src/jalview/appletgui/IdCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.util.List;
  25
  26 import jalview.datamodel.*;
  27
  28 public class IdCanvas extends Panel
  29 {
  30   protected AlignViewport av;
  31
  32   protected boolean showScores = true;
  33
  34   protected int maxIdLength = -1;
  35
  36   protected String maxIdStr = null;
  37
  38   Image image;
  39
  40   Graphics gg;
  41
  42   int imgHeight = 0;
  43
  44   boolean fastPaint = false;
  45
  46   List<SequenceI> searchResults;
  47
  48   public IdCanvas(AlignViewport av)
  49   {
  50     setLayout(null);
  51     this.av = av;
  52     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
  53   }
  54
  55   public void drawIdString(Graphics gg, SequenceI s, int i, int starty,
  56           int ypos)
  57   {
  58     int charHeight = av.getCharHeight();
  59
  60     if (searchResults != null && searchResults.contains(s))
  61     {
  62       gg.setColor(Color.black);
  63       gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, getSize().width,
  64               charHeight);
  65       gg.setColor(Color.white);
  66     }
  67     else if (av.getSelectionGroup() != null
  68             && av.getSelectionGroup().getSequences(null).contains(s))
  69     {
  70       gg.setColor(Color.lightGray);
  71       gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, getSize().width,
  72               charHeight);
  73       gg.setColor(Color.white);
  74     }
  75     else
  76     {
  77       gg.setColor(av.getSequenceColour(s));
  78       gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, getSize().width,
  79               charHeight);
  80       gg.setColor(Color.black);
  81     }
  82
  83     gg.drawString(s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix()), 0,
  84             ((i - starty) * charHeight) + ypos + charHeight
  85                     - (charHeight / 5));
  86
  87     if (av.hasHiddenRows() && av.getShowHiddenMarkers())
  88     {
  89       drawMarker(i, starty, ypos);
  90     }
  91
  92   }
  93
  94   public void fastPaint(int vertical)
  95   {
  96     if (gg == null)
  97     {
  98       repaint();
  99       return;
 100     }
 101
 102     gg.copyArea(0, 0, getSize().width, imgHeight, 0,
 103             -vertical * av.getCharHeight());
 104
 105     int ss = av.startSeq, es = av.endSeq, transY = 0;
 106     if (vertical > 0) // scroll down
 107     {
 108       ss = es - vertical;
 109       if (ss < av.startSeq) // ie scrolling too fast, more than a page at a time
 110       {
 111         ss = av.startSeq;
 112       }
 113       else
 114       {
 115         transY = imgHeight - vertical * av.getCharHeight();
 116       }
 117     }
 118     else if (vertical < 0)
 119     {
 120       es = ss - vertical;
 121       if (es > av.endSeq)
 122       {
 123         es = av.endSeq;
 124       }
 125     }
 126
 127     gg.translate(0, transY);
 128
 129     drawIds(ss, es);
 130
 131     gg.translate(0, -transY);
 132
 133     fastPaint = true;
 134     repaint();
 135   }
 136
 137   public void update(Graphics g)
 138   {
 139     paint(g);
 140   }
 141
 142   public void paint(Graphics g)
 143   {
 144     if (getSize().height < 0 || getSize().width < 0)
 145     {
 146       return;
 147     }
 148     if (fastPaint)
 149     {
 150       fastPaint = false;
 151       g.drawImage(image, 0, 0, this);
 152       return;
 153     }
 154
 155     imgHeight = getSize().height;
 156     imgHeight -= imgHeight % av.getCharHeight();
 157
 158     if (imgHeight < 1)
 159     {
 160       return;
 161     }
 162
 163     if (image == null || imgHeight != image.getHeight(this))
 164     {
 165       image = createImage(getSize().width, imgHeight);
 166       gg = image.getGraphics();
 167       gg.setFont(av.getFont());
 168     }
 169
 170     // Fill in the background
 171     gg.setColor(Color.white);
 172     Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC, av
 173             .getFont().getSize());
 174     gg.setFont(italic);
 175
 176     gg.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);
 177     drawIds(av.startSeq, av.endSeq);
 178     g.drawImage(image, 0, 0, this);
 179   }
 180
 181   /**
 182    * local copy of av.getCharHeight set at top of drawIds
 183    */
 184   private int avcharHeight;
 185   void drawIds(int starty, int endy)
 186   {
 187     // hardwired italic IDs in applet currently
 188     Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC, av
 189             .getFont().getSize());
 190     // temp variable for speed
 191     avcharHeight = av.getCharHeight();
 192
 193     gg.setFont(italic);
 194
 195     Color currentColor = Color.white;
 196     Color currentTextColor = Color.black;
 197
 198     if (av.getWrapAlignment())
 199     {
 200       int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
 201       int alheight = av.getAlignment().getHeight();
 202
 203       if (av.hasHiddenColumns())
 204       {
 205         maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 206       }
 207
 208       int annotationHeight = 0;
 209       AnnotationLabels labels = null;
 210
 211       if (av.isShowAnnotation())
 212       {
 213         AnnotationPanel ap = new AnnotationPanel(av);
 214         annotationHeight = ap.adjustPanelHeight();
 215         labels = new AnnotationLabels(av);
 216       }
 217       int hgap = avcharHeight;
 218       if (av.getScaleAboveWrapped())
 219       {
 220         hgap += avcharHeight;
 221       }
 222
 223       int cHeight = alheight * avcharHeight + hgap + annotationHeight;
 224
 225       int rowSize = av.getEndRes() - av.getStartRes();
 226
 227       // Draw the rest of the panels
 228       for (int ypos = hgap, row = av.startRes; (ypos <= getSize().height)
 229               && (row < maxwidth); ypos += cHeight, row += rowSize)
 230       {
 231         for (int i = starty; i < alheight; i++)
 232         {
 233
 234           SequenceI s = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 235           gg.setFont(italic);
 236           if (av.isDisplayReferenceSeq() || av.hasHiddenRows())
 237           {
 238             setHiddenFont(s);
 239           }
 240           drawIdString(gg, s, i, 0, ypos);
 241         }
 242
 243         if (labels != null)
 244         {
 245           gg.translate(0, ypos + (alheight * avcharHeight));
 246           labels.drawComponent(gg, getSize().width);
 247           gg.translate(0, -ypos - (alheight * avcharHeight));
 248         }
 249
 250       }
 251     }
 252     else
 253     {
 254       // Now draw the id strings
 255       SequenceI seq;
 256       for (int i = starty; i < endy; i++)
 257       {
 258
 259         seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 260         if (seq == null)
 261         {
 262           continue;
 263         }
 264         gg.setFont(italic);
 265         // boolean isrep=false;
 266         if (av.isDisplayReferenceSeq() || av.hasHiddenRows())
 267         {
 268           // isrep =
 269           setHiddenFont(seq);
 270         }
 271
 272         // Selected sequence colours
 273         if ((searchResults != null) && searchResults.contains(seq))
 274         {
 275           currentColor = Color.black;
 276           currentTextColor = Color.white;
 277         }
 278         else if ((av.getSelectionGroup() != null)
 279                 && av.getSelectionGroup().getSequences(null).contains(seq))
 280         {
 281           currentColor = Color.lightGray;
 282           currentTextColor = Color.black;
 283         }
 284         else
 285         {
 286           currentColor = av.getSequenceColour(seq);
 287           currentTextColor = Color.black;
 288         }
 289
 290         gg.setColor(currentColor);
 291         // TODO: isrep could be used to highlight the representative in a
 292         // different way
 293         gg.fillRect(0, (i - starty) * avcharHeight, getSize().width,
 294                 avcharHeight);
 295         gg.setColor(currentTextColor);
 296
 297         gg.drawString(seq.getDisplayId(av.getShowJVSuffix()), 0,
 298                 (((i - starty) * avcharHeight) + avcharHeight)
 299                         - (avcharHeight / 5));
 300
 301         if (av.hasHiddenRows() && av.getShowHiddenMarkers())
 302         {
 303           drawMarker(i, starty, 0);
 304         }
 305       }
 306     }
 307   }
 308
 309   public void setHighlighted(List<SequenceI> list)
 310   {
 311     searchResults = list;
 312     repaint();
 313   }
 314
 315   void drawMarker(int i, int starty, int yoffset)
 316   {
 317     SequenceI[] hseqs = av.getAlignment().getHiddenSequences().hiddenSequences;
 318     // Use this method here instead of calling hiddenSeq adjust
 319     // 3 times.
 320     int hSize = hseqs.length;
 321
 322     int hiddenIndex = i;
 323     int lastIndex = i - 1;
 324     int nextIndex = i + 1;
 325
 326     for (int j = 0; j < hSize; j++)
 327     {
 328       if (hseqs[j] != null)
 329       {
 330         if (j - 1 < hiddenIndex)
 331         {
 332           hiddenIndex++;
 333         }
 334         if (j - 1 < lastIndex)
 335         {
 336           lastIndex++;
 337         }
 338         if (j - 1 < nextIndex)
 339         {
 340           nextIndex++;
 341         }
 342       }
 343     }
 344
 345     boolean below = (hiddenIndex > lastIndex + 1);
 346     boolean above = (nextIndex > hiddenIndex + 1);
 347
 348     gg.setColor(Color.blue);
 349     if (below)
 350     {
 351       gg.fillPolygon(new int[]
 352       { getSize().width - avcharHeight, getSize().width - avcharHeight,
 353           getSize().width }, new int[]
 354       { (i - starty) * avcharHeight + yoffset,
 355           (i - starty) * avcharHeight + yoffset + avcharHeight / 4,
 356           (i - starty) * avcharHeight + yoffset }, 3);
 357     }
 358     if (above)
 359     {
 360       gg.fillPolygon(new int[]
 361       { getSize().width - avcharHeight, getSize().width - avcharHeight,
 362           getSize().width }, new int[]
 363       { (i - starty + 1) * avcharHeight + yoffset,
 364           (i - starty + 1) * avcharHeight + yoffset - avcharHeight / 4,
 365           (i - starty + 1) * avcharHeight + yoffset }, 3);
 366
 367     }
 368   }
 369
 370   boolean setHiddenFont(SequenceI seq)
 371   {
 372     Font bold = new Font(av.getFont().getName(), Font.BOLD, av.getFont()
 373             .getSize());
 374
 375     if (av.isHiddenRepSequence(seq))
 376     {
 377       gg.setFont(bold);
 378       return true;
 379     }
 380     return false;
 381   }
 382 }