src/jalview/appletgui/IdCanvas.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 \r
  24 import jalview.analysis.*;\r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 \r
  27 public class IdCanvas\r
  28     extends Panel\r
  29 {\r
  30   protected AlignViewport av;\r
  31 \r
  32   protected boolean showScores = true;\r
  33 \r
  34   protected int maxIdLength = -1;\r
  35   protected String maxIdStr = null;\r
  36   Image image;\r
  37   Graphics gg;\r
  38   int imgHeight = 0;\r
  39   boolean fastPaint = false;\r
  40 \r
  41   java.util.Vector searchResults;\r
  42 \r
  43   public IdCanvas(AlignViewport av)\r
  44   {\r
  45     setLayout(null);\r
  46     this.av = av;\r
  47     PaintRefresher.Register(this, av.alignment);\r
  48   }\r
  49 \r
  50   public void drawIdString(Graphics gg, SequenceI s, int i, int starty,\r
  51                            int ypos)\r
  52   {\r
  53     int charHeight = av.getCharHeight();\r
  54 \r
  55     if (searchResults != null && searchResults.contains(s))\r
  56     {\r
  57       gg.setColor(Color.black);\r
  58       gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos,\r
  59                   getSize().width, charHeight);\r
  60       gg.setColor(Color.white);\r
  61     }\r
  62     else if (av.getSelectionGroup() != null &&\r
  63              av.getSelectionGroup().sequences.contains(s))\r
  64     {\r
  65       gg.setColor(Color.lightGray);\r
  66       gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos,\r
  67                   getSize().width, charHeight);\r
  68       gg.setColor(Color.white);\r
  69     }\r
  70     else\r
  71     {\r
  72       gg.setColor(s.getColor());\r
  73       gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos,\r
  74                   getSize().width, charHeight);\r
  75       gg.setColor(Color.black);\r
  76     }\r
  77 \r
  78     String string = s.getName();\r
  79     if (av.getShowFullId())\r
  80     {\r
  81       string = s.getDisplayId();\r
  82     }\r
  83 \r
  84     gg.drawString(string, 0,\r
  85                   ((i - starty) * charHeight) + ypos +\r
  86                   charHeight - (charHeight / 5));\r
  87 \r
  88   }\r
  89 \r
  90   public void fastPaint(int vertical)\r
  91   {\r
  92     if (gg == null)\r
  93     {\r
  94       repaint();\r
  95       return;\r
  96     }\r
  97 \r
  98     gg.copyArea(0, 0, getSize().width, imgHeight, 0, -vertical * av.charHeight);\r
  99 \r
 100     int ss = av.startSeq, es = av.endSeq, transY = 0;\r
 101     if (vertical > 0) // scroll down\r
 102     {\r
 103       ss = es - vertical;\r
 104       if (ss < av.startSeq) // ie scrolling too fast, more than a page at a time\r
 105       {\r
 106         ss = av.startSeq;\r
 107       }\r
 108       else\r
 109       {\r
 110         transY = imgHeight - vertical * av.charHeight;\r
 111       }\r
 112     }\r
 113     else if (vertical < 0)\r
 114     {\r
 115       es = ss - vertical;\r
 116       if (es > av.endSeq)\r
 117       {\r
 118         es = av.endSeq;\r
 119       }\r
 120     }\r
 121 \r
 122     gg.translate(0, transY);\r
 123 \r
 124     drawIds(ss, es);\r
 125 \r
 126     gg.translate(0, -transY);\r
 127 \r
 128     fastPaint = true;\r
 129     repaint();\r
 130   }\r
 131 \r
 132   public void update(Graphics g)\r
 133   {\r
 134     paint(g);\r
 135   }\r
 136 \r
 137   public void paint(Graphics g)\r
 138   {\r
 139     if (getSize().height < 0 || getSize().width < 0)\r
 140     {\r
 141       return;\r
 142     }\r
 143     if (fastPaint)\r
 144     {\r
 145       fastPaint = false;\r
 146       g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 147       return;\r
 148     }\r
 149 \r
 150     imgHeight = getSize().height;\r
 151     imgHeight -= imgHeight % av.charHeight;\r
 152 \r
 153     if (imgHeight < 1)\r
 154     {\r
 155       return;\r
 156     }\r
 157 \r
 158     if (image == null || imgHeight != image.getHeight(this))\r
 159     {\r
 160       image = createImage(getSize().width, imgHeight);\r
 161       gg = image.getGraphics();\r
 162       gg.setFont(av.getFont());\r
 163     }\r
 164 \r
 165     //Fill in the background\r
 166     gg.setColor(Color.white);\r
 167     Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC,\r
 168                            av.getFont().getSize());\r
 169     gg.setFont(italic);\r
 170 \r
 171     gg.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
 172     drawIds(av.getStartSeq(), av.endSeq);\r
 173     g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 174   }\r
 175 \r
 176   void drawIds(int starty, int endy)\r
 177   {\r
 178     Color currentColor = Color.white;\r
 179     Color currentTextColor = Color.black;\r
 180 \r
 181     if (av.getWrapAlignment())\r
 182     {\r
 183 \r
 184       int rowSize = av.getEndRes() - av.getStartRes();\r
 185       // Draw the rest of the panels\r
 186 \r
 187       for (int ypos = 2 * av.charHeight, row = av.startRes;\r
 188            ypos <= getSize().height && row < av.alignment.getWidth();\r
 189            ypos += av.chunkHeight, row += rowSize)\r
 190       {\r
 191         for (int i = starty; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 192         {\r
 193           SequenceI s = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 194           drawIdString(gg, s, i, 0, ypos);\r
 195         }\r
 196       }\r
 197 \r
 198     }\r
 199     else\r
 200     {\r
 201 \r
 202       //Now draw the id strings\r
 203       for (int i = starty; i < endy; i++)\r
 204       {\r
 205         // Selected sequence colours\r
 206 \r
 207         if (searchResults != null &&\r
 208             searchResults.contains(av.alignment.getSequenceAt(i)))\r
 209         {\r
 210           gg.setColor(Color.black);\r
 211           currentColor = Color.black;\r
 212           currentTextColor = Color.white;\r
 213         }\r
 214         else if (av.getSelectionGroup() != null\r
 215                  &&\r
 216                  av.getSelectionGroup().sequences.contains(av.alignment.\r
 217             getSequenceAt(i)))\r
 218         {\r
 219           currentColor = Color.lightGray;\r
 220           currentTextColor = Color.black;\r
 221         }\r
 222         else\r
 223         {\r
 224           currentColor = av.alignment.getSequenceAt(i).getColor();\r
 225           currentTextColor = Color.black;\r
 226         }\r
 227 \r
 228         gg.setColor(currentColor);\r
 229 \r
 230         gg.fillRect(0,\r
 231                     ((i - starty) * av.charHeight),\r
 232                     getSize().width,\r
 233                     av.charHeight);\r
 234 \r
 235         gg.setColor(currentTextColor);\r
 236         String string = av.alignment.getSequenceAt(i).getName();\r
 237         if (av.getShowFullId())\r
 238         {\r
 239           string = av.alignment.getSequenceAt(i).getDisplayId();\r
 240         }\r
 241         gg.drawString(string, 0,\r
 242                       ((i - starty) * av.charHeight) +\r
 243                       av.charHeight - (av.charHeight / 5));\r
 244       }\r
 245 \r
 246       // add a border\r
 247       gg.setColor(Color.white);\r
 248       gg.fillRect(getSize().width - 4, 0, 4, getSize().height);\r
 249     }\r
 250 \r
 251   }\r
 252 \r
 253   public void setHighlighted(java.util.Vector found)\r
 254   {\r
 255     searchResults = found;\r
 256     repaint();\r
 257   }\r
 258 }\r