src/jalview/appletgui/Finder.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.*;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 \r
  29 public class Finder extends Panel implements ActionListener\r
  30 {\r
  31   AlignViewport av;\r
  32   AlignmentPanel ap;\r
  33   Frame frame;\r
  34   SuperGroup searchGroup;\r
  35   Vector searchResults;\r
  36 \r
  37   int seqIndex = 0;\r
  38   int resIndex = 0;\r
  39   public Finder(final AlignmentPanel ap)\r
  40   {\r
  41     try\r
  42     {\r
  43       jbInit();\r
  44     }\r
  45     catch (Exception e)\r
  46     {\r
  47       e.printStackTrace();\r
  48     }\r
  49 \r
  50     this.av = ap.av;\r
  51     this.ap = ap;\r
  52     frame = new Frame();\r
  53     frame.add(this);\r
  54     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Find", 340, 120);\r
  55     frame.repaint();\r
  56     frame.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
  57     {\r
  58       public void windowClosing(WindowEvent evt)\r
  59       {\r
  60         ap.highlightSearchResults(null);\r
  61       }\r
  62     });\r
  63   }\r
  64 \r
  65   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
  66   {\r
  67     if (evt.getSource() == textfield)\r
  68       doSearch(false);\r
  69 \r
  70     else if (evt.getSource() == findNext)\r
  71       doSearch(false);\r
  72 \r
  73     else if (evt.getSource() == findAll)\r
  74     {\r
  75       resIndex = 0;\r
  76       seqIndex = 0;\r
  77       doSearch(true);\r
  78     }\r
  79     else if(evt.getSource() == createNewGroup)\r
  80       createNewGroup_actionPerformed();\r
  81   }\r
  82 \r
  83 \r
  84   public void createNewGroup_actionPerformed()\r
  85   {\r
  86     Color[] newColors = new Color[24];\r
  87     for (int i = 0; i < 24; i++)\r
  88     {\r
  89       newColors[i] = new Color(60, 160, 115);\r
  90     }\r
  91 \r
  92     jalview.schemes.UserColourScheme ucs = new jalview.schemes.UserColourScheme(\r
  93         newColors);\r
  94     String searchString = textfield.getText();\r
  95 \r
  96     searchGroup = new SuperGroup(searchString, ucs, true, true, false);\r
  97 \r
  98     for (int i = 0; i < searchResults.size(); i += 3)\r
  99     {\r
 100       // its possible edits may have occurred since search was performed\r
 101       // account for this here\r
 102 \r
 103       SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(Integer.parseInt(searchResults.\r
 104           elementAt(i).toString()));\r
 105       int startRes = seq.findIndex(Integer.parseInt(searchResults.elementAt(i +\r
 106           1).toString())) - 1;\r
 107       int endRes = seq.findIndex(Integer.parseInt(searchResults.elementAt(i + 2).\r
 108                                                   toString())) - 1;\r
 109 \r
 110       SequenceGroup sg = new SequenceGroup(searchString, ucs, true, true, false,\r
 111                                            startRes, endRes);\r
 112       sg.addSequence(seq, false);\r
 113       av.alignment.addGroup(sg);\r
 114       searchGroup.addGroup(sg);\r
 115 \r
 116     }\r
 117 \r
 118     ap.av.alignment.addSuperGroup(searchGroup);\r
 119     ap.highlightSearchResults(null);\r
 120   }\r
 121 \r
 122   void doSearch(boolean findAll)\r
 123   {\r
 124     createNewGroup.setEnabled(false);\r
 125 \r
 126     String searchString = textfield.getText().toUpperCase();\r
 127 \r
 128     com.stevesoft.pat.Regex regex = new com.stevesoft.pat.Regex(searchString);\r
 129 \r
 130     searchResults = new Vector();\r
 131     int[] allResults = null;\r
 132 \r
 133     Sequence seq;\r
 134     String item = null;\r
 135     boolean found = false;\r
 136 \r
 137     ////// is the searchString a residue number?\r
 138     try\r
 139     {\r
 140       int res = Integer.parseInt(searchString);\r
 141       found = true;\r
 142 \r
 143       if (av.getSelectionGroup() == null || av.getSelectionGroup().getSize() < 1)\r
 144       {\r
 145         seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(0);\r
 146       }\r
 147       else\r
 148       {\r
 149         seq = (Sequence) (av.getSelectionGroup().getSequenceAt(0));\r
 150       }\r
 151 \r
 152       searchResults.addElement(Integer.toString(av.getAlignment().findIndex(seq)));\r
 153       searchResults.addElement(String.valueOf(res));\r
 154       searchResults.addElement(String.valueOf(res));\r
 155 \r
 156     }\r
 157     catch (NumberFormatException ex)\r
 158     {}\r
 159     ///////////////////////////////////////////////\r
 160 \r
 161 \r
 162     int end = av.alignment.getHeight();\r
 163 \r
 164     SequenceGroup selection = av.getSelectionGroup();\r
 165     if (selection != null)\r
 166     {\r
 167       if (selection.getSize() < 1 ||\r
 168           (selection.getEndRes() - selection.getStartRes() < 2))\r
 169       {\r
 170         selection = null;\r
 171       }\r
 172     }\r
 173 \r
 174     while (!found && seqIndex < end)\r
 175     {\r
 176       seq = (Sequence) av.alignment.getSequenceAt(seqIndex);\r
 177 \r
 178       if (selection != null && !selection.sequences.contains(seq))\r
 179       {\r
 180         seqIndex++;\r
 181         resIndex = 0;\r
 182         continue;\r
 183       }\r
 184 \r
 185       item = seq.getSequence().toUpperCase();\r
 186 \r
 187       if (selection != null && selection.getEndRes() < av.alignment.getWidth())\r
 188       {\r
 189         item = item.substring(0, selection.getEndRes() + 1);\r
 190       }\r
 191 \r
 192       ///Shall we ignore gaps????\r
 193       StringBuffer noGaps = new StringBuffer();\r
 194       int insertCount = 0;\r
 195       Vector spaces = new Vector();\r
 196 \r
 197       for (int j = 0; j < item.length(); j++)\r
 198       {\r
 199 \r
 200         if (!jalview.util.Comparison.isGap(item.charAt(j)))\r
 201         {\r
 202           noGaps.append(item.charAt(j));\r
 203           spaces.addElement(new Integer(insertCount));\r
 204         }\r
 205         else\r
 206         {\r
 207           insertCount++;\r
 208         }\r
 209       }\r
 210 \r
 211       for (int r = resIndex; r < noGaps.length(); r++)\r
 212       {\r
 213 \r
 214         if (regex.searchFrom(noGaps.toString(), r))\r
 215         {\r
 216           resIndex = regex.matchedFrom();\r
 217           if (selection != null &&\r
 218               (resIndex + Integer.parseInt(spaces.elementAt(resIndex).toString())) <\r
 219               selection.getStartRes())\r
 220           {\r
 221             continue;\r
 222           }\r
 223 \r
 224           searchResults.addElement(Integer.toString(seqIndex));\r
 225           int sres = seq.findPosition(resIndex +\r
 226                                       Integer.parseInt(spaces.\r
 227               elementAt(resIndex).toString()));\r
 228           int eres = seq.findPosition(regex.matchedTo() - 1 +\r
 229                                       Integer.parseInt(\r
 230                                       spaces.elementAt(regex.matchedTo() - 1).\r
 231                                       toString()));\r
 232           searchResults.addElement(sres + "");\r
 233           searchResults.addElement(eres + "");\r
 234 \r
 235           if (!findAll)\r
 236           {\r
 237             // thats enough, break and display the result\r
 238             found = true;\r
 239             resIndex++;\r
 240             break;\r
 241           }\r
 242 \r
 243           r = resIndex;\r
 244         }\r
 245         else\r
 246           break;\r
 247       }\r
 248       if (!found)\r
 249       {\r
 250         seqIndex++;\r
 251         resIndex = 0;\r
 252       }\r
 253     }\r
 254 \r
 255     Vector idMatch = new Vector();\r
 256     for (int id = 0; id < av.alignment.getHeight(); id++)\r
 257     {\r
 258       if (regex.search(av.alignment.getSequenceAt(id).getName()))\r
 259       {\r
 260         idMatch.addElement(av.alignment.getSequenceAt(id));\r
 261       }\r
 262     }\r
 263 \r
 264     if (searchResults.size() == 0 && idMatch.size() > 0)\r
 265     {\r
 266       ap.idPanel.highlightSearchResults(idMatch);\r
 267     }\r
 268 \r
 269     if (searchResults.size() > 0)\r
 270     {\r
 271       allResults = new int[searchResults.size()];\r
 272       for (int i = 0; i < searchResults.size(); i++)\r
 273       {\r
 274         allResults[i] = Integer.parseInt(searchResults.elementAt(i).toString());\r
 275       }\r
 276 \r
 277       createNewGroup.setEnabled(true);\r
 278     }\r
 279     else\r
 280     {\r
 281       resIndex = 0;\r
 282       seqIndex = 0;\r
 283     }\r
 284 \r
 285     // if allResults is null, this effectively switches displaySearch flag in seqCanvas\r
 286     ap.highlightSearchResults(allResults);\r
 287 \r
 288     if (findAll)\r
 289     {\r
 290       String message = (searchResults.size() / 3) + " matches found.";\r
 291       System.out.println(message);\r
 292     }\r
 293 \r
 294   }\r
 295 \r
 296   Label jLabel1 = new Label();\r
 297   protected TextField textfield = new TextField();\r
 298   protected Button findAll = new Button();\r
 299   protected Button findNext = new Button();\r
 300   Panel jPanel1 = new Panel();\r
 301   GridLayout gridLayout1 = new GridLayout();\r
 302   protected Button createNewGroup = new Button();\r
 303 \r
 304 \r
 305   private void jbInit() throws Exception {\r
 306       jLabel1.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));\r
 307       jLabel1.setText("Find");\r
 308       jLabel1.setBounds(new Rectangle(3, 30, 34, 15));\r
 309       this.setLayout(null);\r
 310       textfield.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));\r
 311       textfield.setText("");\r
 312       textfield.setBounds(new Rectangle(40, 27, 133, 21));\r
 313       textfield.addKeyListener(new java.awt.event.KeyAdapter() {\r
 314               public void keyTyped(KeyEvent e) {\r
 315                   textfield_keyTyped(e);\r
 316               }\r
 317           });\r
 318       textfield.addActionListener(this);\r
 319       findAll.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));\r
 320       findAll.setLabel("Find all");\r
 321       findAll.addActionListener(this);\r
 322       findNext.setEnabled(false);\r
 323       findNext.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));\r
 324       findNext.setLabel("Find Next");\r
 325       findNext.addActionListener(this);\r
 326       jPanel1.setBounds(new Rectangle(180, 5, 141, 64));\r
 327       jPanel1.setLayout(gridLayout1);\r
 328       gridLayout1.setHgap(0);\r
 329       gridLayout1.setRows(3);\r
 330       gridLayout1.setVgap(2);\r
 331       createNewGroup.setEnabled(false);\r
 332       createNewGroup.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));\r
 333       createNewGroup.setLabel("Create new group");\r
 334       createNewGroup.addActionListener(this);\r
 335       jPanel1.add(findNext, null);\r
 336       jPanel1.add(findAll, null);\r
 337       jPanel1.add(createNewGroup, null);\r
 338       this.add(textfield, null);\r
 339       this.add(jLabel1, null);\r
 340       this.add(jPanel1, null);\r
 341   }\r
 342 \r
 343   void textfield_keyTyped(KeyEvent e) {\r
 344       findNext.setEnabled(true);\r
 345   }\r
 346 \r
 347 }\r