src/jalview/appletgui/IdCanvas.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 \r
  24 import jalview.datamodel.*;\r
  25 \r
  26 public class IdCanvas\r
  27     extends Panel\r
  28 {\r
  29   protected AlignViewport av;\r
  30 \r
  31   protected boolean showScores = true;\r
  32 \r
  33   protected int maxIdLength = -1;\r
  34   protected String maxIdStr = null;\r
  35   Image image;\r
  36   Graphics gg;\r
  37   int imgHeight = 0;\r
  38   boolean fastPaint = false;\r
  39 \r
  40   java.util.Vector searchResults;\r
  41 \r
  42   public IdCanvas(AlignViewport av)\r
  43   {\r
  44     setLayout(null);\r
  45     this.av = av;\r
  46     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());\r
  47   }\r
  48 \r
  49   public void drawIdString(Graphics gg, SequenceI s, int i, int starty,\r
  50                            int ypos)\r
  51   {\r
  52     int charHeight = av.getCharHeight();\r
  53 \r
  54     if (searchResults != null && searchResults.contains(s))\r
  55     {\r
  56       gg.setColor(Color.black);\r
  57       gg.fillRect(0, ( (i - starty) * charHeight) + ypos,\r
  58                   getSize().width, charHeight);\r
  59       gg.setColor(Color.white);\r
  60     }\r
  61     else if (av.getSelectionGroup() != null &&\r
  62              av.getSelectionGroup().getSequences(null).contains(s))\r
  63     {\r
  64       gg.setColor(Color.lightGray);\r
  65       gg.fillRect(0, ( (i - starty) * charHeight) + ypos,\r
  66                   getSize().width, charHeight);\r
  67       gg.setColor(Color.white);\r
  68     }\r
  69     else\r
  70     {\r
  71       gg.setColor(av.getSequenceColour(s));\r
  72       gg.fillRect(0, ( (i - starty) * charHeight) + ypos,\r
  73                   getSize().width, charHeight);\r
  74       gg.setColor(Color.black);\r
  75     }\r
  76 \r
  77     gg.drawString(s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix()), 0,\r
  78                   ( (i - starty) * charHeight) + ypos +\r
  79                   charHeight - (charHeight / 5));\r
  80 \r
  81     if (av.hasHiddenRows && av.showHiddenMarkers)\r
  82     {\r
  83       drawMarker(i, starty, ypos);\r
  84     }\r
  85 \r
  86   }\r
  87 \r
  88   public void fastPaint(int vertical)\r
  89   {\r
  90     if (gg == null)\r
  91     {\r
  92       repaint();\r
  93       return;\r
  94     }\r
  95 \r
  96     gg.copyArea(0, 0, getSize().width, imgHeight, 0, -vertical * av.charHeight);\r
  97 \r
  98     int ss = av.startSeq, es = av.endSeq, transY = 0;\r
  99     if (vertical > 0) // scroll down\r
 100     {\r
 101       ss = es - vertical;\r
 102       if (ss < av.startSeq) // ie scrolling too fast, more than a page at a time\r
 103       {\r
 104         ss = av.startSeq;\r
 105       }\r
 106       else\r
 107       {\r
 108         transY = imgHeight - vertical * av.charHeight;\r
 109       }\r
 110     }\r
 111     else if (vertical < 0)\r
 112     {\r
 113       es = ss - vertical;\r
 114       if (es > av.endSeq)\r
 115       {\r
 116         es = av.endSeq;\r
 117       }\r
 118     }\r
 119 \r
 120     gg.translate(0, transY);\r
 121 \r
 122     drawIds(ss, es);\r
 123 \r
 124     gg.translate(0, -transY);\r
 125 \r
 126     fastPaint = true;\r
 127     repaint();\r
 128   }\r
 129 \r
 130   public void update(Graphics g)\r
 131   {\r
 132     paint(g);\r
 133   }\r
 134 \r
 135   public void paint(Graphics g)\r
 136   {\r
 137     if (getSize().height < 0 || getSize().width < 0)\r
 138     {\r
 139       return;\r
 140     }\r
 141     if (fastPaint)\r
 142     {\r
 143       fastPaint = false;\r
 144       g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 145       return;\r
 146     }\r
 147 \r
 148     imgHeight = getSize().height;\r
 149     imgHeight -= imgHeight % av.charHeight;\r
 150 \r
 151     if (imgHeight < 1)\r
 152     {\r
 153       return;\r
 154     }\r
 155 \r
 156     if (image == null || imgHeight != image.getHeight(this))\r
 157     {\r
 158       image = createImage(getSize().width, imgHeight);\r
 159       gg = image.getGraphics();\r
 160       gg.setFont(av.getFont());\r
 161     }\r
 162 \r
 163     //Fill in the background\r
 164     gg.setColor(Color.white);\r
 165     Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC,\r
 166                            av.getFont().getSize());\r
 167     gg.setFont(italic);\r
 168 \r
 169     gg.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
 170     drawIds(av.startSeq, av.endSeq);\r
 171     g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 172   }\r
 173 \r
 174   void drawIds(int starty, int endy)\r
 175   {\r
 176     Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC,\r
 177                            av.getFont().getSize());\r
 178 \r
 179     gg.setFont(italic);\r
 180 \r
 181     Color currentColor = Color.white;\r
 182     Color currentTextColor = Color.black;\r
 183 \r
 184     if (av.getWrapAlignment())\r
 185     {\r
 186       int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
 187       int alheight = av.alignment.getHeight();\r
 188 \r
 189       if (av.hasHiddenColumns)\r
 190       {\r
 191         maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;\r
 192       }\r
 193 \r
 194       int annotationHeight = 0;\r
 195       AnnotationLabels labels = null;\r
 196 \r
 197       if (av.showAnnotation)\r
 198       {\r
 199         AnnotationPanel ap = new AnnotationPanel(av);\r
 200         annotationHeight = ap.adjustPanelHeight();\r
 201         labels = new AnnotationLabels(av);\r
 202       }\r
 203 \r
 204       int hgap = av.charHeight;\r
 205       if (av.scaleAboveWrapped)\r
 206       {\r
 207         hgap += av.charHeight;\r
 208       }\r
 209 \r
 210       int cHeight = alheight * av.charHeight\r
 211           + hgap\r
 212           + annotationHeight;\r
 213 \r
 214       int rowSize = av.getEndRes() - av.getStartRes();\r
 215 \r
 216       // Draw the rest of the panels\r
 217       for (int ypos = hgap, row = av.startRes;\r
 218            (ypos <= getSize().height) && (row < maxwidth);\r
 219            ypos += cHeight, row += rowSize)\r
 220       {\r
 221         for (int i = starty; i < alheight; i++)\r
 222         {\r
 223           if (av.hasHiddenRows)\r
 224           {\r
 225             setHiddenFont(i);\r
 226           }\r
 227           else\r
 228           {\r
 229             gg.setFont(italic);\r
 230           }\r
 231 \r
 232           SequenceI s = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 233           drawIdString(gg, s, i, 0, ypos);\r
 234         }\r
 235 \r
 236         if (labels != null)\r
 237         {\r
 238           gg.translate(0, ypos + (alheight * av.charHeight));\r
 239           labels.drawComponent(gg, getSize().width);\r
 240           gg.translate(0, -ypos - (alheight * av.charHeight));\r
 241         }\r
 242 \r
 243       }\r
 244     }\r
 245     else\r
 246     {\r
 247       //Now draw the id strings\r
 248 \r
 249       //Now draw the id strings\r
 250       SequenceI seq;\r
 251       for (int i = starty; i < endy; i++)\r
 252       {\r
 253         if (av.hasHiddenRows)\r
 254         {\r
 255           setHiddenFont(i);\r
 256         }\r
 257 \r
 258         seq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 259         if (seq == null)\r
 260         {\r
 261           continue;\r
 262         }\r
 263 \r
 264         // Selected sequence colours\r
 265         if ( (searchResults != null) &&\r
 266             searchResults.contains(seq))\r
 267         {\r
 268           currentColor = Color.black;\r
 269           currentTextColor = Color.white;\r
 270         }\r
 271         else if ( (av.getSelectionGroup() != null) &&\r
 272                  av.getSelectionGroup().getSequences(null).contains(seq))\r
 273         {\r
 274           currentColor = Color.lightGray;\r
 275           currentTextColor = Color.black;\r
 276         }\r
 277         else\r
 278         {\r
 279           currentColor = av.getSequenceColour(seq);\r
 280           currentTextColor = Color.black;\r
 281         }\r
 282 \r
 283         gg.setColor(currentColor);\r
 284 \r
 285         gg.fillRect(0, (i - starty) * av.charHeight, getSize().width,\r
 286                     av.charHeight);\r
 287 \r
 288         gg.setColor(currentTextColor);\r
 289 \r
 290         gg.drawString(seq.getDisplayId(av.getShowJVSuffix()),\r
 291                       0,\r
 292                       ( ( (i - starty) * av.charHeight) + av.charHeight) -\r
 293                       (av.charHeight / 5));\r
 294 \r
 295         if (av.hasHiddenRows && av.showHiddenMarkers)\r
 296         {\r
 297           drawMarker(i, starty, 0);\r
 298         }\r
 299       }\r
 300     }\r
 301   }\r
 302 \r
 303   public void setHighlighted(java.util.Vector found)\r
 304   {\r
 305     searchResults = found;\r
 306     repaint();\r
 307   }\r
 308 \r
 309   void drawMarker(int i, int starty, int yoffset)\r
 310   {\r
 311     SequenceI[] hseqs = av.alignment.getHiddenSequences().hiddenSequences;\r
 312     //Use this method here instead of calling hiddenSeq adjust\r
 313     //3 times.\r
 314     int hSize = hseqs.length;\r
 315 \r
 316     int hiddenIndex = i;\r
 317     int lastIndex = i - 1;\r
 318     int nextIndex = i + 1;\r
 319 \r
 320     boolean below = (hiddenIndex > lastIndex + 1);\r
 321     boolean above = (nextIndex > hiddenIndex + 1);\r
 322 \r
 323     for (int j = 0; j < hSize; j++)\r
 324     {\r
 325       if (hseqs[j] != null)\r
 326       {\r
 327         if (j - 1 < hiddenIndex)\r
 328         {\r
 329           hiddenIndex++;\r
 330         }\r
 331         if (j - 1 < lastIndex)\r
 332         {\r
 333           lastIndex++;\r
 334         }\r
 335         if (j - 1 < nextIndex)\r
 336         {\r
 337           nextIndex++;\r
 338         }\r
 339       }\r
 340     }\r
 341 \r
 342     gg.setColor(Color.blue);\r
 343     if (below)\r
 344     {\r
 345       gg.fillPolygon(new int[]\r
 346                      {getSize().width - av.charHeight,\r
 347                      getSize().width - av.charHeight,\r
 348                      getSize().width},\r
 349                      new int[]\r
 350                      {\r
 351                      (i - starty) * av.charHeight + yoffset,\r
 352                      (i - starty) * av.charHeight + yoffset + av.charHeight / 4,\r
 353                      (i - starty) * av.charHeight + yoffset\r
 354       }, 3);\r
 355     }\r
 356     if (above)\r
 357     {\r
 358       gg.fillPolygon(new int[]\r
 359                      {getSize().width - av.charHeight,\r
 360                      getSize().width - av.charHeight,\r
 361                      getSize().width},\r
 362                      new int[]\r
 363                      {\r
 364                      (i - starty + 1) * av.charHeight + yoffset,\r
 365                      (i - starty + 1) * av.charHeight + yoffset -\r
 366                      av.charHeight / 4,\r
 367                      (i - starty + 1) * av.charHeight + yoffset\r
 368       }, 3);\r
 369 \r
 370     }\r
 371   }\r
 372 \r
 373   void setHiddenFont(int i)\r
 374   {\r
 375     /*  System.out.println(i+" "+av.alignment.getHeight());\r
 376       if (av.alignment.getSequenceAt(i).getHiddenSequences() != null)\r
 377         gg.setFont(new Font(av.getFont().getName(), Font.BOLD,\r
 378                             av.getFont().getSize()));\r
 379       else\r
 380         gg.setFont(new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC,\r
 381                             av.getFont().getSize()));*/\r
 382   }\r
 383 }\r