src/jalview/appletgui/FeatureRenderer.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.*;\r
  25 \r
  26 import jalview.datamodel.*;\r
  27 \r
  28 public class FeatureRenderer\r
  29 {\r
  30   AlignViewport av;\r
  31 \r
  32   SequenceGroup currentSequenceGroup = null;\r
  33   SequenceGroup[] allGroups = null;\r
  34   Color resBoxColour;\r
  35   Graphics graphics;\r
  36 \r
  37   public FeatureRenderer(AlignViewport av)\r
  38   {\r
  39     this.av = av;\r
  40   }\r
  41 \r
  42   public void drawSequence(Graphics g, SequenceI seq, SequenceGroup[] sg,\r
  43                            int start, int end, int x1, int y1, int width,\r
  44                            int height)\r
  45   {\r
  46     Vector features = seq.getSequenceFeatures();\r
  47     Enumeration e = features.elements();\r
  48     while (e.hasMoreElements())\r
  49     {\r
  50       SequenceFeature sf = (SequenceFeature) e.nextElement();\r
  51       if (sf.getStart() > seq.getEnd())\r
  52       {\r
  53         continue;\r
  54       }\r
  55 \r
  56       int fstart = seq.findIndex(sf.getStart()) - 1;\r
  57       int fend = seq.findIndex(sf.getEnd()) - 1;\r
  58 \r
  59       if ( (fstart <= end && fend >= start))\r
  60       {\r
  61         if (fstart < 0) // fix for if the feature we have starts before the sequence start,\r
  62         {\r
  63           fstart = 0; // but the feature end is still valid!!\r
  64         }\r
  65 \r
  66         if (fstart == fend)\r
  67         {\r
  68           g.setColor(Color.red);\r
  69           g.fillRoundRect( (fstart - start) * width, y1, width, height, 4, 4);\r
  70           g.setColor(Color.white);\r
  71 \r
  72           char s = seq.getSequence().charAt(fstart);\r
  73           FontMetrics fm = g.getFontMetrics();\r
  74           int charOffset = (width - fm.charWidth(s)) / 2;\r
  75           int pady = height / 5;\r
  76           g.drawString(String.valueOf(s),\r
  77                        charOffset + x1 + width * (fstart - start),\r
  78                        y1 + height - pady);\r
  79 \r
  80         }\r
  81         else\r
  82         {\r
  83           for (int i = fstart; i <= fend; i++)\r
  84           {\r
  85             char s = seq.getSequence().charAt(i);\r
  86             if (jalview.util.Comparison.isGap(s))\r
  87             {\r
  88               continue;\r
  89             }\r
  90 \r
  91             g.setColor(Color.blue);\r
  92             g.fillRect( (i - start) * width, y1, width, height);\r
  93 \r
  94             g.setColor(Color.white);\r
  95 \r
  96             FontMetrics fm = g.getFontMetrics();\r
  97             int charOffset = (width - fm.charWidth(s)) / 2;\r
  98             int pady = height / 5;\r
  99             g.drawString(String.valueOf(s),\r
 100                          charOffset + x1 + width * (i - start),\r
 101                          y1 + height - pady);\r
 102           }\r
 103         }\r
 104       }\r
 105 \r
 106     }\r
 107   }\r
 108 \r
 109 }\r