src/jalview/appletgui/Finder.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.appletgui;
  19
  20 import java.util.*;
  21
  22 import java.awt.*;
  23 import java.awt.event.*;
  24
  25 import jalview.datamodel.*;
  26
  27 public class Finder extends Panel implements ActionListener
  28 {
  29   AlignViewport av;
  30
  31   AlignmentPanel ap;
  32
  33   Frame frame;
  34
  35   SearchResults searchResults;
  36
  37   int seqIndex = 0;
  38
  39   int resIndex = -1;
  40
  41   public Finder(final AlignmentPanel ap)
  42   {
  43     try
  44     {
  45       jbInit();
  46
  47     } catch (Exception e)
  48     {
  49       e.printStackTrace();
  50     }
  51
  52     this.av = ap.av;
  53     this.ap = ap;
  54     frame = new Frame();
  55     frame.add(this);
  56     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Find", 340, 120);
  57     frame.repaint();
  58     frame.addWindowListener(new WindowAdapter()
  59     {
  60       public void windowClosing(WindowEvent evt)
  61       {
  62         ap.highlightSearchResults(null);
  63       }
  64     });
  65     textfield.requestFocus();
  66   }
  67
  68   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
  69   {
  70     if (evt.getSource() == textfield)
  71     {
  72       doSearch(false);
  73     }
  74
  75     else if (evt.getSource() == findNext)
  76     {
  77       doSearch(false);
  78     }
  79
  80     else if (evt.getSource() == findAll)
  81     {
  82       resIndex = -1;
  83       seqIndex = 0;
  84       doSearch(true);
  85     }
  86     else if (evt.getSource() == createNewGroup)
  87     {
  88       createNewGroup_actionPerformed();
  89     }
  90   }
  91
  92   public void createNewGroup_actionPerformed()
  93   {
  94     SequenceI[] seqs = new SequenceI[searchResults.getSize()];
  95     SequenceFeature[] features = new SequenceFeature[searchResults
  96             .getSize()];
  97
  98     for (int i = 0; i < searchResults.getSize(); i++)
  99     {
 100       seqs[i] = searchResults.getResultSequence(i);
 101
 102       features[i] = new SequenceFeature(textfield.getText().trim(),
 103               "Search Results", null, searchResults.getResultStart(i),
 104               searchResults.getResultEnd(i), "Search Results");
 105     }
 106
 107     if (ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(seqs,
 108             features, true, ap))
 109     {
 110       ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState(true);
 111       av.showSequenceFeatures(true);
 112       ap.highlightSearchResults(null);
 113     }
 114   }
 115
 116   void doSearch(boolean findAll)
 117   {
 118     if (ap.av.applet.currentAlignFrame != null)
 119     {
 120       ap = ap.av.applet.currentAlignFrame.alignPanel;
 121       av = ap.av;
 122     }
 123     createNewGroup.setEnabled(false);
 124     jalview.analysis.Finder finder = new jalview.analysis.Finder(
 125             av.getAlignment(), av.getSelectionGroup(), seqIndex, resIndex);
 126     finder.setCaseSensitive(caseSensitive.getState());
 127     finder.setFindAll(findAll);
 128
 129     String searchString = textfield.getText();
 130
 131     finder.find(searchString);
 132     seqIndex = finder.getSeqIndex();
 133     resIndex = finder.getResIndex();
 134     searchResults = finder.getSearchResults();
 135     Vector idMatch = finder.getIdMatch();
 136     boolean haveResults = false;
 137     // set or reset the GUI
 138     if ((idMatch.size() > 0))
 139     {
 140       haveResults = true;
 141       ap.idPanel.highlightSearchResults(idMatch);
 142     }
 143     else
 144     {
 145       ap.idPanel.highlightSearchResults(null);
 146     }
 147
 148     if (searchResults.getSize() > 0)
 149     {
 150       haveResults = true;
 151       createNewGroup.setEnabled(true);
 152
 153     }
 154     else
 155     {
 156       searchResults = null;
 157     }
 158
 159     // if allResults is null, this effectively switches displaySearch flag in
 160     // seqCanvas
 161     ap.highlightSearchResults(searchResults);
 162     // TODO: add enablers for 'SelectSequences' or 'SelectColumns' or
 163     // 'SelectRegion' selection
 164     if (!haveResults)
 165     {
 166       ap.alignFrame.statusBar.setText("Finished searching.");
 167       resIndex = -1;
 168       seqIndex = 0;
 169     }
 170     else
 171     {
 172       if (findAll)
 173       {
 174         String message = (idMatch.size() > 0) ? "" + idMatch.size()
 175                 + " IDs" : "";
 176         if (idMatch.size() > 0 && searchResults != null
 177                 && searchResults.getSize() > 0)
 178         {
 179           message += " and ";
 180         }
 181         if (searchResults != null)
 182         {
 183           message += searchResults.getSize() + " subsequence matches.";
 184         }
 185         ap.alignFrame.statusBar.setText("Search results: " + searchString
 186                 + " : " + message);
 187
 188       }
 189       else
 190       {
 191         // TODO: indicate sequence and matching position in status bar
 192         ap.alignFrame.statusBar.setText("Found match for " + searchString);
 193       }
 194     }
 195   }
 196
 197   Label jLabel1 = new Label();
 198
 199   protected TextField textfield = new TextField();
 200
 201   protected Button findAll = new Button();
 202
 203   protected Button findNext = new Button();
 204
 205   Panel jPanel1 = new Panel();
 206
 207   GridLayout gridLayout1 = new GridLayout();
 208
 209   protected Button createNewGroup = new Button();
 210
 211   Checkbox caseSensitive = new Checkbox();
 212
 213   private void jbInit() throws Exception
 214   {
 215     jLabel1.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 216     jLabel1.setText("Find");
 217     jLabel1.setBounds(new Rectangle(3, 30, 34, 15));
 218     this.setLayout(null);
 219     textfield.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 220     textfield.setText("");
 221     textfield.setBounds(new Rectangle(40, 27, 133, 21));
 222     textfield.addKeyListener(new java.awt.event.KeyAdapter()
 223     {
 224       public void keyTyped(KeyEvent e)
 225       {
 226         textfield_keyTyped(e);
 227       }
 228     });
 229     textfield.addActionListener(this);
 230     findAll.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 231     findAll.setLabel("Find all");
 232     findAll.addActionListener(this);
 233     findNext.setEnabled(false);
 234     findNext.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 235     findNext.setLabel("Find Next");
 236     findNext.addActionListener(this);
 237     jPanel1.setBounds(new Rectangle(180, 5, 141, 64));
 238     jPanel1.setLayout(gridLayout1);
 239     gridLayout1.setHgap(0);
 240     gridLayout1.setRows(3);
 241     gridLayout1.setVgap(2);
 242     createNewGroup.setEnabled(false);
 243     createNewGroup.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 244     createNewGroup.setLabel("New Feature");
 245     createNewGroup.addActionListener(this);
 246     caseSensitive.setLabel("Match Case");
 247     caseSensitive.setBounds(new Rectangle(40, 49, 126, 23));
 248     jPanel1.add(findNext, null);
 249     jPanel1.add(findAll, null);
 250     jPanel1.add(createNewGroup, null);
 251     this.add(caseSensitive);
 252     this.add(textfield, null);
 253     this.add(jLabel1, null);
 254     this.add(jPanel1, null);
 255   }
 256
 257   void textfield_keyTyped(KeyEvent e)
 258   {
 259     findNext.setEnabled(true);
 260   }
 261
 262 }