src/jalview/appletgui/Finder.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.*;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import java.awt.Rectangle;\r
  29 \r
  30 public class Finder extends Panel implements ActionListener\r
  31 {\r
  32   AlignViewport av;\r
  33   AlignmentPanel ap;\r
  34   Frame frame;\r
  35 \r
  36   SearchResults searchResults;\r
  37 \r
  38   int seqIndex = 0;\r
  39   int resIndex = 0;\r
  40   public Finder(final AlignmentPanel ap)\r
  41   {\r
  42     try\r
  43     {\r
  44       jbInit();\r
  45     }\r
  46     catch (Exception e)\r
  47     {\r
  48       e.printStackTrace();\r
  49     }\r
  50 \r
  51     this.av = ap.av;\r
  52     this.ap = ap;\r
  53     frame = new Frame();\r
  54     frame.add(this);\r
  55     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Find", 340, 120);\r
  56     frame.repaint();\r
  57     frame.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
  58     {\r
  59       public void windowClosing(WindowEvent evt)\r
  60       {\r
  61         ap.highlightSearchResults(null);\r
  62       }\r
  63     });\r
  64   }\r
  65 \r
  66   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
  67   {\r
  68     if (evt.getSource() == textfield)\r
  69       doSearch(false);\r
  70 \r
  71     else if (evt.getSource() == findNext)\r
  72       doSearch(false);\r
  73 \r
  74     else if (evt.getSource() == findAll)\r
  75     {\r
  76       resIndex = 0;\r
  77       seqIndex = 0;\r
  78       doSearch(true);\r
  79     }\r
  80     else if(evt.getSource() == createNewGroup)\r
  81       createNewGroup_actionPerformed();\r
  82   }\r
  83 \r
  84 \r
  85   public void createNewGroup_actionPerformed()\r
  86   {\r
  87 \r
  88     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, null);\r
  89     Dialog dialog = new Dialog(ap.alignFrame, "Enter New Feature Name", true);\r
  90     dialog.add(cap);\r
  91 \r
  92     cap.setText(textfield.getText());\r
  93 \r
  94     dialog.setBounds( frame.getLocation().x+frame.getSize().width+5,\r
  95                       frame.getLocation().y+20,300,100);\r
  96     dialog.show();\r
  97 \r
  98 \r
  99     String featureName = cap.getText().trim();\r
 100     if(featureName.length()<1)\r
 101       return;\r
 102 \r
 103 \r
 104     for (int i = 0; i < searchResults.getSize(); i ++ )\r
 105     {\r
 106         SequenceI seq = searchResults.getResultSequence(i);\r
 107 \r
 108         SequenceFeature sf = new SequenceFeature(featureName,\r
 109             null, null,\r
 110             searchResults.getResultStart(i),\r
 111            searchResults.getResultEnd(i), "Search Results");\r
 112 \r
 113         ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().addNewFeature(\r
 114             featureName, new Color(60,160,115));\r
 115         seq.addSequenceFeature(sf);\r
 116     }\r
 117 \r
 118     ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().findAllFeatures();\r
 119     ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState(true);\r
 120     av.showSequenceFeatures(true);\r
 121     ap.highlightSearchResults(null);\r
 122   }\r
 123 \r
 124   void doSearch(boolean findAll)\r
 125   {\r
 126     if(jalview.bin.JalviewLite.currentAlignFrame!=null)\r
 127     {\r
 128       ap = jalview.bin.JalviewLite.currentAlignFrame.alignPanel;\r
 129       av = ap.av;\r
 130     }\r
 131     createNewGroup.setEnabled(false);\r
 132 \r
 133     String searchString = textfield.getText();\r
 134     if(!caseSensitive.getState())\r
 135       searchString = searchString.toUpperCase();\r
 136 \r
 137     com.stevesoft.pat.Regex regex = new com.stevesoft.pat.Regex(searchString);\r
 138 \r
 139     searchResults = new SearchResults();\r
 140 \r
 141     Sequence seq;\r
 142     String item = null;\r
 143     boolean found = false;\r
 144 \r
 145     ////// is the searchString a residue number?\r
 146     try\r
 147     {\r
 148       int res = Integer.parseInt(searchString);\r
 149       found = true;\r
 150 \r
 151       if (av.getSelectionGroup() == null || av.getSelectionGroup().getSize(false) < 1)\r
 152       {\r
 153         seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(0);\r
 154       }\r
 155       else\r
 156       {\r
 157         seq = (Sequence) (av.getSelectionGroup().getSequenceAt(0));\r
 158       }\r
 159 \r
 160 \r
 161       searchResults.addResult(seq, res, res);\r
 162 \r
 163     }\r
 164     catch (NumberFormatException ex)\r
 165     {}\r
 166     ///////////////////////////////////////////////\r
 167 \r
 168 \r
 169     int end = av.alignment.getHeight();\r
 170 \r
 171     SequenceGroup selection = av.getSelectionGroup();\r
 172     if (selection != null)\r
 173     {\r
 174       if (selection.getSize(false) < 1 ||\r
 175           (selection.getEndRes() - selection.getStartRes() < 2))\r
 176       {\r
 177         selection = null;\r
 178       }\r
 179     }\r
 180 \r
 181     while (!found && seqIndex < end)\r
 182     {\r
 183 \r
 184       seq = (Sequence) av.alignment.getSequenceAt(seqIndex);\r
 185 \r
 186       if (selection != null && !selection.getSequences(false).contains(seq))\r
 187       {\r
 188         seqIndex++;\r
 189         resIndex = 0;\r
 190         continue;\r
 191       }\r
 192 \r
 193       item = seq.getSequence();\r
 194       if(!caseSensitive.getState())\r
 195         item = item.toUpperCase();\r
 196 \r
 197       if (selection != null && selection.getEndRes() < av.alignment.getWidth())\r
 198       {\r
 199         item = item.substring(0, selection.getEndRes() + 1);\r
 200       }\r
 201 \r
 202       ///Shall we ignore gaps????\r
 203       StringBuffer noGapsSB = new StringBuffer();\r
 204       int insertCount = 0;\r
 205       Vector spaces = new Vector();\r
 206 \r
 207       for (int j = 0; j < item.length(); j++)\r
 208       {\r
 209 \r
 210         if (!jalview.util.Comparison.isGap(item.charAt(j)))\r
 211         {\r
 212           noGapsSB.append(item.charAt(j));\r
 213           spaces.addElement(new Integer(insertCount));\r
 214         }\r
 215         else\r
 216         {\r
 217           insertCount++;\r
 218         }\r
 219       }\r
 220 \r
 221       String noGaps = noGapsSB.toString();\r
 222 \r
 223       for (int r = resIndex; r < noGaps.length(); r++)\r
 224       {\r
 225 \r
 226         if (regex.searchFrom(noGaps, r))\r
 227         {\r
 228           resIndex = regex.matchedFrom();\r
 229           if (selection != null &&\r
 230               (resIndex + Integer.parseInt(spaces.elementAt(resIndex).toString())) <\r
 231               selection.getStartRes())\r
 232           {\r
 233             continue;\r
 234           }\r
 235 \r
 236 \r
 237           int sres = seq.findPosition(resIndex +\r
 238                                       Integer.parseInt(spaces.\r
 239               elementAt(resIndex).toString()));\r
 240           int eres = seq.findPosition(regex.matchedTo() - 1 +\r
 241                                       Integer.parseInt(\r
 242                                       spaces.elementAt(regex.matchedTo() - 1).\r
 243                                       toString()));\r
 244 \r
 245           searchResults.addResult(seq, sres, eres);\r
 246 \r
 247           if (!findAll)\r
 248           {\r
 249             // thats enough, break and display the result\r
 250             found = true;\r
 251             resIndex++;\r
 252             break;\r
 253           }\r
 254 \r
 255           r = resIndex;\r
 256         }\r
 257         else\r
 258           break;\r
 259       }\r
 260       if (!found)\r
 261       {\r
 262         seqIndex++;\r
 263         resIndex = 0;\r
 264       }\r
 265     }\r
 266 \r
 267     Vector idMatch = new Vector();\r
 268     for (int id = 0; id < av.alignment.getHeight(); id++)\r
 269     {\r
 270       if (regex.search(av.alignment.getSequenceAt(id).getName()))\r
 271       {\r
 272         idMatch.addElement(av.alignment.getSequenceAt(id));\r
 273       }\r
 274     }\r
 275 \r
 276     if (searchResults.getSize() == 0 && idMatch.size() > 0)\r
 277     {\r
 278       ap.idPanel.highlightSearchResults(idMatch);\r
 279     }\r
 280 \r
 281     if (searchResults.getSize() > 0)\r
 282     {\r
 283       createNewGroup.setEnabled(true);\r
 284     }\r
 285     else\r
 286     {\r
 287       searchResults = null;\r
 288       resIndex = 0;\r
 289       seqIndex = 0;\r
 290     }\r
 291 \r
 292     // if allResults is null, this effectively switches displaySearch flag in seqCanvas\r
 293     ap.highlightSearchResults(searchResults);\r
 294 \r
 295     if (findAll)\r
 296     {\r
 297       String message = (searchResults==null?0 : searchResults.getSize()) + " matches found.";\r
 298       ap.alignFrame.statusBar.setText("Search results: "+searchString+" : "+message);\r
 299     }\r
 300 \r
 301   }\r
 302 \r
 303   Label jLabel1 = new Label();\r
 304   protected TextField textfield = new TextField();\r
 305   protected Button findAll = new Button();\r
 306   protected Button findNext = new Button();\r
 307   Panel jPanel1 = new Panel();\r
 308   GridLayout gridLayout1 = new GridLayout();\r
 309   protected Button createNewGroup = new Button();\r
 310   Checkbox caseSensitive = new Checkbox();\r
 311 \r
 312   private void jbInit() throws Exception {\r
 313       jLabel1.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));\r
 314       jLabel1.setText("Find");\r
 315       jLabel1.setBounds(new Rectangle(3, 30, 34, 15));\r
 316       this.setLayout(null);\r
 317       textfield.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));\r
 318       textfield.setText("");\r
 319       textfield.setBounds(new Rectangle(40, 27, 133, 21));\r
 320       textfield.addKeyListener(new java.awt.event.KeyAdapter() {\r
 321               public void keyTyped(KeyEvent e) {\r
 322                   textfield_keyTyped(e);\r
 323               }\r
 324           });\r
 325       textfield.addActionListener(this);\r
 326       findAll.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));\r
 327       findAll.setLabel("Find all");\r
 328       findAll.addActionListener(this);\r
 329       findNext.setEnabled(false);\r
 330       findNext.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));\r
 331       findNext.setLabel("Find Next");\r
 332       findNext.addActionListener(this);\r
 333       jPanel1.setBounds(new Rectangle(180, 5, 141, 64));\r
 334       jPanel1.setLayout(gridLayout1);\r
 335       gridLayout1.setHgap(0);\r
 336       gridLayout1.setRows(3);\r
 337       gridLayout1.setVgap(2);\r
 338       createNewGroup.setEnabled(false);\r
 339       createNewGroup.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));\r
 340       createNewGroup.setLabel("New Feature");\r
 341       createNewGroup.addActionListener(this);\r
 342     caseSensitive.setLabel("Match Case");\r
 343     caseSensitive.setBounds(new Rectangle(40, 49, 126, 23));\r
 344     jPanel1.add(findNext, null);\r
 345       jPanel1.add(findAll, null);\r
 346       jPanel1.add(createNewGroup, null);\r
 347     this.add(caseSensitive);\r
 348     this.add(textfield, null);\r
 349       this.add(jLabel1, null);\r
 350       this.add(jPanel1, null);\r
 351   }\r
 352 \r
 353   void textfield_keyTyped(KeyEvent e) {\r
 354       findNext.setEnabled(true);\r
 355   }\r
 356 \r
 357 }\r