src/jalview/appletgui/Finder.java

   1 package jalview.appletgui;\r
   2 \r
   3 import jalview.jbappletgui.GFinder;\r
   4 import jalview.datamodel.*;\r
   5 import java.awt.event.*;\r
   6 import java.util.*;\r
   7 import java.awt.*;\r
   8 \r
   9 public class Finder extends GFinder\r
  10 {\r
  11   AlignViewport av;\r
  12   AlignmentPanel ap;\r
  13   Frame frame;\r
  14   SuperGroup searchGroup;\r
  15   Vector searchResults;\r
  16 \r
  17   int seqIndex = 0;\r
  18   int resIndex = 0;\r
  19   public Finder(final AlignmentPanel ap)\r
  20   {\r
  21     this.av = ap.av;\r
  22     this.ap = ap;\r
  23     frame = new Frame();\r
  24     frame.add(this);\r
  25     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Find", 340,120);\r
  26     frame.repaint();\r
  27     frame.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
  28         {public void windowClosing(WindowEvent evt)\r
  29               { ap.highlightSearchResults( null ); }\r
  30         });\r
  31   }\r
  32 \r
  33   public void textfield_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  34   {\r
  35     doSearch(false);\r
  36   }\r
  37 \r
  38   public void findNext_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  39   {\r
  40     doSearch(false);\r
  41   }\r
  42 \r
  43   public void findAll_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  44   {\r
  45     resIndex=0;\r
  46     seqIndex=0;\r
  47     doSearch(true);\r
  48   }\r
  49 \r
  50   public void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  51   {\r
  52     try{\r
  53       // if allResults is null, this effectively switches displaySearch flag in seqCanvas\r
  54       ap.highlightSearchResults( null );\r
  55       ap.idPanel.highlightSearchResults( null );\r
  56      // frame.setClosed(true);\r
  57     }catch(Exception ex){ }\r
  58   }\r
  59 \r
  60 \r
  61   public void createNewGroup_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  62   {\r
  63    Color [] newColors = new Color[24];\r
  64    for(int i=0; i<24; i++)\r
  65      newColors[i] = new Color(60,160,115);\r
  66 \r
  67    jalview.schemes.UserColourScheme ucs = new jalview.schemes.UserColourScheme(newColors);\r
  68    String searchString = textfield.getText();\r
  69 \r
  70    searchGroup = new SuperGroup(searchString, ucs , true, true, false);\r
  71 \r
  72 \r
  73     for(int i=0; i<searchResults.size(); i+=3)\r
  74     {\r
  75       // its possible edits may have occurred since search was performed\r
  76       // account for this here\r
  77 \r
  78       SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt( Integer.parseInt(searchResults.elementAt(i).toString()) );\r
  79       int startRes = seq.findIndex( Integer.parseInt(searchResults.elementAt(i+1).toString()) )-1;\r
  80       int endRes = seq.findIndex(   Integer.parseInt(searchResults.elementAt(i+2).toString()) )-1;\r
  81 \r
  82       SequenceGroup sg = new SequenceGroup(searchString, ucs, true, true, false, startRes , endRes  );\r
  83       sg.addSequence(seq);\r
  84       av.alignment.addGroup(sg);\r
  85       searchGroup.addGroup( sg );\r
  86 \r
  87     }\r
  88 \r
  89     ap.av.alignment.addSuperGroup(searchGroup);\r
  90     ap.highlightSearchResults( null );\r
  91   }\r
  92 \r
  93 \r
  94   void doSearch(boolean findAll)\r
  95   {\r
  96     createNewGroup.setEnabled(false);\r
  97 \r
  98     String searchString = textfield.getText().toUpperCase();\r
  99 \r
 100     com.stevesoft.pat.Regex regex = new  com.stevesoft.pat.Regex(searchString);\r
 101 \r
 102     searchResults = new Vector();\r
 103     int [] allResults = null;\r
 104 \r
 105     Sequence seq;\r
 106     String item=null;\r
 107     boolean found = false;\r
 108 \r
 109     ////// is the searchString a residue number?\r
 110     try{\r
 111       int res = Integer.parseInt(searchString);\r
 112       found = true;\r
 113 \r
 114       if(av.getSelectionGroup().getSize()>0)\r
 115         seq = (Sequence)(av.getSelectionGroup().getSequenceAt(0));\r
 116       else\r
 117         seq = (Sequence)av.getAlignment().getSequenceAt(0);\r
 118 \r
 119       searchResults.addElement( Integer.toString( av.getAlignment().findIndex(seq) ) );\r
 120       searchResults.addElement( Integer.toString( seq.findIndex(res)-1 ) );\r
 121       searchResults.addElement( Integer.toString( seq.findIndex(res)-1 ) );\r
 122 \r
 123     }catch(NumberFormatException ex){}\r
 124     ///////////////////////////////////////////////\r
 125 \r
 126 \r
 127     int end = av.alignment.getHeight();\r
 128 \r
 129     SequenceGroup selection = av.getSelectionGroup();\r
 130     if(selection!=null)\r
 131      if(selection.getSize()<1 || (selection.getEndRes()-selection.getStartRes()<2))\r
 132       selection = null;\r
 133 \r
 134     while( !found && seqIndex<end)\r
 135     {\r
 136       seq = (Sequence)av.alignment.getSequenceAt(seqIndex);\r
 137 \r
 138 \r
 139       if(selection!=null && !selection.sequences.contains(seq))\r
 140       {\r
 141         seqIndex++;\r
 142         resIndex=0;\r
 143         continue;\r
 144       }\r
 145 \r
 146       item = seq.getSequence().toUpperCase();\r
 147 \r
 148       if(selection!=null && selection.getEndRes()<av.alignment.getWidth())\r
 149           item = item.substring(0, selection.getEndRes()+1);\r
 150 \r
 151       ///Shall we ignore gaps????\r
 152       StringBuffer noGaps = new StringBuffer();\r
 153       int insertCount=0;\r
 154       Vector spaces = new Vector();\r
 155 \r
 156       for (int j=0; j < item.length(); j++)\r
 157       {\r
 158 \r
 159         if(!jalview.util.Comparison.isGap(item.charAt(j)))\r
 160          {\r
 161            noGaps.append(item.charAt(j));\r
 162            spaces.addElement(new Integer(insertCount));\r
 163          }\r
 164         else\r
 165            insertCount++;\r
 166       }\r
 167 \r
 168 \r
 169 \r
 170       for(int r = resIndex; r<noGaps.length(); r++)\r
 171       {\r
 172 \r
 173        if( regex.searchFrom( noGaps.toString(), r ) )\r
 174        {\r
 175          resIndex = regex.matchedFrom();\r
 176          if(selection!=null && ( resIndex+ Integer.parseInt(spaces.elementAt(resIndex).toString()) )<selection.getStartRes())\r
 177            continue;\r
 178 \r
 179          searchResults.addElement( Integer.toString( seqIndex) );\r
 180          int sres = seq.findPosition( resIndex+ Integer.parseInt(spaces.elementAt(resIndex).toString()) );\r
 181          int eres = seq.findPosition( regex.matchedTo()-1 + Integer.parseInt(spaces.elementAt(regex.matchedTo()-1).toString()) );\r
 182           searchResults.addElement( sres+"" );\r
 183           searchResults.addElement( eres+"" );\r
 184 \r
 185 \r
 186          if(!findAll)\r
 187          {\r
 188            // thats enough, break and display the result\r
 189            found = true;\r
 190            resIndex++;\r
 191            break;\r
 192          }\r
 193 \r
 194          r=resIndex;\r
 195        }\r
 196       }\r
 197       if(!found)\r
 198       {\r
 199         seqIndex++;\r
 200         resIndex = 0;\r
 201       }\r
 202     }\r
 203 \r
 204 \r
 205     Vector idMatch = new Vector();\r
 206     for(int id = 0; id<av.alignment.getHeight(); id++)\r
 207     {\r
 208       if(   regex.search( av.alignment.getSequenceAt(id).getName() ) )\r
 209         idMatch.addElement( av.alignment.getSequenceAt(id) );\r
 210     }\r
 211 \r
 212     if(searchResults.size()==0 && idMatch.size()>0)\r
 213       ap.idPanel.highlightSearchResults( idMatch );\r
 214 \r
 215 \r
 216     if(searchResults.size()>0)\r
 217     {\r
 218       allResults = new int[searchResults.size()];\r
 219       for(int i=0; i<searchResults.size(); i++)\r
 220         allResults[i] = Integer.parseInt(searchResults.elementAt(i).toString());\r
 221 \r
 222       createNewGroup.setEnabled(true);\r
 223     }\r
 224     else\r
 225     {\r
 226       resIndex=0;\r
 227       seqIndex=0;\r
 228     }\r
 229 \r
 230     // if allResults is null, this effectively switches displaySearch flag in seqCanvas\r
 231     ap.highlightSearchResults( allResults );\r
 232 \r
 233     if (findAll)\r
 234     {\r
 235       String message =  (searchResults.size()/3) + " matches found.";\r
 236       System.out.println(message);\r
 237     }\r
 238 \r
 239   }\r
 240 \r
 241 }\r