src/jalview/appletgui/FeatureSettings.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.appletgui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.util.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 \r
  26 \r
  27 public class FeatureSettings extends Panel implements ItemListener,\r
  28     MouseListener, MouseMotionListener\r
  29 {\r
  30   final FeatureRenderer fr;\r
  31   final AlignmentPanel ap;\r
  32   final AlignViewport av;\r
  33   final Frame frame;\r
  34   Panel groupPanel;\r
  35   Panel featurePanel = new Panel();\r
  36 \r
  37   public FeatureSettings(AlignViewport av, final AlignmentPanel ap)\r
  38   {\r
  39     this.ap = ap;\r
  40     this.av = av;\r
  41     fr = ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer();\r
  42 \r
  43     setTableData();\r
  44 \r
  45     this.setLayout(new BorderLayout());\r
  46     ScrollPane sp = new ScrollPane();\r
  47     sp.add(featurePanel);\r
  48     add(sp, BorderLayout.CENTER);\r
  49     if(groupPanel!=null)\r
  50     {\r
  51       sp = new ScrollPane();\r
  52       sp.add(groupPanel);\r
  53 \r
  54       add(sp, BorderLayout.NORTH);\r
  55       sp.validate();\r
  56       sp.setSize( 100, 55);\r
  57     }\r
  58     frame = new Frame();\r
  59     frame.add(this);\r
  60     int height = featurePanel.getComponentCount()*50 ;\r
  61     if (height>400)\r
  62       height = 400;\r
  63 \r
  64     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Feature Settings", 200,\r
  65                                      height);\r
  66   }\r
  67 \r
  68   void setTableData()\r
  69   {\r
  70     if(fr.featureGroups==null)\r
  71       fr.featureGroups = new Hashtable();\r
  72     else\r
  73       fr.featureGroups.clear();\r
  74 \r
  75     Vector allFeatures = new Vector();\r
  76     Enumeration tmpfeatures;\r
  77     SequenceFeature sf;\r
  78 \r
  79     for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
  80     {\r
  81       if (av.alignment.getSequenceAt(i).getSequenceFeatures() == null)\r
  82         continue;\r
  83 \r
  84       tmpfeatures = av.alignment.getSequenceAt(i).getSequenceFeatures().elements();\r
  85       while (tmpfeatures.hasMoreElements())\r
  86       {\r
  87         sf = (SequenceFeature) tmpfeatures.nextElement();\r
  88         if (!allFeatures.contains(sf.getType()))\r
  89         {\r
  90           allFeatures.addElement(sf.getType());\r
  91           Color col = fr.getColour(sf.getType());\r
  92           boolean displayed = true;\r
  93           if (fr.featuresDisplayed != null)\r
  94             displayed = fr.featuresDisplayed.contains(sf.getType());\r
  95 \r
  96           Checkbox check = new Checkbox(sf.getType(), displayed);\r
  97           check.addMouseListener(this);\r
  98           check.addMouseMotionListener(this);\r
  99           check.setBackground(col);\r
 100           check.addItemListener(this);\r
 101           featurePanel.add(check);\r
 102         }\r
 103         if(sf.getFeatureGroup()!=null\r
 104            && !fr.featureGroups.containsKey(sf.getFeatureGroup()))\r
 105         {\r
 106           fr.featureGroups.put(sf.getFeatureGroup(), new Boolean(true));\r
 107           if(groupPanel==null)\r
 108             groupPanel = new Panel();\r
 109 \r
 110           Checkbox check = new Checkbox(sf.getFeatureGroup(), true);\r
 111           check.setFont(new Font("Serif", Font.BOLD, 12));\r
 112           check.addItemListener(this);\r
 113           groupPanel.add(check);\r
 114         }\r
 115       }\r
 116     }\r
 117 \r
 118     featurePanel.setLayout(new GridLayout(allFeatures.size(), 2, 10,5));\r
 119     featurePanel.validate();\r
 120   }\r
 121 \r
 122   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 123   {\r
 124     if(evt!=null)\r
 125     {\r
 126       //Is the source a top level featureGroup?\r
 127       Checkbox source = (Checkbox) evt.getSource();\r
 128       if (fr.featureGroups.containsKey(source.getLabel()))\r
 129       {\r
 130         fr.featureGroups.put(source.getLabel(), new Boolean(source.getState()));\r
 131         ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 132         if (ap.overviewPanel != null)\r
 133           ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 134 \r
 135         return;\r
 136       }\r
 137     }\r
 138 \r
 139       Component[] comps = featurePanel.getComponents();\r
 140       int cSize = comps.length;\r
 141 \r
 142       Object[][] data = new Object[cSize][3];\r
 143 \r
 144       for (int i = 0; i < cSize; i++)\r
 145       {\r
 146         Checkbox check = (Checkbox) comps[i];\r
 147         data[i][0] = check.getLabel();\r
 148         data[i][1] = fr.getColour(check.getLabel());\r
 149         data[i][2] = new Boolean(check.getState());\r
 150       }\r
 151 \r
 152       fr.setFeaturePriority(data);\r
 153       ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 154       if (ap.overviewPanel != null)\r
 155         ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 156   }\r
 157 \r
 158   Checkbox selectedCheck;\r
 159   boolean dragging = false;\r
 160 \r
 161   public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 162   {\r
 163     selectedCheck = (Checkbox)evt.getSource();\r
 164   }\r
 165 \r
 166   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 167   {\r
 168       dragging = true;\r
 169   }\r
 170 \r
 171   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 172   {\r
 173     Component comp = null;\r
 174     Checkbox  target = null;\r
 175 \r
 176     int height = evt.getY()+evt.getComponent().getLocation().y;\r
 177 \r
 178 \r
 179     if(height > this.getSize().height)\r
 180      {\r
 181        comp = featurePanel.getComponent(featurePanel.getComponentCount()-1);\r
 182      }\r
 183      else if(height < 0)\r
 184      {\r
 185        comp = featurePanel.getComponent(0);\r
 186      }\r
 187      else\r
 188      {\r
 189        comp = featurePanel.getComponentAt(evt.getX(),\r
 190                                   evt.getY() +\r
 191                                   evt.getComponent().getLocation().y);\r
 192      }\r
 193 \r
 194     if(comp!=null && comp instanceof Checkbox)\r
 195       target = (Checkbox)comp;\r
 196 \r
 197     if (selectedCheck != null && target != null && selectedCheck != target)\r
 198     {\r
 199       int targetIndex = -1;\r
 200       for(int i=0; i<featurePanel.getComponentCount(); i++)\r
 201       {\r
 202           if(target==featurePanel.getComponent(i))\r
 203           { targetIndex = i; break; }\r
 204       }\r
 205 \r
 206 \r
 207       featurePanel.remove(selectedCheck);\r
 208       featurePanel.add(selectedCheck, targetIndex);\r
 209       featurePanel.validate();\r
 210       itemStateChanged(null);\r
 211     }\r
 212   }\r
 213 \r
 214 \r
 215   public void mouseEntered(MouseEvent evt){}\r
 216   public void mouseExited(MouseEvent evt){}\r
 217   public void mouseClicked(MouseEvent evt){}\r
 218   public void mouseMoved(MouseEvent evt){}\r
 219 }\r