src/jalview/appletgui/Finder.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import java.awt.Button;
  24 import java.awt.Checkbox;
  25 import java.awt.Font;
  26 import java.awt.Frame;
  27 import java.awt.GridLayout;
  28 import java.awt.Label;
  29 import java.awt.Panel;
  30 import java.awt.Rectangle;
  31 import java.awt.TextField;
  32 import java.awt.event.ActionEvent;
  33 import java.awt.event.ActionListener;
  34 import java.awt.event.KeyEvent;
  35 import java.awt.event.WindowAdapter;
  36 import java.awt.event.WindowEvent;
  37 import java.util.ArrayList;
  38 import java.util.HashMap;
  39 import java.util.List;
  40 import java.util.Map;
  41
  42 import jalview.api.AlignViewportI;
  43 import jalview.api.FinderI;
  44 import jalview.datamodel.SearchResultMatchI;
  45 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  46 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  47 import jalview.datamodel.SequenceI;
  48 import jalview.util.MessageManager;
  49
  50 public class Finder extends Panel implements ActionListener
  51 {
  52   private AlignViewportI av;
  53
  54   private AlignmentPanel ap;
  55
  56   private TextField textfield = new TextField();
  57
  58   private Button findAll = new Button();
  59
  60   private Button findNext = new Button();
  61
  62   private Button createFeatures = new Button();
  63
  64   private Checkbox caseSensitive = new Checkbox();
  65
  66   private Checkbox searchDescription = new Checkbox();
  67
  68   private SearchResultsI searchResults;
  69
  70   /*
  71    * Finder agent per viewport searched
  72    */
  73   Map<AlignViewportI, FinderI> finders;
  74
  75   public Finder(final AlignmentPanel ap)
  76   {
  77     finders = new HashMap<>();
  78
  79     try
  80     {
  81       jbInit();
  82
  83     } catch (Exception e)
  84     {
  85       e.printStackTrace();
  86     }
  87
  88     this.av = ap.av;
  89     this.ap = ap;
  90     Frame frame = new Frame();
  91     frame.add(this);
  92     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,
  93             MessageManager.getString("action.find"), 340, 120);
  94     frame.repaint();
  95     frame.addWindowListener(new WindowAdapter()
  96     {
  97       @Override
  98       public void windowClosing(WindowEvent evt)
  99       {
 100         ap.highlightSearchResults(null);
 101       }
 102     });
 103     textfield.requestFocus();
 104   }
 105
 106   @Override
 107   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 108   {
 109     if (evt.getSource() == textfield)
 110     {
 111       doSearch(false);
 112     }
 113
 114     else if (evt.getSource() == findNext)
 115     {
 116       doSearch(false);
 117     }
 118
 119     else if (evt.getSource() == findAll)
 120     {
 121       doSearch(true);
 122     }
 123     else if (evt.getSource() == createFeatures)
 124     {
 125       createFeatures_actionPerformed();
 126     }
 127   }
 128
 129   public void createFeatures_actionPerformed()
 130   {
 131     List<SequenceI> seqs = new ArrayList<>();
 132     List<SequenceFeature> features = new ArrayList<>();
 133     String searchString = textfield.getText().trim();
 134
 135     for (SearchResultMatchI match : searchResults.getResults())
 136     {
 137       seqs.add(match.getSequence().getDatasetSequence());
 138       features.add(new SequenceFeature(searchString, "Search Results",
 139               match.getStart(), match.getEnd(), "Search Results"));
 140     }
 141
 142     if (ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(seqs,
 143             features, true, ap))
 144     {
 145       ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState(true);
 146       av.setShowSequenceFeatures(true);
 147       ap.highlightSearchResults(null);
 148     }
 149   }
 150
 151   void doSearch(boolean doFindAll)
 152   {
 153     if (ap.av.applet.currentAlignFrame != null)
 154     {
 155       ap = ap.av.applet.currentAlignFrame.alignPanel;
 156       av = ap.av;
 157     }
 158     createFeatures.setEnabled(false);
 159     FinderI finder = finders.get(av);
 160     if (finder == null)
 161     {
 162       /*
 163        * first time we searched this viewport
 164        */
 165       finder = new jalview.analysis.Finder(av);
 166       finders.put(av, finder);
 167     }
 168
 169     String searchString = textfield.getText();
 170     boolean isCaseSensitive = caseSensitive.getState();
 171     boolean doSearchDescription = searchDescription.getState();
 172     if (doFindAll)
 173     {
 174       finder.findAll(searchString, isCaseSensitive, doSearchDescription,
 175               false, false);
 176     }
 177     else
 178     {
 179       finder.findNext(searchString, isCaseSensitive, doSearchDescription,
 180               false, false);
 181     }
 182
 183     searchResults = finder.getSearchResults();
 184
 185     List<SequenceI> idMatches = finder.getIdMatches();
 186     ap.idPanel.highlightSearchResults(idMatches);
 187
 188     if (searchResults.isEmpty())
 189     {
 190       searchResults = null;
 191     }
 192     else
 193     {
 194       createFeatures.setEnabled(true);
 195     }
 196
 197     // if allResults is null, this effectively switches displaySearch flag in
 198     // seqCanvas
 199     ap.highlightSearchResults(searchResults);
 200     // TODO: add enablers for 'SelectSequences' or 'SelectColumns' or
 201     // 'SelectRegion' selection
 202     if (idMatches.isEmpty() && searchResults == null)
 203     {
 204       ap.alignFrame.statusBar.setText(
 205               MessageManager.getString("label.finished_searching"));
 206     }
 207     else
 208     {
 209       if (doFindAll)
 210       {
 211         String message = (idMatches.size() > 0)
 212                 ? "" + idMatches.size() + " IDs"
 213                 : "";
 214         if (idMatches.size() > 0 && searchResults != null
 215                 && searchResults.getCount() > 0)
 216         {
 217           message += " and ";
 218         }
 219         if (searchResults != null)
 220         {
 221           message += searchResults.getCount() + " subsequence matches.";
 222         }
 223         ap.alignFrame.statusBar.setText(MessageManager
 224                 .formatMessage("label.search_results", new String[]
 225                 { searchString, message }));
 226
 227       }
 228       else
 229       {
 230         // TODO: indicate sequence and matching position in status bar
 231         ap.alignFrame.statusBar.setText(MessageManager
 232                 .formatMessage("label.found_match_for", new String[]
 233                 { searchString }));
 234       }
 235     }
 236   }
 237
 238   private void jbInit() throws Exception
 239   {
 240     Label jLabel1 = new Label(MessageManager.getString("action.find"));
 241     jLabel1.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 242     jLabel1.setBounds(new Rectangle(3, 30, 34, 15));
 243     this.setLayout(null);
 244     textfield.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 245     textfield.setText("");
 246     textfield.setBounds(new Rectangle(40, 17, 133, 21));
 247     textfield.addKeyListener(new java.awt.event.KeyAdapter()
 248     {
 249       @Override
 250       public void keyTyped(KeyEvent e)
 251       {
 252         textfield_keyTyped();
 253       }
 254     });
 255     textfield.addActionListener(this);
 256     findAll.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 257     findAll.setLabel(MessageManager.getString("action.find_all"));
 258     findAll.addActionListener(this);
 259     findNext.setEnabled(false);
 260     findNext.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 261     findNext.setLabel(MessageManager.getString("action.find_next"));
 262     findNext.addActionListener(this);
 263
 264     Panel actionsPanel = new Panel();
 265     actionsPanel.setBounds(new Rectangle(195, 5, 141, 64));
 266     GridLayout gridLayout1 = new GridLayout();
 267     actionsPanel.setLayout(gridLayout1);
 268     gridLayout1.setHgap(0);
 269     gridLayout1.setRows(3);
 270     gridLayout1.setVgap(2);
 271     createFeatures.setEnabled(false);
 272     createFeatures.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 273     createFeatures.setLabel(MessageManager.getString("label.new_feature"));
 274     createFeatures.addActionListener(this);
 275     caseSensitive.setLabel(MessageManager.getString("label.match_case"));
 276     caseSensitive.setBounds(new Rectangle(30, 39, 126, 23));
 277
 278     searchDescription.setLabel(
 279             MessageManager.getString("label.include_description"));
 280     searchDescription.setBounds(new Rectangle(30, 59, 170, 23));
 281     actionsPanel.add(findNext, null);
 282     actionsPanel.add(findAll, null);
 283     actionsPanel.add(createFeatures, null);
 284     this.add(caseSensitive);
 285     this.add(textfield, null);
 286     this.add(jLabel1, null);
 287     this.add(actionsPanel, null);
 288     this.add(searchDescription);
 289   }
 290
 291   void textfield_keyTyped()
 292   {
 293     findNext.setEnabled(true);
 294   }
 295
 296 }