src/jalview/appletgui/Finder.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.*;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 \r
  29 public class Finder extends Panel implements ActionListener\r
  30 {\r
  31   AlignViewport av;\r
  32   AlignmentPanel ap;\r
  33   Frame frame;\r
  34 \r
  35   SearchResults searchResults;\r
  36 \r
  37   int seqIndex = 0;\r
  38   int resIndex = 0;\r
  39   public Finder(final AlignmentPanel ap)\r
  40   {\r
  41     try\r
  42     {\r
  43       jbInit();\r
  44     }\r
  45     catch (Exception e)\r
  46     {\r
  47       e.printStackTrace();\r
  48     }\r
  49 \r
  50     this.av = ap.av;\r
  51     this.ap = ap;\r
  52     frame = new Frame();\r
  53     frame.add(this);\r
  54     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Find", 340, 120);\r
  55     frame.repaint();\r
  56     frame.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
  57     {\r
  58       public void windowClosing(WindowEvent evt)\r
  59       {\r
  60         ap.highlightSearchResults(null);\r
  61       }\r
  62     });\r
  63   }\r
  64 \r
  65   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
  66   {\r
  67     if (evt.getSource() == textfield)\r
  68       doSearch(false);\r
  69 \r
  70     else if (evt.getSource() == findNext)\r
  71       doSearch(false);\r
  72 \r
  73     else if (evt.getSource() == findAll)\r
  74     {\r
  75       resIndex = 0;\r
  76       seqIndex = 0;\r
  77       doSearch(true);\r
  78     }\r
  79     else if(evt.getSource() == createNewGroup)\r
  80       createNewGroup_actionPerformed();\r
  81   }\r
  82 \r
  83 \r
  84   public void createNewGroup_actionPerformed()\r
  85   {\r
  86 \r
  87     for (int i = 0; i < searchResults.getSize(); i ++ )\r
  88     {\r
  89         SequenceI seq = searchResults.getResultSequence(i);\r
  90 \r
  91         SequenceFeature sf = new SequenceFeature(textfield.getText(),\r
  92             "Search Results", null,\r
  93             searchResults.getResultStart(i),\r
  94            searchResults.getResultEnd(i));\r
  95 \r
  96         ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().addNewFeature(\r
  97             textfield.getText(), new Color(60,160,115));\r
  98         seq.addSequenceFeature(sf);\r
  99     }\r
 100 \r
 101     ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState(true);\r
 102     av.showSequenceFeatures(true);\r
 103     ap.highlightSearchResults(null);\r
 104   }\r
 105 \r
 106   void doSearch(boolean findAll)\r
 107   {\r
 108     createNewGroup.setEnabled(false);\r
 109 \r
 110     String searchString = textfield.getText().toUpperCase();\r
 111 \r
 112     com.stevesoft.pat.Regex regex = new com.stevesoft.pat.Regex(searchString);\r
 113 \r
 114     searchResults = new SearchResults();\r
 115 \r
 116     Sequence seq;\r
 117     String item = null;\r
 118     boolean found = false;\r
 119 \r
 120     ////// is the searchString a residue number?\r
 121     try\r
 122     {\r
 123       int res = Integer.parseInt(searchString);\r
 124       found = true;\r
 125 \r
 126       if (av.getSelectionGroup() == null || av.getSelectionGroup().getSize() < 1)\r
 127       {\r
 128         seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(0);\r
 129       }\r
 130       else\r
 131       {\r
 132         seq = (Sequence) (av.getSelectionGroup().getSequenceAt(0));\r
 133       }\r
 134 \r
 135 \r
 136       searchResults.addResult(seq, res, res);\r
 137 \r
 138     }\r
 139     catch (NumberFormatException ex)\r
 140     {}\r
 141     ///////////////////////////////////////////////\r
 142 \r
 143 \r
 144     int end = av.alignment.getHeight();\r
 145 \r
 146     SequenceGroup selection = av.getSelectionGroup();\r
 147     if (selection != null)\r
 148     {\r
 149       if (selection.getSize() < 1 ||\r
 150           (selection.getEndRes() - selection.getStartRes() < 2))\r
 151       {\r
 152         selection = null;\r
 153       }\r
 154     }\r
 155 \r
 156     while (!found && seqIndex < end)\r
 157     {\r
 158       seq = (Sequence) av.alignment.getSequenceAt(seqIndex);\r
 159 \r
 160       if (selection != null && !selection.sequences.contains(seq))\r
 161       {\r
 162         seqIndex++;\r
 163         resIndex = 0;\r
 164         continue;\r
 165       }\r
 166 \r
 167       item = seq.getSequence().toUpperCase();\r
 168 \r
 169       if (selection != null && selection.getEndRes() < av.alignment.getWidth())\r
 170       {\r
 171         item = item.substring(0, selection.getEndRes() + 1);\r
 172       }\r
 173 \r
 174       ///Shall we ignore gaps????\r
 175       StringBuffer noGaps = new StringBuffer();\r
 176       int insertCount = 0;\r
 177       Vector spaces = new Vector();\r
 178 \r
 179       for (int j = 0; j < item.length(); j++)\r
 180       {\r
 181 \r
 182         if (!jalview.util.Comparison.isGap(item.charAt(j)))\r
 183         {\r
 184           noGaps.append(item.charAt(j));\r
 185           spaces.addElement(new Integer(insertCount));\r
 186         }\r
 187         else\r
 188         {\r
 189           insertCount++;\r
 190         }\r
 191       }\r
 192 \r
 193       for (int r = resIndex; r < noGaps.length(); r++)\r
 194       {\r
 195 \r
 196         if (regex.searchFrom(noGaps.toString(), r))\r
 197         {\r
 198           resIndex = regex.matchedFrom();\r
 199           if (selection != null &&\r
 200               (resIndex + Integer.parseInt(spaces.elementAt(resIndex).toString())) <\r
 201               selection.getStartRes())\r
 202           {\r
 203             continue;\r
 204           }\r
 205 \r
 206 \r
 207           int sres = seq.findPosition(resIndex +\r
 208                                       Integer.parseInt(spaces.\r
 209               elementAt(resIndex).toString()));\r
 210           int eres = seq.findPosition(regex.matchedTo() - 1 +\r
 211                                       Integer.parseInt(\r
 212                                       spaces.elementAt(regex.matchedTo() - 1).\r
 213                                       toString()));\r
 214 \r
 215           searchResults.addResult(seq, sres, eres);\r
 216 \r
 217           if (!findAll)\r
 218           {\r
 219             // thats enough, break and display the result\r
 220             found = true;\r
 221             resIndex++;\r
 222             break;\r
 223           }\r
 224 \r
 225           r = resIndex;\r
 226         }\r
 227         else\r
 228           break;\r
 229       }\r
 230       if (!found)\r
 231       {\r
 232         seqIndex++;\r
 233         resIndex = 0;\r
 234       }\r
 235     }\r
 236 \r
 237     Vector idMatch = new Vector();\r
 238     for (int id = 0; id < av.alignment.getHeight(); id++)\r
 239     {\r
 240       if (regex.search(av.alignment.getSequenceAt(id).getName()))\r
 241       {\r
 242         idMatch.addElement(av.alignment.getSequenceAt(id));\r
 243       }\r
 244     }\r
 245 \r
 246     if (searchResults.getSize() == 0 && idMatch.size() > 0)\r
 247     {\r
 248       ap.idPanel.highlightSearchResults(idMatch);\r
 249     }\r
 250 \r
 251     if (searchResults.getSize() > 0)\r
 252     {\r
 253       createNewGroup.setEnabled(true);\r
 254     }\r
 255     else\r
 256     {\r
 257       searchResults = null;\r
 258       resIndex = 0;\r
 259       seqIndex = 0;\r
 260     }\r
 261 \r
 262     // if allResults is null, this effectively switches displaySearch flag in seqCanvas\r
 263     ap.highlightSearchResults(searchResults);\r
 264 \r
 265     if (findAll)\r
 266     {\r
 267       String message = (searchResults.getSize()) + " matches found.";\r
 268       System.out.println(message);\r
 269     }\r
 270 \r
 271   }\r
 272 \r
 273   Label jLabel1 = new Label();\r
 274   protected TextField textfield = new TextField();\r
 275   protected Button findAll = new Button();\r
 276   protected Button findNext = new Button();\r
 277   Panel jPanel1 = new Panel();\r
 278   GridLayout gridLayout1 = new GridLayout();\r
 279   protected Button createNewGroup = new Button();\r
 280 \r
 281 \r
 282   private void jbInit() throws Exception {\r
 283       jLabel1.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));\r
 284       jLabel1.setText("Find");\r
 285       jLabel1.setBounds(new Rectangle(3, 30, 34, 15));\r
 286       this.setLayout(null);\r
 287       textfield.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));\r
 288       textfield.setText("");\r
 289       textfield.setBounds(new Rectangle(40, 27, 133, 21));\r
 290       textfield.addKeyListener(new java.awt.event.KeyAdapter() {\r
 291               public void keyTyped(KeyEvent e) {\r
 292                   textfield_keyTyped(e);\r
 293               }\r
 294           });\r
 295       textfield.addActionListener(this);\r
 296       findAll.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));\r
 297       findAll.setLabel("Find all");\r
 298       findAll.addActionListener(this);\r
 299       findNext.setEnabled(false);\r
 300       findNext.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));\r
 301       findNext.setLabel("Find Next");\r
 302       findNext.addActionListener(this);\r
 303       jPanel1.setBounds(new Rectangle(180, 5, 141, 64));\r
 304       jPanel1.setLayout(gridLayout1);\r
 305       gridLayout1.setHgap(0);\r
 306       gridLayout1.setRows(3);\r
 307       gridLayout1.setVgap(2);\r
 308       createNewGroup.setEnabled(false);\r
 309       createNewGroup.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));\r
 310       createNewGroup.setLabel("New Feature");\r
 311       createNewGroup.addActionListener(this);\r
 312       jPanel1.add(findNext, null);\r
 313       jPanel1.add(findAll, null);\r
 314       jPanel1.add(createNewGroup, null);\r
 315       this.add(textfield, null);\r
 316       this.add(jLabel1, null);\r
 317       this.add(jPanel1, null);\r
 318   }\r
 319 \r
 320   void textfield_keyTyped(KeyEvent e) {\r
 321       findNext.setEnabled(true);\r
 322   }\r
 323 \r
 324 }\r