src/jalview/appletgui/Finder.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.*;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 \r
  29 public class Finder extends Panel\r
  30 {\r
  31   AlignViewport av;\r
  32   AlignmentPanel ap;\r
  33   Frame frame;\r
  34   SuperGroup searchGroup;\r
  35   Vector searchResults;\r
  36 \r
  37   int seqIndex = 0;\r
  38   int resIndex = 0;\r
  39   public Finder(final AlignmentPanel ap)\r
  40   {\r
  41     try\r
  42     {\r
  43       jbInit();\r
  44     }\r
  45     catch (Exception e)\r
  46     {\r
  47       e.printStackTrace();\r
  48     }\r
  49 \r
  50     this.av = ap.av;\r
  51     this.ap = ap;\r
  52     frame = new Frame();\r
  53     frame.add(this);\r
  54     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Find", 340, 120);\r
  55     frame.repaint();\r
  56     frame.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
  57     {\r
  58       public void windowClosing(WindowEvent evt)\r
  59       {\r
  60         ap.highlightSearchResults(null);\r
  61       }\r
  62     });\r
  63   }\r
  64 \r
  65   public void textfield_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  66   {\r
  67     doSearch(false);\r
  68   }\r
  69 \r
  70   public void findNext_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  71   {\r
  72     doSearch(false);\r
  73   }\r
  74 \r
  75   public void findAll_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  76   {\r
  77     resIndex = 0;\r
  78     seqIndex = 0;\r
  79     doSearch(true);\r
  80   }\r
  81 \r
  82   public void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  83   {\r
  84     try\r
  85     {\r
  86       // if allResults is null, this effectively switches displaySearch flag in seqCanvas\r
  87       ap.highlightSearchResults(null);\r
  88       ap.idPanel.highlightSearchResults(null);\r
  89       // frame.setClosed(true);\r
  90     }\r
  91     catch (Exception ex)\r
  92     {}\r
  93   }\r
  94 \r
  95   public void createNewGroup_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  96   {\r
  97     Color[] newColors = new Color[24];\r
  98     for (int i = 0; i < 24; i++)\r
  99     {\r
 100       newColors[i] = new Color(60, 160, 115);\r
 101     }\r
 102 \r
 103     jalview.schemes.UserColourScheme ucs = new jalview.schemes.UserColourScheme(\r
 104         newColors);\r
 105     String searchString = textfield.getText();\r
 106 \r
 107     searchGroup = new SuperGroup(searchString, ucs, true, true, false);\r
 108 \r
 109     for (int i = 0; i < searchResults.size(); i += 3)\r
 110     {\r
 111       // its possible edits may have occurred since search was performed\r
 112       // account for this here\r
 113 \r
 114       SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(Integer.parseInt(searchResults.\r
 115           elementAt(i).toString()));\r
 116       int startRes = seq.findIndex(Integer.parseInt(searchResults.elementAt(i +\r
 117           1).toString())) - 1;\r
 118       int endRes = seq.findIndex(Integer.parseInt(searchResults.elementAt(i + 2).\r
 119                                                   toString())) - 1;\r
 120 \r
 121       SequenceGroup sg = new SequenceGroup(searchString, ucs, true, true, false,\r
 122                                            startRes, endRes);\r
 123       sg.addSequence(seq, false);\r
 124       av.alignment.addGroup(sg);\r
 125       searchGroup.addGroup(sg);\r
 126 \r
 127     }\r
 128 \r
 129     ap.av.alignment.addSuperGroup(searchGroup);\r
 130     ap.highlightSearchResults(null);\r
 131   }\r
 132 \r
 133   void doSearch(boolean findAll)\r
 134   {\r
 135     createNewGroup.setEnabled(false);\r
 136 \r
 137     String searchString = textfield.getText().toUpperCase();\r
 138 \r
 139     com.stevesoft.pat.Regex regex = new com.stevesoft.pat.Regex(searchString);\r
 140 \r
 141     searchResults = new Vector();\r
 142     int[] allResults = null;\r
 143 \r
 144     Sequence seq;\r
 145     String item = null;\r
 146     boolean found = false;\r
 147 \r
 148     ////// is the searchString a residue number?\r
 149     try\r
 150     {\r
 151       int res = Integer.parseInt(searchString);\r
 152       found = true;\r
 153 \r
 154       if (av.getSelectionGroup() == null || av.getSelectionGroup().getSize() < 1)\r
 155       {\r
 156         seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(0);\r
 157       }\r
 158       else\r
 159       {\r
 160         seq = (Sequence) (av.getSelectionGroup().getSequenceAt(0));\r
 161       }\r
 162 \r
 163       searchResults.addElement(Integer.toString(av.getAlignment().findIndex(seq)));\r
 164       searchResults.addElement(String.valueOf(res));\r
 165       searchResults.addElement(String.valueOf(res));\r
 166 \r
 167     }\r
 168     catch (NumberFormatException ex)\r
 169     {}\r
 170     ///////////////////////////////////////////////\r
 171 \r
 172 \r
 173     int end = av.alignment.getHeight();\r
 174 \r
 175     SequenceGroup selection = av.getSelectionGroup();\r
 176     if (selection != null)\r
 177     {\r
 178       if (selection.getSize() < 1 ||\r
 179           (selection.getEndRes() - selection.getStartRes() < 2))\r
 180       {\r
 181         selection = null;\r
 182       }\r
 183     }\r
 184 \r
 185     while (!found && seqIndex < end)\r
 186     {\r
 187       seq = (Sequence) av.alignment.getSequenceAt(seqIndex);\r
 188 \r
 189       if (selection != null && !selection.sequences.contains(seq))\r
 190       {\r
 191         seqIndex++;\r
 192         resIndex = 0;\r
 193         continue;\r
 194       }\r
 195 \r
 196       item = seq.getSequence().toUpperCase();\r
 197 \r
 198       if (selection != null && selection.getEndRes() < av.alignment.getWidth())\r
 199       {\r
 200         item = item.substring(0, selection.getEndRes() + 1);\r
 201       }\r
 202 \r
 203       ///Shall we ignore gaps????\r
 204       StringBuffer noGaps = new StringBuffer();\r
 205       int insertCount = 0;\r
 206       Vector spaces = new Vector();\r
 207 \r
 208       for (int j = 0; j < item.length(); j++)\r
 209       {\r
 210 \r
 211         if (!jalview.util.Comparison.isGap(item.charAt(j)))\r
 212         {\r
 213           noGaps.append(item.charAt(j));\r
 214           spaces.addElement(new Integer(insertCount));\r
 215         }\r
 216         else\r
 217         {\r
 218           insertCount++;\r
 219         }\r
 220       }\r
 221 \r
 222       for (int r = resIndex; r < noGaps.length(); r++)\r
 223       {\r
 224 \r
 225         if (regex.searchFrom(noGaps.toString(), r))\r
 226         {\r
 227           resIndex = regex.matchedFrom();\r
 228           if (selection != null &&\r
 229               (resIndex + Integer.parseInt(spaces.elementAt(resIndex).toString())) <\r
 230               selection.getStartRes())\r
 231           {\r
 232             continue;\r
 233           }\r
 234 \r
 235           searchResults.addElement(Integer.toString(seqIndex));\r
 236           int sres = seq.findPosition(resIndex +\r
 237                                       Integer.parseInt(spaces.\r
 238               elementAt(resIndex).toString()));\r
 239           int eres = seq.findPosition(regex.matchedTo() - 1 +\r
 240                                       Integer.parseInt(\r
 241                                       spaces.elementAt(regex.matchedTo() - 1).\r
 242                                       toString()));\r
 243           searchResults.addElement(sres + "");\r
 244           searchResults.addElement(eres + "");\r
 245 \r
 246           if (!findAll)\r
 247           {\r
 248             // thats enough, break and display the result\r
 249             found = true;\r
 250             resIndex++;\r
 251             break;\r
 252           }\r
 253 \r
 254           r = resIndex;\r
 255         }\r
 256         else\r
 257           break;\r
 258       }\r
 259       if (!found)\r
 260       {\r
 261         seqIndex++;\r
 262         resIndex = 0;\r
 263       }\r
 264     }\r
 265 \r
 266     Vector idMatch = new Vector();\r
 267     for (int id = 0; id < av.alignment.getHeight(); id++)\r
 268     {\r
 269       if (regex.search(av.alignment.getSequenceAt(id).getName()))\r
 270       {\r
 271         idMatch.addElement(av.alignment.getSequenceAt(id));\r
 272       }\r
 273     }\r
 274 \r
 275     if (searchResults.size() == 0 && idMatch.size() > 0)\r
 276     {\r
 277       ap.idPanel.highlightSearchResults(idMatch);\r
 278     }\r
 279 \r
 280     if (searchResults.size() > 0)\r
 281     {\r
 282       allResults = new int[searchResults.size()];\r
 283       for (int i = 0; i < searchResults.size(); i++)\r
 284       {\r
 285         allResults[i] = Integer.parseInt(searchResults.elementAt(i).toString());\r
 286       }\r
 287 \r
 288       createNewGroup.setEnabled(true);\r
 289     }\r
 290     else\r
 291     {\r
 292       resIndex = 0;\r
 293       seqIndex = 0;\r
 294     }\r
 295 \r
 296     // if allResults is null, this effectively switches displaySearch flag in seqCanvas\r
 297     ap.highlightSearchResults(allResults);\r
 298 \r
 299     if (findAll)\r
 300     {\r
 301       String message = (searchResults.size() / 3) + " matches found.";\r
 302       System.out.println(message);\r
 303     }\r
 304 \r
 305   }\r
 306 \r
 307   Label jLabel1 = new Label();\r
 308   protected TextField textfield = new TextField();\r
 309   protected Button findAll = new Button();\r
 310   protected Button findNext = new Button();\r
 311   Panel jPanel1 = new Panel();\r
 312   GridLayout gridLayout1 = new GridLayout();\r
 313   protected Button createNewGroup = new Button();\r
 314 \r
 315 \r
 316   private void jbInit() throws Exception {\r
 317       jLabel1.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));\r
 318       jLabel1.setText("Find");\r
 319       jLabel1.setBounds(new Rectangle(3, 30, 34, 15));\r
 320       this.setLayout(null);\r
 321       textfield.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));\r
 322       textfield.setText("");\r
 323       textfield.setBounds(new Rectangle(40, 27, 133, 21));\r
 324       textfield.addKeyListener(new java.awt.event.KeyAdapter() {\r
 325               public void keyTyped(KeyEvent e) {\r
 326                   textfield_keyTyped(e);\r
 327               }\r
 328           });\r
 329       textfield.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener() {\r
 330               public void actionPerformed(ActionEvent e) {\r
 331                   textfield_actionPerformed(e);\r
 332               }\r
 333           });\r
 334       findAll.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));\r
 335       findAll.setLabel("Find all");\r
 336       findAll.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener() {\r
 337               public void actionPerformed(ActionEvent e) {\r
 338                   findAll_actionPerformed(e);\r
 339               }\r
 340           });\r
 341       findNext.setEnabled(false);\r
 342       findNext.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));\r
 343       findNext.setLabel("Find Next");\r
 344       findNext.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener() {\r
 345               public void actionPerformed(ActionEvent e) {\r
 346                   findNext_actionPerformed(e);\r
 347               }\r
 348           });\r
 349       jPanel1.setBounds(new Rectangle(180, 5, 141, 64));\r
 350       jPanel1.setLayout(gridLayout1);\r
 351       gridLayout1.setHgap(0);\r
 352       gridLayout1.setRows(3);\r
 353       gridLayout1.setVgap(2);\r
 354       createNewGroup.setEnabled(false);\r
 355       createNewGroup.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));\r
 356       createNewGroup.setLabel("Create new group");\r
 357       createNewGroup.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener() {\r
 358               public void actionPerformed(ActionEvent e) {\r
 359                   createNewGroup_actionPerformed(e);\r
 360               }\r
 361           });\r
 362       jPanel1.add(findNext, null);\r
 363       jPanel1.add(findAll, null);\r
 364       jPanel1.add(createNewGroup, null);\r
 365       this.add(textfield, null);\r
 366       this.add(jLabel1, null);\r
 367       this.add(jPanel1, null);\r
 368   }\r
 369 \r
 370   void textfield_keyTyped(KeyEvent e) {\r
 371       findNext.setEnabled(true);\r
 372   }\r
 373 \r
 374 }\r