src/jalview/appletgui/IdCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.appletgui;
  19
  20 import java.awt.*;
  21
  22 import jalview.datamodel.*;
  23
  24 public class IdCanvas extends Panel
  25 {
  26   protected AlignViewport av;
  27
  28   protected boolean showScores = true;
  29
  30   protected int maxIdLength = -1;
  31
  32   protected String maxIdStr = null;
  33
  34   Image image;
  35
  36   Graphics gg;
  37
  38   int imgHeight = 0;
  39
  40   boolean fastPaint = false;
  41
  42   java.util.Vector searchResults;
  43
  44   public IdCanvas(AlignViewport av)
  45   {
  46     setLayout(null);
  47     this.av = av;
  48     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
  49   }
  50
  51   public void drawIdString(Graphics gg, SequenceI s, int i, int starty,
  52           int ypos)
  53   {
  54     int charHeight = av.getCharHeight();
  55
  56     if (searchResults != null && searchResults.contains(s))
  57     {
  58       gg.setColor(Color.black);
  59       gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, getSize().width,
  60               charHeight);
  61       gg.setColor(Color.white);
  62     }
  63     else if (av.getSelectionGroup() != null
  64             && av.getSelectionGroup().getSequences(null).contains(s))
  65     {
  66       gg.setColor(Color.lightGray);
  67       gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, getSize().width,
  68               charHeight);
  69       gg.setColor(Color.white);
  70     }
  71     else
  72     {
  73       gg.setColor(av.getSequenceColour(s));
  74       gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, getSize().width,
  75               charHeight);
  76       gg.setColor(Color.black);
  77     }
  78
  79     gg.drawString(s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix()), 0,
  80             ((i - starty) * charHeight) + ypos + charHeight
  81                     - (charHeight / 5));
  82
  83     if (av.hasHiddenRows() && av.showHiddenMarkers)
  84     {
  85       drawMarker(i, starty, ypos);
  86     }
  87
  88   }
  89
  90   public void fastPaint(int vertical)
  91   {
  92     if (gg == null)
  93     {
  94       repaint();
  95       return;
  96     }
  97
  98     gg.copyArea(0, 0, getSize().width, imgHeight, 0, -vertical
  99             * av.charHeight);
 100
 101     int ss = av.startSeq, es = av.endSeq, transY = 0;
 102     if (vertical > 0) // scroll down
 103     {
 104       ss = es - vertical;
 105       if (ss < av.startSeq) // ie scrolling too fast, more than a page at a time
 106       {
 107         ss = av.startSeq;
 108       }
 109       else
 110       {
 111         transY = imgHeight - vertical * av.charHeight;
 112       }
 113     }
 114     else if (vertical < 0)
 115     {
 116       es = ss - vertical;
 117       if (es > av.endSeq)
 118       {
 119         es = av.endSeq;
 120       }
 121     }
 122
 123     gg.translate(0, transY);
 124
 125     drawIds(ss, es);
 126
 127     gg.translate(0, -transY);
 128
 129     fastPaint = true;
 130     repaint();
 131   }
 132
 133   public void update(Graphics g)
 134   {
 135     paint(g);
 136   }
 137
 138   public void paint(Graphics g)
 139   {
 140     if (getSize().height < 0 || getSize().width < 0)
 141     {
 142       return;
 143     }
 144     if (fastPaint)
 145     {
 146       fastPaint = false;
 147       g.drawImage(image, 0, 0, this);
 148       return;
 149     }
 150
 151     imgHeight = getSize().height;
 152     imgHeight -= imgHeight % av.charHeight;
 153
 154     if (imgHeight < 1)
 155     {
 156       return;
 157     }
 158
 159     if (image == null || imgHeight != image.getHeight(this))
 160     {
 161       image = createImage(getSize().width, imgHeight);
 162       gg = image.getGraphics();
 163       gg.setFont(av.getFont());
 164     }
 165
 166     // Fill in the background
 167     gg.setColor(Color.white);
 168     Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC, av
 169             .getFont().getSize());
 170     gg.setFont(italic);
 171
 172     gg.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);
 173     drawIds(av.startSeq, av.endSeq);
 174     g.drawImage(image, 0, 0, this);
 175   }
 176
 177   void drawIds(int starty, int endy)
 178   {
 179     Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC, av
 180             .getFont().getSize());
 181
 182     gg.setFont(italic);
 183
 184     Color currentColor = Color.white;
 185     Color currentTextColor = Color.black;
 186
 187     if (av.getWrapAlignment())
 188     {
 189       int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
 190       int alheight = av.getAlignment().getHeight();
 191
 192       if (av.hasHiddenColumns())
 193       {
 194         maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 195       }
 196
 197       int annotationHeight = 0;
 198       AnnotationLabels labels = null;
 199
 200       if (av.showAnnotation)
 201       {
 202         AnnotationPanel ap = new AnnotationPanel(av);
 203         annotationHeight = ap.adjustPanelHeight();
 204         labels = new AnnotationLabels(av);
 205       }
 206
 207       int hgap = av.charHeight;
 208       if (av.scaleAboveWrapped)
 209       {
 210         hgap += av.charHeight;
 211       }
 212
 213       int cHeight = alheight * av.charHeight + hgap + annotationHeight;
 214
 215       int rowSize = av.getEndRes() - av.getStartRes();
 216
 217       // Draw the rest of the panels
 218       for (int ypos = hgap, row = av.startRes; (ypos <= getSize().height)
 219               && (row < maxwidth); ypos += cHeight, row += rowSize)
 220       {
 221         for (int i = starty; i < alheight; i++)
 222         {
 223
 224           SequenceI s = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 225           gg.setFont(italic);
 226           if (av.hasHiddenRows())
 227           {
 228             setHiddenFont(s);
 229           }
 230           drawIdString(gg, s, i, 0, ypos);
 231         }
 232
 233         if (labels != null)
 234         {
 235           gg.translate(0, ypos + (alheight * av.charHeight));
 236           labels.drawComponent(gg, getSize().width);
 237           gg.translate(0, -ypos - (alheight * av.charHeight));
 238         }
 239
 240       }
 241     }
 242     else
 243     {
 244       // Now draw the id strings
 245       SequenceI seq;
 246       for (int i = starty; i < endy; i++)
 247       {
 248
 249         seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 250         if (seq == null)
 251         {
 252           continue;
 253         }
 254         gg.setFont(italic);
 255         // boolean isrep=false;
 256         if (av.hasHiddenRows())
 257         {
 258           // isrep =
 259           setHiddenFont(seq);
 260         }
 261
 262         // Selected sequence colours
 263         if ((searchResults != null) && searchResults.contains(seq))
 264         {
 265           currentColor = Color.black;
 266           currentTextColor = Color.white;
 267         }
 268         else if ((av.getSelectionGroup() != null)
 269                 && av.getSelectionGroup().getSequences(null).contains(seq))
 270         {
 271           currentColor = Color.lightGray;
 272           currentTextColor = Color.black;
 273         }
 274         else
 275         {
 276           currentColor = av.getSequenceColour(seq);
 277           currentTextColor = Color.black;
 278         }
 279
 280         gg.setColor(currentColor);
 281         // TODO: isrep could be used to highlight the representative in a
 282         // different way
 283         gg.fillRect(0, (i - starty) * av.charHeight, getSize().width,
 284                 av.charHeight);
 285         gg.setColor(currentTextColor);
 286
 287         gg.drawString(seq.getDisplayId(av.getShowJVSuffix()), 0,
 288                 (((i - starty) * av.charHeight) + av.charHeight)
 289                         - (av.charHeight / 5));
 290
 291         if (av.hasHiddenRows() && av.showHiddenMarkers)
 292         {
 293           drawMarker(i, starty, 0);
 294         }
 295       }
 296     }
 297   }
 298
 299   public void setHighlighted(java.util.Vector found)
 300   {
 301     searchResults = found;
 302     repaint();
 303   }
 304
 305   void drawMarker(int i, int starty, int yoffset)
 306   {
 307     SequenceI[] hseqs = av.getAlignment().getHiddenSequences().hiddenSequences;
 308     // Use this method here instead of calling hiddenSeq adjust
 309     // 3 times.
 310     int hSize = hseqs.length;
 311
 312     int hiddenIndex = i;
 313     int lastIndex = i - 1;
 314     int nextIndex = i + 1;
 315
 316     for (int j = 0; j < hSize; j++)
 317     {
 318       if (hseqs[j] != null)
 319       {
 320         if (j - 1 < hiddenIndex)
 321         {
 322           hiddenIndex++;
 323         }
 324         if (j - 1 < lastIndex)
 325         {
 326           lastIndex++;
 327         }
 328         if (j - 1 < nextIndex)
 329         {
 330           nextIndex++;
 331         }
 332       }
 333     }
 334
 335     boolean below = (hiddenIndex > lastIndex + 1);
 336     boolean above = (nextIndex > hiddenIndex + 1);
 337
 338     gg.setColor(Color.blue);
 339     if (below)
 340     {
 341       gg.fillPolygon(new int[]
 342       { getSize().width - av.charHeight, getSize().width - av.charHeight,
 343           getSize().width }, new int[]
 344       { (i - starty) * av.charHeight + yoffset,
 345           (i - starty) * av.charHeight + yoffset + av.charHeight / 4,
 346           (i - starty) * av.charHeight + yoffset }, 3);
 347     }
 348     if (above)
 349     {
 350       gg.fillPolygon(new int[]
 351       { getSize().width - av.charHeight, getSize().width - av.charHeight,
 352           getSize().width }, new int[]
 353       { (i - starty + 1) * av.charHeight + yoffset,
 354           (i - starty + 1) * av.charHeight + yoffset - av.charHeight / 4,
 355           (i - starty + 1) * av.charHeight + yoffset }, 3);
 356
 357     }
 358   }
 359
 360   boolean setHiddenFont(SequenceI seq)
 361   {
 362     Font bold = new Font(av.getFont().getName(), Font.BOLD, av.getFont()
 363             .getSize());
 364
 365     if (av.getHiddenRepSequences() != null
 366             && av.getHiddenRepSequences().containsKey(seq))
 367     {
 368       gg.setFont(bold);
 369       return true;
 370     }
 371     return false;
 372   }
 373 }