src/jalview/appletgui/Finder.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19
  20 package jalview.appletgui;
  21
  22 import java.util.*;
  23
  24 import java.awt.*;
  25 import java.awt.event.*;
  26
  27 import jalview.datamodel.*;
  28
  29 public class Finder
  30     extends Panel implements ActionListener
  31 {
  32   AlignViewport av;
  33   AlignmentPanel ap;
  34   Frame frame;
  35
  36   SearchResults searchResults;
  37
  38   int seqIndex = 0;
  39   int resIndex = 0;
  40   public Finder(final AlignmentPanel ap)
  41   {
  42     try
  43     {
  44       jbInit();
  45
  46     }
  47     catch (Exception e)
  48     {
  49       e.printStackTrace();
  50     }
  51
  52     this.av = ap.av;
  53     this.ap = ap;
  54     frame = new Frame();
  55     frame.add(this);
  56     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Find", 340, 120);
  57     frame.repaint();
  58     frame.addWindowListener(new WindowAdapter()
  59     {
  60       public void windowClosing(WindowEvent evt)
  61       {
  62         ap.highlightSearchResults(null);
  63       }
  64     });
  65     textfield.requestFocus();
  66   }
  67
  68   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
  69   {
  70     if (evt.getSource() == textfield)
  71     {
  72       doSearch(false);
  73     }
  74
  75     else if (evt.getSource() == findNext)
  76     {
  77       doSearch(false);
  78     }
  79
  80     else if (evt.getSource() == findAll)
  81     {
  82       resIndex = 0;
  83       seqIndex = 0;
  84       doSearch(true);
  85     }
  86     else if (evt.getSource() == createNewGroup)
  87     {
  88       createNewGroup_actionPerformed();
  89     }
  90   }
  91
  92   public void createNewGroup_actionPerformed()
  93   {
  94     SequenceI[] seqs = new SequenceI[searchResults.getSize()];
  95     SequenceFeature[] features = new SequenceFeature[searchResults.getSize()];
  96
  97     for (int i = 0; i < searchResults.getSize(); i++)
  98     {
  99       seqs[i] = searchResults.getResultSequence(i);
 100
 101       features[i] = new SequenceFeature(textfield.getText().trim(),
 102                                         "Search Results", null,
 103                                         searchResults.getResultStart(i),
 104                                         searchResults.getResultEnd(i),
 105                                         "Search Results");
 106     }
 107
 108     if (ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer()
 109         .amendFeatures(seqs, features, true, ap))
 110     {
 111       ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState(true);
 112       av.showSequenceFeatures(true);
 113       ap.highlightSearchResults(null);
 114     }
 115   }
 116
 117   void doSearch(boolean findAll)
 118   {
 119     if (jalview.bin.JalviewLite.currentAlignFrame != null)
 120     {
 121       ap = jalview.bin.JalviewLite.currentAlignFrame.alignPanel;
 122       av = ap.av;
 123     }
 124     createNewGroup.setEnabled(false);
 125     jalview.analysis.Finder finder = new jalview.analysis.Finder(av.
 126         getAlignment(), av.getSelectionGroup(), seqIndex, resIndex);
 127     finder.setCaseSensitive(caseSensitive.getState());
 128     finder.setFindAll(findAll);
 129
 130     String searchString = textfield.getText();
 131
 132     finder.find(searchString);
 133     seqIndex = finder.getSeqIndex();
 134     resIndex = finder.getResIndex();
 135     searchResults = finder.getSearchResults();
 136     Vector idMatch = finder.getIdMatch();
 137
 138     if (searchResults.getSize() == 0 && idMatch.size() > 0)
 139     {
 140       ap.idPanel.highlightSearchResults(idMatch);
 141     }
 142
 143     if (searchResults.getSize() > 0)
 144     {
 145       createNewGroup.setEnabled(true);
 146
 147     }
 148     else
 149     {
 150       searchResults = null;
 151       resIndex = 0;
 152       seqIndex = 0;
 153     }
 154
 155     // if allResults is null, this effectively switches displaySearch flag in seqCanvas
 156     ap.highlightSearchResults(searchResults);
 157
 158     if (findAll)
 159     {
 160       String message = (searchResults == null ? 0 : searchResults.getSize()) +
 161           " matches found.";
 162       ap.alignFrame.statusBar.setText("Search results: " + searchString + " : " +
 163                                       message);
 164     }
 165
 166   }
 167
 168   Label jLabel1 = new Label();
 169   protected TextField textfield = new TextField();
 170   protected Button findAll = new Button();
 171   protected Button findNext = new Button();
 172   Panel jPanel1 = new Panel();
 173   GridLayout gridLayout1 = new GridLayout();
 174   protected Button createNewGroup = new Button();
 175   Checkbox caseSensitive = new Checkbox();
 176
 177   private void jbInit()
 178       throws Exception
 179   {
 180     jLabel1.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 181     jLabel1.setText("Find");
 182     jLabel1.setBounds(new Rectangle(3, 30, 34, 15));
 183     this.setLayout(null);
 184     textfield.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 185     textfield.setText("");
 186     textfield.setBounds(new Rectangle(40, 27, 133, 21));
 187     textfield.addKeyListener(new java.awt.event.KeyAdapter()
 188     {
 189       public void keyTyped(KeyEvent e)
 190       {
 191         textfield_keyTyped(e);
 192       }
 193     });
 194     textfield.addActionListener(this);
 195     findAll.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 196     findAll.setLabel("Find all");
 197     findAll.addActionListener(this);
 198     findNext.setEnabled(false);
 199     findNext.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 200     findNext.setLabel("Find Next");
 201     findNext.addActionListener(this);
 202     jPanel1.setBounds(new Rectangle(180, 5, 141, 64));
 203     jPanel1.setLayout(gridLayout1);
 204     gridLayout1.setHgap(0);
 205     gridLayout1.setRows(3);
 206     gridLayout1.setVgap(2);
 207     createNewGroup.setEnabled(false);
 208     createNewGroup.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 209     createNewGroup.setLabel("New Feature");
 210     createNewGroup.addActionListener(this);
 211     caseSensitive.setLabel("Match Case");
 212     caseSensitive.setBounds(new Rectangle(40, 49, 126, 23));
 213     jPanel1.add(findNext, null);
 214     jPanel1.add(findAll, null);
 215     jPanel1.add(createNewGroup, null);
 216     this.add(caseSensitive);
 217     this.add(textfield, null);
 218     this.add(jLabel1, null);
 219     this.add(jPanel1, null);
 220   }
 221
 222   void textfield_keyTyped(KeyEvent e)
 223   {
 224     findNext.setEnabled(true);
 225   }
 226
 227 }