src/jalview/appletgui/Finder.java

   1 package jalview.appletgui;\r
   2 \r
   3 import jalview.jbappletgui.GFinder;\r
   4 import jalview.datamodel.*;\r
   5 import java.awt.event.*;\r
   6 import java.util.*;\r
   7 import java.awt.*;\r
   8 \r
   9 public class Finder extends GFinder\r
  10 {\r
  11   AlignViewport av;\r
  12   AlignmentPanel ap;\r
  13   Frame frame;\r
  14   SuperGroup searchGroup;\r
  15   Vector searchResults;\r
  16 \r
  17   int seqIndex = 0;\r
  18   int resIndex = 0;\r
  19   public Finder(final AlignmentPanel ap)\r
  20   {\r
  21     this.av = ap.av;\r
  22     this.ap = ap;\r
  23     frame = new Frame();\r
  24     frame.add(this);\r
  25     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Find", 340,120);\r
  26     frame.repaint();\r
  27     frame.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
  28         {public void windowClosing(WindowEvent evt)\r
  29               { ap.highlightSearchResults( null ); }\r
  30         });\r
  31   }\r
  32 \r
  33   public void textfield_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  34   {\r
  35     doSearch(false);\r
  36   }\r
  37 \r
  38   public void findNext_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  39   {\r
  40     doSearch(false);\r
  41   }\r
  42 \r
  43   public void findAll_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  44   {\r
  45     resIndex=0;\r
  46     seqIndex=0;\r
  47     doSearch(true);\r
  48   }\r
  49 \r
  50   public void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  51   {\r
  52     try{\r
  53       // if allResults is null, this effectively switches displaySearch flag in seqCanvas\r
  54       ap.highlightSearchResults( null );\r
  55       ap.idPanel.highlightSearchResults( null );\r
  56      // frame.setClosed(true);\r
  57     }catch(Exception ex){ }\r
  58   }\r
  59 \r
  60 \r
  61   public void createNewGroup_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  62   {\r
  63     jalview.schemes.UserColourScheme ucs = new jalview.schemes.UserColourScheme();\r
  64    Color [] newColors = new Color[24];\r
  65    for(int i=0; i<24; i++)\r
  66      newColors[i] = new Color(60,160,115);\r
  67 \r
  68    ucs.setColourScheme(newColors);\r
  69    String searchString = textfield.getText();\r
  70 \r
  71    searchGroup = new SuperGroup(searchString, ucs , true, true, false);\r
  72 \r
  73 \r
  74     for(int i=0; i<searchResults.size(); i+=3)\r
  75     {\r
  76       // its possible edits may have occurred since search was performed\r
  77       // account for this here\r
  78 \r
  79       SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt( Integer.parseInt(searchResults.elementAt(i).toString()) );\r
  80       int startRes = seq.findIndex( Integer.parseInt(searchResults.elementAt(i+1).toString()) )-1;\r
  81       int endRes = seq.findIndex(   Integer.parseInt(searchResults.elementAt(i+2).toString()) )-1;\r
  82 \r
  83       SequenceGroup sg = new SequenceGroup(searchString, ucs, true, true, false, startRes , endRes  );\r
  84       sg.addSequence(seq);\r
  85       av.alignment.addGroup(sg);\r
  86       searchGroup.addGroup( sg );\r
  87 \r
  88     }\r
  89 \r
  90     ap.av.alignment.addSuperGroup(searchGroup);\r
  91     ap.highlightSearchResults( null );\r
  92   }\r
  93 \r
  94 \r
  95   void doSearch(boolean findAll)\r
  96   {\r
  97     createNewGroup.setEnabled(false);\r
  98 \r
  99     String searchString = textfield.getText().toUpperCase();\r
 100 \r
 101     com.stevesoft.pat.Regex regex = new  com.stevesoft.pat.Regex(searchString);\r
 102 \r
 103     searchResults = new Vector();\r
 104     int [] allResults = null;\r
 105 \r
 106     Sequence seq;\r
 107     String item=null;\r
 108     boolean found = false;\r
 109 \r
 110     ////// is the searchString a residue number?\r
 111     try{\r
 112       int res = Integer.parseInt(searchString);\r
 113       found = true;\r
 114 \r
 115       if(av.getSelectionGroup().getSize()>0)\r
 116         seq = (Sequence)(av.getSelectionGroup().getSequenceAt(0));\r
 117       else\r
 118         seq = (Sequence)av.getAlignment().getSequenceAt(0);\r
 119 \r
 120       searchResults.addElement( Integer.toString( av.getAlignment().findIndex(seq) ) );\r
 121       searchResults.addElement( Integer.toString( seq.findIndex(res)-1 ) );\r
 122       searchResults.addElement( Integer.toString( seq.findIndex(res)-1 ) );\r
 123 \r
 124     }catch(NumberFormatException ex){}\r
 125     ///////////////////////////////////////////////\r
 126 \r
 127 \r
 128     int end = av.alignment.getHeight();\r
 129 \r
 130     SequenceGroup selection = av.getSelectionGroup();\r
 131     if(selection!=null)\r
 132      if(selection.getSize()<1 || (selection.getEndRes()-selection.getStartRes()<2))\r
 133       selection = null;\r
 134 \r
 135     while( !found && seqIndex<end)\r
 136     {\r
 137       seq = (Sequence)av.alignment.getSequenceAt(seqIndex);\r
 138 \r
 139 \r
 140       if(selection!=null && !selection.sequences.contains(seq))\r
 141       {\r
 142         seqIndex++;\r
 143         resIndex=0;\r
 144         continue;\r
 145       }\r
 146 \r
 147       item = seq.getSequence().toUpperCase();\r
 148 \r
 149       if(selection!=null && selection.getEndRes()<av.alignment.getWidth())\r
 150           item = item.substring(0, selection.getEndRes()+1);\r
 151 \r
 152       ///Shall we ignore gaps????\r
 153       StringBuffer noGaps = new StringBuffer();\r
 154       int insertCount=0;\r
 155       Vector spaces = new Vector();\r
 156 \r
 157       for (int j=0; j < item.length(); j++)\r
 158       {\r
 159 \r
 160         if(!jalview.util.Comparison.isGap(item.charAt(j)))\r
 161          {\r
 162            noGaps.append(item.charAt(j));\r
 163            spaces.addElement(new Integer(insertCount));\r
 164          }\r
 165         else\r
 166            insertCount++;\r
 167       }\r
 168 \r
 169 \r
 170 \r
 171       for(int r = resIndex; r<noGaps.length(); r++)\r
 172       {\r
 173 \r
 174        if( regex.searchFrom( noGaps.toString(), r ) )\r
 175        {\r
 176          resIndex = regex.matchedFrom();\r
 177          if(selection!=null && ( resIndex+ Integer.parseInt(spaces.elementAt(resIndex).toString()) )<selection.getStartRes())\r
 178            continue;\r
 179 \r
 180          searchResults.addElement( Integer.toString( seqIndex) );\r
 181          int sres = seq.findPosition( resIndex+ Integer.parseInt(spaces.elementAt(resIndex).toString()) );\r
 182          int eres = seq.findPosition( regex.matchedTo()-1 + Integer.parseInt(spaces.elementAt(regex.matchedTo()-1).toString()) );\r
 183           searchResults.addElement( sres+"" );\r
 184           searchResults.addElement( eres+"" );\r
 185 \r
 186 \r
 187          if(!findAll)\r
 188          {\r
 189            // thats enough, break and display the result\r
 190            found = true;\r
 191            resIndex++;\r
 192            break;\r
 193          }\r
 194 \r
 195          r=resIndex;\r
 196        }\r
 197       }\r
 198       if(!found)\r
 199       {\r
 200         seqIndex++;\r
 201         resIndex = 0;\r
 202       }\r
 203     }\r
 204 \r
 205 \r
 206     Vector idMatch = new Vector();\r
 207     for(int id = 0; id<av.alignment.getHeight(); id++)\r
 208     {\r
 209       if(   regex.search( av.alignment.getSequenceAt(id).getName() ) )\r
 210         idMatch.addElement( av.alignment.getSequenceAt(id) );\r
 211     }\r
 212 \r
 213     if(searchResults.size()==0 && idMatch.size()>0)\r
 214       ap.idPanel.highlightSearchResults( idMatch );\r
 215 \r
 216 \r
 217     if(searchResults.size()>0)\r
 218     {\r
 219       allResults = new int[searchResults.size()];\r
 220       for(int i=0; i<searchResults.size(); i++)\r
 221         allResults[i] = Integer.parseInt(searchResults.elementAt(i).toString());\r
 222 \r
 223       createNewGroup.setEnabled(true);\r
 224     }\r
 225     else\r
 226     {\r
 227       resIndex=0;\r
 228       seqIndex=0;\r
 229     }\r
 230 \r
 231     // if allResults is null, this effectively switches displaySearch flag in seqCanvas\r
 232     ap.highlightSearchResults( allResults );\r
 233 \r
 234     if (findAll)\r
 235     {\r
 236       String message =  (searchResults.size()/3) + " matches found.";\r
 237       System.out.println(message);\r
 238     }\r
 239 \r
 240   }\r
 241 \r
 242 }\r