numerous bugfixs (tree panel synchs) and DatastoreRegistry clas.
[jalview.git] / src / jalview / appletgui / Finder.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
4  * 
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
8  * of the License, or (at your option) any later version.
9  * 
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
13  * GNU General Public License for more details.
14  * 
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
16  * along with this program; if not, write to the Free Software
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
18  */
19 package jalview.appletgui;
20
21 import java.util.*;
22
23 import java.awt.*;
24 import java.awt.event.*;
25
26 import jalview.datamodel.*;
27
28 public class Finder extends Panel implements ActionListener
29 {
30   AlignViewport av;
31
32   AlignmentPanel ap;
33
34   Frame frame;
35
36   SearchResults searchResults;
37
38   int seqIndex = 0;
39
40   int resIndex = 0;
41
42   public Finder(final AlignmentPanel ap)
43   {
44     try
45     {
46       jbInit();
47
48     } catch (Exception e)
49     {
50       e.printStackTrace();
51     }
52
53     this.av = ap.av;
54     this.ap = ap;
55     frame = new Frame();
56     frame.add(this);
57     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Find", 340, 120);
58     frame.repaint();
59     frame.addWindowListener(new WindowAdapter()
60     {
61       public void windowClosing(WindowEvent evt)
62       {
63         ap.highlightSearchResults(null);
64       }
65     });
66     textfield.requestFocus();
67   }
68
69   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
70   {
71     if (evt.getSource() == textfield)
72     {
73       doSearch(false);
74     }
75
76     else if (evt.getSource() == findNext)
77     {
78       doSearch(false);
79     }
80
81     else if (evt.getSource() == findAll)
82     {
83       resIndex = 0;
84       seqIndex = 0;
85       doSearch(true);
86     }
87     else if (evt.getSource() == createNewGroup)
88     {
89       createNewGroup_actionPerformed();
90     }
91   }
92
93   public void createNewGroup_actionPerformed()
94   {
95     SequenceI[] seqs = new SequenceI[searchResults.getSize()];
96     SequenceFeature[] features = new SequenceFeature[searchResults
97             .getSize()];
98
99     for (int i = 0; i < searchResults.getSize(); i++)
100     {
101       seqs[i] = searchResults.getResultSequence(i);
102
103       features[i] = new SequenceFeature(textfield.getText().trim(),
104               "Search Results", null, searchResults.getResultStart(i),
105               searchResults.getResultEnd(i), "Search Results");
106     }
107
108     if (ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(seqs,
109             features, true, ap))
110     {
111       ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState(true);
112       av.showSequenceFeatures(true);
113       ap.highlightSearchResults(null);
114     }
115   }
116
117   void doSearch(boolean findAll)
118   {
119     if (jalview.bin.JalviewLite.currentAlignFrame != null)
120     {
121       ap = jalview.bin.JalviewLite.currentAlignFrame.alignPanel;
122       av = ap.av;
123     }
124     createNewGroup.setEnabled(false);
125     jalview.analysis.Finder finder = new jalview.analysis.Finder(av
126             .getAlignment(), av.getSelectionGroup(), seqIndex, resIndex);
127     finder.setCaseSensitive(caseSensitive.getState());
128     finder.setFindAll(findAll);
129
130     String searchString = textfield.getText();
131
132     finder.find(searchString);
133     seqIndex = finder.getSeqIndex();
134     resIndex = finder.getResIndex();
135     searchResults = finder.getSearchResults();
136     Vector idMatch = finder.getIdMatch();
137
138     if (searchResults.getSize() == 0 && idMatch.size() > 0)
139     {
140       ap.idPanel.highlightSearchResults(idMatch);
141     }
142
143     if (searchResults.getSize() > 0)
144     {
145       createNewGroup.setEnabled(true);
146
147     }
148     else
149     {
150       searchResults = null;
151       resIndex = 0;
152       seqIndex = 0;
153     }
154
155     // if allResults is null, this effectively switches displaySearch flag in
156     // seqCanvas
157     ap.highlightSearchResults(searchResults);
158
159     if (findAll)
160     {
161       String message = (searchResults == null ? 0 : searchResults.getSize())
162               + " matches found.";
163       ap.alignFrame.statusBar.setText("Search results: " + searchString
164               + " : " + message);
165     }
166
167   }
168
169   Label jLabel1 = new Label();
170
171   protected TextField textfield = new TextField();
172
173   protected Button findAll = new Button();
174
175   protected Button findNext = new Button();
176
177   Panel jPanel1 = new Panel();
178
179   GridLayout gridLayout1 = new GridLayout();
180
181   protected Button createNewGroup = new Button();
182
183   Checkbox caseSensitive = new Checkbox();
184
185   private void jbInit() throws Exception
186   {
187     jLabel1.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
188     jLabel1.setText("Find");
189     jLabel1.setBounds(new Rectangle(3, 30, 34, 15));
190     this.setLayout(null);
191     textfield.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
192     textfield.setText("");
193     textfield.setBounds(new Rectangle(40, 27, 133, 21));
194     textfield.addKeyListener(new java.awt.event.KeyAdapter()
195     {
196       public void keyTyped(KeyEvent e)
197       {
198         textfield_keyTyped(e);
199       }
200     });
201     textfield.addActionListener(this);
202     findAll.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
203     findAll.setLabel("Find all");
204     findAll.addActionListener(this);
205     findNext.setEnabled(false);
206     findNext.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
207     findNext.setLabel("Find Next");
208     findNext.addActionListener(this);
209     jPanel1.setBounds(new Rectangle(180, 5, 141, 64));
210     jPanel1.setLayout(gridLayout1);
211     gridLayout1.setHgap(0);
212     gridLayout1.setRows(3);
213     gridLayout1.setVgap(2);
214     createNewGroup.setEnabled(false);
215     createNewGroup.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
216     createNewGroup.setLabel("New Feature");
217     createNewGroup.addActionListener(this);
218     caseSensitive.setLabel("Match Case");
219     caseSensitive.setBounds(new Rectangle(40, 49, 126, 23));
220     jPanel1.add(findNext, null);
221     jPanel1.add(findAll, null);
222     jPanel1.add(createNewGroup, null);
223     this.add(caseSensitive);
224     this.add(textfield, null);
225     this.add(jLabel1, null);
226     this.add(jPanel1, null);
227   }
228
229   void textfield_keyTyped(KeyEvent e)
230   {
231     findNext.setEnabled(true);
232   }
233
234 }