 324     }
 325   }
 326
 327   void changeColour()
 328   {
 329     // Check if combobox is still adjusting
 330     if (adjusting)
 331     {
 332       return;
 333     }
 334
 335     int aboveThreshold = AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD;
 336     if (threshold.getSelectedIndex()==1)
 337     {
 338       aboveThreshold = AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD;
 339     }
 340     else if (threshold.getSelectedIndex()==2)
 341     {
 342       aboveThreshold = AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD;
 343     }
 344
 345     slider.setEnabled(true);
 346     thresholdValue.setEnabled(true);
 347     GraduatedColor acg = new GraduatedColor(minColour.getBackground(),
 348             maxColour.getBackground(), min, max);
 349
 350     acg.setColourByLabel(colourFromLabel.getState());
 351     maxColour.setEnabled(!colourFromLabel.getState());
 352     minColour.setEnabled(!colourFromLabel.getState());
 353     if (aboveThreshold == AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD)
 354     {
 355       slider.setEnabled(false);
 356       thresholdValue.setEnabled(false);
 357       thresholdValue.setText("");
 358     }
 359
 360     else if (aboveThreshold != AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD
 361             && threshline == null)
 362     {
 363       // todo visual indication of feature threshold
 364       threshline = new jalview.datamodel.GraphLine((max - min) / 2f,
 365               "Threshold", Color.black);
 366     }
 367
 368     if (aboveThreshold != AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD)
 369     {
 370       adjusting = true;
 371       acg.setThresh(threshline.value);
 372
 373       float range = max * 1000f - min * 1000f;
 374
 375       slider.setMinimum((int) (min * 1000));
 376       slider.setMaximum((int) (max * 1000));
 377       slider.setValue((int) (threshline.value * 1000));
 378       thresholdValue.setText(threshline.value + "");
 379       slider.setEnabled(true);
 380       thresholdValue.setEnabled(true);
 381       adjusting = false;
 382     }
 383
 384     acg.setThreshType(aboveThreshold);
 385     if (thresholdIsMin.getState()
 386             && aboveThreshold != AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD)
 387     {
 388       if (aboveThreshold == AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD)
 389       {
 390         acg = new GraduatedColor(acg, threshline.value, max);
 391       }
 392       else
 393       {
 394         acg = new GraduatedColor(acg, min, threshline.value);
 395       }
 396     }
 397
 398     fr.featureColours.put(type, acg);
 399     cs = acg;
 400     PaintRefresher.Refresh(this, fr.av.getSequenceSetId());
 401     // ap.paintAlignment(false);
 402   }
 403
 404   void reset()
 405   {
 406     fr.featureColours.put(type, oldcs);
 407     PaintRefresher.Refresh(this, fr.av.getSequenceSetId());
 408     // ap.paintAlignment(true);
 409
 410   }
 411
 412   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 413   {
 414   }
 415
 416   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 417   {
 418   }
 419
 420   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 421   {
 422     if (evt.getSource() == minColour || evt.getSource() == maxColour)
 423     {
 424       // relay the event
 425       actionPerformed(new ActionEvent(evt.getSource(), 1, "Clicked"));
 426     }
 427     else
 428     {
 429       PaintRefresher.Refresh(this, fr.av.getSequenceSetId());
 430     }
 431     // ap.paintAlignment(true);
 432   }
 433
 434   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 435   {
 436   }
 437
 438   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 439   {
 440   }
 441
 442 }