src/jalview/appletgui/Finder.java

   1 package jalview.appletgui;\r
   2 \r
   3 import jalview.jbappletgui.GFinder;\r
   4 import jalview.datamodel.*;\r
   5 import java.awt.event.*;\r
   6 import java.util.*;\r
   7 import java.awt.*;\r
   8 \r
   9 public class Finder extends GFinder\r
  10 {\r
  11   AlignViewport av;\r
  12   AlignmentPanel ap;\r
  13   Frame frame;\r
  14   SuperGroup searchGroup;\r
  15 \r
  16   int seqIndex = 0;\r
  17   int resIndex = 0;\r
  18   public Finder(final AlignmentPanel ap)\r
  19   {\r
  20     this.av = ap.av;\r
  21     this.ap = ap;\r
  22     frame = new Frame();\r
  23     frame.add(this);\r
  24     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Find", 340,120);\r
  25     frame.repaint();\r
  26     frame.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
  27         {public void windowClosing(WindowEvent evt)\r
  28               { ap.highlightSearchResults( null ); }\r
  29         });\r
  30   }\r
  31 \r
  32   public void textfield_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  33   {\r
  34     doSearch(false);\r
  35   }\r
  36 \r
  37   public void findNext_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  38   {\r
  39     doSearch(false);\r
  40   }\r
  41 \r
  42   public void findAll_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  43   {\r
  44     resIndex=0;\r
  45     seqIndex=0;\r
  46     doSearch(true);\r
  47   }\r
  48 \r
  49   public void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  50   {\r
  51     try{\r
  52       // if allResults is null, this effectively switches displaySearch flag in seqCanvas\r
  53       ap.highlightSearchResults( null );\r
  54       ap.idPanel.highlightSearchResults( null );\r
  55      // frame.setClosed(true);\r
  56     }catch(Exception ex){ }\r
  57   }\r
  58 \r
  59 \r
  60   public void createNewGroup_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  61   {\r
  62     for(int i=0; i<searchGroup.getSize(); i++)\r
  63       av.alignment.addGroup( searchGroup.getGroupeAt(i));\r
  64 \r
  65     ap.av.alignment.addSuperGroup(searchGroup);\r
  66     ap.highlightSearchResults( null );\r
  67   }\r
  68 \r
  69 \r
  70   void doSearch(boolean findAll)\r
  71   {\r
  72     createNewGroup.setEnabled(false);\r
  73 \r
  74     String searchString = textfield.getText().toUpperCase();\r
  75 \r
  76     com.stevesoft.pat.Regex regex = new  com.stevesoft.pat.Regex(searchString);\r
  77 \r
  78     Vector searchResults = new Vector();\r
  79     int [] allResults = null;\r
  80 \r
  81     Sequence seq;\r
  82     String item=null;\r
  83     boolean found = false;\r
  84 \r
  85     ////// is the searchString a residue number?\r
  86     try{\r
  87       int res = Integer.parseInt(searchString);\r
  88       found = true;\r
  89 \r
  90       if(av.getSelectionGroup().getSize()>0)\r
  91         seq = (Sequence)(av.getSelectionGroup().getSequenceAt(0));\r
  92       else\r
  93         seq = (Sequence)av.getAlignment().getSequenceAt(0);\r
  94 \r
  95       searchResults.addElement( Integer.toString( av.getAlignment().findIndex(seq) ) );\r
  96       searchResults.addElement( Integer.toString( seq.findIndex(res)-1 ) );\r
  97       searchResults.addElement( Integer.toString( seq.findIndex(res)-1 ) );\r
  98 \r
  99     }catch(NumberFormatException ex){}\r
 100     ///////////////////////////////////////////////\r
 101 \r
 102 \r
 103     jalview.schemes.UserColourScheme ucs = new jalview.schemes.UserColourScheme();\r
 104     Color [] newColors = new Color[24];\r
 105     for(int i=0; i<24; i++)\r
 106       newColors[i] = new Color(60,160,115);\r
 107 \r
 108     ucs.setColourScheme(newColors);\r
 109 \r
 110     searchGroup = new SuperGroup(searchString, ucs , true, true, false);\r
 111 \r
 112     int end = av.alignment.getHeight();\r
 113 \r
 114     SequenceGroup selection = av.getSelectionGroup();\r
 115     if(selection!=null)\r
 116      if(selection.getSize()<1 || (selection.getEndRes()-selection.getStartRes()<2))\r
 117       selection = null;\r
 118 \r
 119     while( !found && seqIndex<end)\r
 120     {\r
 121       seq = (Sequence)av.alignment.getSequenceAt(seqIndex);\r
 122 \r
 123 \r
 124       if(selection!=null && !selection.sequences.contains(seq))\r
 125       {\r
 126         seqIndex++;\r
 127         resIndex=0;\r
 128         continue;\r
 129       }\r
 130 \r
 131       item = seq.getSequence().toUpperCase();\r
 132 \r
 133       if(selection!=null && selection.getEndRes()<av.alignment.getWidth())\r
 134           item = item.substring(0, selection.getEndRes()+1);\r
 135 \r
 136       ///Shall we ignore gaps????\r
 137       StringBuffer noGaps = new StringBuffer();\r
 138       int insertCount=0;\r
 139       Vector spaces = new Vector();\r
 140 \r
 141       for (int j=0; j < item.length(); j++)\r
 142       {\r
 143 \r
 144         if(!jalview.util.Comparison.isGap(item.charAt(j)))\r
 145          {\r
 146            noGaps.append(item.charAt(j));\r
 147            spaces.addElement(new Integer(insertCount));\r
 148          }\r
 149         else\r
 150            insertCount++;\r
 151       }\r
 152 \r
 153 \r
 154 \r
 155       for(int r = resIndex; r<noGaps.length(); r++)\r
 156       {\r
 157 \r
 158        if( regex.searchFrom( noGaps.toString(), r ) )\r
 159        {\r
 160          resIndex = regex.matchedFrom();\r
 161          if(selection!=null && ( resIndex+ Integer.parseInt(spaces.elementAt(resIndex).toString()) )<selection.getStartRes())\r
 162            continue;\r
 163 \r
 164          searchResults.addElement( Integer.toString( seqIndex) );\r
 165          searchResults.addElement( Integer.toString( resIndex+ Integer.parseInt(spaces.elementAt(resIndex).toString()) ) );\r
 166          searchResults.addElement( Integer.toString( regex.matchedTo()-1 + Integer.parseInt(spaces.elementAt(regex.matchedTo()-1).toString()) ) );\r
 167 \r
 168          SequenceGroup sg = new SequenceGroup(searchString, ucs, true, true, false,\r
 169                                              resIndex+ Integer.parseInt(spaces.elementAt(resIndex).toString()) ,\r
 170                                       regex.matchedTo()-1 + Integer.parseInt(spaces.elementAt(regex.matchedTo()-1).toString())\r
 171             );\r
 172          sg.addSequence((Sequence)av.getAlignment().getSequenceAt(seqIndex));\r
 173          searchGroup.addGroup( sg );\r
 174 \r
 175          if(!findAll)\r
 176          {\r
 177            // thats enough, break and display the result\r
 178            found = true;\r
 179            resIndex++;\r
 180            break;\r
 181          }\r
 182 \r
 183          r=resIndex;\r
 184        }\r
 185       }\r
 186       if(!found)\r
 187       {\r
 188         seqIndex++;\r
 189         resIndex = 0;\r
 190       }\r
 191     }\r
 192 \r
 193 \r
 194     Vector idMatch = new Vector();\r
 195     for(int id = 0; id<av.alignment.getHeight(); id++)\r
 196     {\r
 197       if(   regex.search( av.alignment.getSequenceAt(id).getName() ) )\r
 198         idMatch.addElement( av.alignment.getSequenceAt(id) );\r
 199     }\r
 200 \r
 201     if(searchResults.size()==0 && idMatch.size()>0)\r
 202       ap.idPanel.highlightSearchResults( idMatch );\r
 203 \r
 204 \r
 205     if(searchResults.size()>0)\r
 206     {\r
 207       allResults = new int[searchResults.size()];\r
 208       for(int i=0; i<searchResults.size(); i++)\r
 209         allResults[i] = Integer.parseInt(searchResults.elementAt(i).toString());\r
 210 \r
 211       createNewGroup.setEnabled(true);\r
 212     }\r
 213     else\r
 214     {\r
 215       resIndex=0;\r
 216       seqIndex=0;\r
 217     }\r
 218 \r
 219     // if allResults is null, this effectively switches displaySearch flag in seqCanvas\r
 220     ap.highlightSearchResults( allResults );\r
 221 \r
 222     if (findAll)\r
 223     {\r
 224       String message =  (searchResults.size()/3) + " matches found.";\r
 225       System.out.println(message);\r
 226     }\r
 227 \r
 228   }\r
 229 \r
 230 }\r