src/jalview/appletgui/Finder.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.*;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 \r
  29 public class Finder extends Panel implements ActionListener\r
  30 {\r
  31   AlignViewport av;\r
  32   AlignmentPanel ap;\r
  33   Frame frame;\r
  34 \r
  35   SearchResults searchResults;\r
  36 \r
  37   int seqIndex = 0;\r
  38   int resIndex = 0;\r
  39   public Finder(final AlignmentPanel ap)\r
  40   {\r
  41     try\r
  42     {\r
  43       jbInit();\r
  44     }\r
  45     catch (Exception e)\r
  46     {\r
  47       e.printStackTrace();\r
  48     }\r
  49 \r
  50     this.av = ap.av;\r
  51     this.ap = ap;\r
  52     frame = new Frame();\r
  53     frame.add(this);\r
  54     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Find", 340, 120);\r
  55     frame.repaint();\r
  56     frame.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
  57     {\r
  58       public void windowClosing(WindowEvent evt)\r
  59       {\r
  60         ap.highlightSearchResults(null);\r
  61       }\r
  62     });\r
  63   }\r
  64 \r
  65   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
  66   {\r
  67     if (evt.getSource() == textfield)\r
  68       doSearch(false);\r
  69 \r
  70     else if (evt.getSource() == findNext)\r
  71       doSearch(false);\r
  72 \r
  73     else if (evt.getSource() == findAll)\r
  74     {\r
  75       resIndex = 0;\r
  76       seqIndex = 0;\r
  77       doSearch(true);\r
  78     }\r
  79     else if(evt.getSource() == createNewGroup)\r
  80       createNewGroup_actionPerformed();\r
  81   }\r
  82 \r
  83 \r
  84   public void createNewGroup_actionPerformed()\r
  85   {\r
  86 \r
  87     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, null);\r
  88     Dialog dialog = new Dialog(ap.alignFrame, "Enter New Feature Name", true);\r
  89     dialog.add(cap);\r
  90 \r
  91     cap.setText(textfield.getText());\r
  92 \r
  93     dialog.setBounds( frame.getLocation().x+frame.getSize().width+5,\r
  94                       frame.getLocation().y+20,300,100);\r
  95     dialog.show();\r
  96 \r
  97 \r
  98     String featureName = cap.getText().trim();\r
  99     if(featureName.length()<1)\r
 100       return;\r
 101 \r
 102 \r
 103     for (int i = 0; i < searchResults.getSize(); i ++ )\r
 104     {\r
 105         SequenceI seq = searchResults.getResultSequence(i);\r
 106 \r
 107         SequenceFeature sf = new SequenceFeature(featureName,\r
 108             null, null,\r
 109             searchResults.getResultStart(i),\r
 110            searchResults.getResultEnd(i));\r
 111 \r
 112         ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().addNewFeature(\r
 113             featureName, new Color(60,160,115));\r
 114         seq.addSequenceFeature(sf);\r
 115     }\r
 116 \r
 117     ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().findAllFeatures();\r
 118     ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState(true);\r
 119     av.showSequenceFeatures(true);\r
 120     ap.highlightSearchResults(null);\r
 121   }\r
 122 \r
 123   void doSearch(boolean findAll)\r
 124   {\r
 125     createNewGroup.setEnabled(false);\r
 126 \r
 127     String searchString = textfield.getText().toUpperCase();\r
 128 \r
 129     com.stevesoft.pat.Regex regex = new com.stevesoft.pat.Regex(searchString);\r
 130 \r
 131     searchResults = new SearchResults();\r
 132 \r
 133     Sequence seq;\r
 134     String item = null;\r
 135     boolean found = false;\r
 136 \r
 137     ////// is the searchString a residue number?\r
 138     try\r
 139     {\r
 140       int res = Integer.parseInt(searchString);\r
 141       found = true;\r
 142 \r
 143       if (av.getSelectionGroup() == null || av.getSelectionGroup().getSize() < 1)\r
 144       {\r
 145         seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(0);\r
 146       }\r
 147       else\r
 148       {\r
 149         seq = (Sequence) (av.getSelectionGroup().getSequenceAt(0));\r
 150       }\r
 151 \r
 152 \r
 153       searchResults.addResult(seq, res, res);\r
 154 \r
 155     }\r
 156     catch (NumberFormatException ex)\r
 157     {}\r
 158     ///////////////////////////////////////////////\r
 159 \r
 160 \r
 161     int end = av.alignment.getHeight();\r
 162 \r
 163     SequenceGroup selection = av.getSelectionGroup();\r
 164     if (selection != null)\r
 165     {\r
 166       if (selection.getSize() < 1 ||\r
 167           (selection.getEndRes() - selection.getStartRes() < 2))\r
 168       {\r
 169         selection = null;\r
 170       }\r
 171     }\r
 172 \r
 173     while (!found && seqIndex < end)\r
 174     {\r
 175 \r
 176       seq = (Sequence) av.alignment.getSequenceAt(seqIndex);\r
 177 \r
 178       if (selection != null && !selection.sequences.contains(seq))\r
 179       {\r
 180         seqIndex++;\r
 181         resIndex = 0;\r
 182         continue;\r
 183       }\r
 184 \r
 185       item = seq.getSequence().toUpperCase();\r
 186 \r
 187       if (selection != null && selection.getEndRes() < av.alignment.getWidth())\r
 188       {\r
 189         item = item.substring(0, selection.getEndRes() + 1);\r
 190       }\r
 191 \r
 192       ///Shall we ignore gaps????\r
 193       StringBuffer noGapsSB = new StringBuffer();\r
 194       int insertCount = 0;\r
 195       Vector spaces = new Vector();\r
 196 \r
 197       for (int j = 0; j < item.length(); j++)\r
 198       {\r
 199 \r
 200         if (!jalview.util.Comparison.isGap(item.charAt(j)))\r
 201         {\r
 202           noGapsSB.append(item.charAt(j));\r
 203           spaces.addElement(new Integer(insertCount));\r
 204         }\r
 205         else\r
 206         {\r
 207           insertCount++;\r
 208         }\r
 209       }\r
 210 \r
 211       String noGaps = noGapsSB.toString();\r
 212 \r
 213       for (int r = resIndex; r < noGaps.length(); r++)\r
 214       {\r
 215 \r
 216         if (regex.searchFrom(noGaps, r))\r
 217         {\r
 218           resIndex = regex.matchedFrom();\r
 219           if (selection != null &&\r
 220               (resIndex + Integer.parseInt(spaces.elementAt(resIndex).toString())) <\r
 221               selection.getStartRes())\r
 222           {\r
 223             continue;\r
 224           }\r
 225 \r
 226 \r
 227           int sres = seq.findPosition(resIndex +\r
 228                                       Integer.parseInt(spaces.\r
 229               elementAt(resIndex).toString()));\r
 230           int eres = seq.findPosition(regex.matchedTo() - 1 +\r
 231                                       Integer.parseInt(\r
 232                                       spaces.elementAt(regex.matchedTo() - 1).\r
 233                                       toString()));\r
 234 \r
 235           searchResults.addResult(seq, sres, eres);\r
 236 \r
 237           if (!findAll)\r
 238           {\r
 239             // thats enough, break and display the result\r
 240             found = true;\r
 241             resIndex++;\r
 242             break;\r
 243           }\r
 244 \r
 245           r = resIndex;\r
 246         }\r
 247         else\r
 248           break;\r
 249       }\r
 250       if (!found)\r
 251       {\r
 252         seqIndex++;\r
 253         resIndex = 0;\r
 254       }\r
 255     }\r
 256 \r
 257     Vector idMatch = new Vector();\r
 258     for (int id = 0; id < av.alignment.getHeight(); id++)\r
 259     {\r
 260       if (regex.search(av.alignment.getSequenceAt(id).getName()))\r
 261       {\r
 262         idMatch.addElement(av.alignment.getSequenceAt(id));\r
 263       }\r
 264     }\r
 265 \r
 266     if (searchResults.getSize() == 0 && idMatch.size() > 0)\r
 267     {\r
 268       ap.idPanel.highlightSearchResults(idMatch);\r
 269     }\r
 270 \r
 271     if (searchResults.getSize() > 0)\r
 272     {\r
 273       createNewGroup.setEnabled(true);\r
 274     }\r
 275     else\r
 276     {\r
 277       searchResults = null;\r
 278       resIndex = 0;\r
 279       seqIndex = 0;\r
 280     }\r
 281 \r
 282     // if allResults is null, this effectively switches displaySearch flag in seqCanvas\r
 283     ap.highlightSearchResults(searchResults);\r
 284 \r
 285     if (findAll)\r
 286     {\r
 287       String message = (searchResults==null?0 : searchResults.getSize()) + " matches found.";\r
 288       ap.alignFrame.statusBar.setText("Search results: "+searchString+" : "+message);\r
 289     }\r
 290 \r
 291   }\r
 292 \r
 293   Label jLabel1 = new Label();\r
 294   protected TextField textfield = new TextField();\r
 295   protected Button findAll = new Button();\r
 296   protected Button findNext = new Button();\r
 297   Panel jPanel1 = new Panel();\r
 298   GridLayout gridLayout1 = new GridLayout();\r
 299   protected Button createNewGroup = new Button();\r
 300 \r
 301 \r
 302   private void jbInit() throws Exception {\r
 303       jLabel1.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));\r
 304       jLabel1.setText("Find");\r
 305       jLabel1.setBounds(new Rectangle(3, 30, 34, 15));\r
 306       this.setLayout(null);\r
 307       textfield.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));\r
 308       textfield.setText("");\r
 309       textfield.setBounds(new Rectangle(40, 27, 133, 21));\r
 310       textfield.addKeyListener(new java.awt.event.KeyAdapter() {\r
 311               public void keyTyped(KeyEvent e) {\r
 312                   textfield_keyTyped(e);\r
 313               }\r
 314           });\r
 315       textfield.addActionListener(this);\r
 316       findAll.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));\r
 317       findAll.setLabel("Find all");\r
 318       findAll.addActionListener(this);\r
 319       findNext.setEnabled(false);\r
 320       findNext.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));\r
 321       findNext.setLabel("Find Next");\r
 322       findNext.addActionListener(this);\r
 323       jPanel1.setBounds(new Rectangle(180, 5, 141, 64));\r
 324       jPanel1.setLayout(gridLayout1);\r
 325       gridLayout1.setHgap(0);\r
 326       gridLayout1.setRows(3);\r
 327       gridLayout1.setVgap(2);\r
 328       createNewGroup.setEnabled(false);\r
 329       createNewGroup.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));\r
 330       createNewGroup.setLabel("New Feature");\r
 331       createNewGroup.addActionListener(this);\r
 332       jPanel1.add(findNext, null);\r
 333       jPanel1.add(findAll, null);\r
 334       jPanel1.add(createNewGroup, null);\r
 335       this.add(textfield, null);\r
 336       this.add(jLabel1, null);\r
 337       this.add(jPanel1, null);\r
 338   }\r
 339 \r
 340   void textfield_keyTyped(KeyEvent e) {\r
 341       findNext.setEnabled(true);\r
 342   }\r
 343 \r
 344 }\r