elementAt instead of get for 1.1 compatibility
[jalview.git] / src / jalview / appletgui / FeatureSettings.java
1 /*\r
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
4  *\r
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
9  *\r
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
13  * GNU General Public License for more details.\r
14  *\r
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
18  */\r
19 package jalview.appletgui;\r
20 \r
21 import jalview.datamodel.*;\r
22 import java.awt.*;\r
23 import java.util.*;\r
24 import java.awt.event.*;\r
25 \r
26 \r
27 public class FeatureSettings extends Panel implements ItemListener,\r
28     MouseListener, MouseMotionListener, ActionListener, AdjustmentListener\r
29 {\r
30   FeatureRenderer fr;\r
31   AlignmentPanel ap;\r
32   AlignViewport av;\r
33   Frame frame;\r
34   Panel groupPanel;\r
35   Panel featurePanel = new Panel();\r
36   ScrollPane scrollPane;\r
37   boolean alignmentHasFeatures = false;\r
38   Image linkImage;\r
39   Scrollbar transparency ;\r
40 \r
41   public FeatureSettings(AlignViewport av, final AlignmentPanel ap)\r
42   {\r
43     this.ap = ap;\r
44     this.av = av;\r
45     fr = ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer();\r
46 \r
47     transparency = new Scrollbar(Scrollbar.HORIZONTAL,\r
48      100 - (int)(fr.transparency*100), 1, 1, 100);\r
49 \r
50     if(fr.transparencySetter!=null)\r
51     {\r
52       transparency.addAdjustmentListener(this);\r
53     }\r
54     else\r
55       transparency.setEnabled(false);\r
56 \r
57     java.net.URL url = getClass().getResource("/images/link.gif");\r
58     if (url != null)\r
59     {\r
60       linkImage = java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit().getImage(url);\r
61     }\r
62 \r
63 \r
64     if(av.featuresDisplayed==null)\r
65       fr.findAllFeatures();\r
66 \r
67     setTableData();\r
68 \r
69     this.setLayout(new BorderLayout());\r
70     scrollPane = new ScrollPane();\r
71     scrollPane.add(featurePanel);\r
72     if (alignmentHasFeatures)\r
73       add(scrollPane, BorderLayout.CENTER);\r
74 \r
75     Button invert = new Button("Invert Selection");\r
76     invert.addActionListener(this);\r
77 \r
78     Panel lowerPanel = new Panel(new GridLayout(2,1,5,10));\r
79     lowerPanel.add(invert);\r
80 \r
81     Panel tPanel = new Panel(new BorderLayout());\r
82 \r
83     if(fr.transparencySetter!=null)\r
84     {\r
85       tPanel.add(transparency, BorderLayout.CENTER);\r
86       tPanel.add(new Label("Transparency"), BorderLayout.EAST);\r
87     }\r
88     else\r
89       tPanel.add(new Label("Transparency not available in this web browser"), BorderLayout.CENTER);\r
90 \r
91     lowerPanel.add(tPanel, BorderLayout.SOUTH);\r
92 \r
93     add(lowerPanel, BorderLayout.SOUTH);\r
94 \r
95 \r
96 \r
97     if(groupPanel!=null)\r
98     {\r
99       groupPanel.setLayout(\r
100           new GridLayout( fr.featureGroups.size() / 4 + 1, 4));\r
101       groupPanel.validate();\r
102 \r
103       add(groupPanel, BorderLayout.NORTH);\r
104     }\r
105     frame = new Frame();\r
106     frame.add(this);\r
107     int height = featurePanel.getComponentCount()*50 +60;\r
108 \r
109 \r
110     height = Math.max(200, height);\r
111     height = Math.min(400, height);\r
112 \r
113     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Feature Settings", 280,\r
114                                      height);\r
115   }\r
116 \r
117   public void paint(Graphics g)\r
118   {\r
119     g.setColor(Color.black);\r
120     g.drawString("No Features added to this alignment!!", 10, 20);\r
121     g.drawString("(Features can be added from searches or", 10, 40);\r
122     g.drawString("from Jalview / GFF features files)", 10, 60);\r
123   }\r
124 \r
125   void setTableData()\r
126   {\r
127     alignmentHasFeatures = false;\r
128 \r
129     if(fr.featureGroups==null)\r
130       fr.featureGroups = new Hashtable();\r
131 \r
132     Vector allFeatures = new Vector();\r
133     Vector allGroups = new Vector();\r
134     SequenceFeature[] tmpfeatures;\r
135     String group;\r
136 \r
137 \r
138     for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
139     {\r
140       if (av.alignment.getSequenceAt(i).getSequenceFeatures() == null)\r
141         continue;\r
142 \r
143       alignmentHasFeatures = true;\r
144 \r
145       tmpfeatures = av.alignment.getSequenceAt(i).getSequenceFeatures();\r
146       int index = 0;\r
147       while (index < tmpfeatures.length)\r
148       {\r
149         if(tmpfeatures[index].getFeatureGroup()!=null)\r
150         {\r
151           group = tmpfeatures[index].featureGroup;\r
152           if(!allGroups.contains(group))\r
153            {\r
154              allGroups.addElement(group);\r
155 \r
156              boolean visible = true;\r
157              if (fr.featureGroups.containsKey(group))\r
158              {\r
159                visible = ( (Boolean) fr.featureGroups.get(group)).booleanValue();\r
160              }\r
161 \r
162              fr.featureGroups.put(group, new Boolean(visible));\r
163 \r
164              if (groupPanel == null)\r
165              {\r
166                groupPanel = new Panel();\r
167              }\r
168 \r
169              Checkbox check =  new MyCheckbox(\r
170                 group,\r
171                 visible,\r
172                 (fr.featureLinks!=null && fr.featureLinks.containsKey(group))\r
173                  );\r
174 \r
175 \r
176              check.addMouseListener(this);\r
177              check.setFont(new Font("Serif", Font.BOLD, 12));\r
178              check.addItemListener(this);\r
179              groupPanel.add(check);\r
180            }\r
181         }\r
182 \r
183         if (!allFeatures.contains(tmpfeatures[index].getType()))\r
184         {\r
185             allFeatures.addElement(tmpfeatures[index].getType());\r
186         }\r
187          index ++;\r
188       }\r
189     }\r
190 \r
191     resetTable(false);\r
192   }\r
193 \r
194  //This routine adds and removes checkboxes depending on\r
195  //Group selection states\r
196   void resetTable(boolean groupsChanged)\r
197   {\r
198     SequenceFeature [] tmpfeatures;\r
199     String group=null, type;\r
200     Vector visibleChecks = new Vector();\r
201 \r
202      for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
203      {\r
204          if (av.alignment.getSequenceAt(i).getSequenceFeatures() == null)\r
205            continue;\r
206 \r
207          tmpfeatures = av.alignment.getSequenceAt(i).getSequenceFeatures();\r
208          int index = 0;\r
209          while (index < tmpfeatures.length)\r
210          {\r
211            group = tmpfeatures[index].featureGroup;\r
212 \r
213            if (group==null || fr.featureGroups.get(group)==null ||\r
214                ((Boolean) fr.featureGroups.get(group)).booleanValue())\r
215            {\r
216              type = tmpfeatures[index].getType();\r
217              if(!visibleChecks.contains(type) )\r
218              {\r
219                visibleChecks.addElement(type);\r
220              }\r
221            }\r
222            index++;\r
223          }\r
224      }\r
225 \r
226        Component[] comps;\r
227        int cSize = featurePanel.getComponentCount();\r
228        Checkbox check;\r
229        //This will remove any checkboxes which shouldn't be\r
230        //visible\r
231        for (int i = 0; i < cSize; i++)\r
232        {\r
233          comps = featurePanel.getComponents();\r
234          check = (Checkbox) comps[i];\r
235          if (!visibleChecks.contains(check.getLabel()))\r
236          {\r
237            featurePanel.remove(i);\r
238            cSize --;\r
239            i--;\r
240          }\r
241        }\r
242 \r
243        if(fr.renderOrder!=null)\r
244        {\r
245          //First add the checks in the previous render order,\r
246          //in case the window has been closed and reopened\r
247          for(int ro=fr.renderOrder.length-1; ro>-1; ro--)\r
248          {\r
249               String item = fr.renderOrder[ro];\r
250 \r
251               if(!visibleChecks.contains(item))\r
252                 continue;\r
253 \r
254               visibleChecks.removeElement(item);\r
255 \r
256               addCheck(false, item);\r
257          }\r
258        }\r
259 \r
260        // now add checkboxes which should be visible,\r
261        // if they have not already been added\r
262        Enumeration en = visibleChecks.elements();\r
263 \r
264        while(en.hasMoreElements())\r
265        {\r
266          addCheck(groupsChanged, en.nextElement().toString());\r
267        }\r
268 \r
269 \r
270    featurePanel.setLayout(new GridLayout(featurePanel.getComponentCount(), 1, 10,5));\r
271    featurePanel.validate();\r
272 \r
273 \r
274    if(scrollPane!=null)\r
275      scrollPane.validate();\r
276 \r
277    itemStateChanged(null);\r
278   }\r
279 \r
280   void addCheck(boolean groupsChanged, String type)\r
281   {\r
282     boolean addCheck;\r
283     Component [] comps = featurePanel.getComponents();\r
284     Checkbox check;\r
285     addCheck = true;\r
286     for (int i = 0; i < featurePanel.getComponentCount(); i++)\r
287     {\r
288       check = (Checkbox) comps[i];\r
289       if (check.getLabel().equals(type))\r
290       {\r
291         addCheck = false;\r
292         break;\r
293       }\r
294     }\r
295 \r
296     if (addCheck)\r
297     {\r
298       boolean selected = false;\r
299       if (groupsChanged || av.featuresDisplayed.containsKey(type))\r
300       {\r
301         selected = true;\r
302       }\r
303 \r
304       check = new MyCheckbox(type,\r
305                              selected,\r
306           (fr.featureLinks!=null && fr.featureLinks.containsKey(type))\r
307            );\r
308 \r
309       check.addMouseListener(this);\r
310       check.addMouseMotionListener(this);\r
311       check.setBackground(fr.getColour(type));\r
312       check.addItemListener(this);\r
313       featurePanel.add(check);\r
314     }\r
315   }\r
316 \r
317   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
318   {\r
319     for(int i=0; i<featurePanel.getComponentCount(); i++)\r
320     {\r
321       Checkbox check = (Checkbox)featurePanel.getComponent(i);\r
322       check.setState(!check.getState());\r
323     }\r
324     selectionChanged();\r
325   }\r
326 \r
327   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
328   {\r
329     if (evt != null)\r
330     {\r
331       //Is the source a top level featureGroup?\r
332       Checkbox source = (Checkbox) evt.getSource();\r
333       if (fr.featureGroups.containsKey(source.getLabel()))\r
334       {\r
335         fr.featureGroups.put(source.getLabel(), new Boolean(source.getState()));\r
336         ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
337         if (ap.overviewPanel != null)\r
338           ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
339 \r
340         resetTable(true);\r
341         return;\r
342       }\r
343     }\r
344     selectionChanged();\r
345   }\r
346 \r
347   void selectionChanged()\r
348   {\r
349       Component[] comps = featurePanel.getComponents();\r
350       int cSize = comps.length;\r
351 \r
352       Object[][] tmp = new Object[cSize][3];\r
353       int tmpSize = 0;\r
354       for (int i = 0; i < cSize; i++)\r
355       {\r
356         Checkbox check = (Checkbox) comps[i];\r
357         tmp[tmpSize][0] = check.getLabel();\r
358         tmp[tmpSize][1] = fr.getColour(check.getLabel());\r
359         tmp[tmpSize][2] = new Boolean(check.getState());\r
360         tmpSize++;\r
361       }\r
362 \r
363       Object[][]data = new Object[tmpSize][3];\r
364       System.arraycopy(tmp, 0, data,0, tmpSize);\r
365 \r
366       fr.setFeaturePriority(data);\r
367       ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
368       if (ap.overviewPanel != null)\r
369         ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
370   }\r
371 \r
372   MyCheckbox selectedCheck;\r
373   boolean dragging = false;\r
374 \r
375   public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
376   {\r
377 \r
378     selectedCheck = (MyCheckbox)evt.getSource();\r
379 \r
380     if(fr.featureLinks!=null\r
381        && fr.featureLinks.containsKey(selectedCheck.getLabel() )\r
382         )\r
383       {\r
384         if(evt.getX()>selectedCheck.stringWidth+20)\r
385         {\r
386           evt.consume();\r
387         }\r
388       }\r
389 \r
390   }\r
391 \r
392   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
393   {\r
394     if(((Component)evt.getSource()).getParent()!=featurePanel)\r
395       return;\r
396       dragging = true;\r
397   }\r
398 \r
399   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
400   {\r
401     if(((Component)evt.getSource()).getParent()!=featurePanel)\r
402       return;\r
403 \r
404     Component comp = null;\r
405     Checkbox  target = null;\r
406 \r
407     int height = evt.getY()+evt.getComponent().getLocation().y;\r
408 \r
409     if(height > featurePanel.getSize().height)\r
410      {\r
411 \r
412        comp = featurePanel.getComponent(featurePanel.getComponentCount()-1);\r
413      }\r
414      else if(height < 0)\r
415      {\r
416        comp = featurePanel.getComponent(0);\r
417      }\r
418      else\r
419      {\r
420        comp = featurePanel.getComponentAt(evt.getX(),\r
421                                   evt.getY() +\r
422                                   evt.getComponent().getLocation().y);\r
423      }\r
424 \r
425     if(comp!=null && comp instanceof Checkbox)\r
426       target = (Checkbox)comp;\r
427 \r
428     if (   selectedCheck != null\r
429         && target != null\r
430         && selectedCheck != target)\r
431     {\r
432       int targetIndex = -1;\r
433       for(int i=0; i<featurePanel.getComponentCount(); i++)\r
434       {\r
435           if(target==featurePanel.getComponent(i))\r
436           { targetIndex = i; break; }\r
437       }\r
438 \r
439       featurePanel.remove(selectedCheck);\r
440       featurePanel.add(selectedCheck, targetIndex);\r
441       featurePanel.validate();\r
442       itemStateChanged(null);\r
443     }\r
444   }\r
445 \r
446   public void setUserColour(String feature, Color col)\r
447   {\r
448     fr.setColour(feature, col);\r
449     featurePanel.removeAll();\r
450     resetTable(false);\r
451     ap.repaint();\r
452   }\r
453 \r
454   public void mouseEntered(MouseEvent evt){}\r
455   public void mouseExited(MouseEvent evt){}\r
456   public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
457   {\r
458     MyCheckbox check = (MyCheckbox) evt.getSource();\r
459 \r
460     if (fr.featureLinks!=null\r
461         && fr.featureLinks.containsKey(check.getLabel()))\r
462     {\r
463       if (evt.getX() > check.stringWidth + 20)\r
464       {\r
465         evt.consume();\r
466         String link = fr.featureLinks.get(check.getLabel()).toString();\r
467         ap.alignFrame.showURL(link.substring(link.indexOf("|") + 1),\r
468                               link.substring(0, link.indexOf("|")));\r
469       }\r
470     }\r
471 \r
472     if(check.getParent()!=featurePanel)\r
473       return;\r
474 \r
475     if(evt.getClickCount()>1)\r
476     {\r
477        new UserDefinedColours(this, check.getLabel(),\r
478                               fr.getColour(check.getLabel()));\r
479     }\r
480   }\r
481   public void mouseMoved(MouseEvent evt){}\r
482 \r
483   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
484   {\r
485     fr.transparency = ( (float) (100 - transparency.getValue()) / 100f);\r
486     ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
487 \r
488   }\r
489 \r
490   class MyCheckbox extends Checkbox\r
491   {\r
492     public int stringWidth;\r
493     boolean hasLink;\r
494     public MyCheckbox(String label, boolean checked, boolean haslink)\r
495     {\r
496       super(label, checked);\r
497 \r
498       FontMetrics fm = av.nullFrame.getFontMetrics(av.nullFrame.getFont());\r
499       stringWidth = fm.stringWidth(label);\r
500       this.hasLink = haslink;\r
501     }\r
502 \r
503     public void paint(Graphics g)\r
504     {\r
505       if (hasLink)\r
506         g.drawImage(linkImage, stringWidth + 25,(\r
507         getSize().height-linkImage.getHeight(this))/2,\r
508                     this);\r
509     }\r
510   }\r
511 }\r
512 \r
513 \r