src/jalview/appletgui/Finder.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import java.util.*;
  24
  25 import java.awt.*;
  26 import java.awt.event.*;
  27
  28 import jalview.datamodel.*;
  29 import jalview.util.MessageManager;
  30
  31 public class Finder extends Panel implements ActionListener
  32 {
  33   AlignViewport av;
  34
  35   AlignmentPanel ap;
  36
  37   Frame frame;
  38
  39   SearchResults searchResults;
  40
  41   int seqIndex = 0;
  42
  43   int resIndex = -1;
  44
  45   public Finder(final AlignmentPanel ap)
  46   {
  47     try
  48     {
  49       jbInit();
  50
  51     } catch (Exception e)
  52     {
  53       e.printStackTrace();
  54     }
  55
  56     this.av = ap.av;
  57     this.ap = ap;
  58     frame = new Frame();
  59     frame.add(this);
  60     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, MessageManager.getString("action.find"), 340, 120);
  61     frame.repaint();
  62     frame.addWindowListener(new WindowAdapter()
  63     {
  64       public void windowClosing(WindowEvent evt)
  65       {
  66         ap.highlightSearchResults(null);
  67       }
  68     });
  69     textfield.requestFocus();
  70   }
  71
  72   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
  73   {
  74     if (evt.getSource() == textfield)
  75     {
  76       doSearch(false);
  77     }
  78
  79     else if (evt.getSource() == findNext)
  80     {
  81       doSearch(false);
  82     }
  83
  84     else if (evt.getSource() == findAll)
  85     {
  86       resIndex = -1;
  87       seqIndex = 0;
  88       doSearch(true);
  89     }
  90     else if (evt.getSource() == createNewGroup)
  91     {
  92       createNewGroup_actionPerformed();
  93     }
  94   }
  95
  96   public void createNewGroup_actionPerformed()
  97   {
  98     SequenceI[] seqs = new SequenceI[searchResults.getSize()];
  99     SequenceFeature[] features = new SequenceFeature[searchResults
 100             .getSize()];
 101
 102     for (int i = 0; i < searchResults.getSize(); i++)
 103     {
 104       seqs[i] = searchResults.getResultSequence(i);
 105
 106       features[i] = new SequenceFeature(textfield.getText().trim(),
 107               "Search Results", null, searchResults.getResultStart(i),
 108               searchResults.getResultEnd(i), "Search Results");
 109     }
 110
 111     if (ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(seqs,
 112             features, true, ap))
 113     {
 114       ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState(true);
 115       av.showSequenceFeatures(true);
 116       ap.highlightSearchResults(null);
 117     }
 118   }
 119
 120   void doSearch(boolean findAll)
 121   {
 122     if (ap.av.applet.currentAlignFrame != null)
 123     {
 124       ap = ap.av.applet.currentAlignFrame.alignPanel;
 125       av = ap.av;
 126     }
 127     createNewGroup.setEnabled(false);
 128     jalview.analysis.Finder finder = new jalview.analysis.Finder(
 129             av.getAlignment(), av.getSelectionGroup(), seqIndex, resIndex);
 130     finder.setCaseSensitive(caseSensitive.getState());
 131     finder.setFindAll(findAll);
 132
 133     String searchString = textfield.getText();
 134
 135     finder.find(searchString);
 136     seqIndex = finder.getSeqIndex();
 137     resIndex = finder.getResIndex();
 138     searchResults = finder.getSearchResults();
 139     Vector idMatch = finder.getIdMatch();
 140     boolean haveResults = false;
 141     // set or reset the GUI
 142     if ((idMatch.size() > 0))
 143     {
 144       haveResults = true;
 145       ap.idPanel.highlightSearchResults(idMatch);
 146     }
 147     else
 148     {
 149       ap.idPanel.highlightSearchResults(null);
 150     }
 151
 152     if (searchResults.getSize() > 0)
 153     {
 154       haveResults = true;
 155       createNewGroup.setEnabled(true);
 156
 157     }
 158     else
 159     {
 160       searchResults = null;
 161     }
 162
 163     // if allResults is null, this effectively switches displaySearch flag in
 164     // seqCanvas
 165     ap.highlightSearchResults(searchResults);
 166     // TODO: add enablers for 'SelectSequences' or 'SelectColumns' or
 167     // 'SelectRegion' selection
 168     if (!haveResults)
 169     {
 170       ap.alignFrame.statusBar.setText(MessageManager.getString("label.finished_searching"));
 171       resIndex = -1;
 172       seqIndex = 0;
 173     }
 174     else
 175     {
 176       if (findAll)
 177       {
 178         String message = (idMatch.size() > 0) ? "" + idMatch.size()
 179                 + " IDs" : "";
 180         if (idMatch.size() > 0 && searchResults != null
 181                 && searchResults.getSize() > 0)
 182         {
 183           message += " and ";
 184         }
 185         if (searchResults != null)
 186         {
 187           message += searchResults.getSize() + " subsequence matches.";
 188         }
 189         ap.alignFrame.statusBar.setText(MessageManager.formatMessage("label.search_results", new String[] {searchString, message}));
 190
 191       }
 192       else
 193       {
 194         // TODO: indicate sequence and matching position in status bar
 195         ap.alignFrame.statusBar.setText(MessageManager.formatMessage("label.found_match_for", new String[]{searchString}));
 196       }
 197     }
 198   }
 199
 200   Label jLabel1 = new Label();
 201
 202   protected TextField textfield = new TextField();
 203
 204   protected Button findAll = new Button();
 205
 206   protected Button findNext = new Button();
 207
 208   Panel jPanel1 = new Panel();
 209
 210   GridLayout gridLayout1 = new GridLayout();
 211
 212   protected Button createNewGroup = new Button();
 213
 214   Checkbox caseSensitive = new Checkbox();
 215
 216   private void jbInit() throws Exception
 217   {
 218     jLabel1.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 219     jLabel1.setText(MessageManager.getString("action.find"));
 220     jLabel1.setBounds(new Rectangle(3, 30, 34, 15));
 221     this.setLayout(null);
 222     textfield.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 223     textfield.setText("");
 224     textfield.setBounds(new Rectangle(40, 27, 133, 21));
 225     textfield.addKeyListener(new java.awt.event.KeyAdapter()
 226     {
 227       public void keyTyped(KeyEvent e)
 228       {
 229         textfield_keyTyped(e);
 230       }
 231     });
 232     textfield.addActionListener(this);
 233     findAll.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 234     findAll.setLabel(MessageManager.getString("action.find_all"));
 235     findAll.addActionListener(this);
 236     findNext.setEnabled(false);
 237     findNext.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 238     findNext.setLabel(MessageManager.getString("action.find_next"));
 239     findNext.addActionListener(this);
 240     jPanel1.setBounds(new Rectangle(180, 5, 141, 64));
 241     jPanel1.setLayout(gridLayout1);
 242     gridLayout1.setHgap(0);
 243     gridLayout1.setRows(3);
 244     gridLayout1.setVgap(2);
 245     createNewGroup.setEnabled(false);
 246     createNewGroup.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 247     createNewGroup.setLabel(MessageManager.getString("label.new_feature"));
 248     createNewGroup.addActionListener(this);
 249     caseSensitive.setLabel(MessageManager.getString("label.match_case"));
 250     caseSensitive.setBounds(new Rectangle(40, 49, 126, 23));
 251     jPanel1.add(findNext, null);
 252     jPanel1.add(findAll, null);
 253     jPanel1.add(createNewGroup, null);
 254     this.add(caseSensitive);
 255     this.add(textfield, null);
 256     this.add(jLabel1, null);
 257     this.add(jPanel1, null);
 258   }
 259
 260   void textfield_keyTyped(KeyEvent e)
 261   {
 262     findNext.setEnabled(true);
 263   }
 264
 265 }