src/jalview/appletgui/Finder.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.*;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import jalview.jbappletgui.*;\r
  29 \r
  30 public class Finder\r
  31     extends GFinder\r
  32 {\r
  33   AlignViewport av;\r
  34   AlignmentPanel ap;\r
  35   Frame frame;\r
  36   SuperGroup searchGroup;\r
  37   Vector searchResults;\r
  38 \r
  39   int seqIndex = 0;\r
  40   int resIndex = 0;\r
  41   public Finder(final AlignmentPanel ap)\r
  42   {\r
  43     this.av = ap.av;\r
  44     this.ap = ap;\r
  45     frame = new Frame();\r
  46     frame.add(this);\r
  47     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Find", 340, 120);\r
  48     frame.repaint();\r
  49     frame.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
  50     {\r
  51       public void windowClosing(WindowEvent evt)\r
  52       {\r
  53         ap.highlightSearchResults(null);\r
  54       }\r
  55     });\r
  56   }\r
  57 \r
  58   public void textfield_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  59   {\r
  60     doSearch(false);\r
  61   }\r
  62 \r
  63   public void findNext_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  64   {\r
  65     doSearch(false);\r
  66   }\r
  67 \r
  68   public void findAll_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  69   {\r
  70     resIndex = 0;\r
  71     seqIndex = 0;\r
  72     doSearch(true);\r
  73   }\r
  74 \r
  75   public void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  76   {\r
  77     try\r
  78     {\r
  79       // if allResults is null, this effectively switches displaySearch flag in seqCanvas\r
  80       ap.highlightSearchResults(null);\r
  81       ap.idPanel.highlightSearchResults(null);\r
  82       // frame.setClosed(true);\r
  83     }\r
  84     catch (Exception ex)\r
  85     {}\r
  86   }\r
  87 \r
  88   public void createNewGroup_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  89   {\r
  90     Color[] newColors = new Color[24];\r
  91     for (int i = 0; i < 24; i++)\r
  92     {\r
  93       newColors[i] = new Color(60, 160, 115);\r
  94     }\r
  95 \r
  96     jalview.schemes.UserColourScheme ucs = new jalview.schemes.UserColourScheme(\r
  97         newColors);\r
  98     String searchString = textfield.getText();\r
  99 \r
 100     searchGroup = new SuperGroup(searchString, ucs, true, true, false);\r
 101 \r
 102     for (int i = 0; i < searchResults.size(); i += 3)\r
 103     {\r
 104       // its possible edits may have occurred since search was performed\r
 105       // account for this here\r
 106 \r
 107       SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(Integer.parseInt(searchResults.\r
 108           elementAt(i).toString()));\r
 109       int startRes = seq.findIndex(Integer.parseInt(searchResults.elementAt(i +\r
 110           1).toString())) - 1;\r
 111       int endRes = seq.findIndex(Integer.parseInt(searchResults.elementAt(i + 2).\r
 112                                                   toString())) - 1;\r
 113 \r
 114       SequenceGroup sg = new SequenceGroup(searchString, ucs, true, true, false,\r
 115                                            startRes, endRes);\r
 116       sg.addSequence(seq, false);\r
 117       av.alignment.addGroup(sg);\r
 118       searchGroup.addGroup(sg);\r
 119 \r
 120     }\r
 121 \r
 122     ap.av.alignment.addSuperGroup(searchGroup);\r
 123     ap.highlightSearchResults(null);\r
 124   }\r
 125 \r
 126   void doSearch(boolean findAll)\r
 127   {\r
 128     createNewGroup.setEnabled(false);\r
 129 \r
 130     String searchString = textfield.getText().toUpperCase();\r
 131 \r
 132     com.stevesoft.pat.Regex regex = new com.stevesoft.pat.Regex(searchString);\r
 133 \r
 134     searchResults = new Vector();\r
 135     int[] allResults = null;\r
 136 \r
 137     Sequence seq;\r
 138     String item = null;\r
 139     boolean found = false;\r
 140 \r
 141     ////// is the searchString a residue number?\r
 142     try\r
 143     {\r
 144       int res = Integer.parseInt(searchString);\r
 145       found = true;\r
 146 \r
 147       if (av.getSelectionGroup() == null || av.getSelectionGroup().getSize() < 1)\r
 148       {\r
 149         seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(0);\r
 150       }\r
 151       else\r
 152       {\r
 153         seq = (Sequence) (av.getSelectionGroup().getSequenceAt(0));\r
 154       }\r
 155 \r
 156       searchResults.addElement(Integer.toString(av.getAlignment().findIndex(seq)));\r
 157       searchResults.addElement(String.valueOf(res));\r
 158       searchResults.addElement(String.valueOf(res));\r
 159 \r
 160     }\r
 161     catch (NumberFormatException ex)\r
 162     {}\r
 163     ///////////////////////////////////////////////\r
 164 \r
 165 \r
 166     int end = av.alignment.getHeight();\r
 167 \r
 168     SequenceGroup selection = av.getSelectionGroup();\r
 169     if (selection != null)\r
 170     {\r
 171       if (selection.getSize() < 1 ||\r
 172           (selection.getEndRes() - selection.getStartRes() < 2))\r
 173       {\r
 174         selection = null;\r
 175       }\r
 176     }\r
 177 \r
 178     while (!found && seqIndex < end)\r
 179     {\r
 180       seq = (Sequence) av.alignment.getSequenceAt(seqIndex);\r
 181 \r
 182       if (selection != null && !selection.sequences.contains(seq))\r
 183       {\r
 184         seqIndex++;\r
 185         resIndex = 0;\r
 186         continue;\r
 187       }\r
 188 \r
 189       item = seq.getSequence().toUpperCase();\r
 190 \r
 191       if (selection != null && selection.getEndRes() < av.alignment.getWidth())\r
 192       {\r
 193         item = item.substring(0, selection.getEndRes() + 1);\r
 194       }\r
 195 \r
 196       ///Shall we ignore gaps????\r
 197       StringBuffer noGaps = new StringBuffer();\r
 198       int insertCount = 0;\r
 199       Vector spaces = new Vector();\r
 200 \r
 201       for (int j = 0; j < item.length(); j++)\r
 202       {\r
 203 \r
 204         if (!jalview.util.Comparison.isGap(item.charAt(j)))\r
 205         {\r
 206           noGaps.append(item.charAt(j));\r
 207           spaces.addElement(new Integer(insertCount));\r
 208         }\r
 209         else\r
 210         {\r
 211           insertCount++;\r
 212         }\r
 213       }\r
 214 \r
 215       for (int r = resIndex; r < noGaps.length(); r++)\r
 216       {\r
 217 \r
 218         if (regex.searchFrom(noGaps.toString(), r))\r
 219         {\r
 220           resIndex = regex.matchedFrom();\r
 221           if (selection != null &&\r
 222               (resIndex + Integer.parseInt(spaces.elementAt(resIndex).toString())) <\r
 223               selection.getStartRes())\r
 224           {\r
 225             continue;\r
 226           }\r
 227 \r
 228           searchResults.addElement(Integer.toString(seqIndex));\r
 229           int sres = seq.findPosition(resIndex +\r
 230                                       Integer.parseInt(spaces.\r
 231               elementAt(resIndex).toString()));\r
 232           int eres = seq.findPosition(regex.matchedTo() - 1 +\r
 233                                       Integer.parseInt(\r
 234                                       spaces.elementAt(regex.matchedTo() - 1).\r
 235                                       toString()));\r
 236           searchResults.addElement(sres + "");\r
 237           searchResults.addElement(eres + "");\r
 238 \r
 239           if (!findAll)\r
 240           {\r
 241             // thats enough, break and display the result\r
 242             found = true;\r
 243             resIndex++;\r
 244             break;\r
 245           }\r
 246 \r
 247           r = resIndex;\r
 248         }\r
 249       }\r
 250       if (!found)\r
 251       {\r
 252         seqIndex++;\r
 253         resIndex = 0;\r
 254       }\r
 255     }\r
 256 \r
 257     Vector idMatch = new Vector();\r
 258     for (int id = 0; id < av.alignment.getHeight(); id++)\r
 259     {\r
 260       if (regex.search(av.alignment.getSequenceAt(id).getName()))\r
 261       {\r
 262         idMatch.addElement(av.alignment.getSequenceAt(id));\r
 263       }\r
 264     }\r
 265 \r
 266     if (searchResults.size() == 0 && idMatch.size() > 0)\r
 267     {\r
 268       ap.idPanel.highlightSearchResults(idMatch);\r
 269     }\r
 270 \r
 271     if (searchResults.size() > 0)\r
 272     {\r
 273       allResults = new int[searchResults.size()];\r
 274       for (int i = 0; i < searchResults.size(); i++)\r
 275       {\r
 276         allResults[i] = Integer.parseInt(searchResults.elementAt(i).toString());\r
 277       }\r
 278 \r
 279       createNewGroup.setEnabled(true);\r
 280     }\r
 281     else\r
 282     {\r
 283       resIndex = 0;\r
 284       seqIndex = 0;\r
 285     }\r
 286 \r
 287     // if allResults is null, this effectively switches displaySearch flag in seqCanvas\r
 288     ap.highlightSearchResults(allResults);\r
 289 \r
 290     if (findAll)\r
 291     {\r
 292       String message = (searchResults.size() / 3) + " matches found.";\r
 293       System.out.println(message);\r
 294     }\r
 295 \r
 296   }\r
 297 \r
 298 }\r