src/jalview/appletgui/Finder.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19
  20 package jalview.appletgui;
  21
  22 import java.util.*;
  23
  24 import java.awt.*;
  25 import java.awt.event.*;
  26
  27 import jalview.datamodel.*;
  28 import java.awt.Rectangle;
  29
  30 public class Finder extends Panel implements ActionListener
  31 {
  32   AlignViewport av;
  33   AlignmentPanel ap;
  34   Frame frame;
  35
  36   SearchResults searchResults;
  37
  38   int seqIndex = 0;
  39   int resIndex = 0;
  40   public Finder(final AlignmentPanel ap)
  41   {
  42     try
  43     {
  44       jbInit();
  45     }
  46     catch (Exception e)
  47     {
  48       e.printStackTrace();
  49     }
  50
  51     this.av = ap.av;
  52     this.ap = ap;
  53     frame = new Frame();
  54     frame.add(this);
  55     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Find", 340, 120);
  56     frame.repaint();
  57     frame.addWindowListener(new WindowAdapter()
  58     {
  59       public void windowClosing(WindowEvent evt)
  60       {
  61         ap.highlightSearchResults(null);
  62       }
  63     });
  64   }
  65
  66   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
  67   {
  68     if (evt.getSource() == textfield)
  69       doSearch(false);
  70
  71     else if (evt.getSource() == findNext)
  72       doSearch(false);
  73
  74     else if (evt.getSource() == findAll)
  75     {
  76       resIndex = 0;
  77       seqIndex = 0;
  78       doSearch(true);
  79     }
  80     else if(evt.getSource() == createNewGroup)
  81       createNewGroup_actionPerformed();
  82   }
  83
  84
  85   public void createNewGroup_actionPerformed()
  86   {
  87
  88     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, null);
  89     Dialog dialog = new Dialog(ap.alignFrame, "Enter New Feature Name", true);
  90     dialog.add(cap);
  91
  92     cap.setText(textfield.getText());
  93
  94     dialog.setBounds( frame.getLocation().x+frame.getSize().width+5,
  95                       frame.getLocation().y+20,300,100);
  96     dialog.show();
  97
  98
  99     String featureName = cap.getText().trim();
 100     if(featureName.length()<1)
 101       return;
 102
 103
 104     for (int i = 0; i < searchResults.getSize(); i ++ )
 105     {
 106         SequenceI seq = searchResults.getResultSequence(i);
 107
 108         SequenceFeature sf = new SequenceFeature(featureName,
 109             null, null,
 110             searchResults.getResultStart(i),
 111            searchResults.getResultEnd(i), "Search Results");
 112
 113         ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().addNewFeature(
 114             featureName, new Color(60,160,115));
 115         seq.addSequenceFeature(sf);
 116     }
 117
 118     ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().findAllFeatures();
 119     ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState(true);
 120     av.showSequenceFeatures(true);
 121     ap.highlightSearchResults(null);
 122   }
 123
 124   void doSearch(boolean findAll)
 125   {
 126     createNewGroup.setEnabled(false);
 127
 128     String searchString = textfield.getText();
 129     if(!caseSensitive.getState())
 130       searchString = searchString.toUpperCase();
 131
 132     com.stevesoft.pat.Regex regex = new com.stevesoft.pat.Regex(searchString);
 133
 134     searchResults = new SearchResults();
 135
 136     Sequence seq;
 137     String item = null;
 138     boolean found = false;
 139
 140     ////// is the searchString a residue number?
 141     try
 142     {
 143       int res = Integer.parseInt(searchString);
 144       found = true;
 145
 146       if (av.getSelectionGroup() == null || av.getSelectionGroup().getSize(false) < 1)
 147       {
 148         seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(0);
 149       }
 150       else
 151       {
 152         seq = (Sequence) (av.getSelectionGroup().getSequenceAt(0));
 153       }
 154
 155
 156       searchResults.addResult(seq, res, res);
 157
 158     }
 159     catch (NumberFormatException ex)
 160     {}
 161     ///////////////////////////////////////////////
 162
 163
 164     int end = av.alignment.getHeight();
 165
 166     SequenceGroup selection = av.getSelectionGroup();
 167     if (selection != null)
 168     {
 169       if (selection.getSize(false) < 1 ||
 170           (selection.getEndRes() - selection.getStartRes() < 2))
 171       {
 172         selection = null;
 173       }
 174     }
 175
 176     while (!found && seqIndex < end)
 177     {
 178
 179       seq = (Sequence) av.alignment.getSequenceAt(seqIndex);
 180
 181       if (selection != null && !selection.getSequences(false).contains(seq))
 182       {
 183         seqIndex++;
 184         resIndex = 0;
 185         continue;
 186       }
 187
 188       item = seq.getSequence();
 189       if(!caseSensitive.getState())
 190         item = item.toUpperCase();
 191
 192       if (selection != null && selection.getEndRes() < av.alignment.getWidth())
 193       {
 194         item = item.substring(0, selection.getEndRes() + 1);
 195       }
 196
 197       ///Shall we ignore gaps????
 198       StringBuffer noGapsSB = new StringBuffer();
 199       int insertCount = 0;
 200       Vector spaces = new Vector();
 201
 202       for (int j = 0; j < item.length(); j++)
 203       {
 204
 205         if (!jalview.util.Comparison.isGap(item.charAt(j)))
 206         {
 207           noGapsSB.append(item.charAt(j));
 208           spaces.addElement(new Integer(insertCount));
 209         }
 210         else
 211         {
 212           insertCount++;
 213         }
 214       }
 215
 216       String noGaps = noGapsSB.toString();
 217
 218       for (int r = resIndex; r < noGaps.length(); r++)
 219       {
 220
 221         if (regex.searchFrom(noGaps, r))
 222         {
 223           resIndex = regex.matchedFrom();
 224           if (selection != null &&
 225               (resIndex + Integer.parseInt(spaces.elementAt(resIndex).toString())) <
 226               selection.getStartRes())
 227           {
 228             continue;
 229           }
 230
 231
 232           int sres = seq.findPosition(resIndex +
 233                                       Integer.parseInt(spaces.
 234               elementAt(resIndex).toString()));
 235           int eres = seq.findPosition(regex.matchedTo() - 1 +
 236                                       Integer.parseInt(
 237                                       spaces.elementAt(regex.matchedTo() - 1).
 238                                       toString()));
 239
 240           searchResults.addResult(seq, sres, eres);
 241
 242           if (!findAll)
 243           {
 244             // thats enough, break and display the result
 245             found = true;
 246             resIndex++;
 247             break;
 248           }
 249
 250           r = resIndex;
 251         }
 252         else
 253           break;
 254       }
 255       if (!found)
 256       {
 257         seqIndex++;
 258         resIndex = 0;
 259       }
 260     }
 261
 262     Vector idMatch = new Vector();
 263     for (int id = 0; id < av.alignment.getHeight(); id++)
 264     {
 265       if (regex.search(av.alignment.getSequenceAt(id).getName()))
 266       {
 267         idMatch.addElement(av.alignment.getSequenceAt(id));
 268       }
 269     }
 270
 271     if (searchResults.getSize() == 0 && idMatch.size() > 0)
 272     {
 273       ap.idPanel.highlightSearchResults(idMatch);
 274     }
 275
 276     if (searchResults.getSize() > 0)
 277     {
 278       createNewGroup.setEnabled(true);
 279     }
 280     else
 281     {
 282       searchResults = null;
 283       resIndex = 0;
 284       seqIndex = 0;
 285     }
 286
 287     // if allResults is null, this effectively switches displaySearch flag in seqCanvas
 288     ap.highlightSearchResults(searchResults);
 289
 290     if (findAll)
 291     {
 292       String message = (searchResults==null?0 : searchResults.getSize()) + " matches found.";
 293       ap.alignFrame.statusBar.setText("Search results: "+searchString+" : "+message);
 294     }
 295
 296   }
 297
 298   Label jLabel1 = new Label();
 299   protected TextField textfield = new TextField();
 300   protected Button findAll = new Button();
 301   protected Button findNext = new Button();
 302   Panel jPanel1 = new Panel();
 303   GridLayout gridLayout1 = new GridLayout();
 304   protected Button createNewGroup = new Button();
 305   Checkbox caseSensitive = new Checkbox();
 306
 307   private void jbInit() throws Exception {
 308       jLabel1.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 309       jLabel1.setText("Find");
 310       jLabel1.setBounds(new Rectangle(3, 30, 34, 15));
 311       this.setLayout(null);
 312       textfield.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 313       textfield.setText("");
 314       textfield.setBounds(new Rectangle(40, 27, 133, 21));
 315       textfield.addKeyListener(new java.awt.event.KeyAdapter() {
 316               public void keyTyped(KeyEvent e) {
 317                   textfield_keyTyped(e);
 318               }
 319           });
 320       textfield.addActionListener(this);
 321       findAll.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 322       findAll.setLabel("Find all");
 323       findAll.addActionListener(this);
 324       findNext.setEnabled(false);
 325       findNext.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 326       findNext.setLabel("Find Next");
 327       findNext.addActionListener(this);
 328       jPanel1.setBounds(new Rectangle(180, 5, 141, 64));
 329       jPanel1.setLayout(gridLayout1);
 330       gridLayout1.setHgap(0);
 331       gridLayout1.setRows(3);
 332       gridLayout1.setVgap(2);
 333       createNewGroup.setEnabled(false);
 334       createNewGroup.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 335       createNewGroup.setLabel("New Feature");
 336       createNewGroup.addActionListener(this);
 337     caseSensitive.setLabel("Match Case");
 338     caseSensitive.setBounds(new Rectangle(40, 49, 126, 23));
 339     jPanel1.add(findNext, null);
 340       jPanel1.add(findAll, null);
 341       jPanel1.add(createNewGroup, null);
 342     this.add(caseSensitive);
 343     this.add(textfield, null);
 344       this.add(jLabel1, null);
 345       this.add(jPanel1, null);
 346   }
 347
 348   void textfield_keyTyped(KeyEvent e) {
 349       findNext.setEnabled(true);
 350   }
 351
 352 }