src/jalview/appletgui/Finder.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19
  20 package jalview.appletgui;
  21
  22 import java.util.*;
  23
  24 import java.awt.*;
  25 import java.awt.event.*;
  26
  27 import jalview.datamodel.*;
  28 import java.awt.Rectangle;
  29
  30 public class Finder extends Panel implements ActionListener
  31 {
  32   AlignViewport av;
  33   AlignmentPanel ap;
  34   Frame frame;
  35
  36   SearchResults searchResults;
  37
  38   int seqIndex = 0;
  39   int resIndex = 0;
  40   public Finder(final AlignmentPanel ap)
  41   {
  42     try
  43     {
  44       jbInit();
  45     }
  46     catch (Exception e)
  47     {
  48       e.printStackTrace();
  49     }
  50
  51     this.av = ap.av;
  52     this.ap = ap;
  53     frame = new Frame();
  54     frame.add(this);
  55     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Find", 340, 120);
  56     frame.repaint();
  57     frame.addWindowListener(new WindowAdapter()
  58     {
  59       public void windowClosing(WindowEvent evt)
  60       {
  61         ap.highlightSearchResults(null);
  62       }
  63     });
  64   }
  65
  66   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
  67   {
  68     if (evt.getSource() == textfield)
  69       doSearch(false);
  70
  71     else if (evt.getSource() == findNext)
  72       doSearch(false);
  73
  74     else if (evt.getSource() == findAll)
  75     {
  76       resIndex = 0;
  77       seqIndex = 0;
  78       doSearch(true);
  79     }
  80     else if(evt.getSource() == createNewGroup)
  81       createNewGroup_actionPerformed();
  82   }
  83
  84
  85   public void createNewGroup_actionPerformed()
  86   {
  87
  88     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, null);
  89     cap.accept.setLabel("Accept");
  90     Dialog dialog = new Dialog(ap.alignFrame, "Enter New Feature Name", true);
  91     dialog.add(cap);
  92
  93     cap.setText(textfield.getText());
  94
  95     dialog.setBounds( frame.getLocation().x+frame.getSize().width+5,
  96                       frame.getLocation().y+20,300,100);
  97     dialog.show();
  98
  99
 100     String featureName = cap.getText().trim();
 101     if(featureName.length()<1)
 102       return;
 103
 104
 105     for (int i = 0; i < searchResults.getSize(); i ++ )
 106     {
 107         SequenceI seq = searchResults.getResultSequence(i);
 108
 109         SequenceFeature sf = new SequenceFeature(featureName,
 110             null, null,
 111             searchResults.getResultStart(i),
 112            searchResults.getResultEnd(i), "Search Results");
 113
 114         ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().addNewFeature(
 115             featureName, new Color(60,160,115));
 116         seq.addSequenceFeature(sf);
 117     }
 118
 119     ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().findAllFeatures();
 120     ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState(true);
 121     av.showSequenceFeatures(true);
 122     ap.highlightSearchResults(null);
 123   }
 124
 125   void doSearch(boolean findAll)
 126   {
 127     if(jalview.bin.JalviewLite.currentAlignFrame!=null)
 128     {
 129       ap = jalview.bin.JalviewLite.currentAlignFrame.alignPanel;
 130       av = ap.av;
 131     }
 132     createNewGroup.setEnabled(false);
 133     jalview.analysis.Finder finder=new jalview.analysis.Finder(av.getAlignment(), av.getSelectionGroup(), seqIndex, resIndex);
 134     finder.setCaseSensitive(caseSensitive.getState());
 135     finder.setFindAll(findAll);
 136
 137     String searchString = textfield.getText();
 138
 139     finder.find(searchString);
 140     seqIndex=finder.getSeqIndex();
 141     resIndex=finder.getResIndex();
 142     searchResults = finder.getSearchResults();
 143     Vector idMatch = finder.getIdMatch();
 144
 145     if (searchResults.getSize() == 0 && idMatch.size() > 0)
 146     {
 147       ap.idPanel.highlightSearchResults(idMatch);
 148     }
 149
 150     if (searchResults.getSize() > 0)
 151     {
 152       createNewGroup.setEnabled(true);
 153
 154     }
 155     else
 156     {
 157       searchResults = null;
 158       resIndex = 0;
 159       seqIndex = 0;
 160     }
 161
 162     // if allResults is null, this effectively switches displaySearch flag in seqCanvas
 163     ap.highlightSearchResults(searchResults);
 164
 165     if (findAll)
 166     {
 167       String message = (searchResults==null?0 : searchResults.getSize()) + " matches found.";
 168       ap.alignFrame.statusBar.setText("Search results: "+searchString+" : "+message);
 169     }
 170
 171   }
 172
 173   Label jLabel1 = new Label();
 174   protected TextField textfield = new TextField();
 175   protected Button findAll = new Button();
 176   protected Button findNext = new Button();
 177   Panel jPanel1 = new Panel();
 178   GridLayout gridLayout1 = new GridLayout();
 179   protected Button createNewGroup = new Button();
 180   Checkbox caseSensitive = new Checkbox();
 181
 182   private void jbInit() throws Exception {
 183       jLabel1.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 184       jLabel1.setText("Find");
 185       jLabel1.setBounds(new Rectangle(3, 30, 34, 15));
 186       this.setLayout(null);
 187       textfield.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 188       textfield.setText("");
 189       textfield.setBounds(new Rectangle(40, 27, 133, 21));
 190       textfield.addKeyListener(new java.awt.event.KeyAdapter() {
 191               public void keyTyped(KeyEvent e) {
 192                   textfield_keyTyped(e);
 193               }
 194           });
 195       textfield.addActionListener(this);
 196       findAll.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 197       findAll.setLabel("Find all");
 198       findAll.addActionListener(this);
 199       findNext.setEnabled(false);
 200       findNext.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 201       findNext.setLabel("Find Next");
 202       findNext.addActionListener(this);
 203       jPanel1.setBounds(new Rectangle(180, 5, 141, 64));
 204       jPanel1.setLayout(gridLayout1);
 205       gridLayout1.setHgap(0);
 206       gridLayout1.setRows(3);
 207       gridLayout1.setVgap(2);
 208       createNewGroup.setEnabled(false);
 209       createNewGroup.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 210       createNewGroup.setLabel("New Feature");
 211       createNewGroup.addActionListener(this);
 212     caseSensitive.setLabel("Match Case");
 213     caseSensitive.setBounds(new Rectangle(40, 49, 126, 23));
 214     jPanel1.add(findNext, null);
 215       jPanel1.add(findAll, null);
 216       jPanel1.add(createNewGroup, null);
 217     this.add(caseSensitive);
 218     this.add(textfield, null);
 219       this.add(jLabel1, null);
 220       this.add(jPanel1, null);
 221   }
 222
 223   void textfield_keyTyped(KeyEvent e) {
 224       findNext.setEnabled(true);
 225   }
 226
 227 }